Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01009897.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09918, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8776
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.16, T:0.35
Found at i:756 original size:199 final size:198
Alignment explanation
Indices: 4--1436 Score: 1928
Period size: 199 Copynumber: 7.2 Consensus size: 198
1 TCC
* *
4 AAAATTTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCATAT-AAAATATTATATAATACACCGTCAG
1 AAAA-TTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCATATAAAAAAATTATACAATACACCGTCAG
* * *
68 TGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGC-GGGTTTAAGGGTTGATATGTGTTCCCTTAGGGAATATATG
65 TGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGG-A-ATATG
* * * * *
132 TGTTAATATTTTATATTTTAATTAATTGTGGAATAGGGTATTTGTCAACTTTTTAACCCGCTTAT
128 TATTAATATTTTATA-TTTAATTAATTATGAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTAT
*
197 -GATGTCC
192 GGA-GTCT
* * * * * *
204 AAAATTTATACTAACGGTGTATTGTA-AGTAACCATATAAAAAAAATTATACAATGCACCGTCAG
1 AAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCATAT-AAAAAAATTATACAATACACCGTCAG
* **
268 TGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGAGGTTTAAGGGTTGACATGTGTTTCCTTAGGGAATATGTA
65 TGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTA
* * *
333 TTATTATTAATTTATATTTAATTAATTACGAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCACTTAT
130 TTA--A-TATTTTATATTTAATTAATTATGAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTAT
398 GGAGT-T
192 GGAGTCT
* * * *
404 CAAGATTTACATTGACAGTGTATTGTATAATAATCCA-ATAAAAAAAATACATACAATACACCAT
1 -AAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAAT-CATAT-AAAAAAAT-TATACAATACACCGT
* * * ** * *
468 CAGTGGATTTTAGCTGACTGCACGTGCATGGTTTAAGCGTTGACATGTGTCCCCTTAAGGAATAT
62 CAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATAT
** * * *
533 GTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCACATAT
127 GTATTAATATTTTATATTTAATTAATTATGAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTAT
598 GGAGTCT
192 GGAGTCT
* * * *
605 AAAATTTACATTGATAGTATATTGTATAATAATCATATAAAAATAATTATACAATACACCATCAG
1 AAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCATATAAAAA-AATTATACAATACACCGTCAG
* * * *
670 TGGAGTTTAGCAGACTGCACGCACGGGGTTTAAGAGTTGACATGTGCCCCCTTAGGGAGTATGTA
65 TGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTA
* *
735 TTAATATTTTATATTTAATTAATTATGAATTAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGAA
130 TTAATATTTTATATTTAATTAATTATGAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGA
*
800 GTCC
195 GTCT
* *
804 AAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCATATTAAAAGAATTATACAATACACGGTCAG
1 AAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCATA-TAAAAAAATTATACAATACACCGTCAG
869 TGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTA
65 TGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTA
*
934 TTAATATTTTGTATTTAATTAATTATGAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTAT-GA
130 TTAATATTTTATATTTAATTAATTATGAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGA
*
998 TGTCC
195 -GTCT
* * *
1003 AAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATATTCATATAAAAAAATTATGCAATACACCGTCAAT
1 AAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCATATAAAAAAATTATACAATACACCGTCAGT
* * * * *
1068 GGAGTTTAGCAAACTACACGCACGCACGTGGTTTAAGGGTTAACATGTGTCCCCTTAAGGAATAT
66 GGAGTTTAGCAGACT----GCACGCGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATAT
* * *
1133 GTATTAATATTTTATATTTAATTAATTATGAATTAGAGCATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTAT
127 GTATTAATATTTTATATTTAATTAATTATGAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTAT
1198 GGAGTCT
192 GGAGTCT
* * *
1205 AAGATTTACACTTACAGTGTATTGTATAATAATCATATAAAAAAATTATACAATACACCGTTAGT
1 AAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCATATAAAAAAATTATACAATACACCGTCAGT
* *
1270 GGAGTTTAGCAGACTACACGCACGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTAT
66 GGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTAT
***
1335 TAATATCAAATATTTAATTAATTATGAAAT-GAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGA
131 TAATATTTTATATTTAATTAATTATGAAATAG-GGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGA
1399 GTCT
195 GTCT
* * * *
1403 AAGATTTACACAGACAATATATTGTATAATAATC
1 AAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATC
1437 CTTATTTTAA
Statistics
Matches: 1094, Mismatches: 117, Indels: 46
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
197 1 0.00
198 184 0.17
199 382 0.35
200 147 0.13
201 98 0.09
202 204 0.19
203 78 0.07
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (198 bp):
AAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCATATAAAAAAATTATACAATACACCGTCAGT
GGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTAT
TAATATTTTATATTTAATTAATTATGAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAG
TCT
Found at i:1152 original size:600 final size:599
Alignment explanation
Indices: 4--1436 Score: 2019
Period size: 600 Copynumber: 2.4 Consensus size: 599
1 TCC
* *
4 AAAATTTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCATAT-AAAAT-ATTATATAATACACCGTCA
1 AAAA-TTTACATTGACAGTGTATTGTATAATAATCATATAAAAATAATTATACAATACACCGTCA
** * *
67 GTGGAGTTTAGCAGACTGCACGTGC-GGGTTTAAGGGTTGATATGTGTTCCCTTAGGGAATATAT
65 GTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCACGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGG-A-ATAT
* * * *
131 GTGTTAATATTTTATATTTTAATTAATTGTGGAATAGGGTATTTGTCAACTTTTTAACCCGCTTA
128 GTATTAATATTTTATA-TTTAATTAATTAT-GAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTA
* * * * * * *
196 TGATGTCCAAAATTTATACTAACGGTGTATTGTA-AGTAACCATATAAAAAAAATTATACAATGC
191 TGAAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCATATAAAAAAAATTATACAATAC
**
260 ACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGAGGTTTAAGGGTTGACATGTGTTTCCTTAGGG
256 ACCGTCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGAGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGG
325 AATATGTATTATTATTAATTTATATTTAATTAATTACGAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAAC
321 AATATGTATTA-TATTAATTTATATTTAATTAATTACGAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAAC
* * *
390 CCACTTATGGAGTTCAAGATTTACATTGACAGTGTATTGTATAATAATCCAATAAAAAAAATACA
385 CCACTTATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCAATAAAAAAAATACA
* * ** * * *
455 TACAATACACCATCAGTGGATTTTAGCTGACTGCACGTGCATGGTTTAAGCGTTGACATGTGTCC
450 TACAATACACCATCAATGGAGTTTAGCAAACTACACGCGCATGGTTTAAGCGTTAACATGTGTCC
* * *
520 CCTTAAGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTC
515 CCTTAAGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATAGAGCATGTGTCAACTTC
585 TTAACCCACATATGGAGTCT
580 TTAACCCACATATGGAGTCT
* * *
605 AAAATTTACATTGATAGTATATTGTATAATAATCATATAAAAATAATTATACAATACACCATCAG
1 AAAATTTACATTGACAGTGTATTGTATAATAATCATATAAAAATAATTATACAATACACCGTCAG
* * *
670 TGGAGTTTAGCAGACTGCACGCACGGGGTTTAAGAGTTGACATGTGCCCCCTTAGGGAGTATGTA
66 TGGAGTTTAGCAGACTGCACGCACGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTA
735 TTAATATTTTATATTTAATTAATTATGAATTAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGAA
131 TTAATATTTTATATTTAATTAATTATGAA-TAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGAA
* * *
800 GTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCATATTAAAAGAATTATACAATACACGG
195 GTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCATATAAAAAAAATTATACAATACACCG
*
865 TCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATA
260 TCAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGAGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATA
* * * *
930 TGTATTA-A-TATTTTGTATTTAATTAATTATGAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCT
325 TGTATTATATTAATTTATATTTAATTAATTACGAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCACT
* * *
993 TAT-GATGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAAT-ATTC-ATATAAAAAAAT-TATGC
390 TATGGA-GTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCAATA-AAAAAAATACATAC
* *
1054 AATACACCGTCAATGGAGTTTAGCAAACTACACGCACGCACGTGGTTTAAGGGTTAACATGTGTC
453 AATACACCATCAATGGAGTTTAGCAAACTACACG--CGCA--TGGTTTAAGCGTTAACATGTGTC
** *
1119 CCCTTAAGGAATATGTATTAATATTTTATATTTAATTAATTATGAATTAGAGCATGTGTCAACTT
514 CCCTTAAGGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATAGAGCATGTGTCAACTT
* *
1184 CTTAACCCGCTTATGGAGTCT
579 CTTAACCCACATATGGAGTCT
* *
1205 AAGATTTACACTT-ACAGTGTATTGTATAATAATCATATAAAAA-AATTATACAATACACCGTTA
1 AAAATTTACA-TTGACAGTGTATTGTATAATAATCATATAAAAATAATTATACAATACACCGTCA
*
1268 GTGGAGTTTAGCAGACTACACGCACGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGT
65 GTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCACGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGT
***
1333 ATTAATATCAAATATTTAATTAATTATGAA-ATGAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATG
130 ATTAATATTTTATATTTAATTAATTATGAATA-G-GGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATG
* * * * * *
1397 GAGTCTAAGATTTACACAGACAATATATTGTATAATAATC
193 AAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATC
1437 CTTATTTTAA
Statistics
Matches: 744, Mismatches: 74, Indels: 30
0.88 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
596 34 0.05
597 14 0.02
598 89 0.12
599 174 0.23
600 238 0.32
601 126 0.17
602 41 0.06
603 28 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (599 bp):
AAAATTTACATTGACAGTGTATTGTATAATAATCATATAAAAATAATTATACAATACACCGTCAG
TGGAGTTTAGCAGACTGCACGCACGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTA
TTAATATTTTATATTTAATTAATTATGAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGAAG
TCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCATATAAAAAAAATTATACAATACACCGT
CAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGAGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATAT
GTATTATATTAATTTATATTTAATTAATTACGAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCACTT
ATGGAGTCCAAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCCAATAAAAAAAATACATACAAT
ACACCATCAATGGAGTTTAGCAAACTACACGCGCATGGTTTAAGCGTTAACATGTGTCCCCTTAA
GGAATATGTATTAATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATAGAGCATGTGTCAACTTCTTAACC
CACATATGGAGTCT
Found at i:1428 original size:400 final size:396
Alignment explanation
Indices: 9--1436 Score: 1938
Period size: 401 Copynumber: 3.6 Consensus size: 396
1 TCCAAAAT
* *
9 TTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCATAT-AAAATATTATATAATACACCGTCAGTGGAG
1 TTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCATATAAAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAG
* * * *
73 TTTAGCAGACTGCACGTGC-GGGTTTAAGGGTTGATATGTGTTCCCTTAGGGAATATATGTGTTA
66 TTTAGCAGACTGCACGCGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGG-A-ATATGTATTA
** * * * *
137 ATATTTTATATTTTAATTAATTGTGGAATAGGGTATTTGTCAACTTTTTAACCCGCTTATGATGT
129 ATATTAAATA-TTTAATTAATTATGAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGATGT
* * * * * *
202 CCAAAATTTATACTA-ACGGTGTATTGTA-AGTAACCATATAAAAAAAATTATACAATGCACCGT
193 CCAAAATTTACAC-AGACAGTATATTGTATAATAATCATAT-AAAAAAATTATACAATACACCGT
* **
265 CAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGAGGTTTAAGGGTTGACATGTGTTTCCTTAGGGAATAT
256 CAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCACGAGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATAT
* * * *
330 GTATTATTATTAATTTATATTTAATTAATTACGAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCACT
321 GTATTA--A-TATTTTATATTTAATTAATTATGAATTAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCT
395 TATGGAGT-TCAAGA
383 TATGGAGTCT-AAGA
* * *
409 TTTACATTGACAGTGTATTGTATAATAATCCA-ATAAAAAAAATACATACAATACACCATCAGTG
1 TTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAAT-CATAT-AAAAAAAT-TATACAATACACCGTCAGTG
* * * ** * *
473 GATTTTAGCTGACTGCACGTGCATGGTTTAAGCGTTGACATGTGTCCCCTTAAGGAATATGTATT
63 GAGTTTAGCAGACTGCACGCGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATT
* * *
538 AATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATGGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCACATATGGA-G
128 AATATTAAATATTTAATTAATTATGAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTAT-GATG
* ** * *
602 TCTAAAATTTACATTGATAGTATATTGTATAATAATCATATAAAAATAATTATACAATACACCAT
192 TCCAAAATTTACACAGACAGTATATTGTATAATAATCATATAAAAA-AATTATACAATACACCGT
* * * *
667 CAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCACGGGGTTTAAGAGTTGACATGTGCCCCCTTAGGGAGTAT
256 CAGTGGAGTTTAGCAGACTGCACGCACGAGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATAT
732 GTATTAATATTTTATATTTAATTAATTATGAATTAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTAT
321 GTATTAATATTTTATATTTAATTAATTATGAATTAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTAT
* * *
797 GAAGTCCAAAA
386 GGAGTCTAAGA
* *
808 TTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCATATTAAAAGAATTATACAATACACGGTCAGTGGA
1 TTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCATA-TAAAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGA
873 GTTTAGCAGACTGCACGCGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAA
65 GTTTAGCAGACTGCACGCGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAA
***
938 TATTTTGTATTTAATTAATTATGAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGATGTCC
130 TATTAAATATTTAATTAATTATGAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGATGTCC
* * * * *
1003 AAAATTTACACTGACAGTGTATTGTATAATATTCATATAAAAAAATTATGCAATACACCGTCAAT
195 AAAATTTACACAGACAGTATATTGTATAATAATCATATAAAAAAATTATACAATACACCGTCAGT
* * * *
1068 GGAGTTTAGCAAACTACACGCACGCACGTGGTTTAAGGGTTAACATGTGTCCCCTTAAGGAATAT
260 GGAGTTTAGCAGACT----GCACGCACGAGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATAT
* *
1133 GTATTAATATTTTATATTTAATTAATTATGAATTAGAGCATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTAT
321 GTATTAATATTTTATATTTAATTAATTATGAATTAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTAT
1198 GGAGTCTAAGA
386 GGAGTCTAAGA
* *
1209 TTTACACTTACAGTGTATTGTATAATAATCATATAAAAAAATTATACAATACACCGTTAGTGGAG
1 TTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCATATAAAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAG
* *
1274 TTTAGCAGACTACACGCACGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAAT
66 TTTAGCAGACTGCACGCGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAAT
*
1339 ATCAAATATTTAATTAATTATGAAAT-GAGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGA-GTC
131 ATTAAATATTTAATTAATTATGAAATAG-GGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTAT-GATGTC
* * *
1402 TAAGATTTACACAGACAATATATTGTATAATAATC
194 CAAAATTTACACAGACAGTATATTGTATAATAATC
1437 CTTATTTTAA
Statistics
Matches: 908, Mismatches: 101, Indels: 38
0.87 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
397 35 0.04
398 173 0.19
399 98 0.11
400 207 0.23
401 216 0.24
402 114 0.13
403 38 0.04
404 27 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (396 bp):
TTTACACTGACAGTGTATTGTATAATAATCATATAAAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAG
TTTAGCAGACTGCACGCGCGGGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATTAAT
ATTAAATATTTAATTAATTATGAAATAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGATGTCCA
AAATTTACACAGACAGTATATTGTATAATAATCATATAAAAAAATTATACAATACACCGTCAGTG
GAGTTTAGCAGACTGCACGCACGAGGTTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTAGGGAATATGTATT
AATATTTTATATTTAATTAATTATGAATTAGGGTATGTGTCAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGT
CTAAGA
Found at i:3513 original size:1 final size:1
Alignment explanation
Indices: 3507--3533 Score: 54
Period size: 1 Copynumber: 27.0 Consensus size: 1
3497 CGGCTCAAGG
3507 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
1 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
3534 GGCATCGGGC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
1 26 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.00, G:0.00, T:1.00
Consensus pattern (1 bp):
T
Found at i:3834 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 3809--3851 Score: 86
Period size: 20 Copynumber: 2.1 Consensus size: 20
3799 ATAAATAAAT
3809 ACTATAAACTATTTAAATCA
1 ACTATAAACTATTTAAATCA
3829 ACTATAAACTATTTAAATCA
1 ACTATAAACTATTTAAATCA
3849 ACT
1 ACT
3852 CATCGTTGGT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 23 1.00
ACGTcount: A:0.49, C:0.16, G:0.00, T:0.35
Consensus pattern (20 bp):
ACTATAAACTATTTAAATCA
Found at i:5881 original size:32 final size:33
Alignment explanation
Indices: 5814--5895 Score: 123
Period size: 32 Copynumber: 2.5 Consensus size: 33
5804 TTTGCCACCT
*
5814 AAAACTATATTCAAGAATTTTATTGCCAAAAAA
1 AAAACTATATTCAAGAATTTTAGTGCCAAAAAA
*
5847 AAAACTATATTCAAGAA-TTT-GTGCCCAAAGAA
1 AAAACTATATTCAAGAATTTTAGTG-CCAAAAAA
5879 AAAACTATATTCAAGAA
1 AAAACTATATTCAAGAA
5896 AATTTGCCTC
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 2, Indels: 3
0.90 0.04 0.06
Matches are distributed among these distances:
31 2 0.04
32 27 0.59
33 17 0.37
ACGTcount: A:0.51, C:0.13, G:0.09, T:0.27
Consensus pattern (33 bp):
AAAACTATATTCAAGAATTTTAGTGCCAAAAAA
Found at i:6083 original size:28 final size:30
Alignment explanation
Indices: 6031--6086 Score: 80
Period size: 30 Copynumber: 1.9 Consensus size: 30
6021 AAATAGATTA
*
6031 GGGATCAATATGTATAATAGATAATTTTAT
1 GGGATCAATATATATAATAGATAATTTTAT
*
6061 GGGATCAATATATA-AATA-TTAATTTT
1 GGGATCAATATATATAATAGATAATTTT
6087 TTTATAATTA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 2
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
28 7 0.29
29 4 0.17
30 13 0.54
ACGTcount: A:0.41, C:0.04, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (30 bp):
GGGATCAATATATATAATAGATAATTTTAT
Found at i:8719 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 8714--8751 Score: 60
Period size: 2 Copynumber: 19.5 Consensus size: 2
8704 TAAAAAAAAA
*
8714 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A- AT AA AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
8752 AAATAAGTAC
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 2, Indels: 2
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.03
2 32 0.97
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (2 bp):
AT
Done.