Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01010289.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig10321, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4687
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Found at i:1029 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 1004--1042 Score: 60
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
994 TCTAAATATA
1004 TCGAAACAAGATTCAGATGC
1 TCGAAACAAGATTCAGATGC
* *
1024 TCGAAACATGATTGAGATG
1 TCGAAACAAGATTCAGATG
1043 GCCGTAAACA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 17 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.23, T:0.23
Consensus pattern (20 bp):
TCGAAACAAGATTCAGATGC
Found at i:1793 original size:332 final size:333
Alignment explanation
Indices: 1024--2270 Score: 1240
Period size: 332 Copynumber: 3.8 Consensus size: 333
1014 ATTCAGATGC
* * * *
1024 TCGAAACATGATTGAGATGGC-CGTAAACACAAATCCTTAAATCTAATATGGGTG-AGTTTTGGT
1 TCGAAACATGATTCAGAT-GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGGTGTAGATTTGGT
* * * * ** *
1087 TAAATGAATATAGATATTTCACTGAT-TCTTGGTGCCAAAAATCATG-AAAACCT-GTGTCGGGG
65 TAAATGAATATAGATATTTCA-AGGTGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACATAGCCT-GGGC
* * * * * * * **
1149 CTCAGTAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATAGCTCAGTATACGATTTCGGCTAAATTTTTAT
128 CCCA-AAACGCGTTTTTAGC-AAAAACCGTGAT-GGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGC
* * * * * *
1214 AAAAAATGAACTGCAAG--TTTTTCCCTCAAATTTTTAGCCACTAGACTCATAAAATATATATAA
190 AAAAATTGAACCGAAAGAATATTT-CCTC-AATTTTTAGCCACGATACTCATAAAATATATATAA
* *
1277 TTCAACGCCAAAAATATTG-AATGATTTTCACGCTTCCAATATCGTTTTCCCTATTTTTTTCGAA
253 TTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGATTTTCACGCTTCCAATATCGTTTTCCCTATTTTTTTCGAA
1341 TTAATTTCTAAATAAA
318 TTAATTTCTAAATAAA
** * * * * *
1357 TCGAAACAAAATCCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAAT-CAA-ACGCGGAGTAGATTTAGT
1 TCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATG-GGTGTAGATTTGGT
* * * * *
1420 TAGATAAATATAGATATTTCAAGGAGTTTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACATAGCCTGGGCCC
65 TAAATGAATATAGATATTTCAAGGTGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACATAGCCTGGGCCC
* * *
1485 CAAAACGTGTTTTTAGCGAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCAACTAAAATTTTGCAAAA
130 CAAAACGCGTTTTTAGC-AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAA
* * * *
1550 ATTTACCCGAAAGAATATTT-CTCAATTTTTGGTCACGATACTCAT-AAATAATATATAATTCAA
194 ATTGAACCGAAAGAATATTTCCTCAATTTTTAGCCACGATACTCATAAAAT-ATATATAATTCAA
* * * * ** * *
1613 CGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTAACGCATCTAATATCAGTTTT-CCTATTTTTACCAAAATAA
258 CGCCAAAAAGATTGAAAGGATTTTCACGCTTCCAATATC-GTTTTCCCTATTTTTTTCGAATTAA
* *
1677 TTTTTAATTAAA
322 TTTCTAAATAAA
* * *
1689 TCGAAACATGATTCAGATGGC-CGTAAAACCAAATCCTTGAATCCAATATGGGTG-AGAATTGGT
1 TCGAAACATGATTCAGAT-GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGGTGTAGATTTGGT
* ** * * * *
1752 TAAATGAATATTGATATTTCACTGTGTCTTGGTGACAAAAATAATGCAAAA-ATTGAGTAC-GGG
65 TAAATGAATATAGATATTTCAAGGTGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACA-T-AG-CCTGGG
* ** * * * *
1815 GCCCGTAACGCGTTTTTAGTCAAAAACCGTGATAGTTGGTATACGATTTCGGC-AAAATTTTTGC
127 CCCCAAAACGCGTTTTTAG-CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAA-TTTTGC
* ** * *
1879 AAAAA-TGAACTGAAA-TTTTTTTCCTCAATTTTTAGCCACTATACTCATAAAATATATATAATT
190 AAAAATTGAACCGAAAGAATATTTCCTCAATTTTTAGCCACGATACTCATAAAATATATATAATT
* * *
1942 CAACGCCAAAATGATTGAATGGTTTTTCACGCTTCCAATATCGTTTTCCCTATTTTTTTCGAATT
255 CAACGCCAAAAAGATTGAAAGGATTTTCACGCTTCCAATATCGTTTTCCCTATTTTTTTCGAATT
*
2007 AATATCTAAATAAA
320 AATTTCTAAATAAA
*
2021 TCGAAAC-TAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAAGT-T-GGTGTAGATTTGG
1 TCGAAACAT-GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAA-TATGGGTGTAGATTTGG
** * * *
2083 TTAGTTCAATATAGATATTTCAAGGTGTCTCGGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCTGGGCC
64 TTAAATGAATATAGATATTTCAAGGTGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACATAGCCTGGGCC
* *
2148 CCCAAACGTGTTTTTAGCTAAAAACCGTGA----TA-TACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAA
129 CCAAAACGCGTTTTTAGC-AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAA
* * * *
2208 AATTTACCCGAAAGAATATTT-CTCAATTTTTGGCCACGATACTCGTAAAA-ATATATAATTCAA
193 AATTGAACCGAAAGAATATTTCCTCAATTTTTAGCCACGATACTCATAAAATATATATAATTCAA
2271 TGTCACGATA
Statistics
Matches: 738, Mismatches: 144, Indels: 71
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
326 36 0.05
327 38 0.05
328 4 0.01
330 6 0.01
331 94 0.13
332 362 0.49
333 176 0.24
334 20 0.03
335 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (333 bp):
TCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATGGGTGTAGATTTGGTT
AAATGAATATAGATATTTCAAGGTGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACATAGCCTGGGCCCC
AAAACGCGTTTTTAGCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAAT
TGAACCGAAAGAATATTTCCTCAATTTTTAGCCACGATACTCATAAAATATATATAATTCAACGC
CAAAAAGATTGAAAGGATTTTCACGCTTCCAATATCGTTTTCCCTATTTTTTTCGAATTAATTTC
TAAATAAA
Found at i:4321 original size:332 final size:330
Alignment explanation
Indices: 2864--4596 Score: 1643
Period size: 332 Copynumber: 5.3 Consensus size: 330
2854 ATTATTTCTG
* * *
2864 ATAAAA-ATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAAGACTTTTAA---AT---AT-CCGTTTTC
1 ATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTAACGCATCCAATATCGTTTTC
* *
2921 CTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAGTTAAATCGAAACATGATTCAGACAGC-CGT-AAAAAAATC
66 CTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGA-TGCTCGTAAAAAAAATC
* * * *
2984 CTTAAATCCAATATAGG-TGATATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCACTGAGTCTTGGTGCC
130 CTTAAATCCAATGT-GGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCACAGAGTCTTGGCGCC
* * * * * *
3048 AAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCTGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATAATTAG
194 AAAAATCATGCAAAACAGAGCCTGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAATTAG
* * * * * * * *
3113 TATACGTTTTCGGCTAAACTTTTGC-AAAATATAAATTGAAAGTTTTTCCCTCAAATTCGTAGCT
259 TACACGATTTCGGCTAAACTTTTGCAAAAAT-TTAACTGAAAATATTT-CCTCAAATTCTTAGCC
3177 ACTATACTC
322 ACTATACTC
* ** * * * *
3186 ATAAAATATACATAATTCAACGCCAAAATTATTGAATGGTTTTTCACGCTTCCAATATCGTTTTC
1 ATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTAACGCATCCAATATCGTTTT-
* ** *
3251 CCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGATCGTAAAAATAAAT
65 CCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAA-AAAT
* * *
3316 CCTTAAATCCAACGTGGA-GTAGATTTGGTTAGATGAATATACATATTTCA-AGAAGATCTTTGC
129 CCTTAAATCCAATGTGGATG-AGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCACAG-AG-TCTTGGC
* * * *
3379 GCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCTGGGCCCCAAAACGTGTTTTTAGCTAAAAATCCGTGAT-G
191 GCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCTGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAA-CCGTGATAA
* * * *
3443 TAACGTACACGATTTCGGCTAAAGTTTTGCAAAAAATTTACCCGAGAGAATATTT-CTC-AATT-
255 TTA-GTACACGATTTCGGCTAAACTTTTGC-AAAAATTTAACTGA-A-AATATTTCCTCAAATTC
*
3505 TTCGGCCA-TGATACTC
316 TT-AGCCACT-ATACTC
* * *
3521 ATAAAAT-TAAATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTAACGCATTCAATATCAATTTT
1 ATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTAACGCATCCAATATC-GTTTT
* * *
3585 TCTATTTTTTCCAAATTAATTTTTAGTTAAATCGAAACATGATTCAGATGGC-CGT-AAAAAAAT
65 CCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGAT-GCTCGTAAAAAAAAT
* * * * * *
3648 TCTTAAATCCAATATGGGTGAGATTTGGATAGATGAATATAGATATTTCACTGAGTCTTGGTGCC
129 CCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCACAGAGTCTTGGCGCC
* * * *
3713 AAAAATCATGCAAAACTGAGTC-GGGATCCCGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAATTA
194 AAAAATCATGCAAAACAGAGCCTGGG-CCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAATTA
* * * * *
3777 GTATACGATTTCGGCTAAACTTTTGCAAAAAATGAACTGAAAGTTTTTCCCTCAAATTCTTAGCC
258 GTACACGATTTCGGCTAAACTTTTGCAAAAATTTAACTGAAAATATTT-CCTCAAATTCTTAGCC
3842 ACTATACTC
322 ACTATACTC
* * * * *
3851 ATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAATGATTGAATGGTTTTTCACGCTTCCAATATCGTTTTC
1 ATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTAACGCATCCAATATCGTTTT-
* * * *
3916 CCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGGTGCTTGTAAAAATAAAT
65 CCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAA-AAAT
* * *
3981 CCTTAAATCCAACGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCA-AGCAGTCTTTGCGT
129 CCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCACAG-AGTCTTGGCGC
* ** * * **
4045 TAAAAATCATGCAAAACAGAGCCTGGGCCCCGAAACATGTTTTTAGCTAAAAACTGTGATGGTTA
193 CAAAAATCATGCAAAACAGAGCCTGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAATTA
* * * * *
4110 GTACACCATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAATTTACCTGAACGAATATTT-CTC-AATTTTTGGC
258 GTACACGATTTCGGCTAAACTTTTGCAAAAATTTAACTGAA--AATATTTCCTCAAATTCTTAGC
*
4173 CACCATACTC
321 CACTATACTC
* * * * *
4183 AT-AAATATTATATAATTGAATGCGAAAAAGATTGAAAGGCTTTTAACGCAGCTAATATCGTTCT
1 ATAAAATA-TATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTAACGCATCCAATATCGTT-T
*
4247 TCCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATCAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAA
64 TCCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAA-AAA
* * * *
4312 TCATTAAATCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTAGATGAATATA-A-A--T--GAGACTC-T-GCGC
128 TCCTTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCACAGAGTCTTGGCGC
*** * * * *** **
4369 CAAAAATCATGCATTTCAGAGTC-GGG--CCG-AACACGTTTTTAG-TAAAAA--AAAATTGTTA
193 CAAAAATCATGCAAAACAGAGCCTGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAATTA
* * * * * *
4427 TGTAACACGAATTT-GGCTAAAATTTTG-TAAAAGTTGACTCGAAAAAAGTTCTCCTC-AATTTT
258 -GT-ACACG-ATTTCGGCTAAACTTTTGCAAAAATTTAACT-GAAAATA-TT-TCCTCAAATTCT
* * *
4489 TGGCCACAATACTA
317 TAGCCACTATACTC
* * * * * * * *
4503 ATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAGATTGAACGGCTTCTCACGCTTCTAATGTCGTTTTT
1 ATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTAACGCATCCAATATCG-TTTT
*
4568 CCTA--TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAA
65 CCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAA
4597 AATTATATTT
Statistics
Matches: 1168, Mismatches: 187, Indels: 116
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
317 9 0.01
318 35 0.03
319 27 0.02
320 87 0.07
321 9 0.01
322 6 0.01
323 34 0.03
324 21 0.02
325 1 0.00
326 4 0.00
327 7 0.01
328 2 0.00
329 15 0.01
330 69 0.06
331 196 0.17
332 221 0.19
333 200 0.17
334 148 0.13
335 59 0.05
336 7 0.01
337 6 0.01
338 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (330 bp):
ATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTAACGCATCCAATATCGTTTTC
CTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAATCC
TTAAATCCAATGTGGATGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCACAGAGTCTTGGCGCCAA
AAATCATGCAAAACAGAGCCTGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAATTAGTA
CACGATTTCGGCTAAACTTTTGCAAAAATTTAACTGAAAATATTTCCTCAAATTCTTAGCCACTA
TACTC
Found at i:4321 original size:665 final size:663
Alignment explanation
Indices: 2864--4353 Score: 2283
Period size: 665 Copynumber: 2.3 Consensus size: 663
2854 ATTATTTCTG
* * * * *
2864 ATAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAGATTGAAAGACTTTTAA---A-T--AT-CCGTTTTCC
1 ATAAAATTAAATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTAACGCACTCAATATCGTTTTCC
*
2922 TATTTTTTCCAAATTAATTTCTAGTTAAATCGAAACATGATTCAGACAGCCGT-AAAAAAATCCT
66 TATTTTTTCCAAATTAATTTCTAGTTAAATCGAAACATGATTCAGA-TGCCGTAAAAAAAAT-CT
* *
2986 TAAATCCAATATAGGTGATATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCACTGAGTCTTGGTGCCAAA
129 TAAATCCAATATGGGTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCACTGAGTCTTGGTGCCAAA
*
3051 AATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCTGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATAATTAGTAT
194 AATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCTGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAATTAGTAT
* * * *
3116 ACGTTTTCGGCTAAACTTTTGCAAAATATAAATTGAAAGTTTTTCCCTCAAATTCGTAGCTACTA
259 ACGATTTCGGCTAAACTTTTGCAAAAAATAAACTGAAAGTTTTTCCCTCAAATTCGTAGCCACTA
*
3181 TACTCATAAAATATACATAATTCAACGCCAAAATTATTGAATGGTTTTTCACGCTTCCAATATCG
324 TACTCATAAAATATACATAATTCAACGCCAAAATGATTGAATGGTTTTTCACGCTTCCAATATCG
3246 TTTTCCCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGATCGTAAAAA
389 TTTTCCCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGATCGTAAAAA
3311 TAAATCCTTAAATCCAACGTGGAGTAGATTTGGTTAGATGAATATACATATTTCAAGAAGATCTT
454 TAAATCCTTAAATCCAACGTGGAGTAGATTTGGTTAGATGAATATACATATTTCAAGAAGATCTT
*
3376 TGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCTGGGCCCCAAAACGTGTTTTTAGCTAAAAATCCGTGA
519 TGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCTGGGCCCCAAAACATGTTTTTAGCTAAAAATCCGTGA
* *
3441 TGTAACGTACACGATTTCGGCTAAAGTTTTGCAAAAAATTTACCCGAGAGAATATTTCTCAATTT
584 TGTAACGTACACCATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTTACCCGAGAGAATATTTCTCAATTT
**
3506 TCGGCCATGATACTC
649 TCGGCCACCATACTC
* * *
3521 ATAAAATTAAATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTAACGCATTCAATATCAATTTTT
1 ATAAAATTAAATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTAACGCACTCAATATC-GTTTTC
* *
3586 CTATTTTTTCCAAATTAATTTTTAGTTAAATCGAAACATGATTCAGATGGCCGTAAAAAAATTCT
65 CTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAGTTAAATCGAAACATGATTCAGAT-GCCGTAAAAAAAATCT
*
3651 TAAATCCAATATGGGTGAGATTTGGATAGATGAATATAGATATTTCACTGAGTCTTGGTGCCAAA
129 TAAATCCAATATGGGTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCACTGAGTCTTGGTGCCAAA
*
3716 AATCATGCAAAACTGAGTCGGGATCCC-GTAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAATTAGTA
194 AATCATGCAAAACTGAGTCGGG-GCCCTGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAATTAGTA
* *
3780 TACGATTTCGGCTAAACTTTTGCAAAAAATGAACTGAAAGTTTTTCCCTCAAATTCTTAGCCACT
258 TACGATTTCGGCTAAACTTTTGCAAAAAATAAACTGAAAGTTTTTCCCTCAAATTCGTAGCCACT
*
3845 ATACTCATAAAATATATATAATTCAACGCCAAAATGATTGAATGGTTTTTCACGCTTCCAATATC
323 ATACTCATAAAATATACATAATTCAACGCCAAAATGATTGAATGGTTTTTCACGCTTCCAATATC
* * * * * *
3910 GTTTTCCCTATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGGTGCTTGTAAAA
388 GTTTTCCCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGATCGTAAAA
* *
3975 ATAAATCCTTAAATCCAACGTGGA-TGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGCAG-TC
453 ATAAATCCTTAAATCCAACGTGGAGT-AGATTTGGTTAGATGAATATACATATTTCAAGAAGATC
** * *
4038 TTTGCGTTAAAAATCATGCAAAACAGAGCCTGGGCCCCGAAACATGTTTTTAGCTAAAAA-CTGT
517 TTTGCGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCTGGGCCCCAAAACATGTTTTTAGCTAAAAATCCGT
* *
4102 GATGGTTA-GTACACCATTTCGGCTAAAATTTTGC-AAAAATTTACCTGA-ACGAATATTTCTCA
582 GAT-GTAACGTACACCATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTTACCCGAGA-GAATATTTCTCA
*
4164 ATTTTTGGCCACCATACTC
645 ATTTTCGGCCACCATACTC
* * * *
4183 ATAAATATTATATAATTGAATGCGAAAAAGATTGAAAGGCTTTTAACGCAGCT-AATATCGTTCT
1 ATAAA-ATTAAATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTAACGCA-CTCAATATCGTT-T
* *
4247 TCCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAATCAAATCGAAACATGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAA
63 TCCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAGTTAAATCGAAACATGATTCAGATGC-CGTAAAAA-AAA
*
4312 TCATTAAATCCAATGTGGGTGAGATTTGGTTAGATGAATATA
126 TC-TTAAATCCAATATGGGTGAGATTTGGTTAGATGAATATA
4354 AATGAGACTC
Statistics
Matches: 757, Mismatches: 56, Indels: 32
0.90 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
657 41 0.05
660 1 0.00
661 2 0.00
662 50 0.07
663 133 0.18
664 68 0.09
665 452 0.60
666 10 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (663 bp):
ATAAAATTAAATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTTAACGCACTCAATATCGTTTTCC
TATTTTTTCCAAATTAATTTCTAGTTAAATCGAAACATGATTCAGATGCCGTAAAAAAAATCTTA
AATCCAATATGGGTGAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCACTGAGTCTTGGTGCCAAAAA
TCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCTGTAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATAATTAGTATAC
GATTTCGGCTAAACTTTTGCAAAAAATAAACTGAAAGTTTTTCCCTCAAATTCGTAGCCACTATA
CTCATAAAATATACATAATTCAACGCCAAAATGATTGAATGGTTTTTCACGCTTCCAATATCGTT
TTCCCTATTTTTTCCAAATTAATTTCTAAATAAATCGAAACAAAATTCAGATGATCGTAAAAATA
AATCCTTAAATCCAACGTGGAGTAGATTTGGTTAGATGAATATACATATTTCAAGAAGATCTTTG
CGCCAAAAATCATGCAAAACAGAGCCTGGGCCCCAAAACATGTTTTTAGCTAAAAATCCGTGATG
TAACGTACACCATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTTACCCGAGAGAATATTTCTCAATTTTC
GGCCACCATACTC
Done.