Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01009896.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09917, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4082
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.13, T:0.39
Found at i:1611 original size:11 final size:12
Alignment explanation
Indices: 1566--1613 Score: 50
Period size: 11 Copynumber: 4.2 Consensus size: 12
1556 AAAAACAGTC
1566 AATTGATATATAT
1 AATT-ATATATAT
1579 -A-TATATATAT
1 AATTATATATAT
*
1589 -ATTATATTTAT
1 AATTATATATAT
1600 AATTA-ATATAT
1 AATTATATATAT
1611 AAT
1 AAT
1614 ATTGCTACAA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 2, Indels: 6
0.79 0.05 0.15
Matches are distributed among these distances:
10 9 0.29
11 17 0.55
12 5 0.16
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.02, T:0.50
Consensus pattern (12 bp):
AATTATATATAT
Found at i:3735 original size:197 final size:197
Alignment explanation
Indices: 3108--4078 Score: 1019
Period size: 197 Copynumber: 4.9 Consensus size: 197
3098 TTGGTACAAA
* * *
3108 AACTTCTTAACCCGCTTATAGTGTCCAAATTTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATTCTATA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAA-TC--T-
* * * *
3173 TATAAGAAAATTTATACAATACACCGTTAGTGGAGTTTAGTAGACTGCACGTGCGGAGTTTAACT
62 TATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAG-TTAGCAGACTGCACGTGCGG-G-GT---T
* * *
3238 TAAGGGTT-ACATGTGTACCCTTAGGGAATATATATTAATATTAA-A--TATTTAATTATGAAAT
121 TAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAATATTTAATTAATTATGAAAT
*
3299 GGGGTATGTGTC
186 GAGGTATGTGTC
* *
3311 AACTTCTTAACCCGATTATGGAGTCCAAAATTTACACTGATAGTGTATTGTATAATAATCTTATA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCTTATA
* * * * * * * * * * ** *
3376 AGAAAAATTATACAGTTC-CCGTTAGTGAATTTTAGCAGAATCCATGTACAGTATTTAAAGGTTG
66 AGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGA-GTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTG
* * *
3440 ACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATCAAATATTTAATTAATTATGAAATGCGGTGTG
130 ACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATAT-TAATATTTAATTAATTATGAAATGAGGTATG
3505 TGTC
194 TGTC
* * * * *
3509 AACTTCTTAACACACCTATGGAGTCCAAAATTTATACTAACAGTGTATTGTATAATAATCTTATA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCTTATA
* * * * *
3574 AGAAAAATTA-AGCAATACACTGTCAATGGAG-TAGCAGACTGCACATGCGGGGTTCAGGGGTTG
66 AGAAAAATTATA-CAATACACCGTCAGTGGAGTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTG
3637 ACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAATATTTAATTAATTATGAAATGAGGTATGT
130 ACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAATATTTAATTAATTATGAAATGAGGTATGT
3702 GTC
195 GTC
* * *
3705 AACTTTTTAACCCGCTTATGGAAATCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCATAT
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGG-AGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCTTAT
* *
3770 -A-AAATATTATATAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTT
65 AAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAG-TTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTT
* * * * * *
3833 GATATGTGTTCCCTTAGGGAATATATGTGTTAATATTTTATATTTTAATTAATTGTGGAAT-AGG
129 GACATGTGTCCCCTTAGGG-A-ATATGTATTAATA-TTAATA-TTTAATTAATTATGAAATGA-G
*
3897 GTATTTGTC
189 GTATGTGTC
* * * *
3906 AACTTTTTAACCCGCTTAT-GATGTCCAAAATTTATACTAACGGTGTA-TGTA-ACAT-A---TA
1 AACTTCTTAACCCGCTTATGGA-GTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATA-ATAATCTTA
* * *
3964 -AA-AAAAATTATACAATGCACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGAGGTTTAAGGGT
64 TAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAG-TTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGT
** * * *
4027 TGACATGTGTTTCGTTAGGGAATATGTATTATTATTAAT-TTATATTTAATTA
128 TGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAATATT-TAATTAATTA
4079 ATTA
Statistics
Matches: 655, Mismatches: 92, Indels: 54
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
190 2 0.00
191 8 0.01
192 4 0.01
193 19 0.03
194 32 0.05
195 101 0.15
196 53 0.08
197 139 0.21
198 124 0.19
199 45 0.07
200 29 0.04
201 44 0.07
202 2 0.00
203 53 0.08
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (197 bp):
AACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCTTATA
AGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTAGCAGACTGCACGTGCGGGGTTTAAGGGTTGA
CATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAATATTAATATTTAATTAATTATGAAATGAGGTATGTG
TC
Done.