Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01009791.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09812, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2881
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.15, T:0.34
Found at i:344 original size:198 final size:199
Alignment explanation
Indices: 1--832 Score: 1072
Period size: 199 Copynumber: 4.2 Consensus size: 199
* *
1 TGACAATGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACTATACACCGTCAGT-G-G--TAGC
1 TGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATATTATACACCGTCAGTGGAGTTTAGC
* *
62 AGACTGCACGTGC-GGGATTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTGATATTAT
66 AGACTGCACGTGCAGGG-TTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAA
* * *
126 ATATTTAATTAATGATGAAATGAGGTATGTGTGAACTTTTTAACCCGTTTATGGAGTCCAAAATT
130 ATATTTAATTAATGATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGTTTATAGAGTCCAAAATT
191 TACAC
195 TACAC
* * *
196 TGACAGTTTATTGTATAATAATCCTATAAG-AAAATTATATTATACACCATAAGTGGAGTTTAGC
1 TGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATATTATACACCGTCAGTGGAGTTTAGC
* * * * *
260 AGACTCCA-GATGCATGGTTTAAGGGTTGACATGTGTTCCGTTAGGGAATATGTATTAATATTAT
66 AGACTGCACG-TGCAGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAA
* * *
324 GTATTTAATTGATGATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGTTTATAGAGTCTAAAATT
130 ATATTTAATTAATGATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGTTTATAGAGTCCAAAATT
389 TACAC
195 TACAC
** * * * * *
394 TGTTAGCGTGTTTTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATATAATACACCGTCAGTGGATTTTAGC
1 TGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATATTATACACCGTCAGTGGAGTTTAGC
* * * * *
459 AGATTGAACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACGTGTGTCTCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAA
66 AGACTGCACGTGCAGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAA
* * * * *
524 TATTTAATTAATTATGAAATAAGGTATATGTCAACTTCTTAACCCGCTTATAGAGTTCAAAATTT
131 TATTTAATTAATGATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGTTTATAGAGTCCAAAATTT
589 ACAC
196 ACAC
* * * * * **
593 TGACAGTGGATTGTATAATAATCTTATAAGAAAAATTATACTATACACTGTCAGTCGAACTTAGC
1 TGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATATTATACACCGTCAGTGGAGTTTAGC
* *
658 AGACTGCACGTGCATGGTTTAAGGGTCT-ACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAA
66 AGACTGCACGTGCAGGGTTTAAGGGT-TGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAA
* * * * * **
722 ATATTTAATTGATTATGAAATG-GGTATGTGTTAACTTCTTAACTCGGTTAT-GAAGTGTAAAAT
130 ATATTTAATTAATGATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGTTTATAG-AGTCCAAAAT
785 TTACAC
194 TTACAC
* *
791 TGAAAAGTGTATTTTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATAT
1 TG-ACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATAT
833 AAAATTATTT
Statistics
Matches: 549, Mismatches: 77, Indels: 18
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
194 21 0.04
195 29 0.05
196 1 0.00
197 2 0.00
198 187 0.34
199 307 0.56
200 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (199 bp):
TGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATATTATACACCGTCAGTGGAGTTTAGC
AGACTGCACGTGCAGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAA
TATTTAATTAATGATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGTTTATAGAGTCCAAAATTT
ACAC
Found at i:750 original size:397 final size:394
Alignment explanation
Indices: 8--834 Score: 1162
Period size: 397 Copynumber: 2.1 Consensus size: 394
1 TGACAAT
* *
8 GTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACT-ATACACCGTCAGTGGTAGCAGACTGCACG
1 GTATTTTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATA-TAATACACCGTCAGTGGTAGCAGACTGAACG
* *
72 TGCGGGATTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTGATATTATATATTTAATTA
65 TGCGGGATTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTA
* * * * * *
137 ATGATGAAATGAGGTATGTGTGAACTTTTTAACCCGTTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAG
130 ATGATGAAATAAGGTATATGTCAACTTCTTAACCCGCTTATAGAGTCCAAAATTTACACTGACAG
** * * **
202 TTTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAATTATATTATACACCATAAGTGGAGTTTAGCAGACTCC
195 TGGATTGTATAATAATCCTATAAGAAAATTATACTATACACCATAAGTCGAACTTAGCAGACTCC
* * * **
267 AGATGCATGGTTTAAGGGTTGACATGTGTTCCGTTAGGGAATATGTATTAATATTATGTATTTAA
260 AGATGCATGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAA
*
332 TTGATGATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGTTTAT-AGAGTCTAAAATTTACACTG
325 TTGATGATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGGTTATGA-AGTCTAAAATTTACACTG
**
396 -TTAGC
389 AAAAGC
* *
401 GTGTTTTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATATAATACACCGTCAGTGGATTTTAGCAGATTGA
1 GTATTTTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATATAATACACCGTCAGTGG----TAGCAGACTGA
* * *
466 ACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGACGTGTGTCTCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAA
62 ACGTGCGGGATTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAA
* *
531 TTAATTATGAAATAAGGTATATGTCAACTTCTTAACCCGCTTATAGAGTTCAAAATTTACACTGA
127 TTAATGATGAAATAAGGTATATGTCAACTTCTTAACCCGCTTATAGAGTCCAAAATTTACACTGA
* ** *
596 CAGTGGATTGTATAATAATCTTATAAGAAAAATTATACTATACACTGTCAGTCGAACTTAGCAGA
192 CAGTGGATTGTATAATAATCCTATAAG-AAAATTATACTATACACCATAAGTCGAACTTAGCAGA
*
661 CTGCACG-TGCATGGTTTAAGGGTCT-ACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAAAT
256 CTCCA-GATGCATGGTTTAAGGGT-TGACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAAAT
* * * *
724 ATTTAATTGATTATGAAATG-GGTATGTGTTAACTTCTTAACTCGGTTATGAAGTGTAAAATTTA
319 ATTTAATTGATGATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGGTTATGAAGTCTAAAATTTA
*
788 CACTGAAAAGT
384 CACTGAAAAGC
799 GTATTTTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATATAA
1 GTATTTTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATATAA
835 AATTATTTGA
Statistics
Matches: 382, Mismatches: 42, Indels: 15
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
392 1 0.00
393 46 0.12
397 193 0.51
398 140 0.37
399 2 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.18, T:0.36
Consensus pattern (394 bp):
GTATTTTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATATAATACACCGTCAGTGGTAGCAGACTGAACGT
GCGGGATTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAA
TGATGAAATAAGGTATATGTCAACTTCTTAACCCGCTTATAGAGTCCAAAATTTACACTGACAGT
GGATTGTATAATAATCCTATAAGAAAATTATACTATACACCATAAGTCGAACTTAGCAGACTCCA
GATGCATGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAAT
TGATGATGAAATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGGTTATGAAGTCTAAAATTTACACTGAA
AAGC
Done.