Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01010131.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig10163, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.18, T:0.33
Found at i:2171 original size:335 final size:333
Alignment explanation
Indices: 447--3064 Score: 3648
Period size: 335 Copynumber: 7.9 Consensus size: 333
437 TTTAACCAAA
* * *
447 TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTATAGCCGAAGTCGTGTACGAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAA
1 TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTGTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAA
* * *
512 ACGCGTTCCGGGGACCCTGCTCAATTTTGCATGACTTTTGGCGCC-GTGACTCCTTGAAATATAT
66 ACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAG-GACTCCTTGAAATATCT
* *
576 ATTTTAATCTAACCAGATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCAT-TAGAAT
130 ATTTTAATCTAACCAAATCTCAGCCA-TTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCT-GAAT
* * ** *
640 CATGGTTCGATTTAATAAAAAAATATTTTGCAAAAAAAGAAGAAGAAGAAAAACAACTAAGAAGT
193 CATGGTTCGATTTAATAAAAAATTA-ATT-CGGAAAAA-AAGAA-AAGAAAAACAACTAAGAAGC
** * *
705 GTGAAAAGGTCTTCAGCCTTTTTGGCTTTGAATTAGATATTCTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAA
254 GTGAAAAGACCTTCAGTCTTTTTGGCTTTGAATTAGATATTCTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAA
*
770 TTGAGGAAAATTCTT
319 TTGAGGAAAAATCTT
* * * *
785 TCGGGTTTCTATTTTTGCAAAATTATAGCCGAAATCGTGTACAAACCATCACAGTTTTTGGCTAA
1 TCGGG--TCAATTTTTGCAAAATTGTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAA
* *
850 AAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCATGACTCCTTGAAATATC
64 AAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAGGACTCCTTGAAATATC
* * *
915 TATTTTAATCTAACCAAATCTCAGTCATTTTGATTTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAAT
129 TATTTTAATCTAACCAAATCTCAGCCATTTGGA-TTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAAT
* * *
980 CATGGTTAGATTTAATAAAATATTAATTC---AGAAAA-AAAAGAAAAACAACTAAGAAGCGTGA
193 CATGGTTCGATTTAATAAAAAATTAATTCGGAAAAAAAGAAAAGAAAAACAACTAAGAAGCGTGA
* * * * *
1041 AAAGTCCTTTAGTCTTTTTGCCTTTGAATTAGATATTCTATATGAGTATTGTGACCAAAAATTGA
258 AAAGACCTTCAGTCTTTTTGGCTTTGAATTAGATATTCTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGA
1106 GGAAAAATCTT
323 GGAAAAATCTT
*
1117 TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTGTAGCAGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAA
1 TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTGTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAA
* * *
1182 ACGCGTTCCGGGGACCCTGCTCAATTTTGCATGACTTTTGGCGCC-GTGACTCCTTGAAATATAT
66 ACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAG-GACTCCTTGAAATATCT
* *
1246 ATTTTAATCTAACCAGATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCAT-TAGAAT
130 ATTTTAATCTAACCAAATCTCAGCCA-TTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCT-GAAT
* * * *
1310 CATGGTTCGATTTAATTAAAAATTATTTCGAAAAAAGAAGAAGAAGAAAAACAACTAAGAAGTGT
193 CATGGTTCGATTTAATAAAAAATTAATTCGGAAAAA-AAGAA-AAGAAAAACAACTAAGAAGCGT
* * *
1375 GAAAAGACCTTCAGTCTTTTTGGCTTTAAATCAGATATTCTTTATGAGTATTGTAGCCAAAAATT
256 GAAAAGACCTTCAGTCTTTTTGGCTTTGAATTAGATATTCTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATT
*
1440 GAGGAAAAATATT
321 GAGGAAAAATCTT
* *
1453 TCGGGTCGATTTTTGCAAAATTGTAGCCGAAATCGTGTACGT---CACCACGGTTTTTGGCTAAA
1 TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTGTAGCCGAAATCGTGTAC-TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAA
* ** *
1515 AACGCGTTCCGAGGACCCAACTCAATTTTGCATGAGTTTTT-GCGCCATGACTCCTTGAAATATC
65 AACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAATTTTGCATGA-TTTTTGGCGCCAGGACTCCTTGAAATATC
* *
1579 TATTTTAATTTAACCAAATCTCATCCATTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAAT
129 TATTTTAATCTAACCAAATCTCAGCCA-TTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAAT
* * *
1644 CATGGTTCAATTTAATAAAAAATTAATTCAGAAAAAAAG---A-AAAAA-AA-TTAGAAGCGTGA
193 CATGGTTCGATTTAATAAAAAATTAATTCGGAAAAAAAGAAAAGAAAAACAACTAAGAAGCGTGA
* *
1703 AAAGACCTTCAGTCTTTTTGTCTTTGAATTAGATATGCTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGA
258 AAAGACCTTCAGTCTTTTTGGCTTTGAATTAGATATTCTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGA
1768 GGAAAAATCTT
323 GGAAAAATCTT
1779 TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTGTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAA
1 TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTGTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAA
* * *
1844 ACGCATTCCGGGGACCCGGCTCAATTTTGCAAGATTTTTGGCGCCAGGACTCCTTGCAATATCTA
66 ACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAGGACTCCTTGAAATATCTA
* * *
1909 TTTTAATCTAACCAAATCTCGGCCATTTAGGATTTAAGGATTTGTTTTTTCGAGTATCTGAATCA
131 TTTTAATCTAACCAAATCTCAGCCATTT-GGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCA
1974 TGGTTCGATTTAATAAAAAATTAATTCGGGAAAAAAAGAAAAGAAAAACAACTAAGAAGCGTGAA
195 TGGTTCGATTTAATAAAAAATTAATTC-GGAAAAAAAGAAAAGAAAAACAACTAAGAAGCGTGAA
* * *
2039 AAGGCCTTCAGTCCTTTTGGCTTTGTATTAGATATTCTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAG
259 AAGACCTTCAGTCTTTTTGGCTTTGAATTAGATATTCTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAG
2104 GAAAAATCTT
324 GAAAAATCTT
* * *
2114 TCGGGTTAATTTTTGCAAAATTGTAGCCTAAATCGTTTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAA
1 TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTGTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAA
* * ** * *
2179 ACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTGGGAGCCATAACTTCTTGAAATATCAA
66 ACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAGGACTCCTTGAAATATCTA
*
2244 TTTTAATCTAACCAAATCTCAACCATTTAGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCA
131 TTTTAATCTAACCAAATCTCAGCCATTT-GGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCA
*
2309 TGGTTCGATTTAATAAAAAATTAATTCGG--AAAAA-AAAAGAAAAATAACTAAGAAGCGTGAAA
195 TGGTTCGATTTAATAAAAAATTAATTCGGAAAAAAAGAAAAGAAAAACAACTAAGAAGCGTGAAA
* *
2371 AGACCTTCAGACTTTTTGGCTTTGAGTTAGATATTCTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGG
260 AGACCTTCAGTCTTTTTGGCTTTGAATTAGATATTCTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGG
2436 AAAAATCTT
325 AAAAATCTT
* * * *
2445 TCTGGTCAATTTTTGCAAAATTGTAGCCAAAATCGTGTACTAAACATCACGGTTTTTGACTAAAA
1 TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTGTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAA
* * * * * * * *
2510 ACGCGTTCCGGGGACCCCGCTCAATTTTGCTTAACTGTTGGCGTC-GTGACTCCTTGAATTATAT
66 ACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAG-GACTCCTTGAAATATCT
* * * *
2574 ATTTTAATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGAATTG-TTTTAAGAGCATCAGAATC
130 ATTTTAATCTAACCAAATCTCAGCCA-TTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATC
* * * * *
2638 ATGGTTCGATTTAAAAAAAAATGATTTCCGAAAAAAA-AGAAAGTAAAACAACTAAGAAGCGTGA
194 ATGGTTCGATTTAATAAAAAATTAATTCGGAAAAAAAGA-AAAGAAAAACAACTAAGAAGCGTGA
*
2702 AAAGACCTTCAGTCTTTTTGGCTTTGAATTAGATATTCTTTATGAGTATTGTGG-CATAGAATTG
258 AAAGACCTTCAGTCTTTTTGGCTTTGAATTAGATATTCTTTATGAGTATTGTGGCCA-AAAATTG
2766 AGGAAAAATCTT
322 AGGAAAAATCTT
* * * * * *
2778 TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTATGTTA-CATCATGGTTTTTAGCTAAA
1 TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTGTAGCCGAAATCGTGTA-CTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAA
* *
2842 AACGCGTTCCGGGGACCCGGCTAAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCATGACTCCTTGAAATATCT
65 AACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAGGACTCCTTGAAATATCT
* * *
2907 ATTTTAATCTAACCAAATCTCAACCATTTTGGATTTAAGTATTTGTTTTTACGAACATCTGAATC
130 ATTTTAATCTAACCAAATCTCAGCCA-TTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATC
* * *
2972 ATGGTTCGATTTAAT-AAAAATTAATTACAG-AAAAAAG----G-AAGACAATTAAGAAGCGTGA
194 ATGGTTCGATTTAATAAAAAATTAATT-CGGAAAAAAAGAAAAGAAAAACAACTAAGAAGCGTGA
* *
3030 AAAGACCTTCAGT-ATTTTGGATTTGAATTAGATAT
258 AAAGACCTTCAGTCTTTTTGGCTTTGAATTAGATAT
Statistics
Matches: 2042, Mismatches: 197, Indels: 93
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
325 1 0.00
326 119 0.06
327 30 0.01
328 190 0.09
329 12 0.01
330 233 0.11
331 247 0.12
332 111 0.05
333 269 0.13
334 202 0.10
335 298 0.15
336 128 0.06
337 1 0.00
338 6 0.00
339 6 0.00
340 188 0.09
341 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.18, T:0.33
Consensus pattern (333 bp):
TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTGTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAA
ACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCAGGACTCCTTGAAATATCTA
TTTTAATCTAACCAAATCTCAGCCATTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCAT
GGTTCGATTTAATAAAAAATTAATTCGGAAAAAAAGAAAAGAAAAACAACTAAGAAGCGTGAAAA
GACCTTCAGTCTTTTTGGCTTTGAATTAGATATTCTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAATTGAGGA
AAAATCTT
Found at i:2926 original size:664 final size:667
Alignment explanation
Indices: 447--3064 Score: 3906
Period size: 664 Copynumber: 3.9 Consensus size: 667
437 TTTAACCAAA
* * * *
447 TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTATAGCCGAAGTCGTGTACGAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAA
1 TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTGTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAA
*
512 ACGCGTTCCGGGGACCCTGCTCAATTTTGCATGACTTTTGGCGCCGTGACTCCTTGAAATATATA
66 ACGCGTTCCGGGGACCCTGCTCAATTTTGCATAACTTTTGGCGCCGTGACTCCTTGAAATATATA
* *
577 TTTTAATCTAACCAGATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTAGAATCA
131 TTTTAATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCA
* * *
642 TGGTTCGATTTAATAAAAAAA-TATTTTGCAAAAAAAGAAGAAGAAGAAAAACAACTAAGAAGTG
196 TGGTTCGATTTAA-AAAAAAATTA-TTTCCGAAAAAAGAAGAAGAAGAAAAACAACTAAGAAGCG
** *
706 TGAAAAGGTCTTCAGCCTTTTTGGCTTTGAATTAGATATTCTTTATGAGTATTGTGGCAAAAAAT
259 TGAAAAGACCTTCAGTCTTTTTGGCTTTGAATTAGATATTCTTTATGAGTATTGTGGC-AAAAAT
* * * *
771 TGAGGAAAATTCTTTCGGGTTTCTATTTTTGCAAAATTATAGCCGAAATCGTGTACAAACCATCA
323 TGAGGAAAAATCTTTCGGG--TCAATTTTTGCAAAATTGTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCA
* *
836 CAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCATGA
386 CGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCATGA
**
901 CTCCTTGAAATATCTATTTTAATCTAACCAAATCTCAGTCATTTT-GATTTTAAGGATTTGTTTT
451 CTCCTTGAAATATCTATTTTAATCTAACCAAATCTCAACCATTTTGGA-TTTAAGGATTTGTTTT
* * * *
965 TACGATCATCTGAATCATGGTTAGATTTAATAAAATATTAATTCAG-AAAAAAAAGAAAAACAAC
515 TACGAGCATCTGAATCATGGTTCGATTTAATAAAAAATTAATTCAGAAAAAAAAAGAAAAATAAC
* * * *
1029 TAAGAAGCGTGAAAAGTCCTTTAGTCTTTTTGCCTTTGAATTAGATATTCTATATGAGTATTGTG
580 TAAGAAGCGTGAAAAGACCTTCAGTCTTTTTGGCTTTGAATTAGATATTCTTTATGAGTATTGTG
*
1094 ACCAAAAATTGAGGAAAAATCTT
645 GCCAAAAATTGAGGAAAAATCTT
1117 TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTGTAG-CAGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAA
1 TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTGTAGCCA-AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAA
*
1181 AACGCGTTCCGGGGACCCTGCTCAATTTTGCATGACTTTTGGCGCCGTGACTCCTTGAAATATAT
65 AACGCGTTCCGGGGACCCTGCTCAATTTTGCATAACTTTTGGCGCCGTGACTCCTTGAAATATAT
* *
1246 ATTTTAATCTAACCAGATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTAGAATC
130 ATTTTAATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATC
** *
1311 ATGGTTCGATTTAATTAAAAATTATTT-CGAAAAAAGAAGAAGAAGAAAAACAACTAAGAAGTGT
195 ATGGTTCGATTTAAAAAAAAATTATTTCCGAAAAAAGAAGAAGAAGAAAAACAACTAAGAAGCGT
* * *
1375 GAAAAGACCTTCAGTCTTTTTGGCTTTAAATCAGATATTCTTTATGAGTATTGTAGCCAAAAATT
260 GAAAAGACCTTCAGTCTTTTTGGCTTTGAATTAGATATTCTTTATGAGTATTGT-GGCAAAAATT
* * *
1440 GAGGAAAAATATTTCGGGTCGATTTTTGCAAAATTGTAGCCGAAATCGTGTACGT---CACCACG
324 GAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTGTAGCCGAAATCGTGTAC-TAACCATCACG
* **
1502 GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGAGGACCCAACTCAATTTTGCATGAGTTTTT-GCGCCATGAC
388 GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAATTTTGCATGA-TTTTTGGCGCCATGAC
* *
1566 TCCTTGAAATATCTATTTTAATTTAACCAAATCTCATCCATTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTA
452 TCCTTGAAATATCTATTTTAATCTAACCAAATCTCAACCATTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTA
* * *
1631 CGAGCATCTGAATCATGGTTCAATTTAATAAAAAATTAATTCAG--AAAAAAAGAAAAA-AAATT
517 CGAGCATCTGAATCATGGTTCGATTTAATAAAAAATTAATTCAGAAAAAAAAAGAAAAATAACTA
* *
1693 AGAAGCGTGAAAAGACCTTCAGTCTTTTTGTCTTTGAATTAGATATGCTTTATGAGTATTGTGGC
582 AGAAGCGTGAAAAGACCTTCAGTCTTTTTGGCTTTGAATTAGATATTCTTTATGAGTATTGTGGC
1758 CAAAAATTGAGGAAAAATCTT
647 CAAAAATTGAGGAAAAATCTT
*
1779 TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTGTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAA
1 TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTGTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAA
* * * * *
1844 ACGCATTCCGGGGACCCGGCTCAATTTTGCA-AGATTTTTGGCGCCAG-GACTCCTTGCAATATC
66 ACGCGTTCCGGGGACCCTGCTCAATTTTGCATA-ACTTTTGGCGCC-GTGACTCCTTGAAATATA
* * * * *
1907 TATTTTAATCTAACCAAATCTCGGCCA-TTTAGGATTTAAGGATTTGTTTTTTCGAGTATCTGAA
129 TATTTTAATCTAACCAAATCTCAGCCACATT-GGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAA
* * * *
1971 TCATGGTTCGATTTAATAAAAAATTAATTCGGGAAAAA-AAGAA-AAGAAAAACAACTAAGAAGC
193 TCATGGTTCGATTTAAAAAAAAATTATTTCCGAAAAAAGAAGAAGAAGAAAAACAACTAAGAAGC
* * *
2034 GTGAAAAGGCCTTCAGTCCTTTTGGCTTTGTATTAGATATTCTTTATGAGTATTGTGGCCAAAAA
258 GTGAAAAGACCTTCAGTCTTTTTGGCTTTGAATTAGATATTCTTTATGAGTATTGTGG-CAAAAA
* * *
2099 TTGAGGAAAAATCTTTCGGGTTAATTTTTGCAAAATTGTAGCCTAAATCGTTTACTAACCATCAC
322 TTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTGTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC
* * *
2164 GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTGGGAGCCATAAC
387 GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCATGAC
* * *
2229 TTCTTGAAATATCAATTTTAATCTAACCAAATCTCAACCATTTAGGATTTAAGGATTTGTTTTTA
452 TCCTTGAAATATCTATTTTAATCTAACCAAATCTCAACCATTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTA
*
2294 CGAGCATCTGAATCATGGTTCGATTTAATAAAAAATTAATTCGGAAAAAAAAAGAAAAATAACTA
517 CGAGCATCTGAATCATGGTTCGATTTAATAAAAAATTAATTCAGAAAAAAAAAGAAAAATAACTA
* *
2359 AGAAGCGTGAAAAGACCTTCAGACTTTTTGGCTTTGAGTTAGATATTCTTTATGAGTATTGTGGC
582 AGAAGCGTGAAAAGACCTTCAGTCTTTTTGGCTTTGAATTAGATATTCTTTATGAGTATTGTGGC
2424 CAAAAATTGAGGAAAAATCTT
647 CAAAAATTGAGGAAAAATCTT
* * *
2445 TCTGGTCAATTTTTGCAAAATTGTAGCCAAAATCGTGTACTAAACATCACGGTTTTTGACTAAAA
1 TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTGTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAA
* * * * *
2510 ACGCGTTCCGGGGACCCCGCTCAATTTTGCTTAACTGTTGGCGTCGTGACTCCTTGAATTATATA
66 ACGCGTTCCGGGGACCCTGCTCAATTTTGCATAACTTTTGGCGCCGTGACTCCTTGAAATATATA
* *
2575 TTTTAATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGAATTG-TTTTAAGAGCATCAGAATCA
131 TTTTAATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCA
* *
2639 TGGTTCGATTTAAAAAAAAATGATTTCCGAAAAAA-AAG-A-AAGTAAAACAACTAAGAAGCGTG
196 TGGTTCGATTTAAAAAAAAATTATTTCCGAAAAAAGAAGAAGAAGAAAAACAACTAAGAAGCGTG
*
2701 AAAAGACCTTCAGTCTTTTTGGCTTTGAATTAGATATTCTTTATGAGTATTGTGGCATAGAATTG
261 AAAAGACCTTCAGTCTTTTTGGCTTTGAATTAGATATTCTTTATGAGTATTGTGGCA-AAAATTG
* * * * *
2766 AGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTATGTTA-CATCATGG
325 AGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTGTAGCCGAAATCGTGTA-CTAACCATCACGG
* *
2830 TTTTTAGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTAAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCATGACTC
389 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCATGACTC
*
2895 CTTGAAATATCTATTTTAATCTAACCAAATCTCAACCATTTTGGATTTAAGTATTTGTTTTTACG
454 CTTGAAATATCTATTTTAATCTAACCAAATCTCAACCATTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACG
* * *
2960 AACATCTGAATCATGGTTCGATTTAAT-AAAAATTAATTACAGAAAAAAGGAAG-ACAAT---TA
519 AGCATCTGAATCATGGTTCGATTTAATAAAAAATTAATT-CAGAAAAAA-AAAGAAAAATAACTA
* *
3020 AGAAGCGTGAAAAGACCTTCAGT-ATTTTGGATTTGAATTAGATAT
582 AGAAGCGTGAAAAGACCTTCAGTCTTTTTGGCTTTGAATTAGATAT
Statistics
Matches: 1779, Mismatches: 143, Indels: 62
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
660 21 0.01
661 152 0.09
662 289 0.16
663 195 0.11
664 452 0.25
665 75 0.04
666 269 0.15
667 3 0.00
668 108 0.06
669 11 0.01
670 204 0.11
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.18, T:0.33
Consensus pattern (667 bp):
TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTGTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAA
ACGCGTTCCGGGGACCCTGCTCAATTTTGCATAACTTTTGGCGCCGTGACTCCTTGAAATATATA
TTTTAATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCAGAATCA
TGGTTCGATTTAAAAAAAAATTATTTCCGAAAAAAGAAGAAGAAGAAAAACAACTAAGAAGCGTG
AAAAGACCTTCAGTCTTTTTGGCTTTGAATTAGATATTCTTTATGAGTATTGTGGCAAAAATTGA
GGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTGTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTT
TTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGACCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGCCATGACTCCT
TGAAATATCTATTTTAATCTAACCAAATCTCAACCATTTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAG
CATCTGAATCATGGTTCGATTTAATAAAAAATTAATTCAGAAAAAAAAAGAAAAATAACTAAGAA
GCGTGAAAAGACCTTCAGTCTTTTTGGCTTTGAATTAGATATTCTTTATGAGTATTGTGGCCAAA
AATTGAGGAAAAATCTT
Done.