Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01009846.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09867, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Period size: 331 Copynumber: 13.0 Consensus size: 332
* * *
1 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATATTTTTCCGAGTTTATTTCTAATTAAATCGAA
1 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAA
*
66 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGATGA
66 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGATGA
* * * * * *
131 ATACAGATATTTTACGGAGTCTCTATGCCAAAAATCATGGAAAACTGAGCCGTGGCCCCGAAACG
131 ATACAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACG
* *
196 CTTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTATTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAAATGAC
196 CGTTTTTAGCCAAAACTCGTGATGGTTATTACACGATTTCGACTAAAATTTTGC-AAAAAATGAC
*
261 CCGAAAAACTTTTCCTTAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAAA
260 CCGAAAAACTTTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAAA
326 AAATTGAA
325 AAATTGAA
* * * * * *
334 GAGTTTTTCATGCTTCCGATATCATTTTTCAATTTTTTTTTTCGAGTTTGTTTCTATTTAAATTG
1 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAA--TTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCG
399 AAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGAT
64 AAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGAT
* * * **
464 GAATACAGATATTTTAAGGAGTCTCTATGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGTAGCCCCGAAA
129 GAATACAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAA
* *
529 TGCGTTTTTAGCCAAAACTCGTGATGGTTATTACACAATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAATGA
194 CGCGTTTTTAGCCAAAACTCGTGATGGTTATTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAATGA
*
594 CCCGAAAAACTTTTCCTTAA-TTTTTGCCCCAATATTCAG-AAAAATATATAATTAAATTCCAAA
259 CCCGAAAAACTTTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAA
657 AAAATTGAA
324 AAAATTGAA
* * *
666 GAGTTTTTCACGCTTCTGTTATCGTTTTTCGATTTTTTTTTCGAGTTTCTTTCCAATTAAATCGA
1 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTC-AATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGA
* * * * *
731 AACAATATTCAGATACTCGTAAAAACAAATCATTAAATCAATTGTGGCTGAGATTTGGCTGGATG
65 AACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGATG
* * * * *
796 GATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTTACACCAAAAATCATGCAAAACTAAGCCGGGACCCCGAAAC
130 AATACAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAAC
* * *
861 GCGTTTTTAGCCAAAAACT-TTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAAATGA
195 GCGTTTTTAGCC-AAAACTCGTGATGGTTATTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAATGA
* *
925 CCCGAAAAATTTTTCCTCAGTTTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAA
259 CCCGAAAAACTTTTCCTCA-ATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAA
990 AAAAATTGAA
323 AAAAATTGAA
* * * *
1000 GAGTTTTTCAAGCTTCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTATATCTAATTAAATCGAA
1 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAA
1065 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGATGA
66 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGATGA
* * * ** *
1130 ATACAGATATTTTAAGGAGTCTCTATGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGTAGCCCCGAAATG
131 ATACAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACG
*
1195 CGTTTTTAGCCAAAACTCGTGATGGTTATTACACAATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAATGACC
196 CGTTTTTAGCCAAAACTCGTGATGGTTATTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAATGACC
** * *
1260 CGAAAAAGATTTCCACAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAGATATATAATTAAATTCCAAAAA
261 CGAAAAACTTTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAAAA
1325 AATTGAA
326 AATTGAA
1332 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAA
1 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAA
* * * * *
1397 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAATTGTGGATGAGATTTAGCTGGATGG
66 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGATGA
* * *
1462 ATACAGATATTTTAAGGAGTCTTTACGCTAAAAATCATGCAAAACTGAG-CGAGGCCCCGAAACG
131 ATACAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACG
* * *
1526 CGTTTTTAG-CAAAAATCGTGATGGTTATTACATGATTTCGTCTAAAATTTTGCAAAAAATGACC
196 CGTTTTTAGCCAAAACTCGTGATGGTTATTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAATGACC
* * * *
1590 CGAAAAACTTTTTCTTAATTCTTTGCCCCAATATTCATAAAAAAATATATAATTAAATTCCAAAA
261 CGAAAAACTTTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATATTCA-GAAAAAATATATAATTAAATTCCAAAA
1655 AAATTGAA
325 AAATTGAA
* * * *
1663 GAGTTTTTCATGTTTCTGATATCATTTTT-AATTTTTTTT--AGTTTATTTCTAATTAAATCGAA
1 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAA
* * * *
1725 ACAAGATTTAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTAGCTTGATGA
66 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGATGA
* * * *
1790 ATACAGATCTTTCAAGGAGACTTTACGCGAAAAATCATGCAAAACTAAGCCGGGGCCCCGAAACG
131 ATACAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACG
*
1855 CGTTTTTAGCCAAAAAC-CGTG--GGCTA--A-A--ATTTCG----------T--AAAAAAT-AC
196 CGTTTTTAGCC-AAAACTCGTGATGGTTATTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAATGAC
**
1899 CCGAAAAACTTTTCCTCAATTTTTTGTTCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAAA
260 CCGAAAAACTTTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAAA
1964 AAATTGAA
325 AAATTGAA
*
1972 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTATTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAA
1 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAA
* * *
2037 ACAAGATTCAGATGCTCTTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGCTTGATAA
66 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGATGA
* * * * **
2102 ATACGGATATTTCAAGGAGTTTTTACGCAAAAAATCATGTAAAACTGAGCTAGGGCCCCGAAACG
131 ATACAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACG
2167 CGTTTTTAGCCAAAAAC-CGTGATGGTTATTACACGATTTCGGA-TAAAATTTTGCAAAAAATGA
196 CGTTTTTAGCC-AAAACTCGTGATGGTTATTACACGATTTC-GACTAAAATTTTGCAAAAAATGA
*
2230 CCCGAAAAACTTTTCCTCAATTTTTTGCCCTAATATTCAGAAAAAA-ATATAATTAAATTCCAAA
259 CCCGAAAAACTTTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAA
2294 AAAATTGAA
324 AAAATTGAA
2303 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGA
1 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAA-TTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGA
*
2368 AACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGACTTGATG
65 AACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGATG
* * * * * **
2433 AATACAGATATTTTAAGGAGTCTCTATGCCAAAATTCATGGAAAACTGAGCCGTTG-CCCGAAAC
130 AATACAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAAC
* *
2497 GCGTTTTTAGCCAAAAAC-CGTGATGGTTATTACATGATTTCGTCTAAAATTTTGCAAAAAATGA
195 GCGTTTTTAGCC-AAAACTCGTGATGGTTATTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAATGA
* **
2561 CCCGAAAAGCACTTCCTCAA-TTTTT-CCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAA
259 CCCGAAAAACTTTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAA
2624 AAAATTGAA
324 AAAATTGAA
*
2633 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTACAAGTTTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCG
1 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAA--TTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCG
* * * * ** *
2698 AAACAAGATTCAGATGCTCATAAAAACAAATTCTTAAATCAATTGTGGATGAGATTTACCTGGAT
64 AAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGAT
* * * * * * **
2763 GGATACAGATATTTGAAGGAGTCATTACGCTAAAAATCATACAAAACTGAGTCGGGGCTACGAAA
129 GAATACAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAA
* * * * *
2828 CGCGTTTTTAGCCAGAAAATCATGATGGTTATTACATGATTTCGTCTAAAATTTTGGAAAAAATG
194 CGCGTTTTTAGCCA-AAACTCGTGATGGTTATTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAATG
* * *
2893 ACCCGAAAAACATTTT-CTCAATTCTTTGTCACAATATTCAGAAAAAAATATATAATTAAATTCC
258 ACCCGAAAAAC-TTTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATATTCAG-AAAAAATATATAATTAAATTCC
*
2957 AAAATAATTGAA
321 AAAAAAATTGAA
* * * *
2969 GAGTTTTTCAAGCTTCTGATATCATTTTTCAATTTTTTTT-GAGTTTATATCTAATTAAATCGAA
1 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAA
*
3033 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGCTTGATGA
66 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGATGA
* * *
3098 ATATAGATATTTCAAGGAGACTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGCC-GGGCCCCGAAACG
131 ATACAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACG
* * *
3162 CGTTTTTAGCCAAAAAC-CGTGATGGTTATTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAAATGAC
196 CGTTTTTAGCC-AAAACTCGTGATGGTTATTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAATGAC
3226 CCGAAAAACTTTTCCTCAA-TTTTT-CCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAAA
260 CCGAAAAACTTTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAAA
3289 AAATTGAA
325 AAATTGAA
* *
3297 GAGTTTTTCACACTTCTTATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAA
1 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAA
* * * * * *
3362 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTCAAATCAATTGTAGCTGAGATTTAGCTAGATGG
66 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGATGA
* * * * *
3427 ATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCTAAAAATCATGCAAAACTAAGCTGGGGCCCCGAAGCG
131 ATACAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACG
* * *
3492 CGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTATTACATGATTTCGATTAAAATTTTGCAAAAAATGACC
196 CGTTTTTAGCCAAAACTCGTGATGGTTATTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAATGACC
* * * *
3557 TGAATAA-TTTCTCCTTAATTTTTTTGCCCTAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAA
261 CGAAAAACTTT-TCCTCAA-TTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAA
3621 AAAATTGAA
324 AAAATTGAA
*
3630 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCCAATTAAATCGA
1 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTC-AATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGA
* * * * *
3695 AACAAGATTCAGATACTCATAAAAACAAATCTTTAAATCAAATGTGGCT-ATGATTTGGCTTGAT
65 AACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGA-GATTTGGCTTGAT
* * * * **
3759 GAATACATATATTTCAAGGAGACTTTACGCCAAAAATCATGCGACACTGAGCCGGGGATCCGAAA
129 GAATACAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAA
* * * *
3824 CGCGTTTTTATCCAAAAACT-GTGATGGTTATTTCACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATA
194 CGCGTTTTTAGCC-AAAACTCGTGATGGTTATTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAATG
* * * *
3888 ACCCGAAAAAATATTCCTTAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATTATTAAATTCC-A
258 ACCCGAAAAACTTTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAA
3952 AAAAATTGAA
323 AAAAATTGAA
* * *
3962 GAGGTTTTCATGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCCAATTAAATCGAA
1 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAA
* * * * *
4027 ACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCAATTGTGGCTGAGATTTGACTTGATGG
66 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGATGA
* * * *
4092 ATACAG--ATTT-AAGGAGTCTTTTCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAACG
131 ATACAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACG
* * * *
4154 CGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTATTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGGAAAAAATGACC
196 CGTTTTTAGCCAAAACTCGTGATGGTTATTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAATGACC
* * **
4219 CGAAAAA-TTTCTCATTAATTTTTTG-CCCAATATTCAGAAAAAAATATATAAACAAATTCCAAA
261 CGAAAAACTTT-TCCTCAATTTTTTGCCCCAATATTCAG-AAAAAATATATAATTAAATTCCAAA
4282 AAAATTGAA
324 AAAATTGAA
4291 GAGTTTTT
1 GAGTTTTT
4299 TCGAGTTTAT
Statistics
Matches: 3569, Mismatches: 332, Indels: 132
0.88 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
309 60 0.02
310 44 0.01
311 7 0.00
312 159 0.04
313 1 0.00
314 4 0.00
316 1 0.00
317 1 0.00
319 5 0.00
320 1 0.00
323 6 0.00
325 1 0.00
326 1 0.00
327 19 0.01
328 332 0.09
329 209 0.06
330 248 0.07
331 739 0.21
332 562 0.16
333 576 0.16
334 309 0.09
335 222 0.06
336 62 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (332 bp):
GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAA
ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGATGA
ATACAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGAAACG
CGTTTTTAGCCAAAACTCGTGATGGTTATTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAATGACC
CGAAAAACTTTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAAAA
AATTGAA
Found at i:1522 original size:664 final size:663
Alignment explanation
Indices: 1--6820 Score: 9496
Period size: 664 Copynumber: 10.4 Consensus size: 663
* * *
1 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATATTTTTCCGAGTTTATTTCTAATTAAATCGAA
1 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAA
* * *
66 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAGTCCATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGATGA
66 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGATGG
* * * * *
131 ATACAGATATTTTACGGAGTCTCTATGCCAAAAATCATGGAAAACTGAGCCGTGGCCCCGAAACG
131 ATACAGATATTTTAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG-CGGGGCCCCGAAACG
* *
196 CTTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTATTACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAAAATGAC
195 CGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAAAATGAC
* *
261 CCGAAAAACTTTTCCTTAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAAA
259 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAAA
* * * * *
326 AAATTGAAGAGTTTTTCATGCTTCCGATATCATTTTTCAATTTTTTTTTTCGAGTTTGTTTCTAT
324 AAATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAA--TTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAA
*
391 TTAAATTGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTT
387 TTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTT
* **
456 GGCTTGATGAATACAGATATTTTAAGGAGTCTCTATGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGTAG
452 GGCTTGATGAATACAGATATTTTAAGGAGTCTCTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGG
* * *
521 CCCCGAAATGCGTTTTTAGCC-AAAACTCGTGATGGTTATTACACAATTTCGACTAAAATTTTGC
517 CCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC-CGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
*
585 AAAAAATGACCCGAAAAACTTTTCCTTAA-TTTTTGCCCCAATATTCAG-AAAAATATATAATTA
581 AAAAAATGACCCGAAAAACTTTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTA
648 AATTCCAAAAAAATTGAA
646 AATTCCAAAAAAATTGAA
* * *
666 GAGTTTTTCACGCTTCTGTTATCGTTTTTCGATTTTTTTTTCGAGTTTCTTTCCAATTAAATCGA
1 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTC-AATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGA
* * * *
731 AACAATATTCAGATACTCGTAAAAACAAATCATTAAATCAATTGTGGCTGAGATTTGGCTGGATG
65 AACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGATG
* * * * *
796 GATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTTACACCAAAAATCATGCAAAACTAAGCCGGGACCCCGAAAC
130 GATACAGATATTTTAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG-CGGGGCCCCGAAAC
* *
861 GCGTTTTTAGCCAAAAA-CTTTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGTAAAAAATGA
194 GCGTTTTTAGCCAAAAATC-GTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGA
*
925 CCCGAAAAATTTTTCCTCAGTTTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAA
258 CCCGAAAAATTTTTCCTCA-ATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAA
* * * *
990 AAAAATTGAAGAGTTTTTCAAGCTTCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTATATCTAA
322 AAAAATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAA
1055 TTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTT
387 TTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTT
* **
1120 GGCTTGATGAATACAGATATTTTAAGGAGTCTCTATGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGTAG
452 GGCTTGATGAATACAGATATTTTAAGGAGTCTCTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGG
* * *
1185 CCCCGAAATGCGTTTTTAGCC-AAAACTCGTGATGGTTATTACACAATTTCGACTAAAATTTTGC
517 CCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAC-CGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
** * *
1249 AAAAAATGACCCGAAAAAGATTTCCACAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAGATATATAATTA
581 AAAAAATGACCCGAAAAACTTTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTA
1314 AATTCCAAAAAAATTGAA
646 AATTCCAAAAAAATTGAA
1332 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAA
1 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAA
* * *
1397 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAATTGTGGATGAGATTTAGCTGGATGG
66 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGATGG
* *
1462 ATACAGATATTTTAAGGAGTCTTTACGCTAAAAATCATGCAAAACTGAGCGAGGCCCCGAAACGC
131 ATACAGATATTTTAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCGGGGCCCCGAAACGC
* *
1527 GTTTTTAG-CAAAAATCGTGATGGTTATTACATGATTTCGTCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCC
196 GTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCC
* * *
1591 GAAAAACTTTTT-CTTAATTCTTTGCCCCAATATTCATAAAAAAATATATAATTAAATTCCAAAA
261 GAAAAA-TTTTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATATTCA-GAAAAAATATATAATTAAATTCCAAAA
* * * *
1655 AAATTGAAGAGTTTTTCATGTTTCTGATATCATTTTT-AATTTTTTTT--AGTTTATTTCTAATT
324 AAATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATT
* * * *
1717 AAATCGAAACAAGATTTAGATGCTTGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTAG
389 AAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGG
* * * * * *
1782 CTTGATGAATACAGATCTTTCAAGGAGACTTTACGCGAAAAATCATGCAAAACTAAGCCGGGGCC
454 CTTGATGAATACAGATATTTTAAGGAGTCTCTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCC
*
1847 CCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTG--GGCTA--A-A--ATTTC-G---------T--AAA
519 CCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAA
**
1893 AAAT-ACCCGAAAAACTTTTCCTCAATTTTTTGTTCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAAT
584 AAATGACCCGAAAAACTTTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAAT
1957 TCCAAAAAAATTGAA
649 TCCAAAAAAATTGAA
*
1972 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTATTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAA
1 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAA
* *
2037 ACAAGATTCAGATGCTCTTAAAAACAAATCCTTAAATCCAA-TGTGGCTGAGATTTGGCTTGATA
66 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT-CAATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGATG
* * * * * * *
2101 AATACGGATATTTCAAGGAGTTTTTACGCAAAAAATCATGTAAAACTGAGCTAGGGCCCCGAAAC
130 GATACAGATATTTTAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGC-GGGGCCCCGAAAC
* *
2166 GCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGATAAAATTTTGCAAAAAATGAC
194 GCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGAC
* *
2231 CCGAAAAACTTTTCCTCAATTTTTTGCCCTAATATTCAGAAAAAA-ATATAATTAAATTCCAAAA
259 CCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAAA
2295 AAATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAAT
324 AAATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAA-TTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAAT
2360 TAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTG
388 TAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTG
* * * * **
2425 ACTTGATGAATACAGATATTTTAAGGAGTCTCTATGCCAAAATTCATGGAAAACTGAGCCGTTG-
453 GCTTGATGAATACAGATATTTTAAGGAGTCTCTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGC
* *
2489 CCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACATGATTTCGTCTAAAATTTTGCAA
518 CCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAA
* **
2554 AAAATGACCCGAAAAGCACTTCCTCAA-TTTTT-CCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAA
583 AAAATGACCCGAAAAACTTTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAA
2617 TTCCAAAAAAATTGAA
648 TTCCAAAAAAATTGAA
*
2633 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTACAAGTTTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCG
1 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAA--TTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCG
* * * ** *
2698 AAACAAGATTCAGATGCTCATAAAAACAAATTCTTAAATCAATTGTGGATGAGATTTACCTGGAT
64 AAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGAT
* * * * **
2763 GGATACAGATATTTGAAGGAGTCATTACGCTAAAAATCATACAAAACTGAGTCGGGGCTACGAAA
129 GGATACAGATATTTTAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG-CGGGGCCCCGAAA
* * * *
2828 CGCGTTTTTAGCCAGAAAATCATGATGGTTATTACATGATTTCGTCTAAAATTTTGGAAAAAATG
193 CGCGTTTTTAGCCA-AAAATCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATG
* * * *
2893 ACCCGAAAAACATTTT-CTCAATTCTTTGTCACAATATTCAGAAAAAAATATATAATTAAATTCC
257 ACCCGAAAAA-TTTTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATATTCAG-AAAAAATATATAATTAAATTCC
* * * * *
2957 AAAATAATTGAAGAGTTTTTCAAGCTTCTGATATCATTTTTCAATTTTTTTT-GAGTTTATATCT
320 AAAAAAATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCT
*
3021 AATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGAT
385 AATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGAT
* * * * *
3086 TTGGCTTGATGAATATAGATATTTCAAGGAGACTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGCC-G
450 TTGGCTTGATGAATACAGATATTTTAAGGAGTCTCTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGG
*
3150 GGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACATGATTTCGGCTAAAATTTTG
515 GGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTG
*
3215 TAAAAAATGACCCGAAAAACTTTTCCTCAA-TTTTT-CCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATT
580 CAAAAAATGACCCGAAAAACTTTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATT
3278 AAATTCCAAAAAAATTGAA
645 AAATTCCAAAAAAATTGAA
* *
3297 GAGTTTTTCACACTTCTTATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAA
1 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAA
* * * *
3362 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTCAAATCAATTGTAGCTGAGATTTAGCTAGATGG
66 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGATGG
* * * * *
3427 ATAAAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCTAAAAATCATGCAAAACTAAGCTGGGGCCCCGAAGCG
131 ATACAGATATTTTAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGC-GGGGCCCCGAAACG
* **
3492 CGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTATTACATGATTTCGATTAAAATTTTGCAAAAAATGACC
195 CGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACC
* * * * *
3557 TGAATAATTTCTCCTTAATTTTTTTGCCCTAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAAA
260 CGAAAAATTTTTCCTCAA-TTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAAA
*
3622 AAATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCCAAT
324 AAATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTC-AATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAAT
* * * * *
3687 TAAATCGAAACAAGATTCAGATACTCATAAAAACAAATCTTTAAATCAAATGTGGCT-ATGATTT
388 TAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGA-GATTT
* * * * * *
3751 GGCTTGATGAATACATATATTTCAAGGAGACTTTACGCCAAAAATCATGCGACACTGAGCCGGGG
452 GGCTTGATGAATACAGATATTTTAAGGAGTCTCTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGG
** * * *
3816 ATCCGAAACGCGTTTTTATCCAAAAACTGTGATGGTTATTTCACGATTTCGGCTAAAATTTTGCA
517 CCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCA
* * * * *
3881 AAAAATAACCCGAAAAAATATTCCTTAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATTATTAA
582 AAAAATGACCCGAAAAACTTTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAA
3946 ATTCC-AAAAAATTGAA
647 ATTCCAAAAAAATTGAA
* * *
3962 GAGGTTTTCATGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCCAATTAAATCGAA
1 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAA
* * *
4027 ACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCAATTGTGGCTGAGATTTGACTTGATGG
66 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGATGG
* * *
4092 ATACAG--A-TTTAAGGAGTCTTTTCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCTCGAAACG
131 ATACAGATATTTTAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG-CGGGGCCCCGAAACG
* *
4154 CGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTATTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGGAAAAAATGACC
195 CGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACC
* * * **
4219 CGAAAAATTTCTCATTAATTTTTTG-CCCAATATTCAGAAAAAAATATATAAACAAATTCCAAAA
260 CGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATATTCAG-AAAAAATATATAATTAAATTCCAAAA
4283 AAATTGAAGAG-TTTT-----TTC-G--A--G-------------TTT--A-----TTTCTAATT
324 AAATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATT
* *
4317 AAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTCAAAACAAATCCTTAAATCAATTGTGGCTGAGATTTGG
389 AAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGG
* * * * * * *
4382 CTGGATGGATACAGATATTTTATGGAGTCAT-TACGCTAAAAAACATGCAAAACTCAGCTGGGGC
454 CTTGATGAATACAGATATTTTAAGGAGTC-TCTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGC
* ** * * *
4446 ACAAAAACGCGTTTTTTTGCCAAAAATCGTGATGGTTATTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCA
518 CCCGAAACGCG-TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCA
* * * * *
4511 AAAAATGACCTGAATAA-TTTCTCCTTAATTTTTTGCCCCAATATCCAGAAAAAATATATTATTA
582 AAAAATGACCCGAAAAACTTT-TCCTCAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTA
4575 AATTCCAAAAAAATTGAA
646 AATTCCAAAAAAATTGAA
*
4593 GAG-TTTTCACGCTTCTGATATCG-TTTT-AATTTTTTTTCGACTTTCTTTCTAATTAAATCGAA
1 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAA
* * * **
4655 ACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTTAGATTTGGCTTGATAA
66 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGATGG
* * * * *
4720 ATACAGATATTTTAAGGAGTCTCTATGCCAAAAATCATTCAAAACTGAACCGTGGCCCCGAAACG
131 ATACAGATATTTTAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTG-AGCGGGGCCCCGAAACG
* * *
4785 CGTTTTTAGACAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGTCTAAAATTTTGCAAAAAATGACC
195 CGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACC
****
4850 CGAAAAGCACTTCCTCAA-TTTTT-CCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAAAA
260 CGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAAAA
4913 AATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTA
325 AATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTA
* * ** *
4978 AATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTTAAAACAAATCCTTAAATCAATTGTCACTGAGATTTAGC
390 AATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGC
* * * * * *
5043 TGGATGGATACATATATTTTATGGAGTCAT-TACGCTAAAAATCATGCAAAACTAAGCCGGGGCC
455 TTGATGAATACAGATATTTTAAGGAGTC-TCTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCC
* * * * *
5107 CCGAAACGCGTTTTTTGCCAAAAAAATCGTGATGGTAATTACATGATTTCAGCTAAAATTTTGCA
519 CCGAAACGCGTTTTTAGCC--AAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCA
* * *
5172 AAAAATGACCTGAATAA-TTTCTCCTTAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTA
582 AAAAATGACCCGAAAAACTTT-TCCTCAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTA
5236 AATTCCAAAAAAATTGAA
646 AATTCCAAAAAAATTGAA
*
5254 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCAAA
1 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAA
* * *
5319 ACAAGATTCAGATGCTCGTCAAAACAAATCCTTAAATCAATTGTGGCTGAGATTTAGCTGGATGG
66 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGATGG
* * * * *
5384 ATACAGAAATTTTATGGAGTCATTACGCTC-AAAATCATGCAAAACTGAGCTGGGGCACAGAAAC
131 ATACAGATATTTTAAGGAGTCTTTACGC-CAAAAATCATGCAAAACTGAGC-GGGGCCCCGAAAC
*
5448 GCGTTTTTAGCCAAAAAATCGTGATGGTTATTACATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGA
194 GCGTTTTTAGCC-AAAAATCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGA
* * * *
5513 CCTGAATAATTTCTCCTTAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAA
258 CCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAA
5578 AAAATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTA
323 AAAATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAA--TTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTA
5643 ATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATT
386 ATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATT
* * * * * *
5708 TAGCTTGATGGATACAGATATTTCAAGGAGACTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTAAGCCGGG
451 TGGCTTGATGAATACAGATATTTTAAGGAGTCTCTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG
* * *
5773 GCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTTATGGTTATTACACGATATCGGCTAAAATTTTGT
516 GCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
* *
5838 AAAAAATGACCCGAAAAACTTTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATAGT-AAAAAATATATATATAAT
581 AAAAAATGACCCGAAAAACTTTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAA-A-ATATATAAT
*
5902 TAAATTCCAAAAAAAATGAA
644 TAAATTCCAAAAAAATTGAA
* **
5922 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATTGTTTTT-AATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTTTATCGAA
1 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAA
* * *
5986 AGAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCAT-AGATTTGGCTTGATA
66 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAATTGTGGC-TGAGATTTGGCTTGATG
* * * * *
6050 AATACAGATATTTTAAGGAGTCTCT-CTGCCAAAAATCATTCAAAACTGAACCGTGGCCCCGAAA
130 GATACAGATATTTTAAGGAGTCTTTAC-GCCAAAAATCATGCAAAACTG-AGCGGGGCCCCGAAA
* * * * *
6114 CGCGATTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGTCTAAAATTATGCAAAAAATGG
193 CGCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGA
****
6179 CCCGAAAAGCACTTCCTCAA-TTTTT-CCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAA
258 CCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAA
* *
6242 AAAATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTAAATTTTTTCTCGAGTTTCTTTCTAAT
323 AAAATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAAT
** * * *
6307 TTTATCGAAAAAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGTTTAGATTTG
388 TAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTG
* * * * * *
6372 GCTTGATAAATACAGATATTTTAAGGAGTCTCTATGCCAAAAATCATTCAAAATTGAACCGTGGC
453 GCTTGATGAATACAGATATTTTAAGGAGTCTCTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGC
** *
6437 CCCGAAACAAGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGTCTAAAATTTTGCAA
518 CCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAA
* ** *
6502 AAAATGACCCGAAAAGCACTTCCTCAA-TTTTT-CCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTGAA
583 AAAATGACCCGAAAAACTTTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAA
6565 TTCCAAAAAAATTGAA
648 TTCCAAAAAAATTGAA
* * * *
6581 GAGTTTTCCATGCTTCAGATATCGTTTTTCAA-TTTTTTTCGAGTTTATTTCTAATTAAATCGAA
1 GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAA
*
6645 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAA-TGTGGCTGAGATTTGGCTTGATG
66 ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT-CAATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGATG
* * * ** **
6709 AATACAGATATTTCAAGGAGTTTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGTACCCTAAAAC
130 GATACAGATATTTTAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG-CGGGGCCCCGAAAC
* * *
6774 ACGCTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAA
194 GCGTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAA
6821 TTGCGGAAAA
Statistics
Matches: 5521, Mismatches: 510, Indels: 254
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
628 96 0.02
629 164 0.03
630 152 0.03
631 130 0.02
632 1 0.00
634 1 0.00
635 3 0.00
636 4 0.00
638 1 0.00
640 287 0.05
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648 1 0.00
650 6 0.00
652 1 0.00
653 8 0.00
654 1 0.00
655 5 0.00
656 1 0.00
658 6 0.00
659 240 0.04
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ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (663 bp):
GAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAA
ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGATGG
ATACAGATATTTTAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCGGGGCCCCGAAACGC
GTTTTTAGCCAAAAATCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCC
GAAAAATTTTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAAAAA
ATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAA
ATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGCT
TGATGAATACAGATATTTTAAGGAGTCTCTACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCC
GAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAA
ATGACCCGAAAAACTTTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTC
CAAAAAAATTGAA
Found at i:4956 original size:330 final size:331
Alignment explanation
Indices: 4294--6820 Score: 3564
Period size: 330 Copynumber: 7.6 Consensus size: 331
4284 AATTGAAGAG
* *
4294 TTTTTTCGAGTTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTCAAAACAAATCCTTA
1 TTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
* * * * *
4359 AATCAATTGTGGCTGAGATTTGGCTGGATGGATACAGATATTTTATGGAGTCATTACGCTAAAAA
66 AATCCATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGATGAATACAGATATTTTAAGGAGTC-TTACGCCAAAAA
* * * * * ** * *
4424 ACATGCAAAACTCAGCTGGGGCACAAAAACGCGTTTTTTTGCCAAAAATCGTGATGGTTATTACA
130 TCATGCAAAACTGAACCGGGGCCCCGAAACGCG-TTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACA
* * ** *
4489 TGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCTGAATAATTTC-TCCTTAATTTTTTGCCCCAAT
194 CGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAA-AAGCTCTTCCTCAATTTTTTGCCCCAAT
* *
4553 ATCCAGAAAAAATATATTATTAAATTCCAAAAAAATTGAAGAG-TTTTCACGCTTCTGATATCG-
258 ATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAAAAAATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGT
4616 TTTT-AATT
323 TTTTCAATT
* *
4624 TTTTTTCGACTTTCTTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
1 TTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
* * *
4689 AATCCATTGTGGCTTAGATTTGGCTTGATAAATACAGATATTTTAAGGAGTCTCTATGCCAAAAA
66 AATCCATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGATGAATACAGATATTTTAAGGAGTCT-TACGCCAAAAA
* * *
4754 TCATTCAAAACTGAACCGTGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGACAAAAACCGTGATGGTTATTACAC
130 TCATGCAAAACTGAACCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACAC
* *
4819 GATTTCGTCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAGCACTTCCTCAA-TTTTT-CCCCAATAT
195 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAGCTCTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATAT
4882 TCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAAAAAATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTT
260 TCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAAAAAATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTT
4947 TTCAATT
325 TTCAATT
*
4954 TTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTTAAAACAAATCCTTA
1 TTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
* ** * * * * * *
5019 AATCAATTGTCACTGAGATTTAGCTGGATGGATACATATATTTTATGGAGTCATTACGCTAAAAA
66 AATCCATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGATGAATACAGATATTTTAAGGAGTC-TTACGCCAAAAA
* * *
5084 TCATGCAAAACT-AAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTTGCCAAAAAAATCGTGATGGTAATTA
130 TCATGCAAAACTGAA-CCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCC--AAAAACCGTGATGGTTATTA
* * * ** *
5148 CATGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCTGAATAATTTC-TCCTTAATTTTTTGCCCCA
192 CACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAA-AAGCTCTTCCTCAATTTTTTGCCCCA
5212 ATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAAAAAATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTGATATC
256 ATATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAAAAAATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTGATATC
5277 GTTTTTCAATT
321 GTTTTTCAATT
* *
5288 TTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCAGATGCTCGTCAAAACAAATCCTTA
1 TTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
* * * * * *
5353 AATCAATTGTGGCTGAGATTTAGCTGGATGGATACAGAAATTTTATGGAGTCATTACGCTC-AAA
66 AATCCATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGATGAATACAGATATTTTAAGGAGTC-TTACGC-CAAAA
* * * * *
5417 ATCATGCAAAACTGAGCTGGGGCACAGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAATCGTGATGGTTATTAC
129 ATCATGCAAAACTGAACCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCC-AAAAACCGTGATGGTTATTAC
* * ** *
5482 ATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCTGAATAATTTC-TCCTTAATTTTTTGCCCCAA
193 ACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAA-AAGCTCTTCCTCAATTTTTTGCCCCAA
5546 TATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAAAAAATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTGATATCG
257 TATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAAAAAATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTGATATCG
5611 TTTTTCAATTTT
322 TTTTTCAA--TT
5623 TTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
1 TTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
* * * *
5688 AATCCATTGTGGCTGAGATTTAGCTTGATGGATACAGATATTTCAAGGAGACTTTACGCCAAAAA
66 AATCCATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGATGAATACAGATATTTTAAGGAGTC-TTACGCCAAAAA
*
5753 TCATGCAAAACT-AAGCCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTTATGGTTATTACA
130 TCATGCAAAACTGAA-CCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACA
* * * *
5817 CGATATCGGCTAAAATTTTGTAAAAAATGACCCGAAAAACTTTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATA
194 CGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAGCTCTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATA
* * * *
5882 GT-AAAAAATATATATATAATTAAATTCCAAAAAAAATGAAGAGTTTTTCACGCTTCTGATATTG
259 TTCAGAAAA-A-ATATATAATTAAATTCCAAAAAAATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTGATATCG
5946 TTTTT-AATT
322 TTTTTCAATT
** *
5955 TTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTTTATCGAAAGAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
1 TTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
*
6020 AATCCATTGTGGCAT-AGATTTGGCTTGATAAATACAGATATTTTAAGGAGTCTCT-CTGCCAAA
66 AATCCATTGTGGC-TGAGATTTGGCTTGATGAATACAGATATTTTAAGGAGTCT-TAC-GCCAAA
* * *
6083 AATCATTCAAAACTGAACCGTGGCCCCGAAACGCGATTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTAC
128 AATCATGCAAAACTGAACCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTAC
* * * *
6148 ACGATTTCGTCTAAAATTATGCAAAAAATGGCCCGAAAAGCACTTCCTCAA-TTTTT-CCCCAAT
193 ACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAGCTCTTCCTCAATTTTTTGCCCCAAT
6211 ATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAAAAAATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGT
258 ATTCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAAAAAATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGT
*
6276 TTTTAAATT
323 TTTTCAATT
* ** *
6285 TTTTCTCGAGTTTCTTTCTAATTTTATCGAAAAAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
1 TTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
* * * *
6350 AATCCATTGTGGTTTAGATTTGGCTTGATAAATACAGATATTTTAAGGAGTCTCTATGCCAAAAA
66 AATCCATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGATGAATACAGATATTTTAAGGAGTCT-TACGCCAAAAA
* * * **
6415 TCATTCAAAATTGAACCGTGGCCCCGAAACAAGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACAC
130 TCATGCAAAACTGAACCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACAC
* *
6480 GATTTCGTCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAGCACTTCCTCAA-TTTTT-CCCCAATAT
195 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAGCTCTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATAT
* * * *
6543 TCAGAAAAAATATATAATTGAATTCCAAAAAAATTGAAGAGTTTTCCATGCTTCAGATATCGTTT
260 TCAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAAAAAATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTT
6608 TTCAA-T
325 TTCAATT
* *
6614 TTTTTTCGAGTTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCTTTA
1 TTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
* * *
6679 AATCCAATGTGGCTGAGATTTGGCTTGATGAATACAGATATTTCAAGGAGTTTTTACGCCAAAAA
66 AATCCATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGATGAATACAGATATTTTAAGGAG-TCTTACGCCAAAAA
* ** ** * *
6744 TCATGCAAAACTGAGCCGGTACCCTAAAACACGCTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACAC
130 TCATGCAAAACTGAACCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACAC
6809 GATTTCGGCTAA
195 GATTTCGGCTAA
6821 TTGCGGAAAA
Statistics
Matches: 2001, Mismatches: 166, Indels: 61
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
327 48 0.02
328 28 0.01
329 312 0.16
330 618 0.31
331 13 0.01
332 275 0.14
333 176 0.09
334 317 0.16
335 214 0.11
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (331 bp):
TTTTTTCGAGTTTCTTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
AATCCATTGTGGCTGAGATTTGGCTTGATGAATACAGATATTTTAAGGAGTCTTACGCCAAAAAT
CATGCAAAACTGAACCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACACG
ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAAGCTCTTCCTCAATTTTTTGCCCCAATATT
CAGAAAAAATATATAATTAAATTCCAAAAAAATTGAAGAGTTTTTCACGCTTCTGATATCGTTTT
TCAATT
Done.