Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01009948.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig09969, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 7992
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.16, T:0.34
Found at i:678 original size:201 final size:201
Alignment explanation
Indices: 230--1355 Score: 1511
Period size: 201 Copynumber: 5.6 Consensus size: 201
220 AAGAAAAATA
* * * * * *
230 ATACAATACACCGTCAGTATAAATTTTGGATTCCATAAGTGGGTTAAGAAGTTGACACATACTCT
1 ATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACATACCCC
* * *
295 ATTTCTTAATTAATTAAATATTTAATATTAAAACATATTCCCTAAGGGGACATATGTTAACCCTT
66 ATTTC--AA-TAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTT
** * *
360 AAA-T----CCTACACGTGCAGTCTGCTAAAATCCACTGACGG-GTATTGAATAATTTTTCTTAT
128 AAATTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAATTTTTCTTAT
*
419 AGAATTATT
193 AGGATTATT
* * * * * *
428 ATATAATAAATTGTAAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTAACACATATCCC
1 ATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACATACCCC
*
493 ATTTCAA-AATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGTACACATGTCAACCCTTAAA
66 ATTTCAATAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAA
* *
557 GTTAAACCCCGCACGTGCAGTATGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAAATTTTCTTATAG
131 -TTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAG
622 GATTATT
195 GATTATT
* * *
629 ATACAATACACTGTCAATAG-AAAATTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTAACACATACCC
1 ATACAATACACTGTCAGT-GTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACATACCC
* * *
693 CATGTC-ATAATTAAATATTTAATATTAATACATAATCCCTAAGGGTACACATGTCAACCCTTAA
65 CATTTCAATAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAA
* * *
757 AGTTAAACCCCGTATGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAAATTTTCTTATA
130 A-TTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATA
822 GGATTATT
194 GGATTATT
830 ATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACATACCCC
1 ATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACATACCCC
* *
895 ATTTCATAATTAATTAAATATTTAATATTACTACATATTCCCTAAGGGGATACATGTCAACCC--
66 ATTTC--AA-TAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTT
* * * **
958 ---TTAAACCTCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCTACTGACTGTGTATTCCATAATTTTTCTTAT
128 AAATTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAATTTTTCTTAT
1020 AGGATTATT
193 AGGATTATT
* *** *
1029 ATACAATACACTATCAGCACAAATTTTGGACTCCATAAGCGAGTTAAGAAGTTGACACATACCCC
1 ATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACATACCCC
*
1094 ATTTCATGATTAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGACAACCCTT
66 ATTTCA--A-TAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTT
** *
1159 AAA-T----CTTGCACGTGCAGTCTGCTAAAATCCACTGACGG-GTATTGTATAATTTTTCTTAT
128 AAATTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAATTTTTCTTAT
1218 AGGATTATT
193 AGGATTATT
* *
1227 ATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAACGGGTTGAGAAGTTGACACATACCCC
1 ATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACATACCCC
* * * *
1292 ATTTC-ATAATTAAATATTTGATATTAATAAATATTCCCTAAGCGTACACATGTCAACCCTTAAA
66 ATTTCAATAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAA
1356 ATTGCTCAGA
Statistics
Matches: 830, Mismatches: 77, Indels: 46
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
194 106 0.13
195 1 0.00
196 3 0.00
197 1 0.00
198 149 0.18
199 210 0.25
200 32 0.04
201 276 0.33
202 1 0.00
203 1 0.00
204 1 0.00
205 49 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (201 bp):
ATACAATACACTGTCAGTGTAAATTTTGGACTCCATAAGCGGGTTAAGAAGTTGACACATACCCC
ATTTCAATAATTAAATATTTAATATTAATACATATTCCCTAAGGGGACACATGTCAACCCTTAAA
TTAAACCCCGCACGTGCAGTCTGCTAAACTCCACTGACGGTGTATTGTATAATTTTTCTTATAGG
ATTATT
Found at i:3862 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 3855--3898 Score: 72
Period size: 2 Copynumber: 22.5 Consensus size: 2
3845 TTTGTCAAAC
*
3855 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T- TA TA TG TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
3896 TA T
1 TA T
3899 TTTAAATCAT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 2, Indels: 2
0.91 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
1 1 0.03
2 38 0.97
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.02, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TA
Found at i:6378 original size:323 final size:322
Alignment explanation
Indices: 5313--6856 Score: 1456
Period size: 323 Copynumber: 4.8 Consensus size: 322
5303 CATGATTTTT
* * * * *
5313 TTTTTG-CGTAAAAACACCTTCAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCACAGCCACA-TGTGAT
1 TTTTTGACGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCCCAACCACATTG-GA-
* * *
5376 TTAATTAAGAATTTATTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTAAATTTAATTAGAAATAAATTCAG
64 -T--TTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATAAATTCAG
* * * * *
5441 -AAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAACTCTTCAATTTTTTCGGTGTTGAATTATAT
126 AAAAAAAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATAT
* *
5505 A-TTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGG----A------GCCAGTTTTTGCAAAGTTTTA
191 ATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTGGTCAGTTTTTGCAAA-TTTTA
* * * * * *
5559 ACTGAAATAGTGTACTAACATCACGGTTTTTTGACCAAAAATGCGTTCCGAGGCCTCGGCTCAGT
255 GCCGAAAT-GTGTACT-ACATCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCT---CTCAGT
*
5624 TTTGCATAA
314 TTTGCATGA
* * * *
5633 TTTTTTACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACTAAATCCCAACCACATTGGATA
1 TTTTTGACGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCCCAACCACATTGGATT
* * * *
5698 TAAGGATTTGTTTTTACAAGCATTTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTTAGAATAA
66 TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATAAATTCAGAA-AA
* * * * *
5763 ATA-GAAAAACAATATTAGAATTTATAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTA
130 AAAGGAAAAACGATATTAG-------AAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTA
* * * * * *
5827 TATATTTTTTCTAAGTATTGTGACAAAAAAAATTGCGAAAAAAACTTTTTTGGTTAG----T---
188 TATATTTTTTATGAGTATTGTGGC--AAAAAATTGAG-GAAAAA--TTTTTGGTCAGTTTTTGCA
* * * * *
5885 --TTTTAGCCGAAATAGTGAACTAAACCATCACGGTTTTTCGCTAAAAATGCGTTTCGGGACCCC
248 AATTTTAGCCGAAAT-GTGTACT--A-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGG--GCC
*
5948 GACTCAGTTTTGCATGA
307 -TCTCAGTTTTGCATGA
* * * ** * * *
5965 TTTTTGACATAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATTTCATCTACATTAGATT
1 TTTTTGACGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCCCAACCACATTGGATT
* * * *
6030 TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTATAAATTAATTCGGAAAAA
66 TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAA
* * *
6095 AAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCCTTCAATTTTTTTGGCGTAGAATTATATATATT
131 AAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTT
* *
6160 TT-TGAGTATTGTGGCAAAGAATTGAGGAAAAATTTTTCGGATAAGTTTTTGCAAATTTTTAGCC
196 TTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTT-GG-TCAGTTTTTGCAAA-TTTTAGCC
* * * * * *
6224 GAAATTGTTTTCT-CATCACGGTTTTATGGCTAAAAACGCGTGCCGGGGCCT-TAAATTTT-CAC
258 GAAA-TGTGTACTACATCACGGTTTT-TGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCTCTCAGTTTTGCAT
6286 GA
321 GA
* * * ** * *
6288 TTTTTAACGTAAAGACTCATTGAAATATTTATATTCATTTAACCAAATCTCAACCACATTGGGTT
1 TTTTTGACGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCCCAACCACATTGGATT
* * *
6353 TAAGGATTTGTTTTTATGAGCATCTGAATATTGTTTCCATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAA
66 TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAA
* * * *
6418 AATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGGACAACCCTTCAATTTTTTTAGCGTTGAATTATGTATTT
131 AA-GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTT
* *
6483 TTTATGAGTATTGTGGAAAAAAATTGA-GAAAAATACTTTTGGATCAGTTTTTACAAAATTTTAG
195 TTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAAT--TTTTGG-TCAGTTTTTGC-AAATTTTAG
* * * *
6547 CCGAAGTCGTGTACTAACCATCAAGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGAGCCTCAGCTCCGTT
256 CCGAAAT-GTGTACT-A-CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCT---CTCAGTT
6612 TTGCATGA
315 TTGCATGA
* * *
6620 TTTTTGACGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTAATCGAATCAAATCCCAGCCACATTGGATT
1 TTTTTGACGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCCCAACCACATTGGATT
* * * *
6685 T-A--A---G-TTTT--GAACATCTGAATCTTGCTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAA
66 TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAA
* * *
6741 AATGGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAAAATCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTT
131 AA-GGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTT
6806 TTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA-GAAAAATTTTTGGGGTCAGTTTTT
195 TTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTT--GGTCAGTTTTT
6857 TACCCCGATC
Statistics
Matches: 1014, Mismatches: 147, Indels: 124
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
317 53 0.05
318 14 0.01
319 9 0.01
320 7 0.01
321 58 0.06
322 20 0.02
323 255 0.25
324 83 0.08
325 135 0.13
326 27 0.03
327 35 0.03
328 38 0.04
329 1 0.00
331 44 0.04
332 220 0.22
333 9 0.01
334 2 0.00
337 1 0.00
341 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (322 bp):
TTTTTGACGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCCCAACCACATTGGATT
TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCAATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAA
AAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTT
TTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTGGTCAGTTTTTGCAAATTTTAGCCGAA
ATGTGTACTACATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCTCTCAGTTTTGCATGA
Found at i:6403 original size:655 final size:646
Alignment explanation
Indices: 5286--6844 Score: 1675
Period size: 655 Copynumber: 2.4 Consensus size: 646
5276 TCAGTTTTTA
* * *
5286 ACCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTTTTTTG-CGTAAAAACACCTTCAAATATCTATATTCAT
1 ACCCCGACTCAGTTTTGCATGA-----TTTTTGACGTAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCAT
*
5350 CGAACCAAATCACAGCCACATGTGATTTAATTAAGAATTTATTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
61 CGAACCAAATCACAGCCACAT-TGA--T--TTAAG-ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
** * * *
5415 TTAAATTTAATTAGAAATAAATTCAG-AAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAACTCT
120 TTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCT
* * *
5479 TCAATTTTTTCGGTGTTGAATTATATATTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGG----A--
185 TCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATT
* * *
5538 ---GCCAGTTTTTGCAAAGTTTTAACTGAAATAGTGTACTAACATCACGGTTTTTTGACCAAAAA
250 TTTGCAAGTTTTTGCAAAGTTTTAACCGAAATAGTGTACT-ACATCACGGTTTTATGACCAAAAA
* * * * * * *
5600 TGCGTTCCGAGGCCTCGGCTCAGTTTTGCATAATTTTTTACGCAAAGACTCCTTGAAATATCTAT
314 CGCGTGCCGAGGCCT---CTAAATTTTGCACAATTTTTAACGCAAAGACTCATTGAAATATCTAT
* * *
5665 ATTCATCGAACTAAATCCCAACCACATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACAAGCATTTGAATCTT
376 ATTCATCGAACCAAATCCCAACCACATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATATT
* * *
5730 GTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTTAG-AATAAATAGAAAAACAATATTAGAATTTATAAGCGT
441 GTTTCAATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAAATAGAAAAACAATATTAG-------AAGCGT
* *
5794 -GAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGACAAAAAAA
499 GGAAAA-CCCGTCAATCTTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTATAAGTATTGTG--AAAAAAA
* ** *
5858 ATTGCGAAAAAAACTTTT-T-TGGTT-AGTTTTTAGCCGAAATAGTGAACTAAACCATCACGGTT
561 ATTGAGAAAAAAACTTTTGTATGGTTAAAATTTTAGCCGAAATAGTGAACT-AACCATCAAGGTT
* *
5920 TTTCGCTAAAAATGCGTTTCGGG
625 TTTCGCTAAAAACGCG-TTCCGG
* *
5943 ACCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGACATAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAAC
1 ACCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGTAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAAC
** * *
6008 CAAATTTCATCTACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTA
66 CAAATCACAGCCACATT-GATTTAA-GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTA
* * * *
6073 ATTATAAATTAATTCGGAAAAAAAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCCTTCAATTTTT
129 ATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTT
* * *
6138 TTGGCGTAGAATTATATATATTTT-TGAGTATTGTGGCAAAGAATTGAGGAAAAATTTTTCGGAT
194 TTGGCGTTGAATTATATAT-TTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTT--G-C
* * * * * * *
6202 AAGTTTTTGCAAATTTTTAGCCGAAATTGTTTTCT-CATCACGGTTTTATGGCTAAAAACGCGTG
255 AAGTTTTTGCAAAGTTTTAACCGAAATAGTGTACTACATCACGGTTTTATGACCAAAAACGCGTG
* * * * **
6266 CCGGGGCCT-TAAATTTT-CACGATTTTTAACGTAAAGACTCATTGAAATATTTATATTCATTTA
320 CCGAGGCCTCTAAATTTTGCACAATTTTTAACGCAAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCGA
* * * ** *
6329 ACCAAATCTCAACCACATTGGGTTTAAGGATTTGTTTTTATGAGCATCTGAATATTGTTTCCATT
385 ACCAAATCCCAACCACATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATATTGTTTCAATT
* * * * *
6394 TAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGGACAACCCTTCAATT
450 TAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAAATAGAAAAACAATATTAGAAGCGTGGAAAACCCGTCAATC
* * * *
6459 TTTTTAGCGTTGAATTATGTATTTTTTATGAGTATTGTGGAAAAAAATTGAGAAAAATACTTTTG
515 TTTTTAGCGTTGAATTATATATTTTTTATAAGTATTGTGAAAAAAAATTGAGAAAAAAACTTTT-
** * * * *
6524 GATCAGTTTTTACAAAATTTTAGCCGAAGTCGTGTACTAACCATCAAGGTTTTTGGCTAAAAACG
579 G-T-A-TGGTT--AAAATTTTAGCCGAAATAGTGAACTAACCATCAAGGTTTTTCGCTAAAAACG
6589 CGTTCCGG
639 CGTTCCGG
* * * *
6597 AGCCTC-AGCTCCGTTTTGCATGATTTTTGACGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTAATCGA
1 A-CCCCGA-CTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGTAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGA
* * * *
6661 ATCAAATCCCAGCCACATTGGATTT-A-A---G-TTTT--GAACATCTGAATCTTGCTTCGATTT
64 ACCAAATCACAGCCACATT-GATTTAAGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTT
* *
6718 AATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAAAATCCTTCAATTT
128 AATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAA-GGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTT
6783 TTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGA-GAAAAATTTTTG
192 TTTTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTG
6845 GGGTCAGTTT
Statistics
Matches: 765, Mismatches: 104, Indels: 78
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
645 1 0.00
646 46 0.06
647 91 0.12
648 27 0.04
649 103 0.13
650 89 0.12
651 5 0.01
652 8 0.01
653 49 0.06
654 9 0.01
655 210 0.27
656 45 0.06
657 21 0.03
660 32 0.04
661 1 0.00
662 28 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (646 bp):
ACCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGACGTAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAAC
CAAATCACAGCCACATTGATTTAAGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
TAGAAATAAATTCGGAAAAAAAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTT
GGCGTTGAATTATATATTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGGAAAAATTTTTGCAAGTTT
TTGCAAAGTTTTAACCGAAATAGTGTACTACATCACGGTTTTATGACCAAAAACGCGTGCCGAGG
CCTCTAAATTTTGCACAATTTTTAACGCAAAGACTCATTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAA
TCCCAACCACATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATATTGTTTCAATTTAATTA
GAAATAAATTCAGAAAAAAATAGAAAAACAATATTAGAAGCGTGGAAAACCCGTCAATCTTTTTA
GCGTTGAATTATATATTTTTTATAAGTATTGTGAAAAAAAATTGAGAAAAAAACTTTTGTATGGT
TAAAATTTTAGCCGAAATAGTGAACTAACCATCAAGGTTTTTCGCTAAAAACGCGTTCCGG
Found at i:7081 original size:267 final size:259
Alignment explanation
Indices: 6609--7105 Score: 640
Period size: 267 Copynumber: 1.9 Consensus size: 259
6599 CCTCAGCTCC
* *
6609 GTTTTGCATGATTTTTGACGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTAATCGAATCAAATCCCAGC
1 GTTTTGCATGATTTTTGACGTAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTAATCGAAGCAAATCCCAGC
* * *
6674 CACATTGGATTTAAGTTTTGAACATCTGAATCTTGCTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAA
66 AACATTGGATTAAAGTTTTGAACATCTCAATCTTGCTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAA
* * *
6739 AAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAAAATCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATAT
131 AAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAAAACCCGTCAATTTTTTTGCCGTTGAATTATATAT
* *
6804 TTTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAATTGAGAAAAATTTTTGGGGTCAGTTTTTTACCCCGATCA
196 TTTTTATGAGTATTGCGGCAAAAAATTCAGAAAAATTTTTGGGGTCAGTTTTTTACCCCGATCA
* * * * * *
6868 GTTTTGCATGATTTTTGGCTTAAAGACTTCGTGAAATATCTATATTCATCGAAGCAAATCTCATC
1 GTTTTGCATGATTTTTGACGTAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTAATCGAAGCAAATCCCAGC
* * * * *
6933 AACTTTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTA
66 AACATTGGAT-TAA--A---G-TTTT--GAACATCTCAATCTTGCTTCGATTTAATTAGAAATAA
* * * *
6998 ATTCGG-GAAAAATGGAAAAGTGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTT-CCGTTG
122 ATTCGGAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAAAACCCGTCAAT-TTTTTTGCCGTTG
*
7061 AATTATA-ATTTTTTTATGAGTATTGCGGTAAAAAATTCAGAAAAA
186 AATTATATA-TTTTTTATGAGTATTGCGGCAAAAAATTCAGAAAAA
7106 AAGTTTTTCG
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 26, Indels: 14
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
259 65 0.32
260 2 0.01
262 1 0.00
265 1 0.00
266 5 0.02
267 83 0.41
268 44 0.22
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (259 bp):
GTTTTGCATGATTTTTGACGTAAAGACTCCGTGAAATATCTATATTAATCGAAGCAAATCCCAGC
AACATTGGATTAAAGTTTTGAACATCTCAATCTTGCTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAA
AAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCATGAAAAACCCGTCAATTTTTTTGCCGTTGAATTATATAT
TTTTTATGAGTATTGCGGCAAAAAATTCAGAAAAATTTTTGGGGTCAGTTTTTTACCCCGATCA
Done.