Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01009934.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09955, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Alignment explanation
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1 AG
* * * * *
3 TAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCGACTCAATTTTGCATGAATTTTG
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* * * * *
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* *
133 TTAGTTTTTATGAGTATCTGAATAATGTTTCGATTTAACTAAAATTAATTTAGAAAAAATAATAA
131 TTAGTTTTTACGAGTATCTGAATAATGTTTCGATTTAACTAAAATTAATTCAGAAAAAATAATAA
* * * * *
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* * * *
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328 CATGTAC
326 CATGTAC
* *
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1 TAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTG
* * ** *
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66 GCGCCAACACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGA
* *
464 TTAGTTTTTACGAGTATCTGAATAATGTTTCGATTTAACTAAAATTAATTTAG-AAAAATAATAG
131 TTAGTTTTTACGAGTATCTGAATAATGTTTCGATTTAACTAAAATTAATTCAGAAAAAATAATAA
* * * * *
528 AAACGATATTAGAAGCGTGAAAAATTCTTCAGTATTTTTGGTGTCAAATTACAAATTTTTTATGA
196 AAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGA
* ** *
593 GTGTTGTGGCCAAATATTGAGG-AAAATTTTGTTCGAGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA
261 GTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAAAATT-TTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA
*
657 TCATGTAG
325 TCATGTAC
* * * * * *
665 TAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCACCGACTTAATTTTGCATGAATTTTG
1 TAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTG
* * * *
730 GTGCCAACACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTTACGAAATCTCAGCCACTTTGCATTTAAGGA
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* * * *
795 TTAGTTTTTATGAATATCTGAATAATGTTTCGATTTAATTAAAATTAATTTAG-AAAAATAATAA
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* * * * *
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* * *
920 AGTGTTGTGGCCAAAAATTGAAGAAAAGATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA
260 AGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA
985 TCATGTAC
325 TCATGTAC
* * *
993 TAACTATCACGGTTTTTGCCTAAAAACGCGTTTAC-GGGCCCTGGCTCAATTTTGCATGAATTTT
1 TAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTT-CGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTT
* *
1057 GGCGCCAACACTCCTTTAAATATCTATATTCATCTTACCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGG
65 GGCGCCAACACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGG
* *
1122 ATTAGTTTTTATGAGTATCTGAATAATGTTTCGATTTAACTAAAATTAATTTAGAAAAAATAATA
130 ATTAGTTTTTACGAGTATCTGAATAATGTTTCGATTTAACTAAAATTAATTCAGAAAAAATAATA
* * * *
1187 AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACTATTCAGTTTTTTTGGTGTTAAATTATAGA-TTTTTATT
195 AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGATTTTTTATG
* *
1251 AGTGTTGTGGACAAAAGTTGAGGAAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAA
260 AGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGG-AAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAA
*
1316 ATCAAGTAC
324 ATCATGTAC
* * * * * * ** *
1325 TAACCATTATGGTTTTTGGCTAAAAATGAGTTTCAGTACCCCGGCT-AGAGTTTGCATGATTTTT
1 TAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCA-ATTTTGCATGATTTTT
** * *
1389 GGCGCCAACACTCCTCGAAATATCAATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGG
65 GGCGCCAACACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGG
* * * * * * * * *
1454 ATTTGTTTTTAC-AATCATCTGAATCATGTTTCGAGTTAAATAGATATTTATTCGGAAAAAATAC
130 ATTAGTTTTTACGAGT-ATCTGAATAATGTTTCGATTTAACTA-AAATTAATTCAGAAAAAATAA
* * * * ** ** * * *
1518 GAAAAACGATATTAGAAGCGT-AAAAGGCTCATCAATCTTTAGGGCATTAAATTATATACTTTTA
193 TAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA-ACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGATTTTTT
* * * * ** * * *
1582 ATGAGTGTTGTAGCAAAAAATTAAGAAAAAAAATTTTTTGGTCAATTTTTTGCAAAACTTAAGCC
257 ATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAAAATTTTCGGGTC-AGTTTTTGCAAAATTTTAGCC
1647 GAAATCGA-GTAC
321 GAAATC-ATGTAC
* * * * * * * * *
1659 GAATTATCACGGTTTTTTGCTAAAAACACGTTCCTGGGTCTCGGCTCAATTTTACATGATTTTTG
1 TAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTG
* * * * *
1724 GTGCCAATACTCCTTAAAATATCAATATTCATCTAACCAAGTCTTAGCCACATTGCATTTAAGGA
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*
1789 TTAGTTTTTACGAGTATCTTAATAATGTTTCGATTTAACTAAAATTAATTCAGAAAAAATAATAA
131 TTAGTTTTTACGAGTATCTGAATAATGTTTCGATTTAACTAAAATTAATTCAGAAAAAATAATAA
* * *
1854 AAAC-AGTATTTGAAGCGTGAAAAAATATTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGATTTTTTATG
196 AAACGA-TATTAGAAGCGTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGATTTTTTATG
* * * ** * * *
1918 AGTGTTGTAGCCTAAAATTGAGAAAAAATAAAATTCGTGTCAGTTTTTTTGCAAAATTTAAGCTG
260 AGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAA-AATTTTCGGGTCAG--TTTTTGCAAAATTTTAGCCG
*
1983 AAATCATGTAT
322 AAATCATGTAC
* * * * * * *
1994 TAACTATCACGGTTTTTTGCAAAAAACGTGTTTCTGGGTCCCGGCTCAATTTTGTACGATTTTTG
1 TAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTG
** * * * * *
2059 ATGCCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCGTCTAACGAAATCTTAGCCACATTACATTTAAGGA
66 GCGCCAACACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGA
*
2124 TTAGTTTTTACGAATATCTGAATAATGTTTCGATTTAACTAAAATTAATTCAGAAAAAATAATAA
131 TTAGTTTTTACGAGTATCTGAATAATGTTTCGATTTAACTAAAATTAATTCAGAAAAAATAATAA
*
2189 AAA-TATTATTAGAAGCGTGAAAAACTCTTCAATA-TTTTGGTGTTAAATTATAGATTTTTTATG
196 AAACGA-TATTAGAAGCGTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGATTTTTTATG
* * *
2252 AGTGTTGTGGCCAAAAATTTAGG-AAAAAATATTTCAGGTCAGTTTTTGCATAATTTTAGCCGAA
260 AGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAAAAT-TTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAA
2316 ATCATGTAC
324 ATCATGTAC
* * * *
2325 TAACCAACACGGTTTTTAGGCTAAAAACGCGTTTCGGGACCCCGGCACAATTTTGCATGATTTTT
1 TAACTATCACGGTTTTT-GGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTT
* * * * *
2390 GGCGCCAACACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATATCAGTCACATTGGATTTAAGA
65 GGCGCCAACACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGG
* * * * * * * * *
2455 ATTTGTTTTCAC-AATCATCTGAATCATGTTTCGAGTTAATTAGATATTTATTCGGAAAAAAATA
130 ATTAGTTTTTACGAGT-ATCTGAATAATGTTTCGATTTAACTA-AAATTAATTCAG-AAAAAATA
*** ** * * * *
2519 CGGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAATGCTCATCAATCTTTATGGTGTTAAATTAT--ACTTTTT
192 ATAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGATTTTTT
* * * * * * * *
2582 ATGAGTGCTGTAGCAAAAAATTGA-GAAAAAAAATTT-GGGTCAAATTTTTGCAGAATTTAAGTC
257 ATGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAAAATTTTCGGGTC-AGTTTTTGCAAAATTTTAGCC
2645 GAAATCGA-GTAC
321 GAAATC-ATGTAC
* * * * * * * * *
2657 GAACTATCACAGTATTTT-GCTAATAACACGTTCCTGGGTCCCGACTCAATTTTGCACGATTTTT
1 TAACTATCACGGT-TTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTT
* * * * * * * ** *
2721 TGTGCCAAGACACCTTAAAATATCAATATTCGTCTAACCAAAACT-AGCCACATTAAATTTAAGT
65 GGCGCCAACACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGG
* *
2785 ATTAGTTTTTACGAGTATCT-AACT-ATGTTTCAATTTAACTAAAATTAATTCAGAAAATATAAT
130 ATTAGTTTTTACGAGTATCTGAA-TAATGTTTCGATTTAACTAAAATTAATTCAGAAAAAATAAT
*
2848 AAAAACGATATTAGAAGCGTG-AAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATGGATTTTTTAT
194 AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGATTTTTTAT
** * * **
2912 GAGTGTTGTGGTAAAAAATTGAGGAAAGAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTATTCGAA
259 GAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAA
*
2977 ATTATGTAC
324 ATCATGTAC
** * * ** * *
2986 TAACCGTTATGGTTTTTTTCAAAAAACGCGTTTCGGGACCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTG
1 TAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTG
* * * *
3051 GCGTCAACACTCCTTGAAATATCAATATTCATCTAACCAAATCTTAGCCACATTGCATTTAAGGA
66 GCGCCAACACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGA
*
3116 TTAGTTTTTACGAGTATCTGAATAATGTTTCGATTTAACTAAAATTAATTTAGAAAAAATAATAA
131 TTAGTTTTTACGAGTATCTGAATAATGTTTCGATTTAACTAAAATTAATTCAGAAAAAATAATAA
* *
3181 AAACGATATTAGAAGCCTGAAAAACTCTTCAATATTTTTCGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGA
196 AAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGA
* * * *
3246 GTGTTGTAGCC-AAAATTGA-GAAAAAAA-ATTCGGGTCAATTTTTTGCAAAATTTAAGCCGAAA
261 GTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAAAATTTTCGGGTC-AGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA
3308 TCATGTAC
325 TCATGTAC
* * * * * *
3316 GAACTATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCTGGGCCCCGGCTCAATTTTGTACGATTTTTT
1 TAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTG
* * * * * *
3381 GTGGCAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATTTAACCAAATAGT-AGCCATATTGCATTTAAGG
66 GCGCCAACACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAAT-CTCAGCCACATTGCATTTAAGG
3445 ATTAGTTTTTACGAGTATCTGAATAATGTTTCGATTTAACTAAAATTAATTCAGAAAAAATAATA
130 ATTAGTTTTTACGAGTATCTGAATAATGTTTCGATTTAACTAAAATTAATTCAGAAAAAATAATA
* *
3510 AAAAGGATATTAGAAGCGTGAAAAACTCTTCAATATTTGTGGTGTTAAATTATAGATTTTTTATG
195 AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGATTTTTTATG
* **
3575 AGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGG-AAAAAATTTT-GGGATCAATTTTTTTAAAATTTTAGCCGAA
260 AGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAAAATTTTCGGG-TCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAA
3638 ATCATGTAC
324 ATCATGTAC
* * *
3647 GTTAC-ATCACGGTTTTTGGCTAAAATCGCGTTTCGGGACCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTT
1 -TAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTT
* * * *
3711 GGCGCCATCACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATATCAGCCACATTACATTTAAGG
65 GGCGCCAACACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGG
* * * * *
3776 ATTAGTTTTTATGAGTATCTGAATAATGTTTCGAGTTAATTAGATATTTATTCAGAAAAAAT-AT
130 ATTAGTTTTTACGAGTATCTGAATAATGTTTCGATTTAACTA-AAATTAATTCAGAAAAAATAAT
* *
3840 GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACTATTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATGGATTTTTTA
194 -AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGATTTTTTA
* * * * *
3905 TGACTGTTGTGGCCAAAAATTAAGGAAAAAAATTTTCTGCTCAGTTTTTACAAAATTTTAGCCGA
258 TGAGTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGA
3970 AATCATGTAC
323 AATCATGTAC
* * * * * * * *
3980 TAATTATTACGGTTTTTTGCTAAAAACGCGTTCCTGAGCCCCCGGCACAATTTTGTATGATTTTT
1 TAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC-GGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTT
* * * * * * *
4045 GGTGCCAATATTCCTTAAAATATATATATTCGTCTAACCAAATCTCAGTCACATTGCATTAAAGG
65 GGCGCCAACACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGG
**
4110 ATTAGTTTTTATAAGTATCTGAATAATGTTTCGATTTAACTAAAATTAATTCAGAAAAAATAATA
130 ATTAGTTTTTACGAGTATCTGAATAATGTTTCGATTTAACTAAAATTAATTCAGAAAAAATAATA
*
4175 AAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAACTCTTCAATATT
195 AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACTCTTCAATATT
4212 ATTGCAAAAT
Statistics
Matches: 3334, Mismatches: 477, Indels: 131
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
326 27 0.01
327 32 0.01
328 303 0.09
329 177 0.05
330 512 0.15
331 700 0.21
332 581 0.17
333 345 0.10
334 405 0.12
335 252 0.08
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (332 bp):
TAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTG
GCGCCAACACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGA
TTAGTTTTTACGAGTATCTGAATAATGTTTCGATTTAACTAAAATTAATTCAGAAAAAATAATAA
AAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACTCTTCAATATTTTTGGTGTTAAATTATAGATTTTTTATGA
GTGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAAT
CATGTAC
Done.