Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01010167.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig10199, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2403
ACGTcount: A:0.34, C:0.16, G:0.16, T:0.34
Found at i:1570 original size:331 final size:330
Alignment explanation
Indices: 955--2403 Score: 1993
Period size: 330 Copynumber: 4.4 Consensus size: 330
945 GTTTTTAGCT
*
955 GAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCTGGG-CCCGACACAGTTT
1 GAAATCGTGTACTAACCATCACAG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGGGCCCCGACACAGTTT
* * * *
1019 TGGCTGATTTTTGGCAGCAATACTCCTAAAAATAAGTAAATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACA
65 TGGATGATTTTTGGCAGCAAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACA
* * * *
1084 ACGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTAGAAATTAATTT
130 ATGGATTTAAGGATAAGGCTTTACGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTAAAAATTAATTC
* * * *
1149 AGGAAAATAGGAAAAACGATATTAGAAGGCTGAAAAGCCCTTAAAT-TATATTGGCATTGAGTTA
195 AGAAAAATAGAAAAAACGATATTAGAAGGCTGAAAAGCCATTAAATAT-TATTGGCGTTGAGTTA
*
1213 TATATTTTTTATGAGTACTATGGCTAAAAATTGAGGAAAAGTTTTTTGGGACAGTTTTTGCAAAA
259 TATA-TTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAAGTTTTTTGGGACAGTTTTTGCAAAA
*
1278 TTTTGGCC
323 CTTTGGCC
* *
1286 GAAATCGTATAATAACCATCACAGTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGGGCCCCGACACAGTTT
1 GAAATCGTGTACTAACCATCACAG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGGGCCCCGACACAGTTT
* *
1351 TGGATGATTTTTGGCA-CAGAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAATCACAACCAC
65 TGGATGATTTTTGGCAGCA-AGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAC
* * * *
1415 AATGGATTTAATGATAAGGTTTTACGACCATCTGATTTATAATTCGATTTAATTAAAAATTAATT
129 AATGGATTTAAGGATAAGGCTTTACGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTAAAAATTAATT
* *
1480 CA-AAAAATAGAAAAAACGATATTAGAAGCCTGGAAAGCCATTAAATATTATTGGCGTTGAGTTA
194 CAGAAAAATAGAAAAAACGATATTAGAAGGCTGAAAAGCCATTAAATATTATTGGCGTTGAGTTA
* * *
1544 TATATCTTTTACGAGTACTGTGGCTAAAAATTTAGGGAAAAAG--TTTTGGGATAGTTTTTGCAA
259 TATAT-TTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGA-GG-AAAAGTTTTTTGGGACAGTTTTTGCAA
1607 AACTTTGGCC
321 AACTTTGGCC
*
1617 GAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCTGGGCCCCGACACAGTTTT
1 GAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGGGCCCCGACACAGTTTT
* * * * *
1682 GGCTGATTTTTGGCAGCAAGACTCCTTAAAATAAGTAAACTCATATAACCAAATCTCAACCACAA
66 GGATGATTTTTGGCAGCAAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAA
* * *
1747 TGGATTTAAGGATAAGGCTTTATGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTAGAAATTAATTTA
131 TGGATTTAAGGATAAGGCTTTACGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTAAAAATTAATTCA
* * * * * *
1812 GGAAAGTAGGAACAACGATATTAGAAGGCTGAAAAGCCCTTAAATTTTATTGGCGTTGAGTTATA
196 GAAAAATAGAAAAAACGATATTAGAAGGCTGAAAAGCCATTAAATATTATTGGCGTTGAGTTATA
* * *
1877 TATTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAATTTTTTTGGGACAATTTTTGCAAAATTT
261 TATTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAAGTTTTTTGGGACAGTTTTTGCAAAACTT
1942 TGGCC
326 TGGCC
* * * * * * * * *
1947 GCAATCGTGCAGTAACCATCACAGTTTTTGGCTAGAAATGAGTTCCTGGGACCTGGCACAGTTTT
1 GAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGGGCCCCGACACAGTTTT
* * **
2012 GGATGATTTTTGGAAGCACGACTTTTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAA
66 GGATGATTTTTGGCAGCAAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAA
* * *
2077 TGGATTTAAGGATAAGGTTTTACGAACCATCTGATTTATAATTCGATTTAATTAAAAATTAATTC
131 TGGATTTAAGGATAAGGCTTTACG-ACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTAAAAATTAATTC
* * * *
2142 --AAAAATAGAAAAAATGATATTAGAAGTCTGAAAAGCTATTAAATATTATTGGGGTTGAGTTAT
195 AGAAAAATAGAAAAAACGATATTAGAAGGCTGAAAAGCCATTAAATATTATTGGCGTTGAGTTAT
* * * *** *
2205 ATATTTTTAGGAGTACTGTGG-TAAAAATTTAGTAAAAACGTTTTGGGACAGTTATTGCAAAACT
260 ATATTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAAGTTTTTTGGGACAGTTTTTGCAAAACT
2269 TTGGCC
325 TTGGCC
* ** * * * *
2275 GAAATCATGTTTTAACCATCATAGTTTTTGACTAAAAACGCTTTCCTGGGCCCCGACATAGTTTT
1 GAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGGGCCCCGACACAGTTTT
* * *
2340 GGTTGATTTTTGGCAGCAAGACTCTTTAAAATATG--CATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAA
66 GGATGATTTTTGGCAGCAAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAA
2403 T
131 T
Statistics
Matches: 986, Mismatches: 121, Indels: 27
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
326 28 0.03
328 126 0.13
329 75 0.08
330 342 0.35
331 280 0.28
332 130 0.13
333 5 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.18, T:0.33
Consensus pattern (330 bp):
GAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCTGGGCCCCGACACAGTTTT
GGATGATTTTTGGCAGCAAGACTCCTTAAAATATGTAAATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAA
TGGATTTAAGGATAAGGCTTTACGACCATCTGAATTATAATTCGAATTAATTAAAAATTAATTCA
GAAAAATAGAAAAAACGATATTAGAAGGCTGAAAAGCCATTAAATATTATTGGCGTTGAGTTATA
TATTTTTATGAGTACTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAAGTTTTTTGGGACAGTTTTTGCAAAACTT
TGGCC
Done.