Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01009684.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09705, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 14396
ACGTcount: A:0.31, C:0.18, G:0.16, T:0.36
Found at i:488 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 424--506 Score: 139
Period size: 42 Copynumber: 2.0 Consensus size: 42
414 CGCTGACACA
* *
424 TACCCCACCTGATAATTAATTATGTATTTAATATTCGAAATC
1 TACCCCACCTGATAATCAATTATGTATTTAATATTCAAAATC
*
466 TACCTCACCTGATAATCAATTATGTATTTAATATTCAAAAT
1 TACCCCACCTGATAATCAATTATGTATTTAATATTCAAAAT
507 TAATATCTAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 3, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
42 38 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.18, G:0.06, T:0.39
Consensus pattern (42 bp):
TACCCCACCTGATAATCAATTATGTATTTAATATTCAAAATC
Found at i:749 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 730--845 Score: 94
Period size: 16 Copynumber: 7.3 Consensus size: 16
720 AGACCAGGTA
730 GACCCAAGACCCGAAT
1 GACCCAAGACCCGAAT
* *
746 GACCC-GGAACCTGAAT
1 GACCCAAG-ACCCGAAT
*
762 GACCCGAGACCCGAAT
1 GACCCAAGACCCGAAT
*
778 GACCCGAA-ACCCGTAT
1 GACCC-AAGACCCGAAT
* * *
794 GACCCGATACCCAAAT
1 GACCCAAGACCCGAAT
*
810 GACCCAAAACCCGAAT
1 GACCCAAGACCCGAAT
* * *
826 AACCCGA-ACCCAAAT
1 GACCCAAGACCCGAAT
841 GACCC
1 GACCC
846 GAGAAAACGA
Statistics
Matches: 80, Mismatches: 16, Indels: 9
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
15 13 0.16
16 65 0.81
17 2 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.38, G:0.17, T:0.09
Consensus pattern (16 bp):
GACCCAAGACCCGAAT
Found at i:751 original size:32 final size:33
Alignment explanation
Indices: 730--850 Score: 106
Period size: 32 Copynumber: 3.8 Consensus size: 33
720 AGACCAGGTA
*
730 GACCCAAGACCCGAATGACCCG-GAACCTGAAT
1 GACCCAAGACCCGAATGACCCGAGAACCGGAAT
* * *
762 GACCCGAGACCCGAATGACCCGA-AACCCGTAT
1 GACCCAAGACCCGAATGACCCGAGAACCGGAAT
* * * * *
794 GACCCGATACCCAAATGACCC-AAAACCCGAAT
1 GACCCAAGACCCGAATGACCCGAGAACCGGAAT
* * *
826 AACCCGA-ACCCAAATGACCCGAGAA
1 GACCCAAGACCCGAATGACCCGAGAA
851 AACGACATGA
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 8, Indels: 6
0.85 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
31 14 0.18
32 64 0.82
ACGTcount: A:0.37, C:0.36, G:0.18, T:0.08
Consensus pattern (33 bp):
GACCCAAGACCCGAATGACCCGAGAACCGGAAT
Found at i:782 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 730--846 Score: 130
Period size: 48 Copynumber: 2.4 Consensus size: 48
720 AGACCAGGTA
** * *
730 GACCCAAGACCCGAATGACCCGGA-ACCTGAATGACCCGAGACCCGAAT
1 GACCCAA-ACCCGAATGACCCGGATACCCAAATGACCCAAAACCCGAAT
*
778 GACCCGAAACCCGTATGACCC-GATACCCAAATGACCCAAAACCCGAAT
1 GACCC-AAACCCGAATGACCCGGATACCCAAATGACCCAAAACCCGAAT
* * *
826 AACCCGAACCCAAATGACCCG
1 GACCCAAACCCGAATGACCCG
847 AGAAAACGAC
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 9, Indels: 6
0.79 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
47 14 0.25
48 41 0.72
49 2 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.38, G:0.18, T:0.09
Consensus pattern (48 bp):
GACCCAAACCCGAATGACCCGGATACCCAAATGACCCAAAACCCGAAT
Found at i:1025 original size:42 final size:41
Alignment explanation
Indices: 962--1041 Score: 133
Period size: 42 Copynumber: 1.9 Consensus size: 41
952 TTTGGTGTAG
*
962 TCTCCGGTGCACCCCTTGTGATGCACCACCTCTTAATGTGA
1 TCTCCGGTGCACCCCTTGTGATGCACCACCTCTCAATGTGA
*
1003 TCTCTGGTGCACCGCCTTGTGATGCACCACCTCTCAATG
1 TCTCCGGTGCACC-CCTTGTGATGCACCACCTCTCAATG
1042 GGATGCACCC
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 2, Indels: 1
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
41 12 0.33
42 24 0.67
ACGTcount: A:0.16, C:0.35, G:0.20, T:0.29
Consensus pattern (41 bp):
TCTCCGGTGCACCCCTTGTGATGCACCACCTCTCAATGTGA
Found at i:2183 original size:217 final size:218
Alignment explanation
Indices: 1785--3348 Score: 2083
Period size: 217 Copynumber: 7.2 Consensus size: 218
1775 CCGTTAATTT
* * * * * *
1785 TATATTTTATATCCAAATCATTTTTCATCAT-CCCAAATAATCATACGCCCCATCCCAAAAATAT
1 TATACTTTATACCCAAATCATTTCTCATCATCCCCAAATAATCATATGCACCATCCC-CAAAT-T
* * * *
1849 TTTTATAGACTGAC-ATTTGTTTAAATGCCCAAAATTGGCTTTTAAACGTGTTTTAATCCATATT
64 TTTTAGAGATTGACAATTT-TTTATATACCCAAAATTGGC-TTTAAACGTGTTTTAATCCATATT
* * * * *
1913 TTTATCCTAATTGATTGAA-AAGCCTCGTCTATATAAATTTA-TAGTCATCTAATAATTAAACAA
127 TTCATCCTAATTAATTGAATAAACCCCGTCTATATAAATTTAGT-GTCCTCTAATAATTAAACAA
** ** *
1976 AATATAAAATTCAGTATCCTTAAAGAGA
191 AATGCAAAATTCAGTATCCCCAAAGTGA
* * * * *
2004 TATACTTTATACCCAAATCAGTTCTAATCATCCCCAAATAAACATAAGCATCATCCCCAAATTTT
1 TATACTTTATACCCAAATCATTTCTCATCATCCCCAAATAATCATATGCACCATCCCCAAATTTT
* * *
2069 TTAAAG-TTGACAATTTTTTATATACCCAAAATTGGCTTAAAACGTTTTTTAATCCATATTTTCA
66 TTAGAGATTGACAATTTTTTATATACCCAAAATTGGCTTTAAACGTGTTTTAATCCATATTTTCA
* * *
2133 TCCTAATTAATTGAATAAATCCAGTCTATATAAATTTAGTGTCCTCTAATAATAAAACAAAATGC
131 TCCTAATTAATTGAATAAACCCCGTCTATATAAATTTAGTGTCCTCTAATAATTAAACAAAATGC
* *
2198 ATAATTCAGTATCCCCAAAGTAA
196 AAAATTCAGTATCCCCAAAGTGA
*
2221 TATACTTTATACTCAAATCATTTCTCATCATCCCCAAATAATCATATGCACCATCCCCAAATTTT
1 TATACTTTATACCCAAATCATTTCTCATCATCCCCAAATAATCATATGCACCATCCCCAAATTTT
* *
2286 TTAGAGATTGAC-ATTTTTTATATACCCAAAATTGGCTTAAAACATGTTTTAATCCATATTTTCA
66 TTAGAGATTGACAATTTTTTATATACCCAAAATTGGCTTTAAACGTGTTTTAATCCATATTTTCA
* *
2350 TCATAATTAATTGAATAAACCCCGTCTATATAAATTTAGTGTCCTCTAATAATTAAACAAAAGGC
131 TCCTAATTAATTGAATAAACCCCGTCTATATAAATTTAGTGTCCTCTAATAATTAAACAAAATGC
**
2415 AAAATTCAGT-TAAACCAAAGTGA
196 AAAATTCAGTAT-CCCCAAAGTGA
2438 TATACTTTATACCCAAATCATTTCTCATCATCCCCAAATAATCATATGCACCATCCCCAAATTTT
1 TATACTTTATACCCAAATCATTTCTCATCATCCCCAAATAATCATATGCACCATCCCCAAATTTT
*
2503 TTAGAG-TTGACAATTTTTTATATACCCAAAATTGCCTTTAAACGTGTTTTAATCCATATTTTCA
66 TTAGAGATTGACAATTTTTTATATACCCAAAATTGGCTTTAAACGTGTTTTAATCCATATTTTCA
* *
2567 TCCTAATTAATTGAATAAACCCCGTATATATAAATTTAGTGTCCTCTAATAATTAAATAAAATGC
131 TCCTAATTAATTGAATAAACCCCGTCTATATAAATTTAGTGTCCTCTAATAATTAAACAAAATGC
*
2632 AAAATTCAGTATCCCGAAAGTGA
196 AAAATTCAGTATCCCCAAAGTGA
* * * * *
2655 TATATTTTATACCCAAATTATTTCTCATCATCCTCAAATAATCATATGCACCATCCTCAAATTCT
1 TATACTTTATACCCAAATCATTTCTCATCATCCCCAAATAATCATATGCACCATCCCCAAATTTT
* *
2720 TTAGAGATTGACATTTTTTTATATACCCAAAATTGGCTTAAAACGTGTTTTAATCCATATTTTCA
66 TTAGAGATTGACAATTTTTTATATACCCAAAATTGGCTTTAAACGTGTTTTAATCCATATTTTCA
* * *
2785 TCCTAATTAATTGAATAAACCCAGTCTATATGAATTTAGTG-CTATCTAATAATTAAACAAAATG
131 TCCTAATTAATTGAATAAACCCCGTCTATATAAATTTAGTGTC-CTCTAATAATTAAACAAAATG
* *
2849 CAAAATCCAATATCCCCAAAGTGA
195 CAAAATTCAGTATCCCCAAAGTGA
* * * *
2873 TAAGTTACTTTATACCCAAATCATTTCTCATCTTCCCCAAATAATTATATGGATCATCCCCAAAT
1 T-A--TACTTTATACCCAAATCATTTCTCATCATCCCCAAATAATCATATGCACCATCCCCAAAT
* * * ** *
2938 TCTTTAGGGATT-AGCATTTTTTTATATAAGCAAAATTGGCTTTAAACGTGTTTTAATCTATATT
63 TTTTTAGAGATTGA-CAATTTTTTATATACCCAAAATTGGCTTTAAACGTGTTTTAATCCATA-T
* * * * *
3002 TTTCATCCTAATTAATTGAATAAATCCCGTCTATATGAATTTAGTGACATCTAATATTTAAACAA
126 TTTCATCCTAATTAATTGAATAAACCCCGTCTATATAAATTTAGTGTCCTCTAATAATTAAACAA
* *
3067 AATGCAAAATTCAGTATCTCCAAATTGA
191 AATGCAAAATTCAGTATCCCCAAAGTGA
* * * * * *
3095 TGTACTTTATACCCAAATAAGTTCTCATCATCCCCAAATAATCATATACACAATCCCCAAATTCT
1 TATACTTTATACCCAAATCATTTCTCATCATCCCCAAATAATCATATGCACCATCCCCAAATTTT
** * *
3160 TTAGAGATTGGTATTTTTTTATATACCCAAAATTGGCTTTAAACATGTTTTAAT-CATATTTTCA
66 TTAGAGATTGACAATTTTTTATATACCCAAAATTGGCTTTAAACGTGTTTTAATCCATATTTTCA
* * * *
3224 TCCTAATTAATTGAATAAACCCAGCCTATATTAATTTAGT-TCC-ATAATAATTAAACAAAATGC
131 TCCTAATTAATTGAATAAACCCCGTCTATATAAATTTAGTGTCCTCTAATAATTAAACAAAATGC
* * * * *
3287 AACATGCAATATCCCTAAACTGA
196 AAAATTCAGTATCCCCAAAGTGA
* *
3310 TATACTTTATACTCATATCATTTCTCATCATCCCCAAAT
1 TATACTTTATACCCAAATCATTTCTCATCATCCCCAAAT
3349 TCTTTAGAGA
Statistics
Matches: 1197, Mismatches: 131, Indels: 38
0.88 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
215 69 0.06
216 46 0.04
217 577 0.48
218 156 0.13
219 133 0.11
220 22 0.02
221 107 0.09
222 86 0.07
223 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.19, G:0.07, T:0.36
Consensus pattern (218 bp):
TATACTTTATACCCAAATCATTTCTCATCATCCCCAAATAATCATATGCACCATCCCCAAATTTT
TTAGAGATTGACAATTTTTTATATACCCAAAATTGGCTTTAAACGTGTTTTAATCCATATTTTCA
TCCTAATTAATTGAATAAACCCCGTCTATATAAATTTAGTGTCCTCTAATAATTAAACAAAATGC
AAAATTCAGTATCCCCAAAGTGA
Found at i:3852 original size:217 final size:217
Alignment explanation
Indices: 3477--4012 Score: 849
Period size: 217 Copynumber: 2.5 Consensus size: 217
3467 TAACACTTTT
* *
3477 ATTTGGGGATGGTGCATATGATTATTTGGGGATGATGAGAAATGATTTGGGTATAATGTATATCC
1 ATTTGGGGATGGTGCATATGATTATTTGGGGATGATGAGAAATGATTTGGGTATAAAGTATATCA
* * * *
3542 CTTTGGAGATACTGAATTTTGCATTTTGTTTAGTTATTACATGACACTAAATTTATATAGACGGG
66 CTTTGGGGATACTGAATTTTGCATTTTGTTTAATTATAACAGGACACTAAATTTATATAGACGGG
* * *
3607 GTTTATTCAGTTAATTATGATGAAAATATGGATTAAAACATGTTTTAACCCAATTTTGGGTATAT
131 GTTTATTCAATTAATTAGGATGAAAATATGGATTAAAACACGTTTTAACCCAATTTTGGGTATAT
3672 AAAAAA-TGTCAATCTCTAAAAA
196 AAAAAATTGTCAA-CTCTAAAAA
* *
3694 ATTTGGGGATGGTGCATATGAGTATTTGGGGATGATGAAAAATGATTTGGGTATAAAGTATATCA
1 ATTTGGGGATGGTGCATATGATTATTTGGGGATGATGAGAAATGATTTGGGTATAAAGTATATCA
* * *
3759 CTTTGGGGATACTGAATTTTGCATTATGTTTAATTATAAGAGGACACTAAATTTATATATACGGG
66 CTTTGGGGATACTGAATTTTGCATTTTGTTTAATTATAACAGGACACTAAATTTATATAGACGGG
* *
3824 GTTTATTTAATTAATTAGGATGAAAATATGGATTAAAACACGTTTTAAGCCAATTTTGGGTATAT
131 GTTTATTCAATTAATTAGGATGAAAATATGGATTAAAACACGTTTTAACCCAATTTTGGGTATAT
3889 AAAAAATTGTCAACTCTAAAAA
196 AAAAAATTGTCAACTCTAAAAA
* * * * * *
3911 ATTTGGGGATGATGCTTATGATTATTTGGAGATGATGAGAACTGATTTGGTTATAAAGTATATCT
1 ATTTGGGGATGGTGCATATGATTATTTGGGGATGATGAGAAATGATTTGGGTATAAAGTATATCA
*
3976 CTTTGGGGATACTGAATTTCGCATTTTGTTTAATTAT
66 CTTTGGGGATACTGAATTTTGCATTTTGTTTAATTAT
4013 TGTTAAGGGT
Statistics
Matches: 292, Mismatches: 26, Indels: 2
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
217 286 0.98
218 6 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.07, G:0.21, T:0.38
Consensus pattern (217 bp):
ATTTGGGGATGGTGCATATGATTATTTGGGGATGATGAGAAATGATTTGGGTATAAAGTATATCA
CTTTGGGGATACTGAATTTTGCATTTTGTTTAATTATAACAGGACACTAAATTTATATAGACGGG
GTTTATTCAATTAATTAGGATGAAAATATGGATTAAAACACGTTTTAACCCAATTTTGGGTATAT
AAAAAATTGTCAACTCTAAAAA
Found at i:9084 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 9040--9190 Score: 241
Period size: 36 Copynumber: 4.2 Consensus size: 36
9030 TCTTTTTTAG
9040 ATTAAGTTCTTTATTGACTCCACTTAATTGCCCTGA
1 ATTAAGTTCTTTATTGACTCCACTTAATTGCCCTGA
* *
9076 ATTAAGTTCTTTATTGACTCCACTTAATTACTCTGA
1 ATTAAGTTCTTTATTGACTCCACTTAATTGCCCTGA
*
9112 ATTAAGTTCTTTATTGACTCTACTTAATTGCCCTGA
1 ATTAAGTTCTTTATTGACTCCACTTAATTGCCCTGA
* *
9148 ATTAAG-CCTTTTATTGACTCCACTTAAATGCCCTGA
1 ATTAAGTTC-TTTATTGACTCCACTTAATTGCCCTGA
9184 ATTAAGT
1 ATTAAGT
9191 CATTGACTCT
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 8, Indels: 3
0.91 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
35 1 0.01
36 104 0.99
ACGTcount: A:0.27, C:0.21, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (36 bp):
ATTAAGTTCTTTATTGACTCCACTTAATTGCCCTGA
Found at i:9259 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 9204--9982 Score: 1182
Period size: 41 Copynumber: 19.2 Consensus size: 41
9194 TGACTCTACT
*
9204 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACC
9245 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACC
* *
9286 TAATTTCCTTCATTGAAATTAAGTCTGTGCCTATCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACC
* *
9327 AAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTACTTATCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACC
*
9368 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTTTGTGCTTATCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACC
9409 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACC
* *
9450 CAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTGACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACC
* *
9491 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTATGTGCTTGTCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACC
* * *
9532 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTATGTTCTTCTCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACC
9573 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACC
* * *
9614 TAATTTCCTTCCTCGAAATTAAGTATGTGCTTGTCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACC
* *
9655 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTTCTTCTCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACC
* *
9696 TAATTTCCTTCCTTGCAATTAAGTTTGTGCTTATCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACC
*
9737 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTGACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACC
9778 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACC
*
9819 TAATTTCTTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACC
* * *
9860 CAATTTCCTTCCTTGAAATTAGGTATGTGCTT-TACTTTACC
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTAT-CTTTACC
* * * * *
9901 T-A-GT--TTCCTTAAAATTAAGTTTGTGCTT-TACTTCACT
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTAT-CTTTACC
* *
9938 TAA--T--TTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTGTCTTTACT
1 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACC
9975 TAATTTCC
1 TAATTTCC
9983 CTGAATTAAG
Statistics
Matches: 679, Mismatches: 52, Indels: 14
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
37 61 0.09
38 2 0.00
39 2 0.00
40 2 0.00
41 612 0.90
ACGTcount: A:0.22, C:0.21, G:0.10, T:0.46
Consensus pattern (41 bp):
TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTATCTTTACC
Found at i:10010 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 9969--10213 Score: 373
Period size: 37 Copynumber: 6.6 Consensus size: 37
9959 TGTGCTTGTC
9969 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
* * *
10006 TTTACTTAATTTTCCCTTAATTAAATCCTTTAACCGCT
1 TTTACTTAA-TTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
* *
10044 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAAGTACT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
* * *
10081 TTTACTTAATTACCCTAAATTAAGTCCTTTAACTGCC
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
* * *
10118 TTTACTTAATTTTCCTGAATTAAGCCCTTTAACTACT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
*
10155 TTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
10192 TTTACTTAATTTCCCTGAATTA
1 TTTACTTAATTTCCCTGAATTA
10214 GGTTTCTTAC
Statistics
Matches: 183, Mismatches: 24, Indels: 2
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
37 149 0.81
38 34 0.19
ACGTcount: A:0.27, C:0.22, G:0.06, T:0.45
Consensus pattern (37 bp):
TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
Found at i:10253 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 10190--10492 Score: 349
Period size: 41 Copynumber: 7.4 Consensus size: 41
10180 CCTTTAACTG
* ** * *
10190 CTTTTACTTAATTTCCCTGAATT-AGGTTTCTTACTGTTTTTA
1 CTTTT-CTTAATTACCCTGAATTAAGAATT-TAACTGTGTTTA
* *
10232 CCTTTCTTAATTACCATGAATTAAGAATTTAACTGTGTTTA
1 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGAATTTAACTGTGTTTA
* * * *
10273 CTTTTCTTAGTTTCCATGAATTAAGACTTTAACTGTGTTTA
1 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGAATTTAACTGTGTTTA
* * * *
10314 CTTTTCTTAATTATCCTGAATTAAGACTCTAACTGTGTTTG
1 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGAATTTAACTGTGTTTA
* * * *
10355 CTTTTCTTAATTACCCTGCATTAAGACA-CTAATTGTGTTTG
1 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGA-ATTTAACTGTGTTTA
* *
10396 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTGACTGTGTTTA
1 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGAATTTAACTGTGTTTA
* * *
10437 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGATTTTGACTGTATTTA
1 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGAATTTAACTGTGTTTA
10478 CTTTTCTTAATTACC
1 CTTTTCTTAATTACC
10493 AAATTGAGAC
Statistics
Matches: 229, Mismatches: 29, Indels: 7
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
41 221 0.97
42 8 0.03
ACGTcount: A:0.25, C:0.17, G:0.11, T:0.48
Consensus pattern (41 bp):
CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGAATTTAACTGTGTTTA
Done.