Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01010198.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig10230, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:626 original size:338 final size:338
Alignment explanation
Indices: 1--3410 Score: 5099
Period size: 337 Copynumber: 10.1 Consensus size: 338
* * * *
1 AACTGATCAGGGGCCCCGGAACACATTTTTACTTTTAAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACACG
1 AACTGAACCGGGGCCCCGGAACGCATTTTTACTTTTAAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACG
** *
66 ATTTCGGCTAAAATTTTTTAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTACTCAATTCTTTGCCAAAATACT
66 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTCTTTGCCAAAATACT
*
131 CCTAAAAAATATATAAATCAGCGCCAAAAAGATAGACATGCTTTTCACACTTCAAATAACGTTTT
131 CCTAAAAAATATATAAATCAGCGCCAAAAAGATTGACATGCTTTTCACACTTCAAATAACGTTTT
* *
196 TCCTTTTTTTCAGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTAAGATGCTCATAAAACCAAAT
196 TCCTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAACCAAAT
* *
261 CCTTAAATCTAAGGAGGCTGAGATTTGGTTGGATGGATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCC
261 CCTTAAATCTAAGGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCC
326 AAAAATCAAGCAA
326 AAAAATCAAGCAA
* * *
339 TACTGAACCGGGGCCCCGGAACACATTTTTACTTTTAAGCCAAATACCGTGATGGTTAGTACACG
1 AACTGAACCGGGGCCCCGGAACGCATTTTTACTTTTAAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACG
*
404 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTTCCTCAATTCTTTGCCAAAATAT
66 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAA-TTTTTTCCTCAATTCTTTGCCAAAATAC
*
469 TCCTAAAAAATATATAAATCAGCGCCAAAAAGATAGACATGCTTTTCACACTTCAAATAACGTTT
130 TCCTAAAAAATATATAAATCAGCGCCAAAAAGATTGACATGCTTTTCACACTTCAAATAACGTTT
*
534 TTCC-TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTAAGATGCTCATAAAACCAAA
195 TTCCTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAACCAAA
* *
598 TCCTTAAATCTAAGGAGGCTGAGATTTGGTTGGATGGATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGC
260 TCCTTAAATCTAAGGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGC
*
663 TAAAAATCAAGCAA
325 CAAAAATCAAGCAA
* *
677 AACTGAGCCGGGGCCCTGGAACGCATTTTTACTTTTAAGCCAAAAACCGTGAT-G---GTACACG
1 AACTGAACCGGGGCCCCGGAACGCATTTTTACTTTTAAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACG
* * * *
738 ATTTCGGGTTAAATTTTGCAAAAAACTGACACGAAATTTTTTTCCTCAATTCTTTGCCAAAATAC
66 ATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAAACTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTCTTTGCCAAAATAC
* **
803 TCCTAAAAAATATATAAATAAGCGCCAAAAAGATTGACATGCTTTTCACACTTCAAATATTGTTT
130 TCCTAAAAAATATATAAATCAGCGCCAAAAAGATTGACATGCTTTTCACACTTCAAATAACGTTT
*
868 TTCCTTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAACCAA
195 TTCC-TTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAACCAA
* * * * *
933 ATCCTTAAATCAAAGGAGGCTGTGATTTGTTTAGATGAATATAGATATTTTAAGGAATCTTTCTG
259 ATCCTTAAATCTAAGGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTG
998 CCAAAAATCAAGCAA
324 CCAAAAATCAAGCAA
* * **
1013 AACTGAGCCGGGGCCTCGGAACAAATTTTTACTTTTAAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACG
1 AACTGAACCGGGGCCCCGGAACGCATTTTTACTTTTAAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACG
* *
1078 ATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTTCCTCCATTCTTTGCCAAAATAC
66 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAA-TTTTTTCCTCAATTCTTTGCCAAAATAC
* * *
1143 TCCTAAAAAGTATATAAATCAGCGCCAAAAAGATTAACATGCTTTTCACAGTTCAAAT----TTT
130 TCCTAAAAAATATATAAATCAGCGCCAAAAAGATTGACATGCTTTTCACACTTCAAATAACGTTT
** * *
1204 GACATGCTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAAATTCAGATGCTCATAAAACCA
195 TTCCT--TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAACCA
* * *
1269 AATCCTTAAATCTAAGGAGGTTGAGATTTGGTTAGATAAATATAGATATTTCAAGGATTCTTTCT
258 AATCCTTAAATCTAAGGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCT
1334 GCCAAAAATCAAGCAA
323 GCCAAAAATCAAGCAA
* ** * *
1350 AACTGAACCGGGGTCCCGGAACGCATTTTTACTTTTAAGTTAAAAACTGTGATGGTTAGTAGACG
1 AACTGAACCGGGGCCCCGGAACGCATTTTTACTTTTAAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACG
*
1415 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTCTTTGACAAAATACT
66 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTCTTTGCCAAAATACT
* * ** **
1480 CCTAAAAAATATATAAATCAGTGCTAAAAAGATTGACATGCTTTGAACACTTCAAATATTGTTTT
131 CCTAAAAAATATATAAATCAGCGCCAAAAAGATTGACATGCTTTTCACACTTCAAATAACGTTTT
*
1545 TCCTTTTTTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAACCAAA
196 TCC-TTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAACCAAA
*
1610 TCCTTAAATCTAAGGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTTCTGC
260 TCCTTAAATCTAAGGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGC
1675 CAAAAATCAAGCAA
325 CAAAAATCAAGCAA
* * * *
1689 AACTGAGA-CGGGGCCCCAGAACTCATTTTTACTTTTAAGCCAAAAGCCATGATGGTTAGTACAC
1 AACTGA-ACCGGGGCCCCGGAACGCATTTTTACTTTTAAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACAC
* * * * *
1753 GGTCTCGACTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAATTTATTCCTCAATTCATTGCCAAAATAC
65 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTCTTTGCCAAAATAC
*
1818 TCCTAAAAAATATATAAATCAGCG-CAAAAAGATTGACATGCTTTTCACACTTCAAATAACATTT
130 TCCTAAAAAATATATAAATCAGCGCCAAAAAGATTGACATGCTTTTCACACTTCAAATAACGTTT
*
1882 TTCC--TTTTTCCGAATTAATTTCTAAATAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAACCAAA
195 TTCCTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAACCAAA
* * *
1945 TCCTTAACTCTAAAGAGGCTAAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGC
260 TCCTTAAATCTAAGGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGC
2010 CAAAAATCAAGCAA
325 CAAAAATCAAGCAA
* * * * * * *
2024 AACTGAGCAGGGGTCCCGGAATGCATTTTTTCTTTTAAGTCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACG
1 AACTGAACCGGGGCCCCGGAACGCATTTTTACTTTTAAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACG
* * * **
2089 ATTTCAGCTAAAACTTAGCAAAAACTGACCC-AAAATTTTTTTTGGTCAATTCTTTGCCAAAAAT
66 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAA--TTTTTTCCTCAATTCTTTGCC-AAAAT
** ** *
2153 ACTCCTAAAAAATATATAAATCAGCGTAAAAAAGATTGACATGCTTTTCACACTTCAAATATTGG
128 ACTCCTAAAAAATATATAAATCAGCGCCAAAAAGATTGACATGCTTTTCACACTTCAAATAACGT
* * *
2218 TTTTCCTTTTTTTCCGAATT-ATTTCTAATTAAATTGATACATGATTCAGATGCTCATAAAACCA
193 TTTTCCTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAACCA
* * * *
2282 ACTCCTTAAATCTAAGGAGGCTAAGATTTGGTTAAATG-A-AT--ATATTTCAAGGAGTATTTCT
258 AATCCTTAAATCTAAGGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCT
*
2343 GCCAAAAATCAAGGAA
323 GCCAAAAATCAAGCAA
** * * * * **
2359 AACTGAGTCGTGGCCCCAGAACGCATTTTTACTTTTAAGTCTAAAGTCGTGATGGTTAGTACACG
1 AACTGAACCGGGGCCCCGGAACGCATTTTTACTTTTAAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACG
* * *
2424 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACCGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTATTTCCCAAAATACT
66 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTCTTTGCCAAAATACT
* * *
2489 CCTAAAAAATATATAAATCACCGCCAAAAAGATTGACATGCTTTTCACACTTCAATTAACATTTT
131 CCTAAAAAATATATAAATCAGCGCCAAAAAGATTGACATGCTTTTCACACTTCAAATAACGTTTT
*
2554 TCC-TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCATAAAACCAAAT
196 TCCTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAACCAAAT
*
2618 CCTTAAATCTAAGGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATGGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCC
261 CCTTAAATCTAAGGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCC
2683 AAAAATCAAGCAA
326 AAAAATCAAGCAA
** * *
2696 AACT-AACTCGGGGAACCGGAACGCATTTTTACTTTTAAGTCAAAAACCGTGATGGGTAGTACAC
1 AACTGAAC-CGGGGCCCCGGAACGCATTTTTACTTTTAAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACAC
** *
2760 GATTTCGGCTAATGTTTTGCAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTCTTTGACAAAATAC
65 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTCTTTGCCAAAATAC
* * * * **
2825 TCCTAAAATATATATAAATCAGGAGCTAAAAAGATTGACATGCTTTTCACACTTCACATATTGTT
130 TCCTAAAAAATATATAAATCA-GCGCCAAAAAGATTGACATGCTTTTCACACTTCAAATAACGTT
*
2890 TTTCC-TTTTTTCCGAATTAATTTCTTATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAACCAA
194 TTTCCTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAACCAA
* * *
2954 ATCTTTAAATCTAAGGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAGGGAGTTTTTCTG
259 ATCCTTAAATCTAAGGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTG
* ***
3019 TCAAAAATCACTTAA
324 CCAAAAATCAAGCAA
* *
3034 AACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCATTTTTACTTTTAAGCCAAAAGCCGTGATGG-TAGTACACG
1 AACTGAACCGGGGCCCCGGAACGCATTTTTACTTTTAAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACG
* * *
3098 ATATCGGCTAAAATTTTGC-AACACAGACCCGAAAATTGTTTTCCTCAATTCTTT-CTCAAAATA
66 ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAATT-TTTTCCTCAATTCTTTGC-CAAAATA
* *
3161 CTCCTAAAAAATATATAAATCGGCGCCAAAAAGATTGACATGCTTTTCACACTTCAAATAACATT
129 CTCCTAAAAAATATATAAATCAGCGCCAAAAAGATTGACATGCTTTTCACACTTCAAATAACGTT
*
3226 TTTCCTTTTTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAA-CTGAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAACCA
194 TTTCCTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC-GAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAACCA
* * *
3290 AATCCTTAAATCGAAGGAGGCTGAGATTTGTTTAGATGAATATAGATATTTCAAGAAGTCTTTCT
258 AATCCTTAAATCTAAGGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCT
3355 GCCAAAAATCAAGCAA
323 GCCAAAAATCAAGCAA
*
3371 AACTTAACTCGGGGCCCCGGAACGCATTTTTACTTTTAAG
1 AACTGAAC-CGGGGCCCCGGAACGCATTTTTACTTTTAAG
3411 TC
Statistics
Matches: 2779, Mismatches: 255, Indels: 76
0.89 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
332 13 0.00
333 143 0.05
334 138 0.05
335 345 0.12
336 340 0.12
337 620 0.22
338 604 0.22
339 454 0.16
340 121 0.04
341 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.14, T:0.32
Consensus pattern (338 bp):
AACTGAACCGGGGCCCCGGAACGCATTTTTACTTTTAAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACG
ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAATTTTTTCCTCAATTCTTTGCCAAAATACT
CCTAAAAAATATATAAATCAGCGCCAAAAAGATTGACATGCTTTTCACACTTCAAATAACGTTTT
TCCTTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCATAAAACCAAAT
CCTTAAATCTAAGGAGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCC
AAAAATCAAGCAA
Done.