Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01009871.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09892, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13322
ACGTcount: A:0.31, C:0.18, G:0.17, T:0.34
Found at i:13 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 2--35 Score: 59
Period size: 2 Copynumber: 17.0 Consensus size: 2
1 G
*
2 TA TA AA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
36 ATACACACAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 30 1.00
ACGTcount: A:0.53, C:0.00, G:0.00, T:0.47
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:3774 original size:36 final size:35
Alignment explanation
Indices: 3732--3827 Score: 99
Period size: 32 Copynumber: 2.8 Consensus size: 35
3722 TTCTGTTTAG
3732 ATTAAGTTCTTTATTGACTCCACTTAATGACCCTGA
1 ATTAAGTTCTTTATTGACT-CACTTAATGACCCTGA
* * *
3768 ATTAAGTTCCTTATT--CT-ACTTAATTATCCTGA
1 ATTAAGTTCTTTATTGACTCACTTAATGACCCTGA
** *
3800 ATTAAGCCCTTTATTGACGCTACTTAAT
1 ATTAAGTTCTTTATTGACTC-ACTTAAT
3828 TTCCTTCCCT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 7, Indels: 8
0.77 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
32 25 0.51
34 3 0.06
36 21 0.43
ACGTcount: A:0.28, C:0.21, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (35 bp):
ATTAAGTTCTTTATTGACTCACTTAATGACCCTGA
Found at i:3869 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 3820--4076 Score: 360
Period size: 41 Copynumber: 6.3 Consensus size: 41
3810 TTATTGACGC
*
3820 TACTTAATTTCCTTCCCTGAAATTAAGTATGTGC-TTATCTT
1 TACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTATGTGCTTTA-CTT
** *
3861 TA-TCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTATGCACATGT-CTT
1 TACT-TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTATGTGC-TTTACTT
* *
3902 TACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTT
1 TACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTATGTGCTTTACTT
* *
3943 TACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGC-TTACTT
1 TACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTATGTGCTTTACTT
*
3983 TACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTATGTGCTTTCCTT
1 TACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTATGTGCTTTACTT
* *
4024 TACTTAATTTCCCTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTT
1 TACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTATGTGCTTTACTT
4065 TACTTAATTTCC
1 TACTTAATTTCC
4077 ATGAATTAAG
Statistics
Matches: 195, Mismatches: 15, Indels: 12
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
40 41 0.21
41 153 0.78
43 1 0.01
ACGTcount: A:0.23, C:0.21, G:0.09, T:0.46
Consensus pattern (41 bp):
TACTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTATGTGCTTTACTT
Found at i:4026 original size:122 final size:123
Alignment explanation
Indices: 3824--4076 Score: 395
Period size: 122 Copynumber: 2.1 Consensus size: 123
3814 TGACGCTACT
3824 TAATTTCCTTCCCTGAAATTAAGTATGTGCTTATCTTTATCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGT
1 TAATTTCCTTCCCTGAAATTAAGTATGTGCTTATCTTTATCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGT
*
3889 ATGCACATGTCTTTACCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACC
66 ATGCACATGTCTTTACCTAATTTCCCTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACC
* *
3947 TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTA-CTTTA-CTTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAG
1 TAATTTCCTTCCCTGAAATTAAGTATGTGCTTATCTTTATC-TAATTTCCTTCCTTGAAATTAAG
** * * *
4010 TATGTGC-TTTCCTTTACTTAATTTCCCTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACT
65 TATGCACATGT-CTTTACCTAATTTCCCTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACC
4069 TAATTTCC
1 TAATTTCC
4077 ATGAATTAAG
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 8, Indels: 5
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
121 3 0.03
122 86 0.72
123 31 0.26
ACGTcount: A:0.23, C:0.21, G:0.09, T:0.46
Consensus pattern (123 bp):
TAATTTCCTTCCCTGAAATTAAGTATGTGCTTATCTTTATCTAATTTCCTTCCTTGAAATTAAGT
ATGCACATGTCTTTACCTAATTTCCCTCCTTGAAATTAAGTCTGTGCTTTACTTTACC
Found at i:4143 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 4063--4456 Score: 405
Period size: 37 Copynumber: 10.9 Consensus size: 37
4053 TGTGCTTTAC
* *
4063 TTTACTTAATTTCCATGAATTAAGTCC--TTGCTGCT
1 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTTACTGCT
*
4098 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCATTTTACTGCT
1 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTTACTGCT
* *
4135 TATACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTGACTGCT
1 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTTACTGCT
*
4172 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTGACTGCT
1 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTTACTGCT
*
4209 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGAT-CTTTAACTGCT
1 TTTACTTAATTACCATGAATTAAG-TCCTTTTACTGCT
* * *
4246 TTTACTTAATTTCCTTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
1 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTTACTGCT
* * * * *
4283 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCTTTGTCTGCTGTT
1 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTT-T-TACTGCT
* * * *
4322 TTTACTTAATTATCTTGAATTAA-ACCTTTT--TGAT
1 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTTACTGCT
* * * *
4356 TTTACTTAATTTCCTTGAATTAAGTCCCTTGA---C-
1 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTTACTGCT
* * * *
4389 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTGATTGCT
1 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTTACTGCT
* * * *
4426 TTTACATACTTTCCTTGAATTAAGT-CTTTTA
1 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTTA
4457 ACTGATTGTG
Statistics
Matches: 314, Mismatches: 33, Indels: 23
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
33 30 0.10
34 24 0.08
35 29 0.09
36 8 0.03
37 194 0.62
38 5 0.02
39 24 0.08
ACGTcount: A:0.26, C:0.18, G:0.09, T:0.47
Consensus pattern (37 bp):
TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTTACTGCT
Found at i:4192 original size:74 final size:74
Alignment explanation
Indices: 4063--4460 Score: 449
Period size: 74 Copynumber: 5.5 Consensus size: 74
4053 TGTGCTTTAC
*
4063 TTTACTTAATTTCCATGAATTAAGTCC-TTG-CTGCTTTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCAT
1 TTTACTTAATTTCCATGAATTAAGTCCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCT
*
4126 TTTACTGCT
66 TTGACTGCT
* *
4135 TATACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCT
1 TTTACTTAATTTCCATGAATTAAGTCCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCT
4200 TTGACTGCT
66 TTGACTGCT
* * * *
4209 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGAT-CTTTAACTGCTTTTACTTAATTTCCTTGAATTAAGTCC
1 TTTACTTAATTTCCATGAATTAAG-TCCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCC
*
4273 TTTAACTGCT
65 TTTGACTGCT
* * * * *
4283 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT-CTTTGTCTGCTGTTTTTACTTAATTATCTTGAATTAA-A
1 TTTACTTAATTTCCATGAATTAAGTCCTTTGACTGC---TTTTACTTAATTACCATGAATTAAGT
* *
4346 CCTTT--TTGAT
63 CCTTTGACTGCT
* * * *
4356 TTTACTTAATTTCCTTGAATTAAGTCCCTTGA---C-TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCT
1 TTTACTTAATTTCCATGAATTAAGTCCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCT
*
4417 TTGATTGCT
66 TTGACTGCT
* * * * *
4426 TTTACATACTTTCCTTGAATTAAGTCTTTTAACTG
1 TTTACTTAATTTCCATGAATTAAGTCCTTTGACTG
4461 ATTGTGTTTA
Statistics
Matches: 282, Mismatches: 31, Indels: 25
0.83 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
67 20 0.07
68 5 0.02
70 31 0.11
71 1 0.00
72 25 0.09
73 39 0.14
74 133 0.47
75 6 0.02
76 22 0.08
ACGTcount: A:0.26, C:0.18, G:0.10, T:0.47
Consensus pattern (74 bp):
TTTACTTAATTTCCATGAATTAAGTCCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCT
TTGACTGCT
Found at i:4231 original size:111 final size:110
Alignment explanation
Indices: 4063--4456 Score: 500
Period size: 111 Copynumber: 3.6 Consensus size: 110
4053 TGTGCTTTAC
4063 TTTACTTAATTTCCATGAATTAAGTCC-TTG-CTGCTTTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCAT
1 TTTACTTAATTTCCATGAATTAAGTCCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCATGAATTAAGTC-T
* * *
4126 TTTACTGCTTATACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTGACTGCT
65 TTTACTGCTTTTACTTAATTTCCTTGAATTAAGTCCTTTGACTGCT
*
4172 TTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCATGAATTAAGATCT
1 TTTACTTAATTTCCATGAATTAAGTCCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCATGAATTAAG-TCT
* *
4237 TTAACTGCTTTTACTTAATTTCCTTGAATTAAGTCCTTTAACTGCT
65 TTTACTGCTTTTACTTAATTTCCTTGAATTAAGTCCTTTGACTGCT
* * * * **
4283 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGT-CTTTGTCTGCTGTTTTTACTTAATTATCTTGAATTAAAC
1 TTTACTTAATTTCCATGAATTAAGTCCTTTGACTGC---TTTTACTTAATTACCATGAATTAAGT
* *
4347 CTTTT--TGATTTTACTTAATTTCCTTGAATTAAGTCCCTTGA---C-
63 CTTTTACTGCTTTTACTTAATTTCCTTGAATTAAGTCCTTTGACTGCT
* * * * * *
4389 TTTACTTAATTTCCCTGAATTAAGTCCTTTGATTGCTTTTACATACTTTCCTTGAATTAAGTCTT
1 TTTACTTAATTTCCATGAATTAAGTCCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCTT
4454 TTA
66 TTA
4457 ACTGATTGTG
Statistics
Matches: 252, Mismatches: 25, Indels: 20
0.85 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
104 25 0.10
106 25 0.10
107 9 0.04
109 26 0.10
110 45 0.18
111 94 0.37
112 6 0.02
113 22 0.09
ACGTcount: A:0.26, C:0.18, G:0.09, T:0.47
Consensus pattern (110 bp):
TTTACTTAATTTCCATGAATTAAGTCCTTTGACTGCTTTTACTTAATTACCATGAATTAAGTCTT
TTACTGCTTTTACTTAATTTCCTTGAATTAAGTCCTTTGACTGCT
Found at i:4511 original size:41 final size:42
Alignment explanation
Indices: 4465--4651 Score: 200
Period size: 41 Copynumber: 4.4 Consensus size: 42
4455 TAACTGATTG
*
4465 TGTTTACTTTTCTTAATTGCCCTGAATTAAGACTTTGACTTA
1 TGTTTACTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTGACTTA
*
4507 -GTTTACTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGATTTTGACTTCAA
1 TGTTTACTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTGACTT--A
* ** *
4550 TTGTGCTTGCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGCACTTCAAC-TG
1 -TGT--TTACTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAG-ACTTTGACTTA
** *
4595 TGCATGCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTGAC-TA
1 TGTTTACTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTGACTTA
* *
4636 CGTTTTCTTTTCTTAA
1 TGTTTACTTTTCTTAA
4652 CTTTCTTATT
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 16, Indels: 15
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
41 57 0.47
42 27 0.22
43 1 0.01
44 2 0.02
45 2 0.02
47 28 0.23
48 5 0.04
ACGTcount: A:0.24, C:0.19, G:0.11, T:0.46
Consensus pattern (42 bp):
TGTTTACTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTTGACTTA
Found at i:4603 original size:42 final size:41
Alignment explanation
Indices: 4471--4629 Score: 176
Period size: 42 Copynumber: 3.7 Consensus size: 41
4461 ATTGTGTTTA
* ** * *
4471 CTTTTCTTAATTGCCCTGAATTAAGACTTTGACT-TAGTTTA
1 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTCAACTGT-GCTTG
*
4512 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGATTTTGACTTCAATTGTGCTTG
1 CTTTTCTTAATTACCCTGAATT-A-A----GACTTCAACTGTGCTTG
*
4559 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGCACTTCAACTGTGCATG
1 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAG-ACTTCAACTGTGCTTG
4601 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTT
1 CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTT
4630 TGACTACGTT
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 8, Indels: 16
0.81 0.06 0.13
Matches are distributed among these distances:
41 26 0.25
42 40 0.39
43 1 0.01
45 1 0.01
46 1 0.01
47 32 0.31
48 1 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.19, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (41 bp):
CTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTCAACTGTGCTTG
Found at i:4632 original size:89 final size:88
Alignment explanation
Indices: 4461--4634 Score: 242
Period size: 89 Copynumber: 2.0 Consensus size: 88
4451 CTTTTAACTG
* * ** **
4461 ATTGTGTTTACTTTTCTTAATTGCCCTGAATTAAGACTTTGACTTAGTTTACTTTTCTTAATTAC
1 ATTGTGCTTACTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTCAACTTAGCATACTTTTCTTAATTAC
*
4526 CCTGAATTAAGATTTTGACTTCA
66 CCTGAATTAAGACTTTGACTTCA
* *
4549 ATTGTGCTTGCTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGCACTTCAACTGT-GCATGCTTTTCTTAATT
1 ATTGTGCTTACTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAG-ACTTCAACT-TAGCATACTTTTCTTAATT
4613 ACCCTGAATTAAGACTTTGACT
64 ACCCTGAATTAAGACTTTGACT
4635 ACGTTTTCTT
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 9, Indels: 3
0.86 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
88 32 0.43
89 42 0.56
90 1 0.01
ACGTcount: A:0.25, C:0.18, G:0.12, T:0.45
Consensus pattern (88 bp):
ATTGTGCTTACTTTTCTTAATTACCCTGAATTAAGACTTCAACTTAGCATACTTTTCTTAATTAC
CCTGAATTAAGACTTTGACTTCA
Found at i:8961 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 8939--8972 Score: 59
Period size: 17 Copynumber: 2.0 Consensus size: 17
8929 AATTAATAGA
*
8939 TATATATATGTATATAT
1 TATATATATATATATAT
8956 TATATATATATATATAT
1 TATATATATATATATAT
8973 ATTTGAGAAC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
17 16 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.03, T:0.53
Consensus pattern (17 bp):
TATATATATATATATAT
Found at i:8962 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 8938--8975 Score: 67
Period size: 19 Copynumber: 2.0 Consensus size: 19
8928 AAATTAATAG
*
8938 ATATATATATGTATATATT
1 ATATATATATATATATATT
8957 ATATATATATATATATATT
1 ATATATATATATATATATT
8976 TGAGAACAAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 18 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.03, T:0.53
Consensus pattern (19 bp):
ATATATATATATATATATT
Found at i:8993 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 8938--8974 Score: 58
Period size: 2 Copynumber: 19.0 Consensus size: 2
8928 AAATTAATAG
*
8938 AT AT AT AT AT GT AT AT AT -T AT AT AT AT AT AT AT AT AT
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
8975 TTGAGAACAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 2
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.03
2 31 0.97
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.03, T:0.51
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:9790 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 9769--9810 Score: 66
Period size: 16 Copynumber: 2.6 Consensus size: 16
9759 CAGAAGAGGG
9769 AAGAGAAAAGAGTGAA
1 AAGAGAAAAGAGTGAA
*
9785 AAGAGAAATGAGTGAA
1 AAGAGAAAAGAGTGAA
9801 AATGAGAAAA
1 AA-GAGAAAA
9811 AAATAAAACC
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
16 17 0.74
17 6 0.26
ACGTcount: A:0.62, C:0.00, G:0.29, T:0.10
Consensus pattern (16 bp):
AAGAGAAAAGAGTGAA
Found at i:11019 original size:28 final size:26
Alignment explanation
Indices: 10959--11020 Score: 72
Period size: 26 Copynumber: 2.3 Consensus size: 26
10949 CAAGGCGTCA
*
10959 TCCC-TCTTGATGGAGAACGACAATT
1 TCCCTTCTTGATGGAGAACGACAAAT
**
10984 TCCCTTCTTGATGGACGATGGACAAAT
1 TCCCTTCTTGATGGA-GAACGACAAAT
11011 TCTCCTTCTT
1 TC-CCTTCTT
11021 CATATCGCAC
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 3, Indels: 3
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
25 4 0.13
26 10 0.32
27 10 0.32
28 7 0.23
ACGTcount: A:0.23, C:0.26, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (26 bp):
TCCCTTCTTGATGGAGAACGACAAAT
Done.