Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01009869.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09890, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 10655
ACGTcount: A:0.30, C:0.18, G:0.19, T:0.34
Found at i:335 original size:29 final size:30
Alignment explanation
Indices: 280--342 Score: 76
Period size: 29 Copynumber: 2.1 Consensus size: 30
270 ATAAATTATA
**
280 TAATATAATTAAATAATTATATTTATAC-T
1 TAATATAATTAAATAATTATAAATATACAT
*
309 TAATA-AATTGAATAATTTATAAATATACAT
1 TAATATAATTAAATAA-TTATAAATATACAT
339 TAAT
1 TAAT
343 TAGAACTTGT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 3
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
28 9 0.31
29 15 0.52
30 5 0.17
ACGTcount: A:0.51, C:0.03, G:0.02, T:0.44
Consensus pattern (30 bp):
TAATATAATTAAATAATTATAAATATACAT
Found at i:472 original size:25 final size:26
Alignment explanation
Indices: 436--484 Score: 66
Period size: 26 Copynumber: 1.9 Consensus size: 26
426 TTAATGTTTA
436 AATTTTATTTTTA-TTAAAAAAATTT
1 AATTTTATTTTTATTTAAAAAAATTT
*
461 AATTATTA-TTTTATTTTAAAAAAT
1 AATT-TTATTTTTATTTAAAAAAAT
485 AAATATTGGC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 3
0.84 0.04 0.12
Matches are distributed among these distances:
25 9 0.43
26 12 0.57
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (26 bp):
AATTTTATTTTTATTTAAAAAAATTT
Found at i:1249 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 1230--1280 Score: 59
Period size: 16 Copynumber: 3.2 Consensus size: 16
1220 ATCATGACCA
1230 AATAACAAACTATAAT
1 AATAACAAACTATAAT
* *
1246 AATAA-TAACTATCAT
1 AATAACAAACTATAAT
* *
1261 AATAGCGAACTATAAT
1 AATAACAAACTATAAT
1277 AATA
1 AATA
1281 GCTGTTCAAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 5, Indels: 2
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
15 12 0.41
16 17 0.59
ACGTcount: A:0.57, C:0.12, G:0.04, T:0.27
Consensus pattern (16 bp):
AATAACAAACTATAAT
Found at i:5207 original size:35 final size:34
Alignment explanation
Indices: 5168--5752 Score: 610
Period size: 35 Copynumber: 16.8 Consensus size: 34
5158 CTTAATTACC
* * *
5168 CTTACATAATTACCATGAATTAAGTTACTTATTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGA
*
5203 CTTACTTAATTACCCTGGATTTAAGTTGATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCT-GAATTAAGTT-ATTACTGA
*
5239 CTCACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATT-AAGTT-ATTACTGA
*
5275 CTCACTTAATTACCCT-AATTAAGTTTATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAG-TTATTACTGA
*
5309 CTTACATAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
*
5344 CTCACTTAATTACCCTGAATTAAGGTTGATTAAC-GA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAA-GTT-ATT-ACTGA
*
5380 CTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAG-TTATTACTGA
*
5415 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTTA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
*
5450 -TTGACTTAATTACCTTGAATTAAAGTTGATTACTGA
1 CTT-ACTTAATTACCCTGAATT-AAGTT-ATTACTGA
* * *
5486 CTCACTCAATTACCCTGAATTAAGTTGGTTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
*
5521 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGGTTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
* * * * *
5556 CTTGCATAATTACCCTGAGTTAAGTTACTAACTAA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGA
* *
5591 CTCACTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTACTG-
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGA
*
5625 ---ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTAA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
* * * *
5657 ATTACTTAATTACCCTGAATTAAATTGATAAATGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGA
* * *
5692 ATTACTTAATTACTCT-AACTTAAGCTAATTACTGA
1 CTTACTTAATTACCCTGAA-TTAAG-TTATTACTGA
** *
5727 CCGACTTAATTACTCTGAATTAAGTT
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
5753 GCTTATTATG
Statistics
Matches: 477, Mismatches: 50, Indels: 47
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
31 27 0.06
32 1 0.00
34 36 0.08
35 284 0.60
36 125 0.26
37 4 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (34 bp):
CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTATTACTGA
Found at i:5299 original size:106 final size:105
Alignment explanation
Indices: 5174--5753 Score: 703
Period size: 106 Copynumber: 5.5 Consensus size: 105
5164 TACCCTTACA
* * *
5174 TAATTACCATGAATTAAGTTACTTATTGACTTACTTAATTACCCTGGATTTAAGTTGATTACTGA
1 TAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGACTTACTTAATTACCCT-GAATTAAGTTGATTACTGA
5239 CTCACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGATTACTGACTCACT
64 CTCACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGATTACTGACTCACT
* *
5281 TAATTACCCT-AATTAAGTTTATTACTGACTTACATAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGAC
1 TAATTACCCTGAATTAAG-TTATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAC
*
5345 TCACTTAATTACCCTGAATTAAGGTTGATTAAC-GACTCACT
65 TCACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGATT-ACTGACTCACT
* *
5386 TAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTTAT
1 TAATTACCCTGAATTAAG-TTATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAC
* *
5451 TGACTTAATTACCTTGAATTAAAGTTGATTACTGACTCACT
65 TCACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGATTACTGACTCACT
* * *
5492 CAATTACCCTGAATTAAGTTGGTTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGGTTACTGAC
1 TAATTACCCTGAATTAAGTT-ATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAC
** * * * *
5557 TTGCATAATTACCCTGAGTT-AAGTT-ACTAACTAACTCACT
65 TCACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGA-TTACTGACTCACT
* * * *
5597 TAATTACCCTGAATTAAGCTACTTACTG----ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTAAA
1 TAATTACCCTGAATTAAGTTA-TTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAC
* * * * *
5658 TTACTTAATTACCCTGAATTAAA-TTGATAAATGAATTACT
65 TCACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGATTACTGACTCACT
* * ** *
5698 TAATTACTCT-AACTTAAGCTAATTACTGACCGACTTAATTACTCTGAATTAAGTTG
1 TAATTACCCTGAA-TTAAG-TTATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTG
5754 CTTATTATGA
Statistics
Matches: 414, Mismatches: 44, Indels: 32
0.84 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
100 2 0.00
101 77 0.19
102 4 0.01
104 1 0.00
105 131 0.32
106 187 0.45
107 12 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (105 bp):
TAATTACCCTGAATTAAGTTATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACT
CACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGATTACTGACTCACT
Found at i:5345 original size:141 final size:140
Alignment explanation
Indices: 5168--5752 Score: 684
Period size: 141 Copynumber: 4.2 Consensus size: 140
5158 CTTAATTACC
* * * * * *
5168 CTTACATAATTACCATGAATTAAGTTACTTATTGACTTACTTAATTACCCTGGATTTAAGTTGAT
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGACTCACTTAATTACCCT-GAATTAAGTTGAT
*
5233 TACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAAGTTGATTACTGACTCACTTAATTACCCT-AATTAA
65 TACTGACTCACTTAATTACCCTGAATT-AAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAA
5297 GTTTATTACTGA
129 GTTTATTACTGA
*
5309 CTTACATAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGGTTGAT
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAA-GTTGAT
*
5374 TAAC-GACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTTATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAA
65 T-ACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAA
* *
5438 GTTGATTACTTA
129 GTTTATTACTGA
* * * *
5450 -TTGACTTAATTACCTTGAATTAAAGTTGATTACTGACTCACTCAATTACCCTGAATTAAGTTGG
1 CTT-ACTTAATTACCCTGAATT-AAGTTAATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA
* * * * *
5514 TTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGGTTACTGACTTGCATAATTACCCTGAGTTAA
64 TTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAA
* *
5579 G-TTACTAACTAA
129 GTTTA-TTACTGA
* * * *
5591 CTCACTTAATTACCCTGAATTAAGCTACTTACTG----ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATT
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT
* * * * * * * *
5652 ACTAAATTACTTAATTACCCTGAATTAAATTGATAAATGAATTACTTAATTACTCT-AACTTAAG
66 ACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAA-TTAAG
* *
5716 CTAATTACTGA
130 TTTATTACTGA
** *
5727 CCGACTTAATTACTCTGAATTAAGTT
1 CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTT
5753 GCTTATTATG
Statistics
Matches: 385, Mismatches: 49, Indels: 25
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
135 1 0.00
136 102 0.26
137 2 0.01
140 50 0.13
141 192 0.50
142 38 0.10
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.10, T:0.38
Consensus pattern (140 bp):
CTTACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATTACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATT
ACTGACTCACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGACTTACTTAATTACCCTGAATTAAGT
TTATTACTGA
Done.