Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01010012.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig10044, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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1 AAAATTTTCG
* *
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* * *
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65 TTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCCA
* * *
140 CATTGGATTTTAGGATATGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATAAAAAATAATT
130 CATTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATAAAAATTAATT
* * * * ** * *
205 TGGAAAAAAACATGAAAAATGATATTCGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATGTTTTTGTTGCTGAAT
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* *
270 TATATATTTTTTATGAATATTGTGGCCAAAAATTGATC-AAGAATTTTTTCGGATCAGTTTTTGC
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323 AAAATTTGAA
* *
344 CAGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTCTGCTAAAAACGCGTTCCAGGGCCCCGGCTCAGTT
1 CCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTCTGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTT
* *
409 TTGCATGATTTTTGGCGCCTG-GACTCCTTGAAATATCCATATTCATCTAATCAAATATTAGCCA
66 TTGCATGATTTTTGGCGCC-GAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCCA
* * * *
473 CTTTGGATTTCAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTAAATAAAAATTAATA
130 CATTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATAAAAATTAATT
* * * *
538 TGGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTTAATATTTTTAATGTTGAAT
195 TGGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGATGTTGAAT
* * * * * *
603 TATATAGTTTTTATGAGTATTATGACAAAAAATTGACGAAAAATTTTTTCGGGTCTGTTTTTGTA
260 TATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGACG-AAAATTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCA
*
668 AAATCTGAA
324 AAATTTGAA
* * * * *
677 TCGAAATCGTGTACAAACCATCACAGTTTTTTGCAAAAAACGCGTTCCGGTGCCCCGGCTCAGTT
1 CCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTCTGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTT
* *
742 TTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCTAC
66 TTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCCAC
* * ** *
807 ACTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGATCATCCAAATCTTGTTTTGATTTAATCAAAAATTAATT
131 ATTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT-AAAAATTAATT
* * *
872 TGG-AAAAAATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAGTCCTTCAATGTTTTTGGA-GTTTAA
195 TGGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTT-GATGTTGAA
* *
935 TTATATA-TTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGATGAAGAA-TTTTTCGTGTCAGTTTTTG-
259 TTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGACGAA-AATTTTTTCGGGTCAGTTTTTGC
997 AAAATTTTGAA
323 AAAA-TTTGAA
* * * * * * *
1008 CCGAAATCGTGTACTAACAATCATAGCTTTT-TGCTTAAAACGCGATCCGTGGCCCCAGCTCAAT
1 CCGAAATCGTGTACTAACCATCACAG-TTTTCTGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGT
* *
1072 TTTGCACGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCA
65 TTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCCA
* *
1137 CATTGGATTTAAGGATATTTTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATAAAAATTAATT
130 CATTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATAAAAATTAATT
* * * *
1202 TGG-AAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGTCCTTCAATCTTTTTAATGTTCAAT
195 TGGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGATGTTGAAT
* * * * *
1266 TATATAATTTTCATGAGTATTATGGACAAAAATTGACGAAAAATTTTTTCGGGTCAGTTTTTGTA
260 TATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGACG-AAAATTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCA
1331 AAATTTGAA
324 AAATTTGAA
**
1340 CCGAAATCGTGTACT-A--ATCACAGTTGTT-TGCTAAAAGTGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGT
1 CCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTT-TTCTGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGT
** * * *
1401 TTTGCATGATTTTTGGCGCAAAGAGTCCTTGAAATATCTATATTCATCAAATCAAATATCAACCA
65 TTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCCA
* * * * *
1466 CATTGGATTTCAGGATATGTTTTTATGAGCATCAGACTCTTGTTTCGATTTAACAAAAATTAATT
130 CATTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATAAAAATTAATT
* * *
1531 TGGAAAAAAATAGCAAAAACGATATTAGCAGCGTGAAAGGCCCTTCAATGTTTTTGGA-GTTGAA
195 TGGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTT-GATGTTGAA
**** * *
1595 TTATATATTTTTTATGAGTATTGTGTTTGAAAATTGACGAAAATATTTTTCGGGTTAGTTTTTGA
259 TTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGACGAAAAT-TTTTTCGGGTCAGTTTTTGC
**
1660 AAAATTTGGT
323 AAAATTTGAA
* * * * *
1670 CCGAAATCGTTTACTAATCATCAC-GATTTT-TGCCTAAAAACGCTTTCCGAGGCCGCGGCTCAG
1 CCGAAATCGTGTACTAACCATCACAG-TTTTCTG-CTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAG
* * * * *
1733 TTTCGCATAAGTTTTGGCCCCGAGACTCCTTGAAATACCTATATTCAT-TAATCAAATATCAGCC
64 TTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCC
*
1797 ACATTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATAAAAATTAAT
129 ACATTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATAAAAATTAAT
** * * * *
1862 TTGGAAAAAACCATGAAAAATGATATTCGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGTGTTGAA
194 TTGGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGATGTTGAA
* *
1927 TTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGATGAAGAATTTTTTCGGATCAGTTTTTGC
259 TTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGACGAA-AATTTTTTCGGGTCAGTTTTTGC
1992 AAAATTTGAA
323 AAAATTTGAA
* * *
2002 CCGGAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTCTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGACTCAGTT
1 CCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTCTGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTT
* ** * * *
2067 TTGCATGATTTTTGGTGTTGGGACTCCTTGAAATATTTATATTCATCTAATCAAATATCAGTCAC
66 TTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCCAC
* * * *
2132 ATTGGATTTCAGGATATGCTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATAAAAATTAATAT
131 ATTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATAAAAATTAATTT
* * *
2197 GGAAAAAAATAGGAAAAACGATACTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTAATGTTGAATT
196 GGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGATGTTGAATT
* * * **
2262 ATATATTTTTTATGAGTATTATGGCCAAATATTGATGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTT-CAA
261 ATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGACG-AAAATTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAA
*
2326 AATCTGAA
325 AATTTGAA
* * * * * *
2334 TCGAAATCGTGTACGTTA--ATCACAATTTTCTTCTAAAAACCCGTT-CGGAGGCCCCGGCTGAG
1 CCGAAATCGTGTAC-TAACCATCACAGTTTTCTGCTAAAAACGCGTTCCGG-GGCCCCGGCTCAG
* * * * * *
2396 TTTTGCATGATTTTTGGAGGCGAGACTCCTTGAAATATCAATAATCATCTAATCAAATCTTAGCC
64 TTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCC
* * ** * *
2461 ACATTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGTATATGAATCTTGTTTTAATTTGATCAAAAATTGA
129 ACATTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT-AAAAATTAA
* * * *
2526 TTTGG-AAAAAA-A-GAGAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTAATGTTCA
193 TTTGGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGATGTTGA
* *
2588 ATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCGAAAATTGACGAAAAATTTTTTCGGGTCATTTTTTG
258 ATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGACG-AAAATTTTTTCGGGTCAGTTTTTG
*
2653 CAAAATCTGAA
322 CAAAATTTGAA
* * * * *
2664 CCGAAATAGTGTACAAACCATCAC-GATTTT-TGCCTAAAAATGCGTTCCGGGACGCCGGCTCAG
1 CCGAAATCGTGTACTAACCATCACAG-TTTTCTG-CTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAG
* * * * *
2727 TTTCGCATGATTTTTGGAC-TCGAGACTCCTTGAAATATCTACATTCATCTAATCACATCTCAGC
64 TTTTGCATGATTTTTGG-CGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGC
* *
2791 CACATTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGTATCTGACTCTTGTTT-GATTTAATCAAAAATTA
128 CACATTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT-AAAAATTA
* *
2855 ATTTGGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGAGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGTGTTG
192 ATTTGGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGATGTTG
* * *
2920 AATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCTAAAATTGATGAAGATTTTTTCGGGTCAGTTTTTG
257 AATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGACGAAAATTTTTTCGGGTCAGTTTTTG
2985 CAAAATTTGAA
322 CAAAATTTGAA
* * * *
2996 CCGGAATCGTGTACTAAGCATCACAGTTTTCTGCTAAAAACACGTTCCGGGGCCCCCGCTCAGTT
1 CCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTCTGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTT
* * * * * *
3061 TTGCAT-ATTTTTTGCGCTGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATTAAATCTTAGCCGC
66 TTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCCAC
**
3125 ATTAGG-TTTAATAATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATAAAAATTAATT
131 ATT-GGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATAAAAATTAATT
* * * *
3189 TGGGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCATTCAATCTTTTTAATGTTGAAT
195 TGGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGATGTTGAAT
* * *
3254 TATATATTTATTATGAGTATTGTGGCCGAAAATTGACGAAAAATTTTTCGGGTCA-TTTTTGCAA
260 TATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGACGAAAATTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAA
*
3318 AATCTGAA
325 AATTTGAA
* * * * *
3326 CCGAAATAGTGTACAAACCATCAC-GATTTT-TGCCTAAAAACGCGTTACGGGACGCCGGCTCAG
1 CCGAAATCGTGTACTAACCATCACAG-TTTTCTG-CTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAG
* * * * * * *
3389 TTTCGCATGATTTTTTGAC-CTGAGACACCTTGAAATATCTACATTCATCTAATCACATCTCAGC
64 TTTTGCATGA-TTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGC
* * *
3453 CACATTGGATTTAAGGATATGCTTTTACGAGTATCTGACTCTTGTTT-GATTTAATAAAAAATTA
128 CACATTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT-AAAAATTA
* *
3517 ATTTGG-AAAAAATAGGAAAAACGATATTAAAAGCCTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGGA-GTT
192 ATTTGGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTT-GATGTT
* * **
3580 GAGTTATATATTTTTTATAAGTATTGTGGCCAAAAATTGACGGAAAATTTTTTCGGGAAAGTTTT
256 GAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAC-GAAAATTTTTTCGGGTCAG-TTT
**
3645 TTTAAAAATTTTGAA
319 TTGCAAAA-TTTGAA
** *
3660 CCGAAATCGTGTACTTAACCATCACAGTTTTCTGCTAAAAACGCGTTCCAAGGCCCCGGCTGAGT
1 CCGAAATCGTGTAC-TAACCATCACAGTTTTCTGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGT
* * * * *
3725 TTTGCATGATTCTTAGAGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTTAGCCA
65 TTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCCA
* * * *
3790 CATTGGATTTAAGGATAAGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAGTAAATATTAATT
130 CATTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATAAAAATTAATT
* ** *
3855 TGG-AAAAAATA-GAAAAGACGATATTAGAAGCGTGAAAAGTCCTTCAATCATTTTAATGTTGAA
195 TGGAAAAAAATAGGAAAA-ACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGATGTTGAA
* * * **
3918 TTATATATTTTTTATAAGTATTATGGACAAAAATTGACGAAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTGC
259 TTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGACG-AAAATTTTTTCGGGTCAGTTTTTGC
3983 AAAATTTGAA
323 AAAATTTGAA
* *
3993 CCTG-AATCGTGTACTAAGCATCACAGTTTTCTGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGT
1 CC-GAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTCTGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGT
* * * *
4057 TTTGCATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTTTATTAATCTAATCTAATATCAGCCA
65 TTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCCA
*
4122 CATTGGATTTCAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATAAAAATTAATT
130 CATTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATAAAAATTAATT
* * * * ** * *
4187 TGGAAAAAAAAAACATGAAAAATGATATTCGAAGCGTGAAAAATCCTTCAATGTTTTTGGTGCTG
195 TGG---AAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGATGTTG
* * *
4252 AATTATATATTTTTTAAGAGTATTGTGGCCAAAAATTGATC-AAGAATTTTTTCGGATCAATTTT
257 AATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGA-CGAA-AATTTTTTCGGGTCAGTTTT
*
4316 TTCAAAATTTGAA
320 TGCAAAATTTGAA
* *
4329 CCGAAATCGTGTACAAACCATCACAGTTTTCGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTT
1 CCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTCTGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTT
4394 TTGCATGATTTTTGGCGCCTG-GACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAG-CA
66 TTGCATGATTTTTGGCGCC-GAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCCA
* * *
4457 CTTTGGATTTCAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTAAATCAAAAATTAAT
130 CATTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT-AAAAATTAAT
* * * *
4522 TTCG-TAAAAATAGGAAAAACGATATTAGCAGCCTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTAGA-GTTGA
194 TTGGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTT-GATGTTGA
* * *
4585 GTTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGACGGAAAATTTTTTCGGGTAAGTTTTTT
258 ATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAC-GAAAATTTTTTCGGGTCAGTTTTTG
*
4650 AAAAATTTTGAA
322 CAAAA-TTTGAA
* ** *
4662 CCGAAATCGTGTACTAACCAACACAGTTTTCTGCTAAAAACGCGTTCCCAGGCCGCGGCTCCAGT
1 CCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTCTGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCT-CAGT
* *
4727 TTCGCATGATTTTTGGTGCCTG-GACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCC
65 TTTGCATGATTTTTGGCGCC-GAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCC
* * * *
4791 ACTTTGGATTTCAGAATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTAAATAAAAATTAAT
129 ACATTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATAAAAATTAAT
* * * *
4856 ATGG-AAAAAA-AGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTTAATCTTTTTAATGTTGAA
194 TTGGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGATGTTGAA
* * * * *
4919 TTATATAGTTTTTATGAGTATTATGACCAAAAATTGACGTAAAATTTTTTCGGGTCTGTCTTTGC
259 TTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGACG-AAAATTTTTTCGGGTCAGTTTTTGC
*
4984 AAAATCTGAA
323 AAAATTTGAA
* * * * * * *
4994 TCGAAATTGTCTACAAACCATCACAGTTTTTTGCAAAAAACGCGTTCCGGTGCCCCGGCTCAGTT
1 CCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTCTGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTT
* *
5059 TTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATAACTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCAC
66 TTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCCAC
* * **
5124 ACTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGAATCCAAATCTTGTTTCGATTTAATCAAAAATTAATT
131 ATTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT-AAAAATTAATT
* * *
5189 TGG-AAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGCCCATCAATGTTTTTGGA-GTTGAG
195 TGGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTT-GATGTTGAA
** * **
5252 TTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGACGGAAAATTTTTGGGGGTAAGTTTTTTA
259 TTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAC-GAAAATTTTTTCGGGTCAGTTTTTGC
5317 AAAATTTTGAA
323 AAAA-TTTGAA
* * * *
5328 CCGAAATAGTGTACTAACCATCACAGTTTTCTGCTAAAAATGCGTTCCGAGGCCCCGGCTGAGTT
1 CCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTCTGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTT
* * * *
5393 TTGCATGATATTTGGAGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATCTTAGCCAC
66 TTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCCAC
* * *
5458 ATTGGATTTAAGGATAAGTTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATAAAAATTAATCT
131 ATTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATAAAAATTAATTT
* * * ** *
5523 GGAATAAAATA-GAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAGTCCTTCAATCATTTTAATGTTGAATT
196 GGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGATGTTGAATT
* * * *
5587 ATATATTTTTTATAAGTATTATGGACAAAAATTGACGAAAAAATTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAA
261 ATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGACG-AAAATTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAA
5652 AATTTGAA
325 AATTTGAA
* *
5660 CC-AGAATCGTGTAC---CTTATCACAGTTTTCTGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAG
1 CCGA-AATCGTGTACTAAC-CATCACAGTTTTCTGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAG
* * * *
5721 TTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATATTTATTAATCTAATCTAATATCAGCC
64 TTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCC
*
5786 ACATTGGATTTCAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATAAAAATTAAT
129 ACATTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATAAAAATTAAT
** * * * * *
5851 AAGCAAAACAATAGGAAAACCGAAATTTA-AAGCGTGAAAAGCCCTTCAACGTTTTTGGA-GTTG
194 TTGGAAAAAAATAGGAAAAACGATA-TTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTT-GATGTTG
* * *
5914 AATTAAATATTTTTTATGAGAATTGTGGTCAAAAATTGACGAAAATATTTTTCGGGTCAGTTTTT
257 AATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGACGAAAAT-TTTTTCGGGTCAGTTTTT
5979 G-AAAATTTTGAA
321 GCAAAA-TTTGAA
* ** *
5991 CTGAAATCGTG---T-ACCATCAC-GATTTT-TGCTTAAAAACGCGTTCCCAGGCCGCGGCTCCA
1 CCGAAATCGTGTACTAACCATCACAG-TTTTCTGC-TAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCT-CA
* * * * * *
6050 -TTTCGCATAATTTTTTGCCCCGAGACTCCTTGAAATACCTACATTCATCTAATCAAATATCAGC
63 GTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGC
* *
6114 CACATTGGATTTAAGGATATGTTTTTATGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAACAAAAATTAA
128 CACATTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATAAAAATTAA
* * * * ** * * *
6179 TTTGGAAAAAAAAAACATGAAAAATGATATTCGAAGCGTGAAAAATCGTTCAAT-TTTTTGGTGC
193 TTTGG---AAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGATGT
6243 TGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGA
255 TGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGA
6284 TCAAGAAT
Statistics
Matches: 5182, Mismatches: 645, Indels: 228
0.86 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
328 6 0.00
329 419 0.08
330 600 0.12
331 1070 0.21
332 901 0.17
333 1272 0.25
334 316 0.06
335 348 0.07
336 243 0.05
337 7 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (332 bp):
CCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTCTGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTT
TTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCCAC
ATTGGATTTAAGGATATGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATAAAAATTAATTT
GGAAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCTTCAATGTTTTTGATGTTGAATT
ATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGACGAAAATTTTTTCGGGTCAGTTTTTGCAAA
ATTTGAA
Done.