Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01009996.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10017, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 4342
ACGTcount: A:0.31, C:0.20, G:0.17, T:0.32

Warning! 1 characters in sequence are not A, C, G, or T


Found at i:3058 original size:35 final size:36

Alignment explanation


    Indices: 3019--3879  Score: 1076
    Period size: 35  Copynumber: 24.6  Consensus size: 36

       3009 TTCTTACTAA

                                         *       
       3019 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACTTATTGAACT-
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGA-TTACTGAACTC

                                     *          
       3054 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT-ACT-C-G-ACTC
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAACTC

                        *     *                 *
       3086 ACTTAATTACCCCGAATAAAAGTTGATTACTGAA-TT
          1 ACTTAATTACCCTGAAT-TAAGTTGATTACTGAACTC

             *                        *       * 
       3122 AATTAATTACCCTGAATTAAGTTGATCACTG-ACAC
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAACTC

                                               *
       3157 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAA-TT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAACTC

             *                        *  *      
       3192 AATTAATTACCCTGAATTAAGTTGATCACAG-ACTC
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAACTC

               *  *     *                    *  
       3227 ACTCAACTACCCAGAATTAAGTTGATTACTG-ATTC
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAACTC

                      *               *         
       3262 ACTTAATTACGCTGAATTAAGTTGATCACTG-ACTC
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAACTC

                       *                       *
       3297 ACTTAATTACCTTGAATTAAGTTGATTACTGAA-TT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAACTC

                                        *       
       3332 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTAATG-ACTC
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAACTC

                                             * *
       3367 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG-ATTT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAACTC

                       *                *      *
       3402 ACTTAATTACCTTGAATTAAGTTGATTATTGAA-TT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAACTC

                                                
       3437 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG-ACTC
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAACTC

                                   *  *         
       3472 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTAATCACTG-ACTC
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAACTC

                                               *
       3507 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAA-TT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAACTC

                            *           *      *
       3542 ACTTAATTACCCTGAAGTAAGTTGATTATTGAA-TT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAACTC

             *                                  
       3577 AGTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTG-ACTC
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAACTC

                                      *      * *
       3612 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATCACTG-ATTT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAACTC

                                        *      *
       3647 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTATTGAA-TT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAACTC

                                                
       3682 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACT-AACTC
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAACTC

                                      *         
       3717 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATCACTG-ACTC
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAACTC

                                               *
       3752 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAA-TT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAACTC

                     **  *                      
       3787 ACTTAATTATGCTAAATTAAGTTGATTACTG-ACTC
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAACTC

               *         *            **        
       3822 ACTCAATTACCCTAAATTAAGTTGATCCCTG-ACTC
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAACTC

                       *           
       3857 ACTTAATTACCATGAATTAAGTT
          1 ACTTAATTACCCTGAATTAAGTT

       3880 ACTTATTACT


Statistics
Matches: 724,  Mismatches: 82, Indels: 40
        0.86            0.10        0.05

Matches are distributed among these distances:
  31    3  0.00
  32   17  0.02
  33    5  0.01
  34   11  0.02
  35  664  0.92
  36   23  0.03
  37    1  0.00

ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.11, T:0.38


Consensus pattern (36 bp):   
ACTTAATTACCCTGAATTAAGTTGATTACTGAACTC

Done.