Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01009929.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09950, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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* *
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1 GGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGGTC
* * * * * *
66 AATTTTTGCAAAA-TTTAACCGAAATCATGTACTAACTATCGCGGTTATTGGCTAAAAACGC-AT
66 AAGTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT
*** * * * * * * * * *
129 TAAAGGCCCCGATACAATTATGCATGATTCTTGGCTCCAAGACTCCTTGAAATAACTATAATCAT
131 TCGGGGCCCGGCT-CAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAATTATCTATATTCAT
* * *
194 CTAACTAATTCTCAGTCACATTGGAATTAA-GAATTTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTT
195 CTAACCAATTCT-AGTCACATTGGATTTAAGGAA-TTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTC
* * *
258 GATTGAATTAAAAATTAATTCAAAAAAATAATAAAATGATATTAGAAGCTTGAAAAGCTCTTCAA
258 GATTTAATTAAAAATTAATTCAAAAAAATAAGAAAATGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTCAA
*
323 TATTTTA
323 TATTTTT
* * * * *
330 GGTGTTAAATTATATATTTTTAATGAATGTTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAATATTTTTTGGGTC
1 GGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGGTC
* *
395 AAGTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAATCATCACGATTTTTTTGGCTAAAAACGCG
66 AAGTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACG--GTTTTTGGCTAAAAACGCG
** * * *
460 TTTCGGGGCTCCAACTCAATTTTTCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
129 TTTCGGGGC-CCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAATTATCTATATTC
* *
525 ATTTAACCAATTCTAAGTCACATTGGATTTAAGGAATTCATTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTT
193 ATCTAACCAATTCT-AGTCACATTGGATTTAAGGAATTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTT
* *
590 CGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAATAAGAAAATTATATAAGAAGCTTGAAAAACTCTTC
257 CGATTTAATTAAAAATTAATTCA-AAAAAATAAGAAAATGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTC
655 AATATTTTT
321 AATATTTTT
*
664 GGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAATATTTTTCGGGTC
1 GGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGGTC
* *
729 AATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTT
66 AAGTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT
* * * *
794 TCGGGGCCCTGGCTTAATTTTGCATGATTTTTGGCGCTGAGCAAT-CTTTAATTATCTATATTCA
131 TCGGGGCCC-GGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAG-ACTCCTTGAATTATCTATATTCA
* *
858 TCTAACCAAATTGTAGTCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTT
194 TCTAACC-AATTCTAGTCACATTGGATTTAAGGAATTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTA-TTT
* * * *
923 C-ATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAAAGGATATTAGAACCGTGAAAAACTCTT
257 CGATTTAATTAAAAATTAATTCA-AAAAAATAAG-AAAATGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTT
987 CAATATTTTT
320 CAATATTTTT
* ** * * **
997 GGTGCTAAATTATAGAGCTTTTATGTGTGTTGTGGCAAAAAAATACAGGAAAATATTTTTCGGGT
1 GGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTGTTGTGGC-CAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGGT
* * *
1062 CAATTTTTGCAAAACTTTAGCCGAAATCATATACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGT
65 CAAGTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGT
* * * *
1127 CTT-GGGGCCCGGGTCAATTTTGCACGATTTTTGGCGCCGAGACACCTTCAATTATCTATATTCA
130 -TTCGGGGCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAATTATCTATATTCA
* *
1191 TCTAACCAATTCTTAGTCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTTAATCTTATTTC
194 TCTAACCAATTC-TAGTCACATTGGATTTAAGGAATTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTC
* * *
1256 GATTTAATTAAAAATTGATTCCGAAAAAAATAAGAAAATTATATTAGAAGTTTGAAAAACTCTTC
258 GATTTAATTAAAAATTAATT-C-AAAAAAATAAGAAAATGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTC
**
1321 AATAGATTT
321 AATATTTTT
** *
1330 GGTCATAAATTATAGATTTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAATATTTTTCGGGTC
1 GGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGGTC
* * * *
1395 AACTTTTGCCAAATTTTAGCCGAAATCATGAACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAATC-CGT
66 AAGTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAA-CGCGT
* * * * *
1459 TTCGGGGCCCCGGCTTAATTCTGCATGATTTGTCGCGCCGAGCCAT-CTTGAATTATCTATATTC
130 TTCGGGG-CCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGAC-TCCTTGAATTATCTATATTC
* * * *
1523 ATGTAACCAAATCGTAGTCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAACTTCTGAATCTTATTT
193 ATCTAACCAATTC-TAGTCACATTGGATTTAAGGAATTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTT
* * * *
1588 TGATTTAATTAAAAATTAATTCATAAAAATAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACTCTTC
257 CGATTTAATTAAAAATTAATTCAAAAAAATAAG-AAAATGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTC
*
1653 AATATTTTA
321 AATATTTTT
* *
1662 GGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTGTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGATC
1 GGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGGTC
* * * * *
1727 -AGTTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCATGTACTATCCATCGCGATTTTTGGCTAAAAACGCAT
66 AAG-TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGT
* * * * * * * * * *
1791 TATAGGGTCCCGACACAATTTTGCATGATTATTGGCTCCAAGACTCCTTGAAATAACTATAATCA
130 T-TCGGGGCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAATTATCTATATTCA
* *
1856 TCTAACCATTTCTCAGTCACATTGGATTTAA-GAATTTCTTTTTACGAACTTCTGAATCTTATTT
194 TCTAACCAATTCT-AGTCACATTGGATTTAAGGAA-TTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTT
** *
1920 TAATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAATAAGAAAATGATATTAGAAGGTTGAAAAACTCTTC
257 CGATTTAATTAAAAATTAATTCA-AAAAAATAAGAAAATGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTC
*
1985 GATATTTTT
321 AATATTTTT
* *
1994 GGTGTTAAATTATAGATTTTTAATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAATATTTTTCGGGTC
1 GGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGGTC
* * *
2059 AAGTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTATTAACCATCACGGTTTTTGGGTAAAAACGCTTT
66 AAGTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT
*** * * * * *
2124 TCGGGGCTCCAAATCAATTTTTCATGATTTATGGCACCGATACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
131 TCGGGGC-CCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAATTATCTATATTCAT
* *
2189 TTAACCAATTCTAAGTCACATTGGATTTAAGGAATTCATTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTCG
195 CTAACCAATTCT-AGTCACATTGGATTTAAGGAATTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTCG
* * * *
2254 A--T--TT---AATTCA--GAAAAAAAT-AGAAAATTATATAAGAAGCTTGAAAAACTCTTCAAT
259 ATTTAATTAAAAATTAATTCAAAAAAATAAGAAAATGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTCAAT
2309 ATTTTT
324 ATTTTT
* * *
2315 GGTGTTAAATTATTGATTTTTAATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGGTT
1 GGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGGTC
* *
2380 AATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGGGTT
66 AAGTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT
* * * * * *
2445 TCGGGGTCCCGGCTTAATATTT-CATGATTTTTGGCACCAAGCCAT-CTTGAATTTTCGATATTC
131 TCGGGG-CCCGGCTCAAT-TTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGAC-TCCTTGAATTATCTATATTC
* *
2508 ATCTAACCAAATCGTAGTCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTT
193 ATCTAACCAATTC-TAGTCACATTGGATTTAAGGAATTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTT
* * * *
2573 CGATTTAATTAAAAATTAATTCATAAAAATTAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACTCTTC
257 CGATTTAATTAAAAATTAATTCAAAAAAATAAG-AAAATGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTC
2638 AATATTTTT
321 AATATTTTT
* * * *
2647 GGTGATAAATTATAGATTTTTTATGATTGTTGTGGCCAAAAATTAAGGAAAATATTTTTTGGGTC
1 GGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGGTC
* * * * * *
2712 AAATTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCATGTATTAACCATCGCGATTTTTGGCTAAAAACGCATT
66 AAGTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT
* * * * * * * * * * *
2777 ACAGGGTCCCGACACAAATTTTGTATGATTCTTGGCTCCAAGACTCCTTGAAATAACTATAATCA
131 TC-GGGGCCCGGCTC-AATTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAATTATCTATATTCA
2842 TCTAACCAATTCTCAGTCACATTGGATTTAA-GAATTTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTT
194 TCTAACCAATTCT-AGTCACATTGGATTTAAGGAA-TTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTT
* * *
2906 TGATTTAATTAAAAATCAATTCAGAAAAAATAAGAAAATGATATTAGAAGGTTGAAAAACTCTTC
257 CGATTTAATTAAAAATTAATTCA-AAAAAATAAGAAAATGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTC
*
2971 GATATTTTT
321 AATATTTTT
* * *
2980 GGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGAGTTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAATATCTTTCGGGTC
1 GGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGGTC
*
3045 AAGTTTTGCAAACTTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGGCG
66 AAGTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGG-TTTTTGGCTAAAAAC-GCG
* * * * *
3110 TTTCGGGGCCTCGGCTCAATTTTTCATGATTTCTGGCACCGAGCCAT-CTTGAATTATCGATATT
129 TTTCGGGGCC-CGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGAC-TCCTTGAATTATCTATATT
* *
3174 CATCTAACCAAATCTAAGTCACATTGGATTTAAGGAATTCATTTTACGAGCTTCTGAATCTTATT
192 CATCTAACCAATTCT-AGTCACATTGGATTTAAGGAATTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATT
*
3239 TCGATTTAATTAAAAATCAATTCAGAAAAAAATAAGAAAATGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCT
256 TCGATTTAATTAAAAATTAATTC--AAAAAAATAAGAAAATGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCT
3304 TCAATATTTTT
319 TCAATATTTTT
* * * *
3315 GGTGTTGATTTATAGATTTTTTATGAGTGTTATGGCCAAAAATTGTGGAAAATATTTTTCGGGTC
1 GGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGGTC
* * *
3380 AA-TTTATGCAAAAGTTTAGCCTAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGT
66 AAGTTT-TGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGT
* *
3444 TTCGGGGCCTCGGCTTAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGTCAT-CTTGAATTATCTATATTC
130 TTCGGGGCC-CGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGAC-TCCTTGAATTATCTATATTC
* * *
3508 ATCTAACCAAATCGTAGTCACACTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTT
193 ATCTAACCAATTC-TAGTCACATTGGATTTAAGGAATTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTT
* * * * * *
3573 TGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAATAAGAAAAAGATACTAGAAGGTTGAAAAACTTTTCA
257 CGATTTAATTAAAAATTAATTCAAAAAAATAAGAAAATGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTCA
3638 AT-TATTTT
322 ATAT-TTTT
* * * **
3646 GGTGTTAAATTATAGAGTTTTTATGTGTGTTGTGGCCAAAGATACAGGAAAATATTTTTCGGGTC
1 GGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGGTC
3711 TAAGTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGT
66 -AAGTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCG-
* * * * * *
3776 TTTAGTGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGGCACCTTCAATTATCTATATTCA
129 TTTCGGGGCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAATTATCTATATTCA
* * * *
3841 TCTAACTAATTCGTAGTCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGTTTCTGAATCTTATTCC
194 TCTAACCAATTC-TAGTCACATTGGATTTAAGGAATTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTC
* * * *
3906 GATTTAATTAAAAATTGATTTC-GAAAAATAAGAAAATGATATTAGAAGGTTGAAAAACTCTTCG
258 GATTTAATTAAAAATT-AATTCAAAAAAATAAGAAAATGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTCA
3970 ATATTTTT
322 ATATTTTT
* * *
3978 GGTGTTAAATTACAGATTTTTTATGAGTGTTGTGGCTAAAAATTGAGAAAAATATTTTTCGGG
1 GGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGG
4041 GCCCCGGCTT
Statistics
Matches: 3259, Mismatches: 380, Indels: 141
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
321 266 0.08
322 13 0.00
323 2 0.00
325 7 0.00
328 7 0.00
329 70 0.02
330 35 0.01
331 127 0.04
332 1222 0.37
333 931 0.29
334 418 0.13
335 160 0.05
336 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (329 bp):
GGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGGTC
AAGTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT
TCGGGGCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAATTATCTATATTCATC
TAACCAATTCTAGTCACATTGGATTTAAGGAATTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTCGAT
TTAATTAAAAATTAATTCAAAAAAATAAGAAAATGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTCAATAT
TTTT
Found at i:1269 original size:665 final size:664
Alignment explanation
Indices: 1--4040 Score: 5364
Period size: 665 Copynumber: 6.1 Consensus size: 664
* * *
1 GGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGACAATATTTTTCGAGTC
1 GGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAATATTTTTCGGGTC
* * * * *
66 AATTTTTGCAAAA-TTTAACCGAAATCATGTACTAACTATCGCGGTTATTGGCTAAAAACGC-AT
66 AATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT
*** * * * * * * * * * *
129 TAAAGGCCCCGATACAATTATGCATGATTCTTGGCTCCAAG-ACTCCTTGAAATAACTATAATCA
131 TCGGGGCCCGGCT-TAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGCAATCCTTGAAATATCTATATTCA
* * *
193 TCTAA-CTAATTCTCAGTCACATTGGAATTAAGAATTTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTT
195 TCTAACCAAATTCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTT
* * * *
257 TGATTGAATTAAAAATTAATTCA-AAAAAATAA-TAAAATGATATTAGAAGCTTGAAAAGCTCTT
260 TGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAATAAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAACTCTT
* * * *
320 CAATATTTTAGGTGTTAAATTATATATTTTTAATGAATGTTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAATAT
325 CAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGATTTTT-ATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATAT
* * *
385 TTTTTGGGTCAAGTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAATCATCACGATTTTTTTGGC
389 TTTTCGGGTCAAGTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACG--GTTTTTGGC
** * * *
450 TAAAAACGCGTTTCGGGGCTCCAACTCAATTTTTCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAAAT
452 TAAAAACGCGTTTCGGGGC-CCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACACCTTGAATT
* * * *
515 ATCTATATTCATTTAACCAATTCTAAGTCACATTGGATTTAAGGAATTCATTTTACGAGCTTCTG
516 ATCTATATTCATCTAACCAATTCTTAGTCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTG
* *
580 AATCTTATTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAATAAGAAAATTATATAAGAAGCTTGA
581 AATCTTATTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAATAAGAAAATGATATTAGAAGCTTGA
645 AAAACTCTTCAATATTTTT
646 AAAACTCTTCAATATTTTT
664 GGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAATATTTTTCGGGTC
1 GGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAATATTTTTCGGGTC
*
729 AATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTT
66 AATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT
* * *
794 TCGGGGCCCTGGCTTAATTTTGCATGATTTTTGGCGCTGAGCAAT-CTTTAATTATCTATATTCA
131 TCGGGGCCC-GGCTTAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGCAATCCTTGAAATATCTATATTCA
*
858 TCTAACCAAATTGT-AGTCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTT
195 TCTAACCAAATTCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTT
* * * *
922 TCATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAAAGGATATTAGAACCGTGAAAAACTCTT
260 TGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAATAAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAACTCTT
* * * * **
987 CAATATTTTTGGTGCTAAATTATAGAGCTTTTATGTGTGTTGTGGCAAAAAAATACAGGAAAATA
325 CAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGA-TTTTTATGAGTGTTGTGGC-CAAAAATTGAGGAAAATA
* * *
1052 TTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAACTTTAGCCGAAATCATATACTAACCATCACGGTTTTTGGCT
388 TTTTTCGGGTCAAGTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCT
* * * *
1117 AAAAACGCGTCTT-GGGGCCCGGGTCAATTTTGCACGATTTTTGGCGCCGAGACACCTTCAATTA
453 AAAAACGCGT-TTCGGGGCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACACCTTGAATTA
*
1181 TCTATATTCATCTAACCAATTCTTAGTCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTTA
517 TCTATATTCATCTAACCAATTCTTAGTCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTGA
* * * *
1246 ATCTTATTTCGATTTAATTAAAAATTGATTCCGAAAAAAATAAGAAAATTATATTAGAAGTTTGA
582 ATCTTATTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAG-AAAAAATAAGAAAATGATATTAGAAGCTTGA
**
1311 AAAACTCTTCAATAGATTT
646 AAAACTCTTCAATATTTTT
**
1330 GGTCATAAATTATAGATTTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAATATTTTTCGGGTC
1 GGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAATATTTTTCGGGTC
* * * *
1395 AACTTTTGCCAAATTTTAGCCGAAATCATGAACTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAATC-CGT
66 AATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAA-CGCGT
* * * * *
1459 TTCGGGGCCCCGGCTTAATTCTGCATGATTTGTCGCGCCGAGCCAT-CTTGAATTATCTATATTC
130 TTCGGGG-CCCGGCTTAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGCAATCCTTGAAATATCTATATTC
* *
1523 ATGTAACCAAA-TCGT-AGTCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAACTTCTGAATCTTAT
194 ATCTAACCAAATTC-TCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTAT
* *
1586 TTTGATTTAATTAAAAATTAATTCA-TAAAAATAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACTC
258 TTTGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAATAAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAACTC
* *
1650 TTCAATATTTTAGGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTGTTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAT
323 TTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGA-TTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAT
* * * * *
1715 ATTTTTCGGATC-AGTTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCATGTACTATCCATCGCGATTTTTGG
387 ATTTTTCGGGTCAAG-TTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGG
* * * * * * * * * *
1779 CTAAAAACGCATTATAGGGTCCCGACACAATTTTGCATGATTATTGGCTCCAAGACTCCTTGAAA
451 CTAAAAACGCGTT-TCGGGGCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACACCTTGAAT
* * * * * *
1844 TAACTATAATCATCTAACCATTTCTCAGTCACATTGGATTTAAGAATTTCTTTTTACGAACTTCT
515 TATCTATATTCATCTAACCAATTCTTAGTCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCT
** *
1909 GAATCTTATTTTAATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAATAAGAAAATGATATTAGAAGGTTG
580 GAATCTTATTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAATAAGAAAATGATATTAGAAGCTTG
*
1974 AAAAACTCTTCGATATTTTT
645 AAAAACTCTTCAATATTTTT
*
1994 GGTGTTAAATTATAGATTTTTAATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAATATTTTTCGGGTC
1 GGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAATATTTTTCGGGTC
* * * *
2059 AAGTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTATTAACCATCACGGTTTTTGGGTAAAAACGCTTT
66 AATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT
*** * * * * * *
2124 TCGGGGCTCCAAATCAATTTTTCATGATTTATGGCACCGA-TACTCCTTGAAATATCTATATTCA
131 TCGGGGC-CCGGCTTAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGCAATCCTTGAAATATCTATATTCA
* * * *
2188 TTTAACC-AATTCTAAGTCACATTGGATTTAAGGAATTCATTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTT
195 TCTAACCAAATTCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTT
* * * *
2252 CG-----A-T-----TTAATTCAGAAAAAA-ATAG-AAAATTATATAAGAAGCTTGAAAAACTCT
260 TGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAATA-AGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAACTCT
*
2304 TCAATATTTTTGGTGTTAAATTATTGATTTTTAATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATA
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* *
2369 TTTTTCGGGTTAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCT
388 TTTTTCGGGTCAAGTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCT
* * * * *
2434 AAAAACGGGTTTCGGGGTCCCGGCTTAATATTT-CATGATTTTTGGCACCAAGCCATCTTGAATT
453 AAAAACGCGTTTCGGGG-CCCGGCTCAAT-TTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACACCTTGAATT
* * * *
2498 TTCGATATTCATCTAACCAAATCGTAGTCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTG
516 ATCTATATTCATCTAACCAATTCTTAGTCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTG
* * * *
2563 AATCTTATTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCA-TAAAAATTAGAAAAACGATATTAGAAGCGTG
581 AATCTTATTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAATAAG-AAAATGATATTAGAAGCTTG
2627 AAAAACTCTTCAATATTTTT
645 AAAAACTCTTCAATATTTTT
* * * * *
2647 GGTGATAAATTATAGATTTTTTATGATTGTTGTGGCCAAAAATTAAGGAAAATATTTTTTGGGTC
1 GGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAATATTTTTCGGGTC
* * * * * *
2712 AAATTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCATGTATTAACCATCGCGATTTTTGGCTAAAAACGCATT
66 AATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT
* * * ** * * * * * * *
2777 ACAGGGTCCCGACACAAATTTTGTATGATTCTTGGCTCCAAG-ACTCCTTGAAATAACTATAATC
131 TC-GGGGCCCGGC-TTAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGCAATCCTTGAAATATCTATATTC
*
2841 ATCTAACC-AATTCTCAGTCACATTGGATTTAAGAATTTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATT
194 ATCTAACCAAATTCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATT
*
2905 TTGATTTAATTAAAAATCAATTCAGAAAAAATAAG-AAAATGATATTAGAAG-GTTGAAAAACTC
259 TTGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAATAAGAAAAATGATATTAGAAGCG-TGAAAAACTC
* * *
2968 TTCGATATTTTTGGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGAGTTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAT
323 TTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGA-TTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAT
* *
3033 ATCTTTCGGGTCAAGTTTTGCAAACTTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTTGG
387 ATTTTTCGGGTCAAGTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGG-TTTTTGG
* * * *
3098 CTAAAAACGGCGTTTCGGGGCCTCGGCTCAATTTTTCATGATTTCTGGCACCGAGCCATCTTGAA
451 CTAAAAAC-GCGTTTCGGGGCC-CGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACACCTTGAA
* * * * *
3163 TTATCGATATTCATCTAACCAAATCTAAGTCACATTGGATTTAAGGAATTCATTTTACGAGCTTC
514 TTATCTATATTCATCTAACCAATTCTTAGTCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTC
*
3228 TGAATCTTATTTCGATTTAATTAAAAATCAATTCAGAAAAAAATAAGAAAATGATATTAGAAGCT
579 TGAATCTTATTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAG-AAAAAATAAGAAAATGATATTAGAAGCT
3293 TGAAAAACTCTTCAATATTTTT
643 TGAAAAACTCTTCAATATTTTT
* * * * *
3315 GGTGTTGATTTATAGATTTTTTATGAGTGTTATGGCCAAAAATTGTGGAAAATATTTTTCGGGTC
1 GGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAATATTTTTCGGGTC
* * * *
3380 AATTTATGCAAAAGTTTAGCCTAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTT
66 AATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT
*
3445 TCGGGGCCTCGGCTTAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGTC-AT-CTTGAATTATCTATATTC
131 TCGGGGCC-CGGCTTAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAG-CAATCCTTGAAATATCTATATTC
*
3508 ATCTAACCAAA-TCGT-AGTCACACTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTAT
194 ATCTAACCAAATTC-TCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTAT
*
3571 TTTGATTTAATTAAAAATTAATTCAG-AAAAATAAGAAAAA-GATACTAGAAG-GTTGAAAAACT
258 TTTGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAATAAGAAAAATGATATTAGAAGCG-TGAAAAACT
* * * **
3633 TTTCAAT-TATTTTGGTGTTAAATTATAGAGTTTTTATGTGTGTTGTGGCCAAAGATACAGGAAA
322 CTTCAATAT-TTTTGGTGTTAAATTATAGA-TTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAA
3697 ATATTTTTCGGGTCTAAGTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTT
385 ATATTTTTCGGGTC-AAGTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTT
* * * * * *
3762 GGCTAAAAACGCGTTTTAGTGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGGCACCTTCA
449 GGCTAAAAACGCG-TTTCGGGGCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACACCTTGA
* * *
3827 ATTATCTATATTCATCTAACTAATTCGTAGTCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGTTT
513 ATTATCTATATTCATCTAACCAATTCTTAGTCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTT
* * *
3892 CTGAATCTTATTCCGATTTAATTAAAAATTGATTTC-G-AAAAATAAGAAAATGATATTAGAAGG
578 CTGAATCTTATTTCGATTTAATTAAAAATT-AATTCAGAAAAAATAAGAAAATGATATTAGAAGC
*
3955 TTGAAAAACTCTTCGATATTTTT
642 TTGAAAAACTCTTCAATATTTTT
* *
3978 GGTGTTAAATTACAGATTTTTTATGAGTGTTGTGGCTAAAAATTGAGAAAAATATTTTTCGGG
1 GGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAATATTTTTCGGG
4041 GCCCCGGCTT
Statistics
Matches: 2972, Mismatches: 343, Indels: 124
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
652 17 0.01
653 432 0.15
654 115 0.04
658 1 0.00
659 2 0.00
660 1 0.00
663 186 0.06
664 390 0.13
665 724 0.24
666 493 0.17
667 377 0.13
668 226 0.08
669 8 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (664 bp):
GGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAATATTTTTCGGGTC
AATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTT
TCGGGGCCCGGCTTAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGCAATCCTTGAAATATCTATATTCAT
CTAACCAAATTCTCAGTCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTT
GATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAATAAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAACTCTTC
AATATTTTTGGTGTTAAATTATAGATTTTTATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTT
TTCGGGTCAAGTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAA
AACGCGTTTCGGGGCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACACCTTGAATTATCTA
TATTCATCTAACCAATTCTTAGTCACATTGGATTTAAGGATTTCTTTTTACGAGCTTCTGAATCT
TATTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAATAAGAAAATGATATTAGAAGCTTGAAAAAC
TCTTCAATATTTTT
Done.