Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01010001.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig10033, whole genome shotgun sequence
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* ** * * * * * * *
1 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAATGTTAGCCGCATTGCATTTAAGGATTTATTTGTAC
1 CCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
* * * * * * *
66 GAGTATCTGAAT-ATTGTTTCGATTTATTTAGACATTAATTCAGAAAAAAATAT-GAAGAACAAT
66 GAGCATCTGAATCA-TGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAG-AAAAAAT-TGGAAAAACGAT
* * * * * * * *
129 ATTAAAATCATGAAAAGCCTTTTAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGT
128 ATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATA-TTTTTATGAGAATTGT
* * ** *
194 GG-CTAAAATTTAATAAAATATCTTT-CGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAG-ACGAAATCGTGT
192 GGCCAAAAATTGAGGAAAA-AT-TTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCA-GAAATCGTG-
* * * * *
256 AATAATAATTTTCCATCACAGTTTTAAACTAAAAAAACGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCA
253 --T-A-CA--TTCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACACGTTTC-GGGCACCGACTCAGTTTTGCA
321 TGATTTTTGGCA-AGAAGACT
311 TGATTTTTGGCACA-AAGACT
** * * * * *
341 TATGGAAATTTTTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAT
1 CCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
* * * *
406 GACCATCTGAATCATGTTTCGATTTTATTTGAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATATT
66 GAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATATT
* * *
471 AGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCTTTGAATTATATATATTTTATGAGAGTTGTTGC
131 AGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATAT-TTTTATGAGAATTGTGGC
*
536 CAAAATTTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATC--GT--A-T-
195 CAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTGTACATTC
* * * * *
595 CATCACGGCTTTAAGCTAAAAACACATTTCGGGACACCGACTTAGTTTTGCCTGATTTTTTGCAC
260 CATCACGGTTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGG-CACCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAC
*
660 AAAGACC
324 AAAGACT
* * *
667 CCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGGCACTTTGGATTTAAGGATTTATTTTTAC
1 CCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
* * * * *
732 GAGCATTTGTATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTAAGAAAAAAATGGAAAAAACGATAT
66 GAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAATTGG-AAAAACGATAT
* * * * * * * * * *
797 TAAAAGCCTGAAAAACCTTTCAAGCCTTTTGCCTTTAAATTATATATTATCTGTGAGAATTGTGA
130 TAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATT-TTTATGAGAATTGTGG
* * *
862 CCAAAAAATGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGCAC-TA
194 CCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTGTACAT-
* * * * * *
926 TCCATCACGATTTTAAGCTTAAAACGCGTTCCGAGGC-CTCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTAG
258 TCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACACGTTTCG-GGCAC-CGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
990 CACGAAA-ACT
321 CAC-AAAGACT
* * * * * *
1000 CCTTGAACTATCTATATTTATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTAGTTTTTGC
1 CCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
*
1065 GAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTGATTCAGAAAAAAATTGGAAAAACGATAT
66 GAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAG-AAAAAATTGGAAAAACGATAT
* * * *
1130 TAGAAGCGTGAAAAACCCTTCGATCTTTTTGGATTTGAGTTATATATATTTTATGAGAGTTGTGG
130 TAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATAT-TTTTATGAGAATTGTGG
* * *
1195 CCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGG----ATTATTGCAAAATTTTAGCAGAAATTGTATACATT
194 CCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTGTACATT
* * *
1256 CCTTCACGGCTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGGACACCGACTTAGTTTTGCATGATTTCTT-GC
259 CCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGG-CACCGACTCAGTTTTGCATGATTT-TTGGC
1320 ACAAAGACT
322 ACAAAGACT
* *
1329 CCTTGAAATATTTCTATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
1 CCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
* * * * *
1394 GAGCATTTGTATAATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTAAGAAAAAAATTGGAAAAACGATAT
66 GAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAG-AAAAAATTGGAAAAACGATAT
* * *** * * * *
1459 TAAAAGCCTGAAAAAATTTTCAAGCTTTTTGCCTTTGAATTATATATTTTGAATGAGAATTGTGA
130 TAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTT-TATGAGAATTGTGG
** * * *
1524 CCAAAAAAAGAGGAAAAATTTTCCTGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGCACTAT
194 CCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTGTAC-AT
* * * * * * *
1589 ATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGATGCCCCGATTCAGTTTTGCATAATTTTTAG
258 -TCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACACGTTTCG-GGCACCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
**
1654 CACGGAGACT
321 CACAAAGACT
* * * * *
1664 CCTTTAACTATTTATATTCATCTAACCAAATCGCAACCACTTCGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
1 CCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
* * * *
1729 GAGTATCAGAATCATGTTTC-ATTTAATTCGAAATTATTTCAAAAAAAATTGGAAAAACGATATT
66 GAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATATT
* * * * *
1793 AGAAGTC-TGAATAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATAATATTTTTTTTATGAGAATTTTGG
131 AGAAG-CGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATA-TATTTTTATGAGAATTGTGG
* * * *
1857 CCAAAAATTGAGGAAAAATCTTT-CGGATTAA-TTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTT
194 CCAAAAATTGAGGAAAAAT-TTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTGTACAT
** *
1920 TCCATCATAGTTTTAAGCTAAAAA-AGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
258 TCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACA-CGTTTC-GGGCACCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
1984 CA-AGAAGACT
321 CACA-AAGACT
* * * * *
1994 TCTTGAAATATTTATATTTATTTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTATTTTTAC
1 CCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
* * *
2059 GACCATC-GAATCATGTTTCGATATT-ATTTGAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATAT
66 GAGCATCTGAATCATGTTTCTAT-TTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATAT
* * * *
2122 TAGAAGCGTGAAAAACCCTTCGATCTTTTTGGATTTGAGTTATATATATTTTATGAGAGTTGTGG
130 TAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATAT-TTTTATGAGAATTGTGG
* * *
2187 CCAAAAAATGAAGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTATACATT
194 CCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTGTACATT
* *
2252 CCATCACGGCTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGGACACCGACTTAGTTTTGCATGAGTTTTT-GC
259 CCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGG-CACCGACTCAGTTTTGCATGA-TTTTTGGC
2316 ACAAAGACT
322 ACAAAGACT
* * * **
2325 CATTGAAATATTAATATTCATCTGACCAAATCTCAGTTACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
1 CCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
* * * * * * *
2390 TAGCATTTGTATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTGAAAAAACAAATGGAAAAACGATAT
66 GAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAA-AATTGGAAAAACGATAT
* * * * *
2455 TAAAAG-GCTG-GAAACCTTTCAAGCTTTTTGTCTTTGAATTATATATTTTCTATGAGAATTGTG
130 TAGAAGCG-TGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTT-TATGAGAATTGTG
* *
2518 GGCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCA-AAATCGTGCAC-
193 GCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAG-CAGAAATCGTGTACA
** * * *
2581 TATCCATCACAATTTTATGCTAAAAACGCGTTTCGAGGC-CCGACTCAGTTTTGCATCATTTTTG
257 T-TCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACACGTTTCG-GGCACCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTG
2645 GCACGAAA-ACT
320 GCAC-AAAGACT
* * * * *
2656 CCTTGAACTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCACTTTGGATTTAAGGATTTGTCTTTAT
1 CCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
* * *
2721 GAGCATCTGAATCATGTTTCCATTTAATTCGAAATTAATTCTGAAAAAAAATTGAAAAAACGATA
66 GAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTC--AGAAAAAATTGGAAAAACGATA
* * * * * *
2786 TTAGAAGCCTGAAAAATCCTTCTATCTTTTTGTCTTAGAATTATATTTTTTTATGAGAATTGTGG
129 TTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTATGAGAATTGTGG
* * * * *
2851 CCAAAAATAGATGAAAAATCTTT-CGGATCAA-TTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGCAC-T
194 CCAAAAATTGAGGAAAAAT-TTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTGTACAT
* * ** * *
2913 ATCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAGCTTGTTTCGAGGCACCGCCTCAGTTTGGCATGATTTTTGG
258 -TCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACACGTTTCG-GGCACCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
2978 CACAAAGACT
321 CACAAAGACT
* * * * *
2988 ACTTGAACTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGTTTTTTTTTTAC
1 CCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
* * *
3053 GAGCATCAGAATCATGTTTC-ATTTAATTCAAAATTAATTCAAAAAAAATT
66 GAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAATT
Statistics
Matches: 2340, Mismatches: 352, Indels: 151
0.82 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
325 3 0.00
326 156 0.07
327 116 0.05
328 8 0.00
329 299 0.13
330 246 0.11
331 348 0.15
332 363 0.16
333 417 0.18
334 47 0.02
335 131 0.06
336 1 0.00
337 1 0.00
338 5 0.00
339 101 0.04
340 97 0.04
341 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (330 bp):
CCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
GAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATATT
AGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTATGAGAATTGTGGCC
AAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTGTACATTCC
ATCACGGTTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGGCACCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACAA
AGACT
Found at i:2456 original size:663 final size:661
Alignment explanation
Indices: 1--3102 Score: 3550
Period size: 662 Copynumber: 4.7 Consensus size: 661
* ** * * * * * *
1 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAATGTTAGCCGCATTGCATTTAAGGATTTATTTGTAC
1 CCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTATTTTTAC
* * * * * *
66 GAGTATCTGAAT-ATTGTTTCGATTTATTTAGACATTAATTCAGAAAAAAATAT-GAAGAACAAT
66 GAGCATC-GAATCA-TGTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTCAG-AAAAAAT-TGGAAAAACGAT
* * * * * * *
129 ATTAAAATCATGAAAAGCCTTTTAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGT
127 ATTAAAAGCCTGAAAAACCTTTCAATCTTTTTGCCTTTGAATTATATA-TTTTTATGAGAATTGT
* * * * * * *
194 GG-CTAAAATTTAATAAAATATCTTT-CGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGACGAAATCGTGTA
191 GGCCAAAAAATGAAGAAAA-AT-TTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTG-C
* * * * * *
257 ATAATAATTTTCCATCACAGTTTTAAACTAAAAAAACGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCAT
253 A-CAT-A---TCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGAGGCACCGACTCAGTTTTGCAT
* * * * * * *
322 GATTTTTGGCA-AGAAGACTTATGGAAATTTTTATATTTATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGG
313 GATTTTTAGCACA-AAGACTCATTG-AACTATTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGG
* * * * *
386 ATTTAAGGATTTGTTTTTATGACCATCTGAATCATGTTTCGATTTTATTTGAAATTAATTCAGAA
376 ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTC-ATTTAATTCGAAATTAATTCAAAA
*
451 AAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATATTTTTGGCTTTGAATTATATA
440 AAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATA
* * *
516 TATTTTATGAGAGTTGTTGCCAAAATTTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTT
505 TATTTTATGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTT
* * *
581 AGCAGAAATC--GTA---T-CATCACGGCTTTAAGCTAAAAACACATTTCGGGACACCGACTTAG
570 AGCAGAAATCGTGTACTTTCCATCACAGCTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGGACACCGACTCAG
* * *
640 TTTTGCCTGATTTTTTGCACAAAGACC
635 TTTTGCATGATTTTTGGCACAAAGACT
* *
667 CCTTGAAATATTTATATTCATCTGACCAAATCTCAGGCACTTTGGATTTAAGGATTTATTTTTAC
1 CCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTATTTTTAC
* * * * * *
732 GAGCATTTGTATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTAAGAAAAAAATGGAAAAAACGATAT
66 GAGCA-TCGAATCATGTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAATTGG-AAAAACGATAT
* * * * * *
797 TAAAAGCCTGAAAAACCTTTCAAGCCTTTTGCCTTTAAATTATATATTATCTGTGAGAATTGTGA
129 TAAAAGCCTGAAAAACCTTTCAATCTTTTTGCCTTTGAATTATATATT-TTTATGAGAATTGTGG
*
862 CCAAAAAATGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGCAC-TA
193 CCAAAAAATGAAGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGCACATA
* * * * *
926 TCCATCACGATTTTAAGCTTAAAACGCGTTCCGAGGC-CTCGACTCAGTTTTGCATAATTTTTAG
258 TCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGAGGCAC-CGACTCAGTTTTGCATGATTTTTAG
* * *
990 CACGAAA-ACTCCTTGAACTATCTATATTTATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGA
322 CAC-AAAGACTCATTGAACTAT-TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGA
* * *
1054 TTAGTTTTTGCGAGCATCTGAATCATGTTTCTATTTAATTCGAAATTGATTCAGAAAAAAATTGG
385 TTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTC-ATTTAATTCGAAATTAATTCA-AAAAAAATTGG
* * *
1119 AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCGATCTTTTTGGATTTGAGTTATATATATTTTAT
448 AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATATTTTAT
* *
1184 GAGAGTTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGG----ATTATTGCAAAATTTTAGCAGAAA
513 GAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAA
* * * * * *
1245 TTGTATACATTCCTTCACGGCTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGGACACCGACTTAGTTTTGCAT
578 TCGTGTACTTTCCATCACAGCTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGGACACCGACTCAGTTTTGCAT
1310 GATTTCTT-GCACAAAGACT
643 GATTT-TTGGCACAAAGACT
* * *
1329 CCTTGAAATATTTCTATTCATCTGACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTAC
1 CCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTATTTTTAC
* * * * * *
1394 GAGCATTTGTATAATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTAAGAAAAAAATTGGAAAAACGATAT
66 GAGCA-TCGAATCATGTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTCAG-AAAAAATTGGAAAAACGATAT
** * * *
1459 TAAAAGCCTGAAAAAATTTTCAAGCTTTTTGCCTTTGAATTATATATTTTGAATGAGAATTGTGA
129 TAAAAGCCTGAAAAACCTTTCAATCTTTTTGCCTTTGAATTATATATTTT-TATGAGAATTGTGG
* * *
1524 CCAAAAAAAGAGGAAAAATTTTCCTGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGCACTAT
193 CCAAAAAATGAAGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGCAC-AT
* * * * * *
1589 ATCCATCACGATTTTAAGCTAAAAACGCGTTTCGATGCCCCGATTCAGTTTTGCATAATTTTTAG
257 ATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGAGGCACCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTAG
** * * * * *
1654 CACGGAGACTCCTTTAACTATTTATATTCATCTAACCAAATCGCAACCACTTCGGATTTAAGGAT
322 CACAAAGACTCATTGAACTA-TTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGAT
* * *
1719 TTGTTTTTACGAGTATCAGAATCATGTTTCATTTAATTCGAAATTATTTCAAAAAAAATTGGAAA
386 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCATTTAATTCGAAATTAATTCAAAAAAAATTGGAAA
* * * * *
1784 AACGATATTAGAAGTC-TGAATAACCCTTCAATCTTTTTGTCTTTGAATAATATTTTTTTTATGA
451 AACGATATTAGAAG-CGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATATTTTATGA
* * * *
1848 GAATTTTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATCTTT-CGGATTAA-TTTAGCAAAATTTTAGCCGAAAT
515 GAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAAT-TTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAAT
* * * *
1911 CGTGTACTTTCCATCATAGTTTTAAGCTAAAAA-AGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCAT
579 CGTGTACTTTCCATCACAGCTTTAAGCTAAAAACA-CGTTTCGGGACACCGACTCAGTTTTGCAT
1975 GATTTTTGGCA-AGAAGACT
643 GATTTTTGGCACA-AAGACT
* * * *
1994 TCTTGAAATATTTATATTTATTTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTATTTTTAC
1 CCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTATTTTTAC
* *
2059 GACCATCGAATCATGTTTCGATATT-ATTTGAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATATT
66 GAGCATCGAATCATGTTTCGAT-TTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATATT
* * * * ** * *
2123 AGAAGCGTGAAAAACCCTTCGATCTTTTTGGATTTGAGTTATATATATTTTATGAGAGTTGTGGC
130 AAAAGCCTGAAAAACCTTTCAATCTTTTTGCCTTTGAATTATATAT-TTTTATGAGAATTGTGGC
* **
2188 CAAAAAATGAAGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTATACAT-T
194 CAAAAAATGAAGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGCACATAT
* *
2252 CCATCACGGCTTTAAGCTAAAAACACGTTTCG-GGACACCGACTTAGTTTTGCATGAGTTTTT-G
259 CCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGAGG-CACCGACTCAGTTTTGCATGA-TTTTTAG
* * **
2315 CACAAAGACTCATTGAAATATTAATATTCATCTGACCAAATCTCAGTTACTTTGGATTTAAGGAT
322 CACAAAGACTCATTGAACTATT-ATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGAT
* * * * * *
2380 TTGTTTTTACTAGCATTTGTATCATGTTTCTATTTAATTCAAAATTAATTGAAAAAACAAATGGA
386 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTC-ATTTAATTCGAAATTAATTCAAAAAA-AATTGGA
* * * * *
2445 AAAACGATATTAAAAG-GCTG-GAAACCTTTCAAGCTTTTTGTCTTTGAATTATATAT-TTTCTA
449 AAAACGATATTAGAAGCG-TGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATATTT-TA
*
2507 TGAGAATTGTGGGCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCA-A
512 TGAGAATTGTGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAG-CAGA
* * ** * *
2571 AATCGTGCACTATCCATCACAATTTTATGCTAAAAACGCGTTTCGAGG-C-CCGACTCAGTTTTG
576 AATCGTGTACTTTCCATCACAGCTTTAAGCTAAAAACACGTTTCG-GGACACCGACTCAGTTTTG
*
2634 CATCATTTTTGGCACGAAA-ACT
640 CATGATTTTTGGCAC-AAAGACT
* * * * * *
2656 CCTTGAACTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAACCACTTTGGATTTAAGGATTTGTCTTTAT
1 CCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTATTTTTAC
* * *
2721 GAGCATCTGAATCATGTTTCCATTTAATTCGAAATTAATTCTGAAAAAAAATTGAAAAAACGATA
66 GAGCATC-GAATCATGTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTC--AGAAAAAATTGGAAAAACGATA
* * * * *
2786 TTAGAAGCCTGAAAAATCC-TTCTATCTTTTTGTCTTAGAATTATATTTTTTTATGAGAATTGTG
128 TTAAAAGCCTGAAAAA-CCTTTCAATCTTTTTGCCTTTGAATTATATATTTTTATGAGAATTGTG
* *
2850 GCC-AAAAATAGATGAAAAATCTTT-CGGATCAA-TTTAGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGCAC
192 GCCAAAAAAT-GAAGAAAAAT-TTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGCAC
* * ** * *
2912 -TATCCATCACAGTTTTAAGCTAAAAGCTTGTTTCGAGGCACCGCCTCAGTTTGGCATGATTTTT
255 ATATCCATCACGGTTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGAGGCACCGACTCAGTTTTGCATGATTTTT
*
2976 GGCACAAAGACT-ACTTGAACTATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAG
320 AGCACAAAGACTCA-TTGAACTAT-TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAG
* * * *
3040 GTTTTTTTTTTACGAGCATCAGAATCATGTTTCATTTAATTCAAAATTAATTCAAAAAAAATT
383 GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCATTTAATTCGAAATTAATTCAAAAAAAATT
Statistics
Matches: 2104, Mismatches: 268, Indels: 133
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
656 24 0.01
658 7 0.00
659 144 0.07
660 111 0.05
661 136 0.06
662 617 0.29
663 429 0.20
664 216 0.10
665 226 0.11
666 181 0.09
667 13 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (661 bp):
CCTTGAAATATTTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTATTTTTAC
GAGCATCGAATCATGTTTCGATTTAATTCGAAATTAATTCAGAAAAAATTGGAAAAACGATATTA
AAAGCCTGAAAAACCTTTCAATCTTTTTGCCTTTGAATTATATATTTTTATGAGAATTGTGGCCA
AAAAATGAAGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGCACATATCC
ATCACGGTTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGAGGCACCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCACA
AAGACTCATTGAACTATTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACTTTGGATTTAAGGATTTGTT
TTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCATTTAATTCGAAATTAATTCAAAAAAAATTGGAAAAACGA
TATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATATTTTATGAGAATTG
TGGCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTCCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTGTAC
TTTCCATCACAGCTTTAAGCTAAAAACACGTTTCGGGACACCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTG
GCACAAAGACT
Done.