Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01010288.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig10320, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3677
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Found at i:1477 original size:339 final size:332
Alignment explanation
Indices: 774--2009 Score: 1325
Period size: 339 Copynumber: 3.7 Consensus size: 332
764 ATATTGGACT
* * * *
774 TTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATG
1 TTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCAAATG
* * ** * * * *
839 CTCGTATAAAGAAATTATTAAATGCAATGTGGTTGAGATTTGATAAGATGAATATAGATATTTCA
66 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTAGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCA
* * * * * * * * * *
904 AAGAG--TTT-T-GATGCCAAAAATCATACAAAACTGAGACGTAGCCCCGAAACTCGTTTTTAGC
131 AGGAGTCTTTCTCGACGCAAAAAATAATGCAAAACTAAGCCG-GGGCCCGAAACGCGTTTTTAGC
* * * *
965 AAAAAAACCGTGATATATAGTACACGATTTCGGGTTAAATTTTGCAAAAAAAATGACCCGAAATA
195 --AAAAACCGTGATGT-TAGTACACGATTCCAGCTTAAATTTTGC-AAAAAAATGA-CCGAAATA
* *
1030 TTTTTCTTTAATTTTTGGCTAAAATACTCATGAAATATATATAATTTAAC-ACAAAAAACGTTGA
255 TTTTTCTTTAATTTTTGGCTAAAATACCCATGAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAA-GTTGA
* *
1094 AAGACTTTTTGTGC
319 AGGACTTTTCGTGC
* *
1108 TTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTGAATCAAAACAAGATTCAAATT
1 TTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCAAATG
* *
1173 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCAAATGTAGTTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTC
66 CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGC-AATGTAGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTC
*
1238 AAGGAGTCTTGGTCTCGACGCAAAAAATAATGCAAAACTAAGCCGGGGCCC-AACAGCACGTTTT
130 AAGGAGTCTT--TCTCGACGCAAAAAATAATGCAAAACTAAGCCGGGGCCCGAA-A-CGCGTTTT
* * *
1302 TAGTCAAAAATCGTGATGGTCAGTACACGATTCCAGCTTAAATTTTGC-AGAAAATGACGCGAAA
191 TAG-CAAAAACCGTGAT-GTTAGTACACGATTCCAGCTTAAATTTTGCAAAAAAATGAC-CGAAA
* * * * *
1366 AATTTTTCCTAAATTTTTGGCTAAAATACCCATAAAATATGTATAATTTAACGCCAAAAAAGATT
253 TATTTTTCTTTAATTTTTGGCTAAAATACCCATGAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAAG-TT
* **
1431 GGAGGACTTTTCACGC
317 GAAGGACTTTTCGTGC
* *
1447 TTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTGATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATT-AAGAT
1 TTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCAA-AT
* * * * * *
1511 GATCGTATAAACAAATCCTTAAATGCAATGTGGCTGAGATTTGATTAGATTATTATAGATGTTTC
65 GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTAGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTC
* * * * * * * *
1576 AATGAATC--TC-AG-CGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGAGCCGCAAAACGCGTTTTTAG
130 AAGGAGTCTTTCTCGACGCAAAAAATAATGCAAAACTAAGCCGGGGCC-CGAAACGCGTTTTTAG
* * * * * *
1637 CAAAAACTCGTGATAGGTTAGTTCACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAAAAATGACCCAAATT
194 CAAAAAC-CGTGAT--GTTAGTACACGATTCCAGCTTAAATTTTGC-AAAAAAATGACCGAAA-T
* * * *
1702 TTTTTTCTTTAATTTATGGCTAAAATACGCATGAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAGGTTGA
254 ATTTTTCTTTAATTTTTGGCTAAAATACCCATGAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAAGTTGA
1767 AGGACTTTTCGTGC
319 AGGACTTTTCGTGC
* * * * *
1781 TTTTCATATCGTTTTT--TATTTTT-TAAAATTAATTTTTAATTGAATTAAAACAAGATTCAAAT
1 TTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCT-GAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCAAAT
* *
1843 GCTCGTAAAAACAAATCTTTAAATTCAAATGTAGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTT
65 GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGC-AATGTAGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTT
* * * **
1908 GAAGGAGTCTTGGTCTCGGCGCAAAAAATAATGCAAAACTAAGTCGGGGCCCGGATTCGCGTTTT
129 CAAGGAGTCTT--TCTCGACGCAAAAAATAATGCAAAACTAAGCCGGGGCCC-GAAACGCGTTTT
* *
1973 TAGTCAAAAACCGTGATG-TACTAAACGATTCCAGCTT
191 TAG-CAAAAACCGTGATGTTAGTACACGATTCCAGCTT
2010 CATCATGGTT
Statistics
Matches: 752, Mismatches: 117, Indels: 64
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
331 7 0.01
332 101 0.13
333 70 0.09
334 117 0.16
335 103 0.14
336 13 0.02
337 6 0.01
338 104 0.14
339 148 0.20
340 48 0.06
341 34 0.05
342 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (332 bp):
TTTTAATATCGTTTTTCATATTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGATTCAAATG
CTCGTAAAAACAAATCCTTAAATGCAATGTAGCTGAGATTTGATTAGATAAATATAGATATTTCA
AGGAGTCTTTCTCGACGCAAAAAATAATGCAAAACTAAGCCGGGGCCCGAAACGCGTTTTTAGCA
AAAACCGTGATGTTAGTACACGATTCCAGCTTAAATTTTGCAAAAAAATGACCGAAATATTTTTC
TTTAATTTTTGGCTAAAATACCCATGAAATATATATAATTTAACGCCAAAAAAGTTGAAGGACTT
TTCGTGC
Found at i:2608 original size:323 final size:321
Alignment explanation
Indices: 2010--3677 Score: 1988
Period size: 323 Copynumber: 5.2 Consensus size: 321
2000 ATTCCAGCTT
* ** * ** *
2010 CATCATGGTTTTTGATTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCTAACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTAG
1 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAG
* ** *
2075 AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACAAAATCTCAGGTAATTTGGATTTAAGGATGTC
66 AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCTCAGCCAATTTGGATTTAAGGATTTC
* *
2140 TTTTTACGAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTC-TGAAAAAAATGGAAAA
131 TTTTTACGAGCATCTTAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATGGAAAA
*
2204 ACGATATTGGAAGCGTGAAAACCCCTTCAATTTTCTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCAGAG
196 ACGATATTGGAAGCGTG-AAACCCCTTCAATTTT-TTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTCAGAG
* ** * * *
2269 TAGTGTGGCTAATTATGAGAAAAAAAGTTTTCGGGTTAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACAAAC
259 TAGTGTGGCAAAAAATGAG-AAAAAAGTTTTCGGGTCAATTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAAC
* * * *
2333 CATCACGGTTTTTTGCTAAAAACGTGTTTCGGAGCCCCGACTCAGTTTTGCAAGATTTTTGACAG
1 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAG
* * * * *
2398 AAAGACTCCTTCAAATATCTATATTCAAAAAACCAATTCTTAGCCAATTTGGATTTAAGGATTTC
66 AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCTCAGCCAATTTGGATTTAAGGATTTC
* * * *
2463 TTTGTAAGAGCATCTTAATTTTGTTTCGATTTTATTAGAAATAAATGCGGGAAAAAAATGGAAAA
131 TTTTTACGAGCATCTTAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATGGAAAA
* *
2528 ACGATATTGGAAGCATGTAAACCCCTTCAATTTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTTAGAGT
196 ACGATATTGGAAGCGTG-AAACCCCTTCAATTTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTCAGAGT
** * *
2593 AGTGTGGCAAATTATGAGAAAAAAGTTTTCGGGTTAATTTTTAGCATAAATCGTGTACGT---
260 AGTGTGGCAAAAAATGAGAAAAAAGTTTTCGGGTCAATTTTTAGCAGAAATCGTGTAC-TAAC
* * * *
2653 --T-ACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTACGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTGGCAG
1 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAG
*
2714 AAA-AGCTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACAAAATCTCAGCCAATTTGGATTTAAGGATTT
66 AAAGA-CTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCTCAGCCAATTTGGATTTAAGGATTT
* *
2778 CTTTTTACGAGCATCTGAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTC-GGAAAAAAAAGGAAA
130 CTTTTTACGAGCATCTTAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATGGAAA
* * * * **
2842 AATGATATTCGAAGCGTGAAATCTCCTTCAATATCTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTTGGA
195 AACGATATTGGAAGCGTGAAA-CCCCTTCAAT-TTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTCAGA
* * * * * * *
2907 GTTGTATGGCAAAAAAATGAGAAAAAAGTTTCCGAGTCAATTTTTATCCGAAATTGTGTACGTTA
258 GTAGTGTGGC-AAAAAATGAGAAAAAAGTTTTCGGGTCAATTTTTAGCAGAAATCGTGTAC--TA
2972 AC
320 AC
* * * *
2974 CATAACGGTTTTTGGCTAAAAACGCG-TTCTGGAGCCCCTACTAAATTTTGCATGATTTTTGGCA
1 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC-GGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCA
* * *
3038 AAAAGTCTCCTT-AGAATATCTATATTCATATAACCAAATCTCAGCCAATTTAGATTTAAGGATT
65 GAAAGACTCCTTGA-AATATCTATATTCATATAACCAAATCTCAGCCAATTTGGATTTAAGGATT
* * * * * ** *
3102 TGTTTTTACGAGCAT-TTCAATCTTGTTTTGA-TTATATTAAAAATATATTCGAAAAAAAAATCG
129 TCTTTTTACGAGCATCTT-AATTTTGTTTCGATTTA-ATTAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATGG
* * * * *
3165 AAAAACGATATTGGAAACATGAAAAACCCTTCAATTTTTTTTTGCTTTGAATTATATATTTTTTA
192 AAAAACGATATTGGAAGCGTG-AAACCCCTTCAA-TTTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTC
* * * *
3230 AGAGTTGTGTGGCAAAAAAATGAG-AAAAA-TTTTCGGGTCAATTTTTATCTGAAATCGTTTACT
255 AGAGTAGTGTGGC-AAAAAATGAGAAAAAAGTTTTCGGGTCAATTTTTAGCAGAAATCGTGTACT
3293 AAC
319 AAC
* * ** * * * * * *
3296 TATCACGGTTTTTGGTTAATTACGCGTTCCGGAGCCTCTG-CTTAATTTTGCATTATTTTTTGCA
1 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCC-CCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCA
* * * * *
3360 GAAAGACTCATAGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCTCGGCTAATTTGGATTTAAGAAATT
65 GAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCTCAGCCAATTTGGATTTAAG-GATT
* * * * * * *
3425 TGTTTTTACGAGTAT-TTGAATCTTGTTTCGATTTAATTGGAAATATATTCGGAAAAAAAAATCG
129 TCTTTTTACGAGCATCTT-AATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGG-GAAAAAAATGG
* *
3489 AAAAACGATATTGGAAGCGTGACAA-CCCTTCAATTTTTTTGGCCTTGAATCATATATTTTTTCA
192 AAAAACGATATTGGAAGCGTGA-AACCCCTTCAATTTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTCA
* *
3553 GAGTAATGGGGCAAAAAATGAGAAAAAAGTTTTCGGGTCAATTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAA
256 GAGTAGTGTGGCAAAAAATGAGAAAAAAGTTTTCGGGTCAATTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAA
3618 C
321 C
* * *
3619 AATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTT
1 CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTT
Statistics
Matches: 1157, Mismatches: 156, Indels: 64
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
314 3 0.00
315 39 0.03
316 146 0.13
317 85 0.07
318 2 0.00
321 10 0.01
322 184 0.16
323 340 0.29
324 156 0.13
325 108 0.09
326 80 0.07
327 4 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (321 bp):
CATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAG
AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATATAACCAAATCTCAGCCAATTTGGATTTAAGGATTTC
TTTTTACGAGCATCTTAATTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATGGAAAA
ACGATATTGGAAGCGTGAAACCCCTTCAATTTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTCAGAGTA
GTGTGGCAAAAAATGAGAAAAAAGTTTTCGGGTCAATTTTTAGCAGAAATCGTGTACTAAC
Done.