Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01009930.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09951, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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* * * *
64 TGATATTAGAAGGTTGAAAAACTCCTT-GATATTTTTGGTGTTAAATTATATATTTTTTATGACT
66 TGATATTAGAAGCTTGAAAAACT-CTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGA-TTTTTATGAGT
* *
128 GTTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAATATTTTTTGGGTCAATTTTTGCAAACTTTTAGCCGAAATCA
129 GTTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAA-ATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCA
* * * * * *
193 TATACTAACCATCAAGGTTTTTGGCTAAAAACGGGTTTCGGGACCCCGGCTTAATTTTTCATGAT
193 TGT--TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGAT
* * * * * * *
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322 TAAGGATTTC
320 TAAGGATTTC
* *
332 TTTTAACGAGCTTCTGAATCTTATTATGATTATAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAATAAGAAA
1 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTTGATT-TAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAATAAGAAA
* * *
397 ATGATATTAAAAACTTGAAAAACTCTTCAATATTTTAGGTGTTAAATTATAGATTTTTAATGAGT
65 ATGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGATTTTT-ATGAGT
* * ** *
462 GTTGTGGGCAAAAATTAAGAAAAAAAAAATTTCGGGTCAAGTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
129 GTTGTGGCCAAAAATT--GAGAAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
* * ** *
527 ATG-TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTTCGGGGCTCCAACTCAATTTTTCATGATT
192 ATGTTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATT
* * * * *
591 TTTGGCACCGAGACTACTTGAAATATCTATATTCATTTAACCAATTCTAAGTCACATTGGATTTA
257 TTTGGCGCCGAGACTACTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTA
*
656 AGGAATTC
322 AGGATTTC
* * *
664 ATTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAAAAATCAATTCAGAAAAAAATAAGAAAA
1 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTTGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAATAAGAAAA
* ** * * *
729 AGATATTAGAAGCTTGAAAAGTTCTTC-CTCATTTTTGGTGTTGATTTATAGATTTTTTATGAGT
66 TGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTCAAT-ATTTTTGGTGTTAAATTATAGA-TTTTTATGAGT
* * * * * * *
793 TTTATGGCCAAAAATTGTGGAAAATATTTTTCGGGTCAATTTATGCAAAAGTTTAGCCTAAATCA
129 GTTGTGGCCAAAAATTG-AGAAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCA
* * *
858 TGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTTCGGGGCCTCGGCTTAATTTTGCATGAT
193 TGT--TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGAT
* * * *
923 TTTTGGCGCCGAG-CCATCTTGAATTATCGATATTCATCTAACTAAATCGT-AATCACATTGGAT
256 TTTTGGCGCCGAGACTA-CTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATC-TCAGTCACATTGGAT
986 TTAAGGATTTC
319 TTAAGGATTTC
* * * *
997 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAAAACTTAATTCAGAAAAAAATAAGGAAA
1 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTTGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAATAAGAAAA
* * * * *
1062 TGATATTAGAAGGTTGACAAACTCTTCGATATTTTTGCTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTA
66 TGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGA-TTTTTATGAGTG
** *
1127 TTGTGGCCAAAAATCAAGAAAAATATTGTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCAT
130 TTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAA-ATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCAT
* *
1192 GTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTTAATTTTGCGTGATT
194 GT--TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATT
* * * * * * * * *
1257 CTTGGCTCCAAGACTTCTTGAAATAACTGTAATCATCTAACCAATTCTCAGTCACATTGGATTTA
257 TTTGGCGCCGAGACTACTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTA
*
1322 AGTATTTC
322 AGGATTTC
1330 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTTGATTTAATTAAAAATTAATTCAG-AAAAAATAAGAAAA
1 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTTGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAATAAGAAAA
* ** * *
1394 TGATATTAGAAGGTTGAAAAACTCTTTGATGTTTTTGGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTT
66 TGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGA-TTTTTATGAGTG
* * *
1459 TTGTGGCCATAAATTGAGAAAAATATTTTTCGGGTCAATTGTTGCAAACTTTTAGCCGAAATCAT
130 TTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAA-ATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCAT
* * * * * *
1524 GTACTGACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGGGTTTC-GGGCCCCGGCTTAATTTTTCATGCTT
194 GT--TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATT
* * * * *
1588 TTTGGCGCCGAGAC-ATCTTGAATTATCGATATTTATCTAACTAAATCGCAGGCACATTGGATTT
257 TTTGGCGCCGAGACTA-CTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTT
1652 AAGGATTTC
321 AAGGATTTC
* *
1661 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTT-TTTTCGATTTAATTAAAAATCAATTCCGAAAAAAATAAGAAA
1 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTT-GATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAATAAGAAA
** * * * *
1725 ATGATATTAGAAGCTTGAAAAGTTCTTCAACATTTTTGGTGTTGAATTATAGACTTTTATGAGTT
65 ATGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGATTTTTATGAGTG
* * * * ** *
1790 TTATGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTATTCGGTTCAATTTACGCAAAAGTTTAGCCGAAATCAT
130 TTGTGGCCAAAAATTGA-GAAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCAT
* * * *
1855 GTATTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCACCGGCTCAATTTTTCATAATT
194 G--TTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATT
* * * *
1920 TTTGGCGCCGATACTCCTTGAATTATTTATATTTATCTAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTA
257 TTTGGCGCCGAGACTACTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTA
1985 AGGATTTC
322 AGGATTTC
* *
1993 TTTTTATGAGCTTCTGAATCTTATTTTGATTTAATTAAAAATTAATTCA-TAAAAAATAAGAAAA
1 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTTGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAATAAGAAAA
2057 TTGATATTAGAAG-TGTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGAGTTTTTATGAG
66 -TGATATTAGAAGCT-TGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGA-TTTTTATGAG
* *
2121 TGTTGTGGCAAAAAAATTTAGGAAAAAA-TTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAAT
128 TGTTGTGGC-CAAAAATTGA-GAAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAAT
* * * * * * *
2185 CATGTACTAACCATCACGTTTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTACAGTGTCCCGGCTAAATTTTGCA
191 CATGT--TAACCATCACG--GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCA
* * * * * *
2250 TGATTTTTGGTGCCAAGACT-CTTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAATTCTCGGTCACATTG
252 TGATTTTTGGCGCCGAGACTAC-TTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTG
2314 GATTTAAGGATTTC
316 GATTTAAGGATTTC
* * *
2328 -TTTTATGATCTTCTGAATCTTATTTT-AATTAATTAAAAATTAATTCAG--AAAAATAAGAAAA
1 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTTGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAATAAG-AAA
* * * * * *
2389 AGGACATTAGAAACGTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGCTAAATTATAGAGTTTTTATGTGT
65 ATGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGA-TTTTTATGAGT
** * *
2454 GTTGTGGCCAAAAATACAGGAAAATATTTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCA
129 GTTGTGGCCAAAAATTGA-GAAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCA
* * * * * *
2519 TATACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGAGTTTCGAGGCCCCGACTTAATTTTTCATGAT
193 TGT--TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGAT
* * * * * *
2584 TTTTCGCACCGAG-CCATCTTGAATTATCAATATTCATCTGACCAAATCGCAGTCACATTGGATT
256 TTTTGGCGCCGAGACTA-CTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTGGATT
2648 T-AGAGATTTC
320 TAAG-GATTTC
* *
2658 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTCGATTTAATT-AAAATCAATTCAGAAAAAAATAAGAAAA
1 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTTGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAATAAGAAAA
* * * * *
2722 TGATATTAGAAGCTTCAAAAGA-TCTTCAACATTTTTAGTGTTGAATTTTAGATTTTTTATGAGT
66 TGATATTAGAAGCTTGAAAA-ACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGA-TTTTTATGAGT
* * ** * *
2786 TTTATGGCCAAAAATTGAGGAAATTATTTTTCGGGTCAATTTATGCAAAAGTTTAGCCGAAATCA
129 GTTGTGGCCAAAAATTGA-GAAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCA
* *
2851 TGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTTCGGGGTCCCC-GCTCAAAATTT-CATG
193 TGT--TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGG-CCCCGGCTC-AATTTTGCATG
* * *
2914 ATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTCAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTAGAT
254 ATTTTTGGCGCCGAGACTACTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTGGAT
* *
2979 TTATGTATTTC
319 TTAAGGATTTC
* * * * * *
2990 TTTTTACGAGCTAT-TGAATTTTATTCTGGTTTAATTAAAAATTAATTCA-TAGAAAATAGGAAA
1 TTTTTACGAGCT-TCTGAATCTTATTTTGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAATAAG-AA
* * *
3053 AACGATATTAGAAGCGTT-AAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTCTAGAGTTTTTATAA
64 AATGATATTAGAAGC-TTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGA-TTTTTATGA
* * * *
3117 GTGTGGTGGCCAAAAATTTAGGAAAAAATTTTTCTGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAAT
127 GTGTTGTGGCCAAAAATTGA-GAAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAAT
* * * * * ** *
3182 CATGTGGTAACCATCATGTTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTACAGGGTCAAGGCTTAATTTTGCAT
191 CATGT--TAACCATCACG-GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCAT
* * * * * * *
3247 GATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAACTAATTCTCGGTCACATTGGA
253 GATTTTTGGCGCCGAGACTACTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTGGA
3312 TTTAAGGATTTC
318 TTTAAGGATTTC
** * * * *
3324 TTTTTACGATATTCTGAATCTTATTTTCATTAAATTCAAAATTAATTCA-TAAAAAATAAGAAAA
1 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTTGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAATAAG-AAA
* * * * *
3388 ACGATATTAGAATCGTGAAAAACTCTTCAATAATTTTGGTGCTAAATTATAGAGTTTTTATGAGT
65 ATGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGA-TTTTTATGAGT
* * ** * *
3453 GTTGTGGCCAAAATTTCAAGAAAATGTTTTTCTGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCA
129 GTTGTGGCCAAAAATT-GAGAAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCA
* *
3518 TGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTTCAGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGA-
193 TGT--TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGAT
* *
3582 TTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCGGTCACATTGGATTT
256 TTTTGGCGCCGAGACTACTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTT
*
3647 AAGGAATTC
321 AAGGATTTC
* *
3656 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTTGATTTAATTAAAAATTAATTTATAAAAAAATAAGAAAA
1 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTTGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAATAAG-AAA
* * * *
3721 ACGATATTAGAAGCGTGAAAAACTATTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATATAGTTTTTATGAGT
65 ATGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGA-TTTTTATGAGT
* * * *
3786 GTTGTGGCTAAAAATTCAAGAAATAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAGTTTTAGCCGAAATCA
129 GTTGTGGCCAAAAATT-GAGAAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCA
* * * * *
3851 TGTACTAACTACCACAGTTTTAGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCGCGGCTCAATTTTGCATGAT
193 TGT--TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGAT
* * * *
3916 TTTTTGCGCCGAGGC-ACCTTCAATTATCTATATTCATCTAACCAATTCTCAGTCACATTGGATT
256 TTTTGGCGCCGAGACTA-CTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTGGATT
3980 TAAGGATTTC
320 TAAGGATTTC
* * *
3990 TTTTTACAAGATTCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAAAAATAAGA
1 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTTGATTTAATTAAAAATTAATTCAG---AAAAAAATAAGA
* * * * *
4055 AAATGATATTAGAAGGTTGAAAAACTCTTCGATATTTTTAGTGTTAAATTATAGTTTTTTTATAA
63 AAATGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAG-ATTTTTATGA
* * * *
4120 GTGTTGTGGCCAAAAATTCAGGAAAAAAATTCTCTGGGTCGATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA
127 GTGTTGTGGCCAAAAATTGA-GAAAAAATTTTTC-GGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA
* *
4185 TCATG-------T-A-----TTTGGACTAAAAACGCGTTTCAGGGCCCCGGCTTAATTTTGCATG
190 TCATGTTAACCATCACGGTTTTTGG-CTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATG
* *
4237 ATTTTTGGCGCCGAG-CCATCTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCGT-ACTCACATTGG
254 ATTTTTGGCGCCGAGACTA-CTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATC-TCAGTCACATTGG
4300 ATTTAAGGATTTC
317 ATTTAAGGATTTC
* * * * * *
4313 GTTTTACGAGTTTCTGATTCTTATTTTAATTT-ATTTAAAATTAACTCAGAAAAAAAATAAGAAA
1 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTTGATTTAATTAAAAATTAATTCAG-AAAAAAATAAG-AA
** * *
4377 AACAATATTAGAAGCGTGAAAAACTCTTCAAAATTTTTGGTGTTAAATTATAGAGTTTTTATGAG
64 AATGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGA-TTTTTATGAG
* *
4442 TGTTATGGCCAAAAATTCAGGAAAAAAAATTTTT-GGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA
128 TGTTGTGGCCAAAAATT---GAGAAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA
* * * * * *
4506 TCATGTTTTAACCATCAC-TTTTTTGGCTAAAAACGCGTTACAGCGCCCCGACTCAATTTTGCAA
190 TCATG--TTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCAT
* * * * *
4570 AATTTTTGGTGCC-ATGACTACTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAATTCTCGGTCTA-ATTG
253 GATTTTTGGCGCCGA-GACTACTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTC-ACATTG
4633 GATTTAAGGATTTC
316 GATTTAAGGATTTC
* * * * *
4647 TCTTTACGAGCTTCTTATTCTTATTTTCATTTATTTAAAAATTAATTCAG-AAAAAATAAGAAAA
1 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTTGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAATAAG-AAA
** * * *
4711 ACAATATTAGAAGCGTGAAAAACTCTTCAAAATTTTTGTTGTTAAATTATAGAGTTTTTATGAGT
65 ATGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGA-TTTTTATGAGT
* * * * * *
4776 GTCGTGGCCAAAAAAGTCAGGAAAAAATTTTT-GGGTGAATATTTGCAAAATTTTTGCCGAAATC
129 GTTGTGGCC-AAAAATTGA-GAAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
* * * *
4840 ATGTACAGTACCATCACGATTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCGACTCAATTTTGCATG
192 ATGT-TA--ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATG
** * *
4905 ATTTTTGGCGCCGAGAC-ACCTCCAATTATCTATATTCATCTAACCAATTCTCAGTCACATTAGA
254 ATTTTTGGCGCCGAGACTA-CTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTGGA
* *
4969 TTTAAGAATTAC
318 TTTAAGGATTTC
* * *
4981 TTTTTACGAGTTTCTAAATCTTATTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAG-AAAAAATAAGAAAA
1 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTTGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAATAAGAAAA
* * *
5045 TGATATTAGAAGGTTAAAAAACTCTTCGATATTTTTGGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTG
66 TGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGA-TTTTTATGAGTG
* *
5110 TTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAATATTTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAAATTTAG
130 TTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAA-ATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAG
5165 TTCTCAATTC
Statistics
Matches: 4169, Mismatches: 552, Indels: 222
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
320 12 0.00
321 107 0.03
322 20 0.00
323 138 0.03
324 2 0.00
327 1 0.00
329 4 0.00
330 140 0.03
331 412 0.10
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333 1123 0.27
334 789 0.19
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336 90 0.02
337 44 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (329 bp):
TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTTGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAATAAGAAAA
TGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGATTTTTATGAGTGT
TGTGGCCAAAAATTGAGAAAAAATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGT
TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTG
GCGCCGAGACTACTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAAGGA
TTTC
Found at i:982 original size:333 final size:332
Alignment explanation
Indices: 1--5164 Score: 6288
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*
1 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTTGATTTAATTAAAAATTAA-TCAG-AAAAAATAAGAAAA
1 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAATAAGAAAA
* * * *
64 TGATATTAGAAGGTTGAAAAACTCCTT-GATATTTTTGGTGTTAAATTATATATTTTTTATGACT
66 TGATATTAGAAGCTTGAAAAACT-CTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGT
* * *
128 GTTGTGGCCAAAAATTGAGAAAAATATTTTTTGGGTCAATTTTTGCAAACTTTTAGCCGAAATCA
130 GTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCA
* * * * *
193 TATACTAACCATCAAGGTTTTTGGCTAAAAACGGGTTTCGGGACCCCGGCTTAATTTTTCATGAT
195 TGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTTAATTTTGCATGAT
* * * * * * *
258 TTTTTGCACCGAGCCATCTTGAATTATCAATATTCTTCTAACCAAATCACAGTCACATTGAATTT
260 TTTTGGCGCCGAGAC-TCTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTT
323 AAGGATTTC
324 AAGGATTTC
*
332 TTTTAACGAGCTTCTGAATCTTATTAT-GATTATAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAATAAGAA
1 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATT-TCGATT-TAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAATAAGAA
* * * *
396 AATGATATTAAAAACTTGAAAAACTCTTCAATATTTTAGGTGTTAAATTATAGATTTTTAATGAG
64 AATGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAG
* * * * ** *
461 TGTTGTGGGCAAAAATTAAGAAAAAAAAAATTTCGGGTCAAGTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAAT
129 TGTTGTGGCCAAAAATTGAG-GAAAATATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAAT
* * ** * *
526 CATG---TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTTCGGGGCTCCAACTCAATTTTTCATG
193 CATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTTAATTTTGCATG
* * * * *
588 ATTTTTGGCACCGAGACTACTTGAAATATCTATATTCATTTAACCAATTCTAAGTCACATTGGAT
258 ATTTTTGGCGCCGAGACT-CTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTGGAT
*
653 TTAAGGAATTC
322 TTAAGGATTTC
* *
664 ATTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAAAAATCAATTCAGAAAAAAATAAGAAAA
1 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAATAAGAAAA
* ** * * *
729 AGATATTAGAAGCTTGAAAAGTTCTTC-CTCATTTTTGGTGTTGATTTATAGATTTTTTATGAGT
66 TGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTCAAT-ATTTTTGGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGT
* * * * * *
793 TTTATGGCCAAAAATTGTGGAAAATATTTTTCGGGTCAATTTATGCAAAAGTTTAGCCTAAATCA
130 GTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCA
* *
858 TGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTTCGGGGCCTCGGCTTAATTTTGCATGAT
195 TGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTTAATTTTGCATGAT
* * * *
923 TTTTGGCGCCGAGCCATCTTGAATTATCGATATTCATCTAACTAAATCGT-AATCACATTGGATT
260 TTTTGGCGCCGAGAC-TCTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATC-TCAGTCACATTGGATT
987 TAAGGATTTC
323 TAAGGATTTC
* * *
997 TTTTTACGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAAAACTTAATTCAGAAAAAAATAAGGAAA
1 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAATAAGAAAA
* * * * *
1062 TGATATTAGAAGGTTGACAAACTCTTCGATATTTTTGCTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTA
66 TGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTG
** * *
1127 TTGTGGCCAAAAATCAAGAAAAATATTGTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCAT
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*
1192 GTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTTAATTTTGCGTGATT
196 GTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTTAATTTTGCATGATT
* * * * * * * *
1257 CTTGGCTCCAAGACTTCTTGAAATAACTGTAATCATCTAACCAATTCTCAGTCACATTGGATTTA
261 TTTGGCGCCGAGAC-TCTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTA
*
1322 AGTATTTC
325 AGGATTTC
*
1330 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTTGATTTAATTAAAAATTAATTCAG-AAAAAATAAGAAAA
1 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAATAAGAAAA
* ** * *
1394 TGATATTAGAAGGTTGAAAAACTCTTTGATGTTTTTGGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTT
66 TGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTG
* * * *
1459 TTGTGGCCATAAATTGAGAAAAATATTTTTCGGGTCAATTGTTGCAAACTTTTAGCCGAAATCAT
131 TTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCAT
* * * * *
1524 GTACTGACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGGGTTTC-GGGCCCCGGCTTAATTTTTCATGCTT
196 GTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTTAATTTTGCATGATT
* * * * *
1588 TTTGGCGCCGAGACATCTTGAATTATCGATATTTATCTAACTAAATCGCAGGCACATTGGATTTA
261 TTTGGCGCCGAGAC-TCTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTA
1653 AGGATTTC
325 AGGATTTC
* * *
1661 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTTTTTCGATTTAATTAAAAATCAATTCCGAAAAAAATAAGAAAA
1 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAATAAGAAAA
** * * * *
1726 TGATATTAGAAGCTTGAAAAGTTCTTCAACATTTTTGGTGTTGAATTATAGA-CTTTTATGAGTT
66 TGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTG
* * * ** *
1790 TTATGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTATTCGGTTCAATTTACGCAAAAGTTTAGCCGAAATCAT
131 TTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCAT
* * * * * *
1855 GTATTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGAGGCACCGGCTCAATTTTTCATAATT
196 GTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTTAATTTTGCATGATT
* * *
1920 TTTGGCGCCGATACTCCTTGAATTATTTATATTTATCTAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTA
261 TTTGGCGCCGAGACT-CTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTA
1985 AGGATTTC
325 AGGATTTC
* * *
1993 TTTTTATGAGCTTCTGAATCTTATTTTGATTTAATTAAAAATTAATTCA-TAAAAAATAAGAAAA
1 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAATAAGAAAA
*
2057 TTGATATTAGAAG-TGTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGAGTTTTTATGAG
66 -TGATATTAGAAGCT-TGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAG
* * *
2121 TGTTGTGGCAAAAAAATTTAGGAAAA-AATTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAAT
129 TGTTGTGGC-CAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAAT
* * * * * * *
2185 CATGTACTAACCATCACGTTTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTACAGTGTCCCGGCTAAATTTTGCA
193 CATGTACTAACCATCACG--GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTTAATTTTGCA
* * * * * *
2250 TGATTTTTGGTGCCAAGACTCTTTGAAATATCTATATTCATCAAACCAATTCTCGGTCACATTGG
256 TGATTTTTGGCGCCGAGACTC-TTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTGG
2315 ATTTAAGGATTTC
320 ATTTAAGGATTTC
* * * *
2328 -TTTTATGATCTTCTGAATCTTATTT-TAATTAATTAAAAATTAATTCAG--AAAAATAAGAAAA
1 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAATAAG-AAA
* * * * * * *
2389 AGGACATTAGAAACGTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGCTAAATTATAGAGTTTTTATGTGT
65 ATGATATTAGAAGCTTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGT
** *
2454 GTTGTGGCCAAAAATACAGGAAAATATTTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCA
130 GTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCA
* * * * *
2519 TATACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGAGTTTCGAGGCCCCGACTTAATTTTTCATGAT
195 TGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTTAATTTTGCATGAT
* * * * * *
2584 TTTTCGCACCGAGCCATCTTGAATTATCAATATTCATCTGACCAAATCGCAGTCACATTGGATTT
260 TTTTGGCGCCGAGAC-TCTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTT
2649 -AGAGATTTC
324 AAG-GATTTC
*
2658 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTCGATTTAATT-AAAATCAATTCAGAAAAAAATAAGAAAA
1 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAATAAGAAAA
* * * * *
2722 TGATATTAGAAGCTTCAAAAGA-TCTTCAACATTTTTAGTGTTGAATTTTAGATTTTTTATGAGT
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* * * * *
2786 TTTATGGCCAAAAATTGAGGAAATTATTTTTCGGGTCAATTTATGCAAAAGTTTAGCCGAAATCA
130 GTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCA
* * *
2851 TGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGCGTTTCGGGGTCCCC-GCTCAAAATTT-CATG
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* *
2914 ATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTCAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTAGAT
258 ATTTTTGGCGCCGAGACT-CTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTGGAT
* *
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* * * * *
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1 TTTTTACGAGCT-TCTGAATCTTATTTC-GATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAATAAG-A
* * * *
3052 AAACGATATTAGAAGCGTT-AAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTCTAGAGTTTTTATA
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* * * * *
3116 AGTGTGGTGGCCAAAAATTTAGGAAAAAATTTTTCTGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAA
127 AGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA
** * * * * * **
3181 TCATGTGGTAACCATCATGTTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTACAGGGTCAAGGCTTAATTTTGCA
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* * * * * *
3246 TGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAACTAATTCTCGGTCACATTGG
256 TGATTTTTGGCGCCGAGACT-CTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTGG
3311 ATTTAAGGATTTC
320 ATTTAAGGATTTC
** * * *
3324 TTTTTACGATATTCTGAATCTTATTTTC-ATTAAATTCAAAATTAATTCA-TAAAAAATAAGAAA
1 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTA-TTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAATAAG-AA
* * * * * *
3387 AACGATATTAGAATCGTGAAAAACTCTTCAATAATTTTGGTGCTAAATTATAGAGTTTTTATGAG
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* * * * * *
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* * *
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*
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*
3646 TAAGGAATTC
323 TAAGGATTTC
* * *
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1 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAATAAG-AAA
* * * * *
3721 ACGATATTAGAAGCGTGAAAAACTATTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATATAGTTTTTATGAGT
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* * * *
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* * * * * *
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* * *
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322 TTAAGGATTTC
* *
3990 TTTTTACAAGATTCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAAAAATAAGA
1 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAG---AAAAAAATAAGA
* * * * *
4055 AAATGATATTAGAAGGTTGAAAAACTCTTCGATATTTTTAGTGTTAAATTATAGTTTTTTTATAA
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* * * * *
4120 GTGTTGTGGCCAAAAATTCAGGAAAAAAATTCTCTGGGTCGATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA
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*
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* *
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* * * ** * *
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** * * *
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* * *
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** * * * * * * *
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* * * * *
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319 GATTTAAGGATTTC
* * * *
4647 TCTTTACGAGCTTCTTATTCTTATTTTC-ATTTATTTAAAAATTAATTCAG-AAAAAATAAGAAA
1 TTTTTACGAGCTTCTGAATCTTA-TTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGAAAAAAATAAG-AA
** * * * *
4710 AACAATATTAGAAGCGTGAAAAACTCTTCAAAATTTTTGTTGTTAAATTATAGAGTTTTTATGAG
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* * * * * * *
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* * * *
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* ** * *
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* *
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* *
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* * *
5045 TGATATTAGAAGGTTAAAAAACTCTTCGATATTTTTGGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGAGTG
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* * *
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131 TTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAATATTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAG
5165 TTCTCAATTC
Statistics
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GTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTTAATTTTGCATGATT
TTTGGCGCCGAGACTCTTGAATTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACATTGGATTTAA
GGATTTC
Found at i:5605 original size:107 final size:106
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* **
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* * *
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* * *
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*
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*
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*
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7537 TTCCCAATTG
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64 --AAAA
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*
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7834 CACTCGCATT
Statistics
Matches: 215, Mismatches: 1, Indels: 5
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Matches are distributed among these distances:
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AA
Done.