Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01009940.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09961, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 30894
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.17, T:0.34
Warning! 1 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:658 original size:337 final size:331
Alignment explanation
Indices: 4--1266 Score: 1546
Period size: 337 Copynumber: 3.8 Consensus size: 331
1 TTC
* * *
4 TGCAAAATTTTCA-CCGACATCATATA-TAAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTG
1 TGCAAAATTTT-AGCCGAAATCATGTACT-AACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCTG
* * * * * *
67 AGCCCCGGTTCAATTTCGCTTGATTTTTGGCAAAAACACTCCTTT-AAATATCTATATTCATCTA
64 AGCCCCAGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACT-CTTTGAAATATCTATATTCATCTA
* * * * *
131 CCCGAATCTCAGTCAAAATGGACTTAATGATTGTTTTTACAAGCATCTTAATTTTTTTTCGATTT
128 ACCAAATCTCAGTCACAATAGACTTAATGATTGTTTTTACAAGCATCTTAATTTTGTTTCGATTT
* * * *
196 AATTAGAAATTAATTTGGAAAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTTAAAAAACCCTTCAA
193 AATTAGAAATTAA-TT-CAAAAAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAACCCTTCAA
261 TTTTTTTGGCA-TT-AGACTATATATTTTTTTTGTGAATATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAAC
256 -TTTTTTGG-AGTTGA-ACTATATA--TTTTTTGTGAATATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAAC
324 TTTTCGGGGCAATTTT
316 TTTTCGGGGCAATTTT
* * *
340 TGCAAAAATTTAGCCTAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCTTGAG
1 TGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCTGAG
* * *
405 CCCCAGCTCAATTTTGCATGAATTTTGGCATAAAGACTCTTTGAAATATCTATATTCATCTAACA
66 CCCCAGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCTTTGAAATATCTATATTCATCTAACC
* * * * * * ** *
470 AAATCTCATTTAGAATAGATTTAATTATTAATTTTTACAAGCATCTTAATTTCATTTAGATTTAA
131 AAATCTCAGTCACAATAGACTTAATGATT-GTTTTTACAAGCATCTTAATTTTGTTTCGATTTAA
* * * *
535 TTAGACATTAATTCGGGAAAAAATAAATAGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAAATCCTTCAG
195 TTAGAAATTAATTC---AAAAAA-AAATAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAACCCTTCAA
600 TCTTTTTGGAGTTGAACTATATATTTTTTGTGAATATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAA-TTTT
256 T-TTTTTGGAGTTGAACTATATATTTTTTGTGAATATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTT
* *
664 TGGGGTCAATTTC
320 CGGGG-CAATTTT
* * * *
677 TGCAAAATTTTAGCCGCAATCATGTATTAACCACCACGGTTTTTGGCTAAAAACGAGTTCCTGAG
1 TGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCTGAG
* * * * *
742 CCCAAGCTCAAATTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCATTGAAAAATCTATATTTATCTAACC
66 CCCCAGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCTTTGAAATATCTATATTCATCTAACC
* * * *
807 AAATCTCAGCCACAA-AGGATTTAATGATGTTTTTTTACAAGCATCTTAATTTTGTTTCGAATTA
131 AAATCTCAGTCACAATA-GACTTAATGAT-TGTTTTTACAAGCATCTTAATTTTGTTTCGATTTA
* *
871 ATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAACACTTCAATTT
194 ATTAGAAATTAATTCAAAAAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAACCCTTCAATTT
* * **
936 TTTTGACGTTGAATTATATATTTTTTGTGAATATTGTTGAAAAAAAATTGA-GAAAAACTTTTCG
259 TTTGGA-GTTGAACTATATATTTTTTGTGAATATTG-TGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCG
**
1000 GGTTAATTTT
322 GGGCAATTTT
* **
1010 TGGAAAATTTTAGTAGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAATTCGT-TT-CT-
1 TGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAA--CGTGTTCCTG
* * * * * *
1072 AGGCCCCGGCTCAATTTT-CAGGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTAAAATATCTATATTGATCTT
64 A-GCCCCAGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCTTTGAAATATCTATATTCATCTA
*
1136 ACCAAATCTCAGTCACAATGGACTTAATGATTTGTTTTTACAAGCATCTTAATTTTGTTTCGATT
128 ACCAAATCTCAGTCACAATAGACTTAATGA-TTGTTTTTACAAGCATCTTAATTTTGTTTCGATT
* * *
1201 TAATTAGAAATTAATTC-AGAAAAAATA-AAAAACGATATTAGAAACGTGAAAAAACCCTTCGAT
192 TAATTAGAAATTAATTCAAAAAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAACCCTTCAAT
1264 TTT
257 TTT
1267 GAGGAAAAAT
Statistics
Matches: 806, Mismatches: 99, Indels: 50
0.84 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
330 36 0.04
331 8 0.01
332 122 0.15
333 140 0.17
334 26 0.03
335 7 0.01
336 139 0.17
337 264 0.33
338 9 0.01
339 54 0.07
340 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (331 bp):
TGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGTGTTCCTGAG
CCCCAGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCTTTGAAATATCTATATTCATCTAACC
AAATCTCAGTCACAATAGACTTAATGATTGTTTTTACAAGCATCTTAATTTTGTTTCGATTTAAT
TAGAAATTAATTCAAAAAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAAACCCTTCAATTTTT
TGGAGTTGAACTATATATTTTTTGTGAATATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGGC
AATTTT
Found at i:1506 original size:294 final size:295
Alignment explanation
Indices: 978--1562 Score: 811
Period size: 294 Copynumber: 2.0 Consensus size: 295
968 ATTGTTGAAA
* * ** *
978 AAAAATTGAGAAAAACTTTTCGGGTTAATTTTTGGAAAATTTTAGTAGAAATCATGTACTAACCA
1 AAAAATTGAGAAAAACTTTTCGGGTCAATTTATACAAAATTTTAGTAGAAATCATGTACTAACAA
** * ** * *
1043 TCACGGTTTTTGGCTAAAAATTCGTTTCTAGGCCCCGGCTCAATTTTCAGGATTTTTGGCAGAAA
66 TCACGGTTTTTGGCTAAAAATGAGTTCCTAGGCCCAAGCTCAATTTTCAGAATTTTTGACAGAAA
* * *
1108 GACTCCTTAAAATATCTATATTGATCTTACCAAATCTCAGTCACAATGGACTTAATGATTTGTTT
131 GACTCCTTAAAATATCTATATTGATCTAACCAAATCTCAATCACAAAGGACTTAATGATTTGTTT
* * * *
1173 TTACAAGCATCTTAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAAATA-AAAAACGA
196 TTACAAGCATATTAATTTTGTTTCGATTAAAGTAGAAATTAACTCAGAAAAAAATAGAAAAACGA
*
1236 TATTAGAAACGTGAAAAAACCCTTCGATTTTGAGG
261 TATTAGAAACGTGAAAAAACCCTTCAATTTTGAGG
* * *
1271 AAAAATTGAGGAAAATTTTTGGGGTCAATTTATACAAAATTTTAGCT-GAAATCATGTACTAACA
1 AAAAATTGAGAAAAACTTTTCGGGTCAATTTATACAAAATTTTAG-TAGAAATCATGTACTAACA
* * * ** *
1335 ATCACGGTTTTTGGCTAAAACTGAGTTCCT-GAGTCTAAGCTCAATTTTGCCTAATTTTTGACCG
65 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAATGAGTTCCTAG-GCCCAAGCTCAATTTT-CAGAATTTTTGACAG
* *
1399 AAAGACTCCTTGAAAA-ATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAATCACAAAGGATTTAATGATTT
128 AAAGACTCCTT-AAAATATCTATATTGATCTAACCAAATCTCAATCACAAAGGACTTAATGATTT
1463 GTTTTTACAAGCATATTAATTTTGTTTCGATTAAAGTAGAAATTAACTCAGAAAAAAATAGAAAA
192 GTTTTTACAAGCATATTAATTTTGTTTCGATTAAAGTAGAAATTAACTCAGAAAAAAATAGAAAA
*
1528 ACGATATTAGAAGCGTGAAAAAACCCTTCAATTTT
257 ACGATATTAGAAACGTGAAAAAACCCTTCAATTTT
1563 TTTGACGTTA
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 32, Indels: 9
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
292 1 0.00
293 92 0.36
294 112 0.44
295 12 0.05
296 37 0.15
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (295 bp):
AAAAATTGAGAAAAACTTTTCGGGTCAATTTATACAAAATTTTAGTAGAAATCATGTACTAACAA
TCACGGTTTTTGGCTAAAAATGAGTTCCTAGGCCCAAGCTCAATTTTCAGAATTTTTGACAGAAA
GACTCCTTAAAATATCTATATTGATCTAACCAAATCTCAATCACAAAGGACTTAATGATTTGTTT
TTACAAGCATATTAATTTTGTTTCGATTAAAGTAGAAATTAACTCAGAAAAAAATAGAAAAACGA
TATTAGAAACGTGAAAAAACCCTTCAATTTTGAGG
Found at i:2101 original size:332 final size:331
Alignment explanation
Indices: 1271--4635 Score: 4112
Period size: 331 Copynumber: 10.2 Consensus size: 331
1261 GATTTTGAGG
* * * * * *
1271 AAAAATTGAGG-AAAATTTTTGGGGTCAATTTATACAAAATTTTAGCTGAAATCATGTACTAACA
1 AAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACC
* * ** * * * *
1335 ATCACGGTTTTTGGCT-AAAACTGAGTTCCTGAGTCTAAGCTCAATTTTGCCTAATTTTTGACCG
66 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAAC-GCGTTCCTGAGCCCGA-CTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAG
* * * *
1399 AAAGACTCCTTGAAAAATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAATCACAAAGGATTTAATGATTTG
129 AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAATGATTTG
* * * * *
1464 TTTTTACAAGCATATTAATTTTGTTTCGATTAAAGTAGAAATTAACTCAGAAAAAAATAGAAAAA
194 TTTTTACAAGCATCTTAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GGAAAAAATAGAAAAA
* * *
1529 CGATATTAGAAGCGTGAAAAAACCCTTCAATTTTTTTGACGTTAAATTATATATTTTTTTTGAAT
258 CGATATTAGAAGCGTGAAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTGTGAAT
1594 ATTGTGG-A
323 ATTGTGGCA
* * * *
1602 GAAAATTGAGGAAAAACTTTCCGTGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCATGTACTAACC
1 AAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACC
* * * **
1667 ATCACGGTTTTTGTCTAAAAACGCGTTCTTGAGCCCGACTCAATTTTGCATGATTTCTAACAGAA
66 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGAGCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAA
* *
1732 AGACTACTTGAAATATCTATATTCATCTTAA-CAAATCTCAGTCACAATGGACTTAATGATTTGT
131 AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATC-TAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAATGATTTGT
* * * * *
1796 TTTTACAAGCATCTTAATTTTGTTTCGATTTAAATAGAAATTGATTTGGAAAAAAATTGAAAAAT
195 TTTTACAAGCATCTTAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAAATAGAAAAAC
* * * * * *
1861 GATATTAGAAGCATGAAAAAATCCTT-AAATTTTTTGCCGCTGAATTATATAATTTTTGTGAATA
259 GATATTAGAAGCGTGAAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTGTGAATA
1925 TTGTGGCA
324 TTGTGGCA
* *
1933 AAAAATTGATGAAAAACTTTTCGGCTCAATTTTTGCAAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAAC
1 AAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAATTTTTGC-AAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAAC
* * **
1998 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCTTGAGCCCGACTCAATTTTGCATGATTTCTAACAGA
65 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGAGCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGA
* * * * *
2063 AATACTACTTGAAATATCTATATTCATCTTACCAAATCTCAGTCAAAATGGACTTAATGATTT-T
130 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAATGATTTGT
* * *
2127 TTTTACAAACATCTTAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAGTCGG---AAA-A-AAAAACT
195 TTTTACAAGCATCTTAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGAAAAACG
* * * * * * *
2187 ATATTAGAAACGTGAAAAAACCCCTCAATTTTTTTGGGGTTGTATTACATATTTTTTCTGAGTAT
260 ATATTAGAAGCGTGAAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTGTGAATAT
*
2252 TCTGGCA
325 TGTGGCA
* * * * *
2259 ACAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAAATTTTGCAAAATATTATCCGAAATCATGTAGTAA-C
1 AAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACC
* * * * * **
2323 AT-ATTGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTCCTGAACCCCGGCTCAATTTCGCATGATTTTCAGCAG
66 ATCA-CGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTG-AGCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAG
* * *
2387 AAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTTACAAAATCTCAGTCACAATGGATTTAATGATTTG
129 AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAATGATTTG
* * * **
2452 TTTTTGCAAGCATCTTAATTTCGTTTCAATTTAATTAG--A--AA-T--G---AAATAGAAAATT
194 TTTTTACAAGCATCTTAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGAAAAAC
* * * *
2507 GATATTAGAAGCTTGAAAAAACCGTT-AAATTTTTTGGCGTTGAACTATATATTTTTTGTGAATA
259 GATATTAGAAGCGTGAAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTGTGAATA
*
2571 TTGTGTCA
324 TTGTGGCA
* *
2579 AAAAATTGAGGAAAAAATTTTGGGGTCAATTTCTT-CAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAAC
1 AAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAATTT-TTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAAC
* * * *
2643 CATTACGGTTTTTGGCTAAAAACGAGTTCCTGAGCGCAAGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAG
65 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGAGCCCGA-CTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAG
* * * * *
2708 AAAGTCTCCTTGAAAAATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGTCACGATGGATTTAGTGATTTG
129 AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAATGATTTG
2773 TTTTTACAAGCATCTTAATTTTGTTTCGATTTAATT-GAAAATTAATTCGGAAAAAATAGAAAAA
194 TTTTTACAAGCATCTTAATTTTGTTTCGATTTAATTAG-AAATTAATTCGGAAAAAATAGAAAAA
* * * ** * * * * * *
2837 CGAAATCAAAAGCGTGAAAAAGTCCTT-AAATTTTTTGACGTTAAATT-T-TTTTTTTTCTGAGT
258 CGATATTAGAAGCGTGAAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTGTGAAT
*
2899 ATTGTGGTA
323 ATTGTGGCA
* * * * * *
2908 AAAAATTAAGGAAAAACTTATCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTTGTCGAAATCGTGTACTAACC
1 AAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACC
* * * * *
2973 ATCACGGTTTTTTGCGAAAAACGCATTCCTGAGGCCCGACTCAATTTTCCATGATTTCTGGCAGA
66 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGA-GCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGA
* ** * * * * *
3038 AAGGCTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAGGAAATCTAATTTACAATGGATTTAATTATTTAT
130 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAATGATTTGT
*
3103 TTTAACAAGCATCTTAATTTCT-TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GAAAAAGATAGAAAAA
195 TTTTACAAGCATCTTAATTT-TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAA-ATAGAAAAA
* * * *
3166 AGATATTAGAAGCGTGAAAAAATCCTTCAATTTTTTTAGG-GTTGAACTATATATTTTTTGTAAA
258 CGATATTAGAAGCGTGAAAAAACCCTTCAATTTTTTT-GGCGTTGAATTATATATTTTTTGTGAA
*
3230 TATTGTGG-T
322 TATTGTGGCA
** * **
3239 AAAAACCGAGGAAAAACTTTTGGGGTCAATTTCAGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACC
1 AAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACC
* * * * * * **
3304 ATCACGGTTTTTGGATAAAAATGAGTTCATGAGTCCAAGCTCAATTTTGCATGATTTTTGAAAGA
66 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGAGCCCGA-CTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGA
* * * * * *
3369 AAGACTCCTTGAAAAATATATATTTATCTAACCAATTTTCAGTCACAAAGGATTTAATGATTTGT
130 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAATGATTTGT
* *
3434 TTTTACAAGCATCTTAATTTTGTTTCGATTTAATTATAAATTAATTCAGAAAAAATAGAAAAACG
195 TTTTACAAGCATCTTAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGAAAAACG
* ** *
3499 ATATTAGAAGTGTGAAAAAATACTTCAATTTTTTTGACGTTGAATTATATATTTTTTGTGAATAT
260 ATATTAGAAGCGTGAAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTGTGAATAT
* *
3564 TATGGAA
325 TGTGGCA
**
3571 AAACAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTATTCGAAATCATGTACTAAC
1 AAA-AATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAAC
* *
3636 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGAGCCCCGTCTCAATTTTGAATGATTTTTGGCAG
65 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGAG-CCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAG
* * *
3701 AAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCTTACCAAATCTCAGTCACAATGGACTTAATGATTTG
129 AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAATGATTTG
* *
3766 TTTTTACAAGCATCTTAATTTTTTTTCGATTTAATTAGAAATTACTTCGG-AAAAATAGAAAAAC
194 TTTTTACAAGCATCTTAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGAAAAAC
*
3830 GATATTAGAAGCGTGAAAAAACCCTTCGATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTGTGAATA
259 GATATTAGAAGCGTGAAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTGTGAATA
3895 TTGTGGCA
324 TTGTGGCA
* *
3903 AAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCTGAAATCATGTAGTAACC
1 AAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACC
* * * * *
3968 ATCACGGTTTTTGACTCAAAACGCGTTCCTGAGCCCCGGCTCAATTTCGCCTGATTTTTGGCAGA
66 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGAG-CCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGA
* * * * *
4033 AAGACTCCTTTAAATATCTATATTCATCTACCCAAATCTCAGTCACTATGGACTTATTGATTTGT
130 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAATGATTTGT
* * *
4098 TTTTACAAGGATCTTAATTTT-TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTTGAAAAAAATAGAAAAAC
195 TTTTACAAGCATCTTAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA-TTCGGAAAAAATAGAAAAAC
* ** * * *
4162 GAAATCGGAAGAGTGAAAAAAACCCTTCAGA--TTTTTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTCTGAG
259 GATATTAGAAGCGTG-AAAAAACCCTTCA-ATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTGTGAA
4224 TATTGTGGCA
322 TATTGTGGCA
* * * * * * * **
4234 AAAAATTGAGGAAAAACTTGTCGGATCAATTGTTGAAAAATTTTTA-TCGAAATCGTGTTCCGA-
1 AAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAA-TTTTAGCCGAAATCATGTACTAAC
** * * * * * *
4297 TTTCAATTGATTTTTTGCTAAAAACACGTTCCGGAGTCCCGACTCAATTTTGCATGATTTCTGGC
65 CATC-A-CGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGAG-CCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGC
* * *
4362 AGAAAGGCTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACGAAATCTCAGTCACAATGGATTTAATTATT
127 AGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAATGATT
* **
4427 TATTTTTACAAGCATCTTAATTTCT-TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAATAGAAA
192 TGTTTTTACAAGCATCTTAATTT-TGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGAAA
* * *
4491 AATGATATTAGAAGCGTGAAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAACTGTATATTTTTTGTGA
256 AACGATATTAGAAGCGTGAAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTGTGA
* *
4556 ATATTCTTGCA
321 ATATTGTGGCA
* * *
4567 AAAAATTGAGGAAAAACTTTTGGGGTCAACTTCTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACC
1 AAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACC
4632 ATCA
66 ATCA
4636 TGTACTAATC
Statistics
Matches: 2599, Mismatches: 378, Indels: 112
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
319 4 0.00
320 95 0.04
321 167 0.06
322 3 0.00
323 2 0.00
324 28 0.01
325 136 0.05
326 103 0.04
327 3 0.00
328 9 0.00
329 249 0.10
330 90 0.03
331 836 0.32
332 559 0.22
333 310 0.12
334 5 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (331 bp):
AAAAATTGAGGAAAAACTTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACC
ATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGAGCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCAGAA
AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAATGATTTGTT
TTTACAAGCATCTTAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATAGAAAAACGA
TATTAGAAGCGTGAAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTGTGAATATT
GTGGCA
Found at i:3946 original size:664 final size:662
Alignment explanation
Indices: 1271--4635 Score: 4301
Period size: 664 Copynumber: 5.1 Consensus size: 662
1261 GATTTTGAGG
* * * * *
1271 AAAAATTGAGG-AAAATTTTTGGGGTCAATTTATACAAAATTTTAGCTGAAATCATGTACTAACA
1 AAAAATTGAGGAAAAACTTTTGGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACC
* * * * *
1335 ATCACGGTTTTTGGCT-AAAACTGAGTTCCTGAGTCTAAGCTCAATTTTGCCTAATTTTTGACCG
66 ATCACGGTTTTTGGCTAAAAAC-GAGTTCCTGAGCCCAAGCTCAATTTTGCATGATTTTTGACAG
*
1399 AAAGACTCCTTGAAAAATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAATCACAAAGGATTTAATGATTTG
130 AAAGACTCCTTGAAAAATCTATATTTATCTAACCAAATCTCAGTCACAAAGGATTTAATGATTTG
* * * *
1464 TTTTTACAAGCATATTAATTTTGTTTCGATTAAAGTAGAAATTAACTCAGAAAAAAATAGAAAAA
195 TTTTTACAAGCATCTTAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAAATAGAAAAA
* * *
1529 CGATATTAGAAGCGTGAAAAAACCCTTCAATTTTTTTGACGTTAAATTATATATTTTTTTTGAAT
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* * * *
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* *
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** * * *
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* *
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* * * * * * * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * * ** * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * *
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* * *
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* * * *
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*
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*
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* * *
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* * * *
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*
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* * * * *
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* * ** * * *
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* * * *
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* *
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* *
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** **
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* * * * *
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* * *
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*
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* *
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* *
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* *
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* *
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Done.