Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01009939.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09960, whole genome shotgun sequence
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3563 CTTAATGCCC
* *
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1 TTTTGCCC-CTGAACTTGTAATTTTGGACA
* *
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1 TTTTG-CCCCTGAACTTGTAATTT
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*
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GGGGCTAAACCTGAATTTAAG
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38857 ATACACTACA
* * * * *
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* * * * **
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66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATAG-AAAAA-GATATTAGAAGCGTGAAAAAACC
* * *
38995 CTTCAAATTTTTTGGCATTGAATTATATATATTTTTTTGAGTATTGTGGC-AAAAATTGAGAAAA
129 CTTC-AATTTTTTGGCGTTGAA-T-TATATATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAA
* * * *
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191 AACTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGG
* * ** * *
39124 GTAAAAACGCGTTCCTGAGCCTCGATTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTTAAA
256 CTAAAAACGCGTTCCTGAGCCCCGGCTCAATTTCGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAA
39189 TATCTATAT
321 TATCTATAT
* *
39198 TCATCTAACCAAATCTCAGTTACAATGGATTTAATGATTTGCTTTTACAAGCATCTTAATTTTGT
1 TCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAATGATTTGTTTTTACAAGCATCTTAATTTTGT
*
39263 CTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAATAGAAAAAGAATATTAGAAGCGTGAAAAAACC
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAAATAGAAAAAG-ATATTAGAAGCGTGAAAAAACC
* * *
39328 CTTCAATTTTTTGGCTTTAAATTATATATTGTTTCTGAGTATTATGGCAAAAAATTGAGGAAAAA
129 CTTCAATTTTTTGGCGTTGAATTATATATT-TTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAA
* * * * *
39393 CTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCTTGAACTAACCATCACAATTTTTTTGC
193 CTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC-AGTTTTTGGC
** * ** * *
39458 TAAAAACATGTTCCCGAGCCCCAACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCTTTGAAAT
257 TAAAAACGCGTTCCTGAGCCCCGGCTCAATTTCGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAAT
39523 ATCTATAT
322 ATCTATAT
* * * *
39531 TCATCTAACCAAATCTCAGTCACAGTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAACATCTTAATTTTGT
1 TCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAATGATTTGTTTTTACAAGCATCTTAATTTTGT
* *
39596 TTCGATTTAAATA-AAATTAATTCGGAAAAAAAAATAGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAAC
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-G--AAAAAAATAGAAAAAGATATTAGAAGCGTGAAAAAAC
* * * *
39660 CCTTCAATTTTTTTGACGTTTAATTATATATTTTTTTGTAACTATTGTGGCCAAAAAATTGAGGA
128 CCTTCAA-TTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTCTG--AGTATTGTGG-CAAAAAATTGAGGA
* *
39725 AAAACTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAAATTTTAGCTGAAATCAG-GTACTAACCATCACGGTTT
189 AAAACTTTTCGGGTCAATTTTTGC-AAAATTTTAGCCGAAATC-GTGTACTAACCATCACAGTTT
* * * ** * * *
39789 TTGG-TTAAAACACGTTCCTGTGCCTTGGCTCAATTTCGCATTATTTCTGGCCGAAAGACTCCTT
252 TTGGCTAAAAACGCGTTCCTGAGCCCCGGCTCAATTTCGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTT
* *
39853 AAAATACCTATAT
317 GAAATATCTATAT
* * * *
39866 TAATCTTACCAAATCTCAGTCACGATGGACTTAATGATTTGTTTTTACAAGCATCTTAATTTTGT
1 TCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAATGATTTGTTTTTACAAGCATCTTAATTTTGT
39931 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG-AAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAACCC
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATAGAAAAA-GATATTAGAAGCGTGAAAAAACCC
* * * * *
39995 CTCAAATTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAAATTGAGGACAAA
130 TTCAATTTTTTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTCTGAGTATTGTGGC-AAAAAATTGAGGAAAAA
* * *
40060 CTTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCT
193 CTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCT
** * * *
40125 AAAAACGCGAACCTGAGCCCCGGCTCAATCTCGCAAGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTTAAATA
258 AAAAACGCGTTCCTGAGCCCCGGCTCAATTTCGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATA
40190 TCTATAT
323 TCTATAT
* * *
40197 TCATCGT-ACCAAATCTCAGTCACAATGGACTTAATGATTTGTTTTTACAAGAATCTTAATTGTG
1 TCATC-TAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAATGATTTGTTTTTACAAGCATCTTAATTTTG
* *
40261 CTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAAAC
65 TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATAGAAAAA-GATATTAGAAGCGTG-AAAAAAC
* * *
40326 CC-TCAAATTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTAAGCATTGTGGCAAAAAAAATTAAGGA
128 CCTTC-AATTTTTTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTCTGAGTATTGTGGC--AAAAAATTGAGGA
* * * * *
40390 CAAACTTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCGTCACGGTTTTT
189 AAAACTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTT
* * * * * * ** * *
40455 GGTTAATAATGTGTTCCTAAGTCCAAGCT--ATTTTGCATGAATTTTGGCAGAAAGACTCCTTGA
254 GGCTAAAAACGCGTTCCTGAGCCCCGGCTCAATTTCGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGA
*
40518 AATATCCATAT
319 AATATCTATAT
* * *
40529 TCATCTATCTAAATCTCAGTCACAATGGATTTAACGATTTGTTTTTTACAAGCATCTTAATTTTG
1 TCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAATGATTTG-TTTTTACAAGCATCTTAATTTTG
* *
40594 TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGCAGAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGCGTCAAAAAAC
65 TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG-AAAAAAATAGAAAAA-GATATTAGAAGCGTGAAAAAAC
* * * * *
40659 CCTTTGATTTTTTTGGCGTTGAATTACATATTTTCCTAAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAA
128 CC-TTCAATTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAA
** * * * **
40724 ACTTTTTTGGTCAATTATTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTGACCATAACAGTTTTTGTT
192 ACTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGC
* * ** * * *
40789 TAATAACG-GTTCCTGTGCCTTGGCTCAATTTCGCATGATGTTTGACAGAAAGACTCCTTAAAAT
257 TAAAAACGCGTTCCTGAGCCCCGGCTCAATTTCGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAAT
40853 ATCTATAT
322 ATCTATAT
* ** * *
40861 TAATCTTGCCAAATCTCAGTCACAATGGACTTAATGATTTGTTTTTATAAGCATCTTAATTTTGT
1 TCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAATGATTTGTTTTTACAAGCATCTTAATTTTGT
* *
40926 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGAAAAAATTATATTAGAAGCGTGAAAAAACC
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATAG-AAAAA-GATATTAGAAGCGTGAAAAAACC
* * ** *
40991 CTTCAATTTTTTGCCGCTGAATTATATATTATTGGTGAATATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAA
129 CTTCAATTTTTTGGCGTTGAATTATATATT-TTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAA
* * * * *
41056 CTTTTCGGCTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTAGTAACCATCACGGTTTTTGACT
193 CTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCT
* * * * * * *
41121 AAAAGCGCGTTCCTGAGTCCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTCTGACAGAAAGACTCCTTGAAATA
258 AAAAACGCGTTCCTGAGCCCCGGCTCAATTTCGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATA
41186 TCTATAT
323 TCTATAT
* * *
41193 TCATCTGACCAAATCTCAGTCACAATGGACTTAATAATTAT-TTTTTACAAGCATCTTAATTTTG
1 TCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAATGATT-TGTTTTTACAAGCATCTTAATTTTG
* * *
41257 TTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAGATAGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAAAC
65 TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAAATAGAAAAA-GATATTAGAAGCGTGAAAAAAC
* *
41322 TCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTACATATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAATTGAGGAAA
128 CCTTCAA-TTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTCTGAGTATTGTGGC-AAAAAATTGAGGAAA
* * * * *
41387 AACTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATATTAGCCGAAACCATGTAGTAACCATCACAGCTTTTGG
191 AACTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGG
* * *
41452 CTAGAAACGCGTTCCTAAGCCCTGGCTCAATTTCGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAA
256 CTAAAAACGCGTTCCTGAGCCCCGGCTCAATTTCGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAA
*
41517 TATATATAT
321 TATCTATAT
** * * * * *
41526 TCATCTAATGAAATATCAGTCACAATGGATTTAATTATATATTTTTACAAACATCTT
1 TCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAATGATTTGTTTTTACAAGCATCTT
41583 TATT
Statistics
Matches: 2085, Mismatches: 259, Indels: 80
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
329 1 0.00
330 93 0.04
331 523 0.25
332 509 0.24
333 557 0.27
334 180 0.09
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336 54 0.03
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ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (329 bp):
TCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAATGATTTGTTTTTACAAGCATCTTAATTTTGT
TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAAATAGAAAAAGATATTAGAAGCGTGAAAAAACCCT
TCAATTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTT
TTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAA
AACGCGTTCCTGAGCCCCGGCTCAATTTCGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCT
ATAT
Found at i:40875 original size:664 final size:661
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38857 ATACACTACA
* * * * * * *
38867 TCATCTAACCAAATCTCAATCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGT
1 TCATCTTACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAATGATTTGTTTTTACAAGAATCTTAATTTTGT
* * * * * **
38932 TTCAATTTAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAAT-GAAAAAACAATATTAGGAGCGT-AAAAATTC
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAACC
* * ** *
38995 CTTCAAATTTTTTGGCATTGAATTATATATATTTTTTTGAGTATTGTGGC-AAAAATTGAGAAAA
131 CTTCAAATTTTTTGGCGTTGAATTATATAT-TTTTTGT-AACATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAA
* * * *
39059 AACTTTTCAGGTCAGTTTTTGCTAAATTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCACAGTTTTTGG
194 AACTTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTT-G
* * ** * *
39124 GTAAAAACGCGTTCCTGAG-CCTCGATTCAATTTTGCATG-ATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTTA
258 GTTAAAACGCGTTCCTGAGTCC-AGGCTC-ATTTTGCATGAATTTCTGGCAGAAAGACTCCTTGA
* * * * *
39187 AATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTTACAATGGATTTAATGATTTGCTTTTACAAGCAT
321 AATATCCATATTCATCTATCCAAATCTCAGTCACAATGGACTTAATGATTTGTTTTTACAAGCAT
*
39252 CTTAATTTTGTCTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAATAGAAAAA-GAATATTAGAAG
386 CTTAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-G-AAAAAATAGAAAAACG-ATATTAGAAG
* * * *
39316 CGTGAAAAAACCCTTCAATTTTTTGGCTTTAAATTATATATTGTTTCTGAGTATTATGGC-AAAA
448 CGTGAAAAAACCCTTCAATTTTTTGGCGTTAAATTACATATT-TTTCTAAGTATTGTGGCAAAAA
* * *
39380 AATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCTTGAACTAACCATC
512 AATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATC
* * ** * ** *
39445 ACAATTTTTTTGCTAAAAACATGTTCCCGAGCCCCAACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAA
577 AC-AGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGAGCCCCGGCTCAATTTCGCATGATTTTTGGCAGAAA
*
39510 GACTCTTTGAAATATCTATAT
641 GACTCCTTGAAATATCTATAT
* * * *
39531 TCATCTAACCAAATCTCAGTCACAGTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACAA-ACATCTTAATTTTG
1 TCATCTTACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAATGATTTGTTTTTACAAGA-ATCTTAATTTTG
* *
39595 TTTCGATTTAAATA-AAATTAATTCGGAAAAAA-AAATAGAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAA
65 TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGA-A-AAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAA
* * *
39658 ACCCTTCAATTTTTTTGACGTTTAATTATATATTTTTTTGTAACTATTGTGGCCAAAAAATTGAG
128 ACCCTTCAAATTTTTTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTTGTAAC-ATTGTGG-CAAAAAATTGAG
* *
39723 GAAAAACTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAAATTTTAGCTGAAATCAG-GTACTAACCATCACGGT
190 GAAAAACTTTTCAGGTCAATTTTTGC-AAAATTTTAGCCGAAATC-GTGTACTAACCATCACGGT
* * * * * *
39787 TTTTGGTTAAAACACGTTCCTGTG-CCTTGGCTCAATTTCGCAT-TATTTCTGGCCGAAAGACTC
253 TTTTGGTTAAAACGCGTTCCTGAGTCC-AGGCTC-ATTTTGCATGAATTTCTGGCAGAAAGACTC
* * *
39850 CTTAAAATA-CCTATATTAATCT-TACCAAATCTCAGTCACGATGGACTTAATGATTTGTTTTTA
316 CTTGAAATATCC-ATATTCATCTAT-CCAAATCTCAGTCACAATGGACTTAATGATTTGTTTTTA
39913 CAAGCATCTTAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAATAGAAAAACGATATTA
379 CAAGCATCTTAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAATAGAAAAACGATATTA
* * *
39978 GAAGCGTGAAAAAACCCCTCAAATTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGCA
444 GAAGCGTGAAAAAACCCTTCAATTTTTTGGCGTTAAATTACATA-TTTTTCTAAGTATTGTGGCA
* * *
40043 AAAAAATTGAGGACAAACTTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCGTGTACTAAC
508 AAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC
* ** * *
40108 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGAACCTGAGCCCCGGCTCAATCTCGCAAGATTTTTGGCAG
573 CATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGAGCCCCGGCTCAATTTCGCATGATTTTTGGCAG
*
40173 AAAGACTCCTTTAAATATCTATAT
638 AAAGACTCCTTGAAATATCTATAT
* * * *
40197 TCATCGTACCAAATCTCAGTCACAATGGACTTAATGATTTGTTTTTACAAGAATCTTAATTGTGC
1 TCATCTTACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAATGATTTGTTTTTACAAGAATCTTAATTTTGT
40262 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAG-AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAAAC
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGAAAAAACGATATTAGAAGCGTG-AAAAAAC
* *
40326 CC-TCAAATTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTAAGCATTGTGGCAAAAAAAATTAAGGA
130 CCTTCAAATTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTGTAA-CATTGTGGC--AAAAAATTGAGGA
* * *
40390 CAAACTTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCGTGTACTAACCGTCACGGTTTTT
192 AAAACTTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTT
* * * *
40455 GGTTAATAATGTGTTCCTAAGTCCAAGCT-ATTTTGCATGAATTT-TGGCAGAAAGACTCCTTGA
257 GGTTAA-AACGCGTTCCTGAGTCCAGGCTCATTTTGCATGAATTTCTGGCAGAAAGACTCCTTGA
* * *
40518 AATATCCATATTCATCTATCTAAATCTCAGTCACAATGGATTTAACGATTTGTTTTTTACAAGCA
321 AATATCCATATTCATCTATCCAAATCTCAGTCACAATGGACTTAATGATTTG-TTTTTACAAGCA
40583 TCTTAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGCAGAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAG
385 TCTTAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCG-A-AAAAATAGAAAAACGATATTAGAAG
* * * * *
40648 CGTCAAAAAACCCTTTGATTTTTTTGGCGTTGAATTACATATTTTCCTAAGTATTGTGGC-AAAA
448 CGTGAAAAAACCC-TTCAATTTTTTGGCGTTAAATTACATATTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAA
** * * *
40712 AATTGAGGAAAAACTTTTTTGGTCAATTATTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTGACCATA
512 AATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATC
** * * ** * *
40777 ACAGTTTTTGTTTAATAACG-GTTCCTGTGCCTTGGCTCAATTTCGCATGATGTTTGACAGAAAG
577 ACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGAGCCCCGGCTCAATTTCGCATGATTTTTGGCAGAAAG
*
40841 ACTCCTTAAAATATCTATAT
642 ACTCCTTGAAATATCTATAT
* * * * *
40861 TAATCTTGCCAAATCTCAGTCACAATGGACTTAATGATTTGTTTTTATAAGCATCTTAATTTTGT
1 TCATCTTACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAATGATTTGTTTTTACAAGAATCTTAATTTTGT
**
40926 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGAAAAAATTATATTAGAAGCGTGAAAAAACC
66 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAACC
* * * * *
40991 CTTC-AATTTTTTGCCGCTGAATTATATATTATTGGTGAATATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAA
131 CTTCAAATTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTGT-AACATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAA
* * *
41055 ACTTTTC-GGCTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTAGTAACCATCACGGTTTTTGA
195 ACTTTTCAGG-TCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGG
* * * *
41119 CTAAAAGCGCGTTCCTGAGTCCCGGCTCAGTTTTGTATG-ATTTCTGACAGAAAGACTCCTTGAA
259 TTAAAA-CGCGTTCCTGAGTCCAGGCTCA-TTTTGCATGAATTTCTGGCAGAAAGACTCCTTGAA
* *
41183 ATATCTATATTCATCTGA-CCAAATCTCAGTCACAATGGACTTAATAATTAT-TTTTTACAAGCA
322 ATATCCATATTCATCT-ATCCAAATCTCAGTCACAATGGACTTAATGATT-TGTTTTTACAAGCA
* *
41246 TCTTAATTTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAGATAGAAAAACAATATTAGAAG
385 TCTTAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAA-ATAGAAAAACGATATTAGAAG
* * *
41311 CGTGAAAAAACTCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTACATATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAA
448 CGTGAAAAAACCCTTCAA-TTTTTTGGCGTTAAATTACATATTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAA
* * * *
41376 AATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATATTAGCCGAAACCATGTAGTAACCATC
512 AATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATC
* * * *
41441 ACAGCTTTTGGCTAGAAACGCGTTCCTAAGCCCTGGCTCAATTTCGCATGATTTTTGGCAGAAAG
577 ACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGAGCCCCGGCTCAATTTCGCATGATTTTTGGCAGAAAG
*
41506 ACTCCTTGAAATATATATAT
642 ACTCCTTGAAATATCTATAT
* ** * * * *
41526 TCATCTAATGAAATATCAGTCACAATGGATTTAATTATATATTTTTACAA
1 TCATCTTACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAATGATTTGTTTTTACAA
41576 ACATCTTTAT
Statistics
Matches: 1785, Mismatches: 211, Indels: 97
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
661 4 0.00
662 95 0.05
663 209 0.12
664 520 0.29
665 309 0.17
666 322 0.18
667 114 0.06
668 176 0.10
669 35 0.02
670 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (661 bp):
TCATCTTACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAATGATTTGTTTTTACAAGAATCTTAATTTTGT
TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGAAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAACC
CTTCAAATTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTGTAACATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAA
CTTTTCAGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTT
AAAACGCGTTCCTGAGTCCAGGCTCATTTTGCATGAATTTCTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATAT
CCATATTCATCTATCCAAATCTCAGTCACAATGGACTTAATGATTTGTTTTTACAAGCATCTTAA
TTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGAAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA
AACCCTTCAATTTTTTGGCGTTAAATTACATATTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAAATTGAGGA
AAAACTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTT
GGCTAAAAACGCGTTCCTGAGCCCCGGCTCAATTTCGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGA
AATATCTATAT
Done.