Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01010299.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig10331, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 13553
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Found at i:1155 original size:359 final size:352
Alignment explanation
Indices: 468--1138 Score: 795
Period size: 360 Copynumber: 1.9 Consensus size: 352
458 ACCATCACGG
* ** *
468 TTTTTGCCTAAAAACGCGTTTCGGGTCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGATGCC
1 TTTTTGCCTAAAAACGCGTTACGGGTCCCGACTCACATTTGCATGATTTTTGCCAGAAAGATGCC
* * * * *
533 ATGAAATAGCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGA
66 ATAAAATAGCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAATGGATATAAGAATTTGTTTTTACGA
* * *
598 GCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAGAAAAACGATATTAGA
131 GCATCTAAATCTTCGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGGAAAAAAAGAAAAACGATATTAGA
* * * *
663 AGCGTGAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATTTATTCTTTTTGAGTATTGTGGCAAAA
196 AGCGTGAAAACCCGTCAATCTGTTTGGCGTTGAATTATATATTCTTTTTGAGTATTGTGGCAAAA
* ** *
728 AATTTAGGAAAAACCCTTCGGCTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTTTTTTTT
261 AATTGAGGAAAAACAATTCGGCTCAA----TG---AATTTTAGCCGAAATCGTGTACTTTTGTTT
793 TTTTGCCAACGAAATCTTGTACTTACCGTAATGA
319 TTTTGCCAACGAAATCTTGTACTTACCGTAATGA
* * * *
827 TTTTTGCCTAAAAACGCGTTACGGAGTCTCGACTCACATTTGCATGATTTTTTCCGGAAAGGCT-
1 TTTTTGCCTAAAAACGCGTTACGG-GTCCCGACTCACATTTGCATGATTTTTGCCAGAAA-GATG
* * * *
891 CCTTAAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTTAGCCAC-ATAGTATATAAGAATTTGTTTTTA
64 CCATAAAATAGCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAAT-GGATATAAGAATTTGTTTTTA
*
955 CGAGCATCTAAATC-TCGTTTCGATTTAATTAAAAATCAATTCGGAAAAAAATAATAGAAAAACG
128 CGAGCATCTAAATCTTCGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGG---AAAA-AA-AGAAAAACG
* *
1019 ATATTAGAAGTGTGAAAAGGCCGTCAATCTGTTTGGCGTTGAATTATATATT-TTTTCTGAGTAT
188 ATATTAGAAGCGTGAAAA-CCCGTCAATCTGTTTGGCGTTGAATTATATATTCTTTT-TGAGTAT
* * *
1083 TGTGGC-AAAAATTGA-GAATAAA-AATTGCGGGTC-A-G-TTTTTAGCCGAAATTGTGTAC
251 TGTGGCAAAAAATTGAGGAA-AAACAATT-CGGCTCAATGAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC
1139 GTTATCACTG
Statistics
Matches: 267, Mismatches: 33, Indels: 29
0.81 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
354 19 0.07
358 1 0.00
359 52 0.19
360 94 0.35
361 2 0.01
362 4 0.01
363 8 0.03
364 46 0.17
365 41 0.15
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (352 bp):
TTTTTGCCTAAAAACGCGTTACGGGTCCCGACTCACATTTGCATGATTTTTGCCAGAAAGATGCC
ATAAAATAGCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACAATGGATATAAGAATTTGTTTTTACGA
GCATCTAAATCTTCGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGGAAAAAAAGAAAAACGATATTAGA
AGCGTGAAAACCCGTCAATCTGTTTGGCGTTGAATTATATATTCTTTTTGAGTATTGTGGCAAAA
AATTGAGGAAAAACAATTCGGCTCAATGAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTTTTGTTTTTTTGCC
AACGAAATCTTGTACTTACCGTAATGA
Found at i:1309 original size:684 final size:679
Alignment explanation
Indices: 1--1473 Score: 2056
Period size: 681 Copynumber: 2.2 Consensus size: 679
* * *
1 TTTTTTGGCGTTGAATTATATATT-TTTTTCAGAGTATTGTGGCAAAAAATTAGAGGAAAAACCT
1 TTTTTTGGCGTTGAATTATTTATTCTTTTT--GAGTATTGTGGCAAAAAATT-TAGGAAAAACCC
*
65 TTCGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGCGTAC-TTTTTTTCCAACGAAATCGTGTAC
63 TTCGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTTTTTTTTCCAACGAAATCGTGTAC
* * * * * *
129 TAACTATCATGGTTTTTTTTTTGGCTAAAATCGCGTTCCGGAGTCCCGACTCAATTTTGCATGAT
128 TAACCATAATGG---TATTTTTGCCTAAAAACGCGTTACGGAGTCCCGACTCAATTTTGCATGAT
* * * * * *
194 TTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGTACCAAATCTCAGCCACGTTGTATAT
190 TTTTGCCGGAAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATAGTATAT
* * * * *
259 AAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAA
255 AAGAATTTGTTTTTACGAGCATATAAATCTCATTTCGATTTAATTAAAAATCAATTCGGAAAAAA
* * *
324 AAATGGAAAAACGATATTAGAAGCATGAACAACCCGTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATT
320 AAATAGAAAAACGATATTAGAAGCATGAACAACCCGTCAATCTGTTTGGCGTTGAATTATATATT
* ** * *
389 TTTTCTAAATATTTTGCAAACAATTGAGTACAACTTTTCGAGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGT
385 TTTTCTAAATATTTGGCAAACAATTGAGTACAAAATTGCGAGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGT
454 ACTAACCATCACGGTTTTTGCCTAAAAACGCGTTTCGGGTCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTT
450 ACTAACCATCACGGTTTTTGCCTAAAAACGCGTTTCGGGTCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTT
* * * *
519 GGCAGAAAGATGCCATGAAATAGCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAAGG
515 GGAAGAAAGATGCCATGAAATAGCTACATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAACGGATTGAAGG
* *
584 ATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCG-GAAAAAAAG
580 ATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCATTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAAAAG
648 AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAA-ACCCTTCAAT
645 AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAGACCCTTCAAT
682 TTTTTTGGCGTTGAATTATTTATTCTTTTTGAGTATTGTGGCAAAAAATTTAGGAAAAACCCTTC
1 TTTTTTGGCGTTGAATTATTTATTCTTTTTGAGTATTGTGGCAAAAAATTTAGGAAAAACCCTTC
*
747 GGCTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTTTTTTTTTTTTGCCAACGAAATCTTG
66 GG-TCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC----TTTTTTTT-CCAACGAAATCGTG
* * *
812 TACTTACCGTAAT-G-ATTTTTGCCTAAAAACGCGTTACGGAGTCTCGACTCACA-TTTGCATGA
125 TACTAACCATAATGGTATTTTTGCCTAAAAACGCGTTACGGAGTCCCGACTCA-ATTTTGCATGA
* * *
874 TTTTTTCCGGAAAGGCTCCTTAAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTTAGCCACATAGTATA
189 TTTTTGCCGGAAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATAGTATA
* *
939 TAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTCGTTTCGATTTAATTAAAAATCAATTCGGAAAAA
254 TAAGAATTTGTTTTTACGAGCATATAAATCTCATTTCGATTTAATTAAAAATCAATTCGGAAAAA
** *
1004 AATAATAGAAAAACGATATTAGAAGTGTGAA-AAGGCCGTCAATCTGTTTGGCGTTGAATTATAT
319 AA-AATAGAAAAACGATATTAGAAGCATGAACAA-CCCGTCAATCTGTTTGGCGTTGAATTATAT
* * *
1068 ATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAA-AATTGAGAATA-AAAATTGCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAA
382 ATTTTTTCTAAATATT-TGGCAAACAATTGAG--TACAAAATTGCGAGTCAGTTTTTAGCCGAAA
* * * ***** *
1131 TTGTGTACGTTATCACTGTTTTTTTTTG-CTAAAAACGTGTTTC-GGTGCCCGACTCAGTTTTGC
444 TCGTGTAC-TAACCA-TCACGGTTTTTGCCTAAAAACGCGTTTCGGGT-CCCGACTCAGTTTTGC
* *
1194 ATGATTTTTGGAAGAAAGAAT-CCCTGAAATATCTACATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAAC
506 ATGATTTTTGGAAGAAAG-ATGCCATGAAATAGCTACATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAAC
1258 GGATTGAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCATTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCG
570 GGATTGAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCATTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCG
1323 AAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAGACCCTTCAAT
635 -AAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAGACCCTTCAAT
1369 TTTTTTGGCGTTGAATTATTTATTCTTTTTGAGTATTGTGGCAAAAAAATTTAGGAAAAACCCTT
1 TTTTTTGGCGTTGAATTATTTATTCTTTTTGAGTATTGTGGC-AAAAAATTTAGGAAAAACCCTT
*
1434 CGAGT-AACTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACT
65 CG-GTCAA-TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACT
1474 AACCATCATG
Statistics
Matches: 706, Mismatches: 62, Indels: 45
0.87 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
679 15 0.02
680 54 0.08
681 182 0.26
682 79 0.11
683 39 0.06
684 156 0.22
685 17 0.02
686 54 0.08
687 54 0.08
688 55 0.08
689 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (679 bp):
TTTTTTGGCGTTGAATTATTTATTCTTTTTGAGTATTGTGGCAAAAAATTTAGGAAAAACCCTTC
GGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTTTTTTTTCCAACGAAATCGTGTACTAA
CCATAATGGTATTTTTGCCTAAAAACGCGTTACGGAGTCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGC
CGGAAAGACTCCTTAAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATAGTATATAAGAAT
TTGTTTTTACGAGCATATAAATCTCATTTCGATTTAATTAAAAATCAATTCGGAAAAAAAAATAG
AAAAACGATATTAGAAGCATGAACAACCCGTCAATCTGTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCT
AAATATTTGGCAAACAATTGAGTACAAAATTGCGAGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAAC
CATCACGGTTTTTGCCTAAAAACGCGTTTCGGGTCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGAAGA
AAGATGCCATGAAATAGCTACATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAACGGATTGAAGGATTTGT
TTTTACGAGCATCTCAATCATTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAAAAGAAAAAC
GATATTAGAAGCGTGAAAGACCCTTCAAT
Found at i:3496 original size:656 final size:646
Alignment explanation
Indices: 146--5098 Score: 5190
Period size: 656 Copynumber: 7.5 Consensus size: 646
136 CATGGTTTTT
* * * * * *
146 TTTTTGGCTAAAATCGCGTTCCGGAGTCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTC
1 TTTTTGCCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCTCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGCCGCAAAGACTC
* * *
211 CTTGAAATATCTATATTCATCGTACCAAATCTCAGCCACGTTGTATATAAGGATTTGTTTTTACG
66 CTTG-AATA-CTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGAATTTGTTTTTACG
* * * *
276 AGCATATGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAAATGGAAAAACGATAT
129 AGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTA-AAATTAATTCGGAAAAAATAATGGAAAAACGATAT
* * *
341 TAGAAGCATGAACAA-CCCGTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTAAATATTTTG
193 TAGAAGCATGAA-AAGGCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTCTGAATATTTTG
* * *
405 CAAACAATTGAG--TACAACTTTTCGAGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG
256 CAAAAAATTGAGAATA-AACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACT---CATCACGG
* *
468 TTTTTGCCTAAAAACGCGTTTCGGGTCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGA-TGC
317 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGG-CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACT-C
* * * *
532 CATGAAATAGCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACG
380 CTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGATTTTACG
597 AGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGG-AAAAAAA-GAAAAACGATATT
445 AGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAAGGAAAAACGATATT
*
660 AGAAGCGTGAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATTTATTCTTTTTGAGTATTGTGGCA
510 AGAAGCGTGAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATTTATTCTTTCTGAGTATTGTGGCA
* * *
725 AAAAATTTAGGAAAAACCCTTCGGCTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTTTTT
575 AAAAATTTAGGAAAAACCCTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTATAC-----
*
790 TTTTTTTGCCAACGAAATCTTGTACTTACCGTAATGA
635 ------T---AAC-----C----A--T--C---ACGA
* * * * *
827 TTTTTGCCTAAAAACGCGTTACGGAGTCTCGACTCACA-TTTGCATGATTTTTTCCGGAAAGGCT
1 TTTTTGCCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCTCGGCTCA-ATTTTGCATGATTTTTGCCGCAAAGACT
* * *
891 CCTTAAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTTAGCCACATAGTATATAAGAATTTGTTTTTAC
65 CCTT-GAATA-CTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGAATTTGTTTTTAC
* * *
956 GAGCATCTAAATCTCGTTTCGATTTAATTAAAAATCAATTCGGAAAAAAATAATAGAAAAACGAT
128 GAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATT-AAAATTAATTCGG-AAAAAATAATGGAAAAACGAT
** * *
1021 ATTAGAAGTGTGAAAAGGCCGTCAATCTGTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGT
191 ATTAGAAGCATGAAAAGGCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTCTGAATATT-T
* ** * * *
1086 GGC-AAAAATTGAGAATAAAAATTGCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATTGTGTACGTTATCACTGT
254 TGCAAAAAATTGAGAATAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTAC-TCATCAC-G-
* * * * * *
1150 TTTTTTTTGCTAAAAACGTGTTTCGGTGCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGAAGAAAGAAT
316 -GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGG-GCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACT
* * * * * *
1215 CCCTGAAATATCTACATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAACGGATTGAAGGATTTGTTTTTAC
379 CCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGATTTTAC
* * *
1280 GAGCATCTCAATCATTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAAAAAGAAAAACGATAT
444 GAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAAGGAAAAACGATAT
*
1345 TAGAAGCGTGAAAGACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATTTATTCTTTTTGAGTATTGTGG
509 TAGAAGCGTGAAA-ACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATTTATTCTTTCTGAGTATTGTGG
* *
1410 CAAAAAAATTTAGGAAAAACCCTTCGAGT-AACTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACT
573 C-AAAAAATTTAGGAAAAACCCTTCGGGTCAA-TTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTATACT
*
1474 AACCATCATGA
636 AACCATCACGA
* * * * * *
1485 TTTTTGCCAAAAAATGTGTTCCGGAGTCTCGGCTTAATTTTGCATGATTTTTGCCACAAAGACCC
1 TTTTTGCCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCTCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGCCGCAAAGACTC
* * *
1550 CTTGAAGTATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCATATTTTATATAAGAATTTGTTTTTACG
66 CTTGAA-TA-CTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGAATTTGTTTTTACG
* *
1615 AGCAACTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAATAATTAATTCAGAAAAAATAATGGAAAAACG-TAA
129 AGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAA-AATTAATTCGGAAAAAATAATGGAAAAACGAT-A
* * *
1679 TTAGAAGCCTGAAAAGGCCGTCAATATTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTCTGAATATTTTGC
192 TTAGAAGCATGAAAAGGCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTCTGAATATTTTGC
* * * *
1744 AAGAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACCCATCACGATTTTT
257 AAAAAATTGAGAATAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTCATCACGGTTTTT
* * * ** * *
1809 GGTTAAAAACGCGTTTCATGGCCCCGGCTTAGTTTTAAATGATTTTTGGTAGAAAGACTCCTAGA
322 GGCTAAAAACGCGTTTC--GGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGA
* ** *
1874 AATGTCTATATTCATCTAACCGGATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGATTTTAAGAGCAT
385 AATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCAT
* * * * * * *
1939 CTGAATCTTTATTTTGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGGGAATACGATATTAGAAT
450 CTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAAGGAAAAACGATATTAGAAG
* * *
2004 CGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAA
515 CGTG-AAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATTTATTCTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAA
* *
2069 ATTTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTATTTCTTTTT
579 ATTT-AGGAAAAACCCTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATC--GTA--------T
* * *
2134 CCAACGAAATCGTGTACAAACTATCATGGTT
633 --------A-C---T---AACCATCA-CG-A
* * * ** * **
2165 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGAAGTCCCGATTCAATTTTGCATGATTTTTGTCTTAAAGACTC
1 TTTTTGCCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCTCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGCCGCAAAGACTC
* * * * *
2230 CTTGAAATATCTATATTGAAT-GTACCAAATCTCAGCCACGTTGTATATAAGGATTTATTTTTAC
66 CTTG-AATA-CTATATT-CATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGAATTTGTTTTTAC
* * * * *
2294 GAGCATATGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGG-ACAAA-AATGGAAAAACGATA
128 GAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTA-AAATTAATTCGGAAAAAATAATGGAAAAACGATA
* * * *
2357 TTAGAAGCATGAACAGCCCGTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTCTAAATATTTTG
192 TTAGAAGCATGAAAAGGCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAT-TTTTCTGAATATTTTG
* * * * * *
2422 CAAAAAATTGAGAA-AAATTTTTCGAGTTAG-TTTTAGCTGAAATCGTG-ACCTAACCATAATGG
256 CAAAAAATTGAGAATAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTA-CT---CATCACGG
2484 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGCACCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAA-ACCTC
317 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGC-CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGA-CTC
* *
2548 CTTGAAATAGT-TATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGTATTTAAGGATTTG-TTTTAA
380 CTTGAAATA-TCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGATTTT-A
* *
2611 CGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATATAATTAGAAATAAATTCGGAATAAAAAAGGAAAAATGAT
443 CGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAA-AAAAAAGGAAAAACGAT
* * * *
2676 ATTAGAAGCGTGATAACCCTTCAATTTTTATGGCGTTGAATTATTTATTCTTTCT-ATGCATTAT
507 ATTAGAAGCGTGAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATTTATTCTTTCTGA-GTATTGT
* * * ** * *
2740 GGCCAAAAATTTAGAAAAAACTCTTCGGGTCAATTTTCACAAAATTTTAGCAAAAATCGTGTACT
571 GGCAAAAAATTTAGGAAAAACCCTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTATACT
2805 AACCATCACGA
636 AACCATCACGA
* *
2816 TTTTTGCCTAAAAACACGTTCCGGAGTCTCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGCCGCAAAGACTC
1 TTTTTGCCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCTCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGCCGCAAAGACTC
2881 CTTG-A-A-TATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGAATTTG-TTTTACGAG
66 CTTGAATACTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGAATTTGTTTTTACGAG
* *
2942 CATCTAAATCTTTTTTCGATTTAATTAAAATTTAATTCGGGAAAAAAATAATAGAAAAACGATAT
131 CATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAA-TTAATTC-GG-AAAAAATAATGGAAAAACGATAT
** * * * * * * *
3007 TAGAAGTGTGAAACGACCGTCAATCTGTTTGGTGTTGGATTATATATCTTTTCTGAGTATTGTGG
193 TAGAAGCATGAAAAGGCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAT-TTTTCTGAATATT-TTG
* *
3072 C-AAAAATTGTGAATAAACGTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACGTCATCACTGTTT
256 CAAAAAATTGAGAATAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTAC-TCATCAC-G---
* * *
3136 TTTTTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAG
316 ----GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC-GGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAG
* * * * *
3201 AATCCTTGAAATATCTACATTCATCTAACCAAATCTAAGCCACAATAGATTTAAGGATTTGTTTT
376 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGATTT
* * * * * *
3266 TACAAGCGTCTGAATTTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTTGG-AAAAAATGGAAAAACGA
441 TACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAAGGAAAAACGA
*
3330 TATTAGAAGCGTGAAAGACCCTTCAATTTTTTTTGCGTTGAATTATTTATTCTTTCTGAGTATTG
506 TATTAGAAGCGTGAAA-ACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATTTATTCTTTCTGAGTATTG
*
3395 TGGTAAAAAATTTAGGAAAAACCCTAT-GGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTATA
570 TGGCAAAAAATTTAGGAAAAACCCT-TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTATA
3459 CTAACCATCACGA
634 CTAACCATCACGA
* * **
3472 TTTTTGCCTAAAAACGCATTCCGGAGTCTCGGCTCAATTTTGCATGATTCTTGTTGCAAAGACTC
1 TTTTTGCCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCTCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGCCGCAAAGACTC
*
3537 CTTGAAGTATCTATATTCATC-AACCAAATCTCTGCCACATTGTATATAAGAATTTGTTTTTACG
66 CTTGAA-TA-CTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGAATTTGTTTTTACG
* * *
3601 AGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAATAATTAATTTAGAAAAAAATGATGGAAAAACGATA
129 AGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAA-AATTAA-TTCGGAAAAAATAATGGAAAAACGATA
** * * *
3666 TTATTAGCCTGAAAAGGCCGTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTCTGAATAATTTGC
192 TTAGAAGCATGAAAAGGCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTCTGAATATTTTGC
* *
3731 AAAAAATTGAGAATAAAAATTTTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
257 AAAAAATTGAGAAT-AAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACT---CATCACGGT
* * * * *
3796 TTTTGGTTAAAAACGAGTTTCATGGCTCCGGCTTAGTTTTGAATGATTTTTGGCAGAAAGACTCC
318 TTTTGGCTAAAAACGCGTTTC-GGGC-CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCC
** * * * * *
3861 AAGAAATATCTATATTCATCTAACCAGATATCAGCCACAATGGACTTCAGGATTTAATTTTACGA
381 TTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGATTTTACGA
* * ** * *
3926 GCATCTGAATCTTTATTTTTATTTAATTAGAAATAAATTTGGAAAAAAATGG-AAAACTGATATT
446 GCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAAGGAAAAAC-GATATT
* * * * * *
3990 AAAAGCGTGAAAAACATGTCAATTTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGC
510 AGAAGCGTGAAAACCCT-TCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATTTATTCTTTCTGAGTATTGTGGC
* * * *
4055 AAAAAATTTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGAAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTTT
574 AAAAAATTT-AGGAAAAACCCTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTATAC---
*
4120 TTTCCCCAACGAAATCGTGTACTAACTATCATGGTT
635 --T----AAC-----C----A-T--C-A-C---G-A
* * * * *
4156 TTTTTGGCC-AAAAACGCGTTCCGGACTCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGATT
1 TTTTT-GCCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCTCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGCCGCAAAGACT
* * ** *
4220 CCTTGAAATATCTATATTCAAT-GTACCAAATCTCATCCATGTTGTATATAAGGATTTGTTTTTA
65 CCTTG-AATA-CTATATTC-ATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGAATTTGTTTTTA
* * * * *
4284 CGAGAATATGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAA-AATGGAAACACGAT
127 CGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTA-AAATTAATTCGGAAAAAATAATGGAAAAACGAT
* * * *
4347 ATTAGAAGCATG-AACGGCCCATCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTTCTAAATATT
191 ATTAGAAGCATGAAAAGG-CCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA--TTTTTCTGAATATT
* * * *
4411 TTTCAAAAAATTGAGAA-AAACTTTTCGAGTTAGTTTTTAGCCGAAATCATGTAC-CATCACGGT
253 TTGCAAAAAATTGAGAATAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTCATCACGGT
* * *
4474 TTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCTCGGCTCAGTTTGGCATGATTTTTGGCAGAACGACTCGT
318 TTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGCC-CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCT
* * * * *
4539 TGAAATAGCTATATTCATCTAACCAAATCTCGGTCACAATGTATTTAAGGATTTGATTTCACGAG
382 TGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAG
*
4604 CATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGG-AAAAAAAGGAAAAACGATATTAG
447 CATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAAGGAAAAACGATATTAG
* *
4668 AAGGGTGAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATTTATTCATTCTGAGTATTGTGGCAAA
512 AAGCGTGAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATTTATTCTTTCTGAGTATTGTGGCAAA
*
4733 AAGTTTAGGAAAAACCCTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTATACTAACCAT
577 AAATTTAGGAAAAACCCTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTATACTAACCAT
4798 CACGA
642 CACGA
** * * * * * * *
4803 TTTTTGGTTAAAAACGAGTTTC--ATGGCTCCGGCTTAGTTTTGAATGATTTTTTGCAG-AAAGA
1 TTTTTGCCTAAAAACGCGTTCCGGA-GTCT-CGGCTCAATTTTGCATGA-TTTTTGCCGCAAAGA
* * * * * * * *
4865 CTGCTAGAAATATCTATATTCATCTAACCAGATCTCAGCCACAATGGACT-TAAGGATTTGATTT
63 CTCCTTG-AATA-CTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTA-TATAAGAATTTGTTTT
* * ** * * **
4929 TACGAGCATCTGAATCTTTCTTTTTATTTAATTAGAAATAAATTAGG--AAAA-AATGGAAAGCC
125 TACGAGCATCTAAATC-TTGTTTCGATTTAATTA-AAATTAATTCGGAAAAAATAATGGAAAAAC
* * ** * * * *
4991 GATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTTCTGAGTA
188 GATATTAGAAGCATGAAAAGGCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA--TTTTTCTGAATA
* ** *
5056 TTGTGGCAAAAAATTTGAGGAA-AAACCATTCGGGTCAATTTTT
251 TT-TTGCAAAAAA-TTGA-GAATAAACTTTTCGGGTCAGTTTTT
5099 GCAAAATTTT
Statistics
Matches: 3626, Mismatches: 482, Indels: 359
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
644 3 0.00
645 42 0.01
646 44 0.01
647 165 0.05
648 49 0.01
649 84 0.02
650 35 0.01
651 77 0.02
652 32 0.01
653 246 0.07
654 30 0.01
655 172 0.05
656 312 0.09
657 259 0.07
658 159 0.04
659 26 0.01
660 128 0.04
661 53 0.01
662 11 0.00
663 2 0.00
665 4 0.00
666 3 0.00
668 1 0.00
669 2 0.00
671 2 0.00
672 1 0.00
674 51 0.01
675 53 0.01
676 32 0.01
677 147 0.04
678 153 0.04
679 212 0.06
680 189 0.05
681 164 0.05
682 166 0.05
683 39 0.01
684 259 0.07
685 84 0.02
686 26 0.01
687 54 0.01
688 55 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (646 bp):
TTTTTGCCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCTCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGCCGCAAAGACTC
CTTGAATACTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGAATTTGTTTTTACGAG
CATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAATTAATTCGGAAAAAATAATGGAAAAACGATATTAG
AAGCATGAAAAGGCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTCTGAATATTTTGCAAAA
AATTGAGAATAAACTTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTCATCACGGTTTTTGGCT
AAAAACGCGTTTCGGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATC
TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATCTCAAT
CTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAA
AACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATTTATTCTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTTAGG
AAAAACCCTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTATACTAACCATCACGA
Found at i:3567 original size:331 final size:330
Alignment explanation
Indices: 825--5118 Score: 2649
Period size: 334 Copynumber: 13.0 Consensus size: 330
815 TTACCGTAAT
* * * ** *
825 GATTTTTGCCTAAAAACGCGTTACGGAGTCTCGACTCACATTTGCATGATTTTTTCCGG-AAAGG
1 GATTTTTGCCTAAAAACGCGTTTCGGAGGCTCGGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTT--GGCAAAGA
* * * * * *
889 CTCCTTAAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTTAGCCAC-ATAGTATATAAGAATTTGTTTT
63 CTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATTGTATTTAAGGATTTGTTTT
* * * * *
953 TACGAGCATCTAAATC-TCGTTTCGATTTAATTAAAAATCAATTCGGAAAAAAATAATAGAAAAA
128 TACGAGCATCTGAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGG--AAAAA-AATGGAAAAA
* * * * * *
1017 CGATATTAGAAGTGTGAAAAGGCCGTCAATCTGTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTA
190 CGATATTAGAAGCGTGAAAA-CCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCTTTCTGAGTA
* ** * *
1082 TTGTGGC-AAAAATTGA-GAATAAAAATTGCGGGTC-A-----G----TTTTTAGCCGAAATTGT
254 TTGTGGCAAAAAATTTAGGAA-AAACCTT-CGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT
* * * ***
1135 GTACGTTATCACTGTT
317 ATAC-TAACCA-TCAC
** * * * * * *
1151 TTTTTTTG-CTAAAAACGTGTTTCGG-TGCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGAAGAAAGAA
1 GATTTTTGCCTAAAAACGCGTTTCGGAGGCTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG--CAAAGAC
* * * * * *
1214 TCCCTGAAATATCTACATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAA-CGGATTGAAGGATTTGTTTTT
64 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATTGTATTTAAGGATTTGTTTTT
* * * **
1278 ACGAGCATCTCAATCATTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAAAAAGAAAAACGAT
129 ACGAGCATCTGAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGAT
* *
1343 ATTAGAAGCGTGAAAGACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATTTATTCTTTTTGAGTATTGT
194 ATTAGAAGCGTGAAA-ACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCTTTCTGAGTATTGT
* * *
1408 GGCAAAAAAATTTAGGAAAAACCCTTCGAGT-AACTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTA
258 GGC-AAAAAATTTAGGAAAAA-CCTTCGGGTCAA-TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATA
*
1472 CTAACCATCAT
320 CTAACCATCAC
* * * * * * * *
1483 GATTTTTGCCAAAAAATGTGTTCCGGAGTCTCGGCTTAATTTTGCATGATTTTTGCCACAAAGAC
1 GATTTTTGCCTAAAAACGCGTTTCGGAGGCTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTG--GCAAAGAC
* * * * * * *
1548 CCCTTGAAGTATCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCA-TATTTTATATAAGAATTTGTTTTT
64 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATTGTATTTAAGGATTTGTTTTT
* * * *
1612 ACGAGCAACTAAATC-TTGTTTCGATTTAATTA-ATAATTAATTCAGAAAAAATAATGGAAAAAC
129 ACGAGCATCTGAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGA-AATAAATTC-GGAAAAA-AATGGAAAAAC
* * * * * *
1675 G-TAATTAGAAGCCTGAAAAGGCCGTCAATATTTTTGGCTTTGAATTATATATT-TTTCTGAATA
191 GAT-ATTAGAAGCGTGAAAA-CCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCTTTCTGAGTA
* * * * * * *
1738 TT-TTGCAAGAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGGTC-A-----G----TTTTTAGCCGAAATCGTG
254 TTGTGGCAAAAAATTTAGGAAAAAC-CTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTA
1792 TAC---CCATCAC
318 TACTAACCATCAC
** * * ** *
1802 GATTTTTGGTTAAAAACGCGTTTC--ATGGCCCCGGCTTAGTTTTAAATGATTTTTGGTAGAAAG
1 GATTTTTGCCTAAAAACGCGTTTCGGA-GG-CTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG--CAAAG
* * ** * *
1865 ACTCCTAGAAATGTCTATATTCATCTAACCGGATCTCAGCCACAA-TGGATTTAAGGATTTGATT
62 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATTGTATTTAAGGATTTGTTT
* * * * *
1929 TTAAGAGCATCTGAATCTTTATTTTGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGGGAATACG
127 TTACGAGCATCTGAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACG
* * *
1994 ATATTAGAATCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATT
192 ATATTAGAAGCGTG-AAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCTTTCTGAGTATT
2059 GTGGCAAAAAATTTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGT
256 GTGGCAAAAAATTT-AGGAAAAACC-TTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC--GT
* **
2124 ATTTCTTTTTCCA--AC
317 A-TAC--TAACCATCAC
* ** **** * *** *
2139 GAAATCGTG--TACAAACTATCATG-GTTTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGAAGTCCCG-ATTC
1 G-ATTTTTGCCTA-AAA--A-C--GCGTTTCGGAGGCT-----CG-GCT-C--AGTTTTGCA-TG
* * ** * * *** *
2200 AATTTT-GC-ATGA-TTTTTGTCTTAAAGACTCCT-TGAAAT-ATCTATATTGAATGT-A-CCA-
49 ATTTTTGGCAAAGACTCCTTG----AAATA-T-CTAT--ATTCATCTA-ACCAAATCTCAGCCAC
* *** * * * * ** * * * * ** * *
2257 AATCT-CA-GCCACG--TTGTATATAAGGATTTATTTTTACGAGCATATGAATCTTATTTCGATT
105 AAT-TGTATTTAAGGATTTGT-TTTTACGA-GCA-TCTGA--ATC-TTTGTTTC-GATTT--AAT
* * ** * * * *
2318 TA-ATTAGAAATTAATTTGGACAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCATGAACAGCCCGTCAAT
160 TAGA-AATAAA-T--TCGGAA-AAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAA-AACCCTTCAAT
* * * *
2382 TTTTTTGGCGTTGAATTATATATAT-TTTCTAAATATT-TTGCAAAAAATTGA-GAAAAA--TT-
219 TTTTTTGGCGTTGAATTATATAT-TCTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAATTTAGGAAAAACCTTC
** * * * * * * *
2441 -TTTCGA--GTT----AGTTTTAGCTGAAATCGTGA-CCTAACCATAAT
283 GGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGT-ATACTAACCATCAC
* * * *
2482 GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC-G-GGCACCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAAC
1 GATTTTTGCCTAAAAACGCGTTTCGGAGGC-TCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCA-AAGA-
*
2545 CTCCTTGAAATAGT-TATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAA-TGTATTTAAGGATTTGTTT
63 CTCCTTGAAATA-TCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATTGTATTTAAGGATTTGTTT
* * * * *
2608 TAACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATATAATTAGAAATAAATTCGGAATAAAAAAGGAAAAAT
127 TTACGAGCATCTGAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAA-AAAAATGGAAAAAC
* * * *
2673 GATATTAGAAGCGTGATAACCCTTCAATTTTTATGGCGTTGAATTATTTATTCTTTCT-ATGCAT
191 GATATTAGAAGCGTGAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCTTTCTGA-GTAT
* * * ** ** *
2737 TATGGCCAAAAATTTAGAAAAAACTCTTCGGGTCAATTTTCACAAAATTTTAGCAAAAATCGTGT
255 TGTGGCAAAAAATTTAGGAAAAAC-CTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTAT
2802 ACTAACCATCAC
319 ACTAACCATCAC
* * * * *
2814 GATTTTTGCCTAAAAACACGTTCCGGAGTCTCGGCTCAATTTTGCTTGATTTTTGCCGCAAAGAC
1 GATTTTTGCCTAAAAACGCGTTTCGGAGGCTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTG--GCAAAGAC
* * *
2879 TCCTTG--A-A--TATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCAC-ATTGTATATAAGAATTTG-TTTT
64 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATTGTATTTAAGGATTTGTTTTT
* * *
2937 ACGAGCATCTAAATCTTT-TTTCGATTTAATTA-AAATTTAATTCGGGAAAAAAATAATAGAAAA
129 ACGAGCATCTGAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAA-TAAATTC-GG--AAAAA-AATGGAAAA
* * * * * *
3000 ACGATATTAGAAGTGTG-AAACGACCGTCAATCTGTTTGGTGTTGGATTATATA-TCTTTTCTGA
189 ACGATATTAGAAGCGTGAAAAC--CCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTC-TTTCTGA
* *
3063 GTATTGTGGC-AAAAA-TT-GTGAATAAACGTTTCGGGTC-A-----G----TTTTTAGCCGAAA
251 GTATTGTGGCAAAAAATTTAG-GAA-AAAC-CTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA
*
3115 TCGTGTACGT---CATCAC
313 TCGTATAC-TAACCATCAC
* * *
3131 TGTTTTTTTTTTTTTTG-CTAAAAACGCGTTTCGG-GGCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
1 -G--------ATTTTTGCCTAAAAACGCGTTTCGGAGGCTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
* * * *
3194 CAGAAAGAATCCTTGAAATATCTACATTCATCTAACCAAATCTAAGCCACAATAG-ATTTAAGGA
57 C--AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATTGTATTTAAGGA
* * * *
3258 TTTGTTTTTACAAGCGTCTGAATTTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTTGG-AAAAAATGG
120 TTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGG
* *
3322 AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAGACCCTTCAATTTTTTTTGCGTTGAATTATTTATTCTTTCT
185 AAAAACGATATTAGAAGCGTGAAA-ACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCTTTCT
* *
3387 GAGTATTGTGGTAAAAAATTTAGGAAAAACCCTAT-GGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAA
249 GAGTATTGTGGCAAAAAATTTAGGAAAAA-CCT-TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAA
3451 ATCGTATACTAACCATCAC
312 ATCGTATACTAACCATCAC
* * * * *
3470 GATTTTTGCCTAAAAACGCATTCCGGAGTCTCGGCTCAATTTTGCATGATTCTTGTTGCAAAGAC
1 GATTTTTGCCTAAAAACGCGTTTCGGAGGCTCGGCTCAGTTTTGCATGATT-TT-TGGCAAAGAC
* * * *
3535 TCCTTGAAGTATCTATATTCATC-AACCAAATCTCTGCCAC-ATTGTATATAAGAATTTGTTTTT
64 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATTGTATTTAAGGATTTGTTTTT
* * * *
3598 ACGAGCATCTAAATC-TTGTTTCGATTTAATTA-ATAATTAATTTAGAAAAAAATGATGGAAAAA
129 ACGAGCATCTGAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGA-AA-TAAATTCGGAAAAAA--ATGGAAAAA
** * * * * * *
3661 CGATATTATTAGCCTGAAAAGGCCGTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATT-TTTCTGAATA
190 CGATATTAGAAGCGTGAAAA-CCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCTTTCTGAGT-
* * ** **
3725 ATT-T-GCAAAAAATTGAGAATAAAAATTTTCGGG-------TT---AGTTTTTAGCCGAAATCG
253 ATTGTGGCAAAAAATTTAG--GAAAAACCTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG
*
3778 TGTACTAACCATCAC
316 TATACTAACCATCAC
* ** * * *
3793 GGTTTTTGGTTAAAAACGAGTTTC--ATGGCTCCGGCTTAGTTTTGAATGATTTTTGGCAGAAAG
1 GATTTTTGCCTAAAAACGCGTTTCGGA-GGCT-CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC--AAAG
** * * * * * **
3856 ACTCCAAGAAATATCTATATTCATCTAACCAGATATCAGCCACAA-TGGACTTCAGGATTTAATT
62 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATTGTATTTAAGGATTTGTTT
* ** *
3920 TTACGAGCATCTGAATCTTTATTTTTATTTAATTAGAAATAAATTTGGAAAAAAATGG-AAAACT
127 TTACGAGCATCTGAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGGAAAAAC-
* * * * *
3984 GATATTAAAAGCGTGAAAAACATGTCAATTTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTCTGAGTAT
191 GATATTAGAAGCGTGAAAACCCT-TCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCTTTCTGAGTAT
* *
4049 TGTGGCAAAAAATTTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGAAAAATTTTAGCCGAAATCGTG
255 TGTGGCAAAAAATTT-AGGAAAAACC-TTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTA
4114 TACTTTTTTCCCCAACGAAATCGTGTACTAACTATC
318 TAC-----T----AAC-----C----A-T--C-A-C
* * ** * *
4150 ATGGTTTTTTTGGCC-AAAAACGCGTTCCGGACTCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTA
1 ---G-ATTTTT-GCCTAAAAACGCGTTTCGGAGGCTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC--A
* * * ** *
4214 AAGATTCCTTGAAATATCTATATTCAATGT-ACCAAATCTCATCCA-TGTTGTATATAAGGATTT
59 AAGACTCCTTGAAATATCTATATTC-ATCTAACCAAATCTCAGCCACAATTGTATTTAAGGATTT
* * * *
4277 GTTTTTACGAGAATATGAATC-TTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAA
123 GTTTTTACGAGCATCTGAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGGAAA
* * ** * * *
4341 CACGATATTAGAAGCATGAACGGCCCATCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTTCTAA
188 AACGATATTAGAAGCGTGAA-AACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATA-TTCTTTCTGA
* ** * * * * **
4406 ATATT-TTTCAAAAAATTGA-GAAAAA-CTT---TTCGA--GTT---AGTTTTTAGCCGAAATC-
251 GTATTGTGGCAAAAAATTTAGGAAAAACCTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCG
*
4459 -AT-GT-ACCATCAC
316 TATACTAACCATCAC
* * * *
4471 GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGG-GCCTCGGCTCAGTTTGGCATGATTTTTGGCAGAACGAC
1 GATTTTTGCCTAAAAACGCGTTTCGGAGGCTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCA-AA-GAC
* * * * * *
4535 TCGTTGAAATAGCTATATTCATCTAACCAAATCTCGGTCACAA-TGTATTTAAGGATTTGATTTC
64 TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATTGTATTTAAGGATTTGTTTTT
* *
4599 ACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAAAAATAAATTCGGAAAAAAA-GGAAAAACGAT
129 ACGAGCATCTGAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGAT
* * *
4663 ATTAGAAGGGTGAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATTTATTCATTCTGAGTATTGTG
194 ATTAGAAGCGTGAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCTTTCTGAGTATTGTG
* *
4728 GCAAAAAGTTTAGGAAAAACCCTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTATACTA
259 GCAAAAAATTTAGGAAAAA-CCTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATACTA
4793 ACCATCAC
323 ACCATCAC
** * * * *
4801 GATTTTTGGTTAAAAACGAGTTTC--ATGGCTCCGGCTTAGTTTTGAATGATTTTTTGCAGAAAG
1 GATTTTTGCCTAAAAACGCGTTTCGGA-GGCT-CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC--AAAG
* * * * * *
4864 ACTGCTAGAAATATCTATATTCATCTAACCAGATCTCAGCCACAA-TGGACTTAAGGATTTGATT
62 ACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATTGTATTTAAGGATTTGTTT
* ** * **
4928 TTACGAGCATCTGAATCTTTCTTTTTATTTAATTAGAAATAAATTAGG-AAAAAATGGAAAGCCG
127 TTACGAGCATCTGAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACG
* * *
4992 ATATTGGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTTCTGAGTAT
192 ATATTAGAAGCGTG-AAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATA-TTCTTTCTGAGTAT
*
5057 TGTGGCAAAAAATTTGAGGAAAAACCATTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTACCCGAAATC
255 TGTGGCAAAAAATTT-AGGAAAAACC-TTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC
5119 ATGTACTTTT
Statistics
Matches: 3060, Mismatches: 594, Indels: 620
0.72 0.14 0.15
Matches are distributed among these distances:
314 12 0.00
315 44 0.01
316 117 0.04
317 60 0.02
318 57 0.02
319 191 0.06
320 76 0.02
321 38 0.01
322 149 0.05
323 126 0.04
324 209 0.07
325 88 0.03
326 122 0.04
327 57 0.02
328 72 0.02
329 99 0.03
330 141 0.05
331 246 0.08
332 183 0.06
333 127 0.04
334 262 0.09
335 57 0.02
336 3 0.00
337 27 0.01
338 6 0.00
339 15 0.00
340 3 0.00
341 10 0.00
342 6 0.00
343 9 0.00
344 4 0.00
345 4 0.00
346 20 0.01
347 5 0.00
348 21 0.01
349 10 0.00
350 20 0.01
351 11 0.00
352 13 0.00
353 7 0.00
354 6 0.00
355 2 0.00
356 11 0.00
357 9 0.00
358 7 0.00
359 17 0.01
360 154 0.05
361 121 0.04
362 5 0.00
363 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (330 bp):
GATTTTTGCCTAAAAACGCGTTTCGGAGGCTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAAAGACTC
CTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATTGTATTTAAGGATTTGTTTTTAC
GAGCATCTGAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATAT
TAGAAGCGTGAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTCTTTCTGAGTATTGTGGC
AAAAAATTTAGGAAAAACCTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTATACTAACC
ATCAC
Found at i:6555 original size:332 final size:329
Alignment explanation
Indices: 5344--9492 Score: 2916
Period size: 332 Copynumber: 12.6 Consensus size: 329
5334 GCCGACTTAG
* * *
5344 TTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGAATCCTTGAAATATCTACATTC-ATCTAACCAAATCTCAGC
1 TTTTGCATGATTTTTGGC-GAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAATGT-ACCAAATCTCAGC
* * * *
5408 CACAATAG-ATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCGTCTGAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAAT
64 CAC-ATTGTATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATC-TTGTTTCGATTTAATTAGAAAT
* * * *
5472 AAAGTCGAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAGACCCTTCAATTTTTTTGGCGTT
127 TAATTCGAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAA-AGCCGTCAATTTTTTTGGCGTT
* * * * *
5537 GAATTATTTATTCTTTCTGAGTATTGTTGCAAAAAAATTTAGGAAAATCCCTTCGGGTCAATTTT
191 GAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTTGC-AAAAAATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTT
* * * * * *
5602 TACAAAATTTTA-CCCAAAAT-CGTA-TAACCATCACGATTTTT-GCCTAAAAACGTGTTCCGGA
255 TGCAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCA-GGTTTTTGGCC-AAAAACGCGTTCCGGA
* *
5663 GTCTCGGCTTAA
318 GTCCCGGCTCAA
* * *
5675 TTTTGCAAGATTTTTGCCGCAAAGACT-C-T---ATAT-T-CA-TCAA---ACCAAATCTCAGCC
1 TTTTGCATGATTTTTGGCG-AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAATGTACCAAATCTCAGCC
* * *
5729 ACATTTTATATAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTA-ATAATTA
65 ACATTGTATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA-AATTA
* * * *
5793 ATTCAGAAAAAATAATTGAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGGCCGTCAATCTTTTTGGCTTT
129 ATTC-GAAAAAA-AATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA-GCCGTCAATTTTTTTGGCGTT
* * * * *
5858 GGATTATATA-TTTTTCTGAATAAT-TTGCAAAAAATTGA-GAAAAAACTTT----TC-A--TGT
191 GAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTTGCAAAAAATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTT
** * ** * *
5913 -C-AGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGAGTTTC--ATG
256 GCAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCA-GGTTTTTGGCCAAAAACGCGTTCCGGA-G
* * ***
5974 GCTCCAGCTTTG
319 TC-CCGGCTCAA
* * ** *
5986 TTTTGAATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTAGAAATATCTATATTC-ATCAAACCAGATCTCAGC
1 TTTTGCATGATTTTTGGC-GAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAAT-GTACCAAATCTCAGC
* * * * * *
6050 CACAATGGACT-TAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCTTTATTTTGATTTAATTAGAAAT
64 CACATTGTA-TATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATC-TTGTTTCGATTTAATTAGAAAT
* * * * *
6114 AAATTC-AGAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAACCCCTTCAA-TTTTTTGGCGTT
127 TAATTCGAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA-GCCGTCAATTTTTTTGGCGTT
* * *
6177 AAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAACATTTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTT
191 GAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTTGCAAAA-AATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTT
* * *
6242 TGCAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACTATCATGGTTTTTTGGCCAAAAATGCGTTTCGGA
255 TGCAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCA-GG-TTTTTGGCCAAAAACGCGTTCCGGA
6307 GTCCCGGCTCAA
318 GTCCCGGCTCAA
6319 TTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAATGTACCAAATCTCAGCC
1 TTTTGCATGATTTTTGGCG-AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAATGTACCAAATCTCAGCC
* * *
6384 ACGTTGTATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAA
65 ACATTGTATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA
* * *
6449 TTCGGAAAAAAA-GGAAAAACGATATTAGAAGCATGAACAGCTCGTCAATTTTTTTTGGCGTTGA
130 TTCGAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGC-CGTCAA-TTTTTTTGGCGTTGA
* * * *
6513 ATTATATATTTTTTCTAAATATT-TTGCAAAAAATTCAGGAAAAACCCTTCGGGTCAATTTTTGC
193 ATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTTGCAAAAAATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGC
* *
6577 AAAATTTTAGCC-AAATTCGTGTAATAACCATCACGATTTTT-GCCTAAAAACGCGTTCCGGAGT
258 AAAATTTTAGCCGAAATT-GTGTACTAACCATCA-GGTTTTTGGCC-AAAAACGCGTTCCGGAGT
*
6640 CTCGGCTCAA
320 CCCGGCTCAA
* ** *
6650 TATTGCATGATTTTTTCCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATAATTCTATATTCATCGAACCAAA
1 TTTTGCATGATTTTTGGCG-AAAGACTCCTTGAAATATCTAT-ATTC---A---AT-GTACCAAA
* * *
6715 TCTCAGCCACATTGTATATAAGAATTTGTTTTTATGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTA
57 TCTCAGCCACATTGTATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTA
* * *
6780 -ATAATTAATTCGGAAAAAAATTGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAGGCCGTCAATCTTTT
122 GA-AATTAATTC-GAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA-GCCGTCAATTTTTT
* * * * *
6844 TGGCTTTGAATTATATA-TTTTTCTGAATATT-TTGCAGAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGGT-
184 TGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTTGCAAAAAATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTC
* * **
6906 AA-----G----TTTTTAGCCGAAATCT-TGAACTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGCGT
249 AATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAAT-TGTGTACTAACCATCA-GGTTTTTGGCCAAAAACGCGT
* ** * * * *
6961 TTCATAGACCCAGCTTAG
312 TCCGGAGTCCCGGCTCAA
* * * ** * *
6979 CTTTGAATGATTTTTGGCAGAAAAACTCCTACAAATATCTATATTC-ATCTAACCAGATCTCAGC
1 TTTTGCATGATTTTTGGC-GAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAATGT-ACCAAATCTCAGC
* * * * * *
7043 CACAATGGACT-TTAGGATTTGATTTTACGAGCATCTGAATCTTTATTTTGATTTAATTAGAAAT
64 CACATTGTA-TATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATC-TTGTTTCGATTTAATTAGAAAT
* * * * *
7107 AAATTC-AGAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGGGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGT
127 TAATTCGA-AAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTG-AAAAGCCGTCAATTTTTTTGGCGT
* * *
7171 TGAATTATATATATTTTT-TTAGTATTGTGGAAAAAAATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTT
190 TGAATTATATAT-TTTTTCTGAGTATTGTTGCAAAAAATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTT
*
7235 TTGCAAAATTTTAGCC-AAATTTGTGTACTAACCATCATGATTTTT-GCCTAAAAACGCGTTCCG
254 TTGCAAAATTTTAGCCGAAA-TTGTGTACTAACCATCA-GGTTTTTGGCC-AAAAACGCGTTCCG
*
7298 GAGTCTCGGCTCAA
316 GAGTCCCGGCTCAA
* * *
7312 TATTGCATGATTTTTGCCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTC-ATCGAACCAAATCTCAGC
1 TTTTGCATGATTTTTGGCG-AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAAT-GTACCAAATCTCAGC
* * *
7376 CACATTGTATATAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAAGTA-ATAATT
64 CACATTGTATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA-AATT
* * *
7440 AATTC-AAAAGAAAATGGAAAAACGATATTAGATGCGTGAAAAGGCCGTCAATCTTTTTGGCTTT
128 AATTCGAAAA-AAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA-GCCGTCAATTTTTTTGGCGTT
* * * * * ** * * *** * *
7504 GAATTATATA-TTTTTCTGAATATTTTTTCTAAATATTTTGCAAAAA--ATT-GAGAAAAACTTC
191 GAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTTGCAAAAAATTGAGGAAAAACCTTTCG-GGTCAATTTT
** * * * * * *
7565 T-CGAGTTATTTTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACTGCTTTTGGCCAAAGACGTGTTCC
255 TGC-A---AAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCA-GGTTTTTGGCCAAAAACGCGTTCC
* *
7629 GG-GCCCCGGCTCAG
315 GGAGTCCCGGCTCAA
* * * * *
7643 TTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCTTTGAAATAGCTATATTC-ATCTAAGCAAATCTCAGT
1 TTTTGCATGATTTTTGGC-GAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAATGT-ACCAAATCTCAGC
* * *
7707 CACAATGTA-ATTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTCAATCTCTGTTTCGATTTAATTAGAAAT
64 CACATTGTATA-TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCT-TGTTTCGATTTAATTAGAAAT
* * * * * *
7771 AAATTCGGAAAAAAA-GG-AAAATGATATTAGAAGCGAGAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTG
127 TAATTCGAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCAATTTTTTTGGCGTTG
* * * * *
7834 AATTATTTATTCTTTCTGAGTATTGTGGCAAAACAATTTAGGAAAAACCCTTCGGGTCAATTTTT
192 AATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTTGCAAAA-AATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTT
* * ** *
7899 ACAAAATTTTAGCCAAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTT-GCCTAAAAACGCGTTCCGGAG
256 GCAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCA-GGTTTTTGGCC-AAAAACGCGTTCCGGAG
* *
7963 TCTCGACTCAA
319 TCCCGGCTCAA
** * *
7974 TTTTGTTTGATTTTTGCCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATTG-AGCCAAATCTCAGC
1 TTTTGCATGATTTTTGGCG-AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAATGTA-CCAAATCTCAGC
* * * *
8038 CACCTTGTATATAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTTTTTCGATTTAATTTA-AAATT
64 CACATTGTATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAA-TTAGAAATT
* * * * * * *
8102 AATTCGAAAAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAGGCATCAATCTGTTTGGTGTTGA
128 AATTCGAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCAATTTTTTTGGCGTTGA
* * * *
8167 ATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGC-AAAAATTCA-GAATAAACGTTTCAGGTC-A-----G
193 ATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTTGCAAAAAATTGAGGAA-AAACCTTTCGGGTCAATTTTTG
* * * * ** * ** *
8224 ----TTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACAGTTTTTGGTTAAAAACGAGTTTCATG-GC
257 CAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCA-GGTTTTTGGCCAAAAACGCG-TTCCGGAGT
* * *
8284 CCCGACTTAG
320 CCCGGCTCAA
* * * *
8294 TTTTGAATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTAGAAATATCTATATTCATAT-AACCAGATCTCAGC
1 TTTTGCATGATTTTTGGC-GAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCA-ATGTACCAAATCTCAGC
* * * * * * * *
8358 CACAATGGATTTAACGATTTGATTTTACGAGCATCTGAATCTTTATTTTGATTTAATTAGAAATG
64 CACATTGTATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATC-TTGTTTCGATTTAATTAGAAATT
* * * * *
8423 AATTCGAAAAAAAAAT-GAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAAACCTTTAATTTTTTTTGGCAT
128 AATTCG-AAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTG-AAAAGCCGTCAA-TTTTTTTGGCGT
* * * *
8487 GGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAATTGGGGAAAAACCTTTCGGGTCAAATT
190 TGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTTGC-AAAAAATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTT
*
8552 TTGCAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACT-----TC---TTTTT--CCAACGAAATCGTGTACTA
254 TTGCAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCAGGTTTTTGGCCAA--AAA-CGCGT--T-
* * *** * ***
8607 AC-TA-TAATGGTTTTT
313 CCGGAGTCCCGGCTCAA
** * * * *** * * *
8622 TTTTGGCTAAAACAAGTTTCGGAGTCCCGACTCAATTTTG-CATGAT-T-T-TTGGCGTAAAG-A
1 TTTT-GC----ATGATTTTTGGCG-AAAGACTC---CTTGAAAT-ATCTATATT--C--AATGTA
* **** * * * * * * * * *
8682 CTCCTTGAAATATCTATATTCAATGTACCAAATCTCAGCCACGTTGTATATA--AGGATTTGTTA
52 --CC---AAATCTC-AGCCACATTGT-----ATATAAG-GA-TTTGTTTTTACGAGCATCTG--A
* ** * * * * * * ** *
8745 TTACGAGCATAT-GAATCTTATTTCG-ATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAACGATGTTAGAA
102 AT-CTTG--TTTCG-AT-TTAATTAGAAATTAATTCGAAA-AAAAATGGAAAAACGATATTAGAA
* * * * * * *
8808 GCATGAACAGCCCGTCAATCTTTTTGGCGTTCAATTATATAGTTTTTCTAAATATT-TTGCAAAA
161 GCGTGAAAAG-CCGTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTTGCAAAA
* * ** *
8872 AATTGA-GAAAAA-CTTT----TCGA--GTT---AGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATC
225 AATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATC
* * * * * *
8926 ACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTTCGGA-CCCCAGCTCAG
290 A-GGTTTTTGGCCAAAAACGCGTTCCGGAGTCCCGGCTCAA
* * * *
8966 TTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATAGCTATA-TCCATCTAACCAAATCTCAGT
1 TTTTGCATGATTTTTGGC-GAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAATGT-ACCAAATCTCAGC
* * * *
9030 CACAATGTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATA
64 CACATTGTATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATC-TTGTTTCGATTTAATTAGAAATT
9095 AATTCGAAAAAAAA--GAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCC-TACAATTTTTTTGGCGTTG
128 AATTCGAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGT-CAATTTTTTTGGCGTTG
* * * *
9157 AATTAT-TAATTCTTTCTGAGTATTG-TGCAAAAAAATTTAAGAAAAACCCTTCGGGTCAATTTT
192 AATTATAT-ATTTTTTCTGAGTATTGTTGC-AAAAAATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTT
* * * * *
9220 TGCAAACTTCTAGCCAAAATCT-TGTACTAACCATCACGATTTTT-GCCTAAAAACGTGTTCCGG
255 TGCAAAATTTTAGCCGAAAT-TGTGTACTAACCATCA-GGTTTTTGGCC-AAAAACGCGTTCCGG
*
9283 AGTCTCGGCTCAA
317 AGTCCCGGCTCAA
* * * * *
9296 TTTCGCATGGTTTTTGCCGCAAAGACTCCTTGAAATACCTATAATTCTATATTCATCGAACCAAA
1 TTTTGCATGATTTTTGGCG-AAAGACTCCTTGAAATATCTAT-ATTC---A---AT-GTACCAAA
* * *
9361 TCTCAGCCACATTGTATATAAGAATTT-TTTTTACAAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTA
57 TCTCAGCCACATTGTATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTA
* * * *
9425 -ATAATTAATTAAGAAAAAAATAATGGAAAAACGATATTTGAAGCGTGAATAGGCCGTCAATCTT
122 GA-AATTAATT-CG-AAAAAA-AATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAA-AAGCCGTCAATTTT
9489 TTTG
182 TTTG
9493 AGTCAGTTTT
Statistics
Matches: 2981, Mismatches: 581, Indels: 501
0.73 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
308 6 0.00
309 7 0.00
310 7 0.00
311 54 0.02
312 4 0.00
313 2 0.00
316 6 0.00
317 47 0.02
318 45 0.02
319 56 0.02
320 256 0.09
321 228 0.08
322 102 0.03
323 116 0.04
324 12 0.00
325 30 0.01
326 19 0.01
327 5 0.00
328 17 0.01
329 171 0.06
330 201 0.07
331 342 0.11
332 367 0.12
333 290 0.10
334 44 0.01
335 27 0.01
336 36 0.01
337 23 0.01
338 67 0.02
339 128 0.04
340 29 0.01
341 60 0.02
342 22 0.01
343 9 0.00
344 8 0.00
346 3 0.00
347 22 0.01
348 7 0.00
349 20 0.01
350 8 0.00
351 48 0.02
352 30 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (329 bp):
TTTTGCATGATTTTTGGCGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAATGTACCAAATCTCAGCCA
CATTGTATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
TCGAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCAATTTTTTTGGCGTTGAATT
ATATATTTTTTCTGAGTATTGTTGCAAAAAATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAA
ATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCAGGTTTTTGGCCAAAAACGCGTTCCGGAGTCCCGGC
TCAA
Found at i:7247 original size:662 final size:657
Alignment explanation
Indices: 5381--9492 Score: 3866
Period size: 662 Copynumber: 6.2 Consensus size: 657
5371 CCTTGAAATA
* * * * * * * *
5381 TCTACATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATAG-ATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCGTCTG
1 TCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCAC-ATTGTATATAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTA
* * *
5445 AATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAAGTCGAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGT
65 AATC-TTGTTTCGATTTAATTA-AAATTAATTCGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGT
* * * * * * *
5510 G-AAAGACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATTTATTCTTTCTGAGTATTGTTGCAAAAAAA
128 GAAAAG-GCCGTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTCTGAATATT-TTGC--AAAAA
* * ** * * *
5574 TTTAGGAAAATCCCTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTACCCAAAATC--GTA-TAACCATCAC
189 TTGA-GAAAAACTTTTCGGGT-AA---GT------TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC
* * * * * * * * * * * *
5636 GATTTTTGCCTAAAAACGTGTTCCGGAGTCTCGGCTTAATTTTGCAAGATTTTT-GCCGCAAAGA
243 GGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGAGACCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAG-AAAGA
* * * * *
5700 ---C--------TCTATATTCATCAAACCAAATCTCAGCCACATTTTATATAAGAATTTGTTTTT
307 CTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGTAT-TTAGGATTTGTTTTT
* * * * *
5754 ACGAGCATCTAAATC-TTGTTTCGATTTAATTA-ATAATTAATTCAGAAAAAATAATTGAAAAAC
371 ACGAGCATCTGAATCTTTATTTCGATTTAATTAGA-AATAAATTCAG-AAAAA-AA-GGAAAAAT
* ** * * * * *
5817 GATATTAGAAGCCTGAAAAGGCCGTCAATCTTTTTGGCTTTGGA-T-TATATATTTTTCTGAATA
432 GATATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTCTGAGT-
* * * * **
5880 ATT-T-GCAAAAAATTGA-GAAAAA-ACTT---TTC-A--TGT-C-AGTTTTTAGCCGAAA-TCG
496 ATTGTGGAAAAAAATTGAGGAAAAACCCTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCC-AAATTCG
* ** * * * * *** * *
5932 TGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGAGTTTC--ATGGCTCCAGCTTTGTTTTGAATG
560 TGTACTAACCATCACGATTTTTGCCTAAAAACGCGTTCCGGA-GTCT-CGGCTCAATATTGCATG
* *
5995 ATTTTTGGCAG-AAAGACTCCTAGAAATATCTATAT
623 ATTTTT-GCCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATAT
* * * * * * *
6030 TC---A-TCA---AACCAGATCTCAGCCACAATGGACT-TAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTG
1 TCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTA-TATAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTA
* * * *
6087 AATCTTTATTTTGATTTAATTAGAAATAAATTC-AGAAAAAA-TGGAAAAATGATATTAGAAGCG
65 AATC-TTGTTTCGATTTAATTA-AAATTAATTCGA-AAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCG
** * * * * *
6150 TGAAAACCCCTTCAAT-TTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAACAT
127 TGAAAAGGCCGTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTCTGAATATT-TTGCAAAA-A-
* * * * *
6214 TTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACTATCAT
189 TTGA-GAAAAACTTTTCGGGT-AA-----G----TTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC
* * * * * *
6279 GGTTTTTTGGCCAAAAATGCGTTTCGGAGTCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGC-GTAAAG
243 GG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGAGACCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAG-AAAG
* ** *
6343 ACTCCTTGAAATATCTATATTCAATGT-ACCAAATCTCAGCCACGTTGTATATAAGGATTTGTTT
306 ACTCCTTGAAATATCTATATTC-ATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGTAT-TTAGGATTTGTTT
* * * *
6407 TTACGAGCATATGAATC-TTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAAGGAAAAACGA
369 TTACGAGCATCTGAATCTTTATTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAAAGGAAAAATGA
* * * * * * *
6471 TATTAGAAGCATGAACAGCTCGTCAATTTTTTTTGGCGTTGAATTATATAT-TTTTTCTAAATAT
434 TATTAGAAGCGTGAAAAACCCTTCAA-TTTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTCTGAGTAT
* * *
6535 T-TTGCAAAAAATTCAGGAAAAACCCTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAATTCGTGT
498 TGTGGAAAAAAATTGAGGAAAAACCCTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAATTCGTGT
*
6599 AATAACCATCACGATTTTTGCCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCTCGGCTCAATATTGCATGATTTT
563 ACTAACCATCACGATTTTTGCCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCTCGGCTCAATATTGCATGATTTT
*
6664 TTCCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATAAT
628 TGCCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTAT-AT
*
6695 TCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGAATTTGTTTTTATGAGCATCTAA
1 TCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAA
*
6760 ATCTTGTTTCGATTTAATTAATAATTAATTCGGAAAAAAATTGGAAAAACAATATTAGAAGCGTG
66 ATCTTGTTTCGATTTAATTAA-AATTAATTC-GAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGTG
6825 AAAAGGCCGTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATA-TTTTTCTGAATATTTTGCAGAAAATTGA
129 AAAAGGCCGTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTCTGAATATTTTGCA-AAAATTGA
* * *
6889 GAAAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTAGCCGAAATCTTGAACTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAA
193 G-AAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAA
* * * * * **
6954 AACGCGTTTCATAGACCCAGCTTAGCTTTGAATGATTTTTGGCAGAAAAACTCCTACAAATATCT
257 AACGCGTTTCAGAGACCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCT
* * *
7019 ATATTCATCTAACCAGATCTCAGCCACAATGGACTTTAGGATTTGATTTTACGAGCATCTGAATC
322 ATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGTA-TTTAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATC
* *
7084 TTTATTTTGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGGGTGAAA
386 TTTATTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAAA-GGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAA
*
7149 AACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTT-TTAGTATTGTGGAAAAAAATTGAG
450 AACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTCTGAGTATTGTGGAAAAAAATTGAG
* * *
7213 GAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAATTTGTGTACTAACCATCATGATTT
515 GAAAAACCCTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAATTCGTGTACTAACCATCACGATTT
7278 TTGCCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCTCGGCTCAATATTGCATGATTTTTGCCGCAAAGACTCCTT
580 TTGCCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCTCGGCTCAATATTGCATGATTTTTGCCGCAAAGACTCCTT
7343 G--A-A---ATA-
645 GAAATATCTATAT
7349 TCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAA
1 TCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAA
* * *
7414 ATCTTGTTTCGATTTAAGTAATAATTAATTC-AAAAGAAAATGGAAAAACGATATTAGATGCGTG
66 ATCTTGTTTCGATTTAATTAA-AATTAATTCGAAAA-AAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGTG
*
7478 AAAAGGCCGTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTCTGAATATTTTTTCTAAATATTTT
129 AAAAGGCCGTCAATCTTTTTGGCTTTG-A--AT-TA------T--ATATTTTTTCTGAATATTTT
* * * * * * *
7543 GCAAAAAATTGAGAAAAACTTCTCGAGTTATTTTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACTGC
182 GC-AAAAATTGAGAAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
* * * * * * * *
7608 TTTTGGCCAAAGACGTG-TTCCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCT
246 TTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAGAGACCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCC
* * * *
7672 TTGAAATAGCTATATTCATCTAAGCAAATCTCAGTCACAATGTAATTAAGGATTTGTTTTTACGA
311 TTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGT-ATTTAGGATTTGTTTTTACGA
* * * * *
7737 GTATCTCAATCTCTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAGG-AAAATGATATTAG
375 GCATCTGAATCTTTATTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAAAGGAAAAATGATATTAG
*
7801 AAGCGAG-AAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTAT-T-TATTCTTTCTGAGTATTGTGGC
440 AAGCGTGAAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATATT-TTTCTGAGTATTGTGG-
* * * * *
7863 AAAACAATTTAGGAAAAACCCTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCAAAATCATGTACTAA
503 AAAAAAATTGAGGAAAAACCCTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAATTCGTGTACTAA
* * **
7928 CCATCACGATTTTTGCCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCTCGACTCAATTTTGTTTGATTTTTGCCG
568 CCATCACGATTTTTGCCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCTCGGCTCAATATTGCATGATTTTTGCCG
7993 CAAAGACTCCTTGAAATATCTATAT
633 CAAAGACTCCTTGAAATATCTATAT
* *
8018 TC---A-T--T-GAGCCAAATCTCAGCCACCTTGTATATAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAA
1 TCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAA
* * * *
8076 ATCTTTTTTCGATTTAATTTAAAATTAATTCGAAAAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGTGTGA
66 ATCTTGTTTCGATTTAA-TTAAAATTAATTCGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGA
* * * * *
8141 AAAGG-CATCAATCTGTTTGG-TGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAATTCA
130 AAAGGCCGTCAATCTTTTTGGCT-TTGAATTATATATTTTTTCTGAATATT-TTGCAAAAATTGA
* * * * * *
8204 GAATAAACGTTTCAGGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCACAGTTTTTGGTTAAA
193 GAA-AAACTTTTCGGGTAAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAA
* * * * *
8269 AACGAGTTTCATG-G-CCCCGACTTAGTTTTGAATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTAGAAATAT
257 AACGCGTTTCA-GAGACCCAG-CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATAT
* * * * *
8332 CTATATTCATATAACCAGATCTCAGCCACAATGGATTTAACGATTTGATTTTACGAGCATCTGAA
320 CTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGTATTT-AGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAA
* * * *
8397 TCTTTATTTTGATTTAATTAGAAATGAATTCGAAAAAAAAATGAAAAATGATATTAGAAGCGTGA
384 TCTTTATTTCGATTTAATTAGAAATAAATTC-AGAAAAAAAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGA
* * * *
8462 AAAAACCTTTAATTTTTTTTGGCATGGAATTATATAT-TTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAAT
448 AAAACCCTTCAA-TTTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTCTGAGTATTGTGG-AAAAAAAT
* * *
8526 TGGGGAAAAACCTTTCGGGTCAAATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATT-GTGTACTTCTTTTTCC
511 TGAGGAAAAACCCTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCC-AAATTCGTGTA---C----T--
* * * ** * * *
8590 AACGAAATCGTGTACTAACTATAATGGTTTTTTTTTGGCT-AAAACAAGTTTCGGAGTCCCGACT
566 AAC-----C----A-T--C----A-CG---ATTTTTGCCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCTCGGCT
* * *
8654 CAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATAT
611 CAATATTGCATGATTTTTGCCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATAT
* * * * * *
8701 TC---A---AT-GTACCAAATCTCAGCCACGTTGTATATAAGGATTTGTTATTACGAGCATATGA
1 TCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAA
* * *
8759 ATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAA-T---------TTGGAAAAACGATGTTAGAAGCATGA
66 ATCTTGTTTCGATTTAATTA-AAATTAATTCGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGA
* * * * * *
8814 ACAGCCCGTCAATCTTTTTGGCGTTCAATTATATAGTTTTTCTAAATATTTTGCAAAAAATTGAG
130 AAAGGCCGTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTCTGAATATTTTGC-AAAAATTGAG
* *
8879 AAAAACTTTTCGAGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAA
194 AAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAA
* *
8944 CGCATTTC-G-GACCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATAGCTA
259 CGCGTTTCAGAGA-CCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTA
* * *
9007 TATCCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCT
323 TATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGTATTT-AGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCT
* * *
9072 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTC-GAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTG-AAAA
387 TTATTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAAAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAA
* * * * *
9135 GCCTACAATTTTTTTGGCGTTGAATTAT-TA-ATTCTTTCTGAGTATTGTGCAAAAAAATTTAAG
452 CCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATATT-TTTCTGAGTATTGTGGAAAAAAATTGAGG
* * * *
9198 AAAAACCCTTCGGGTCAATTTTTGCAAACTTCTAGCCAAAATCTTGTACTAACCATCACGATTTT
516 AAAAACCCTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAATTCGTGTACTAACCATCACGATTTT
* *
9263 TGCCTAAAAACGTGTTCCGGAGTCTCGGCTCAAT-TTCGCATGGTTTTTGCCGCAAAGACTCCTT
581 TGCCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCTCGGCTCAATATT-GCATGATTTTTGCCGCAAAGACTCCTT
*
9327 GAAATACCTATAAT
645 GAAATATCTAT-AT
*
9341 TCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGAATTT-TTTTTACAAGCATCTAA
1 TCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAA
* *
9405 ATCTTGTTTCGATTTAATTAATAATTAATTAAGAAAAAAATAATGGAAAAACGATATTTGAAGCG
66 ATCTTGTTTCGATTTAATTAA-AATTAATT-CGAAAAAAAT--TGGAAAAACGATATTAGAAGCG
*
9470 TGAATAGGCCGTCAATCTTTTTG
127 TGAAAAGGCCGTCAATCTTTTTG
9493 AGTCAGTTTT
Statistics
Matches: 2916, Mismatches: 371, Indels: 342
0.80 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
638 14 0.00
639 58 0.02
640 73 0.03
641 36 0.01
642 85 0.03
643 11 0.00
644 50 0.02
645 6 0.00
646 42 0.01
647 34 0.01
648 1 0.00
649 30 0.01
650 63 0.02
651 121 0.04
652 44 0.02
653 91 0.03
654 132 0.05
655 179 0.06
656 17 0.01
657 6 0.00
658 6 0.00
659 50 0.02
660 121 0.04
661 152 0.05
662 431 0.15
663 17 0.01
664 222 0.08
665 70 0.02
666 32 0.01
667 52 0.02
668 37 0.01
669 15 0.01
670 32 0.01
671 44 0.02
672 180 0.06
673 144 0.05
674 67 0.02
676 1 0.00
680 1 0.00
681 1 0.00
682 4 0.00
683 136 0.05
684 8 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (657 bp):
TCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAA
ATCTTGTTTCGATTTAATTAAAATTAATTCGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAA
AAGGCCGTCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTTCTGAATATTTTGCAAAAATTGAGAA
AAACTTTTCGGGTAAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACG
CGTTTCAGAGACCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATAT
TCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGTATTTAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTTAT
TTCGATTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAAAGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCT
TCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTCTGAGTATTGTGGAAAAAAATTGAGGAAAAA
CCCTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAATTCGTGTACTAACCATCACGATTTTTGCCT
AAAAACGCGTTCCGGAGTCTCGGCTCAATATTGCATGATTTTTGCCGCAAAGACTCCTTGAAATA
TCTATAT
Found at i:7302 original size:993 final size:985
Alignment explanation
Indices: 5344--9491 Score: 4206
Period size: 993 Copynumber: 4.2 Consensus size: 985
5334 GCCGACTTAG
* * *
5344 TTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGAATCCTTGAAATATCTACATTC-ATCTAACCAAATCTCAGC
1 TTTTGCATGATTTTTGGC-GAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAAT-GAACCAAATCTCAGC
* * * *
5408 CACAATAG-ATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCGTCTGAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAAT
64 CAC-ATTGTATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATC-TTGTTTCGATTTAATTAGAAAT
* * * *
5472 AAAGTCGAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAGACCCTTCAA-TTTTTTTGGCGT
127 TAATTCGAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAA-AGCCGTCAATTTTTTTTGGCGT
* * * *
5536 TGAATTATTTATTCTTTCTGAGTATTGTTGCAAAAAAATTTAGGAAAATCCCTTCGGGTCAATTT
191 TGAATTATATATTTTTTCTGAATATTGTTGCAAAAAAATTTAGGAAAAACCCTTCGGGTCAATTT
* * *
5601 TTACAAAATTTTA-CCCAAAATC--GT-ATAACCATCACGATTTTTGCCTAAAAACGTGTTCCGG
256 TTGCAAAATTTTAGCCGAAATTCGTGTAATAACCATCACGATTTTTGCCTAAAAACGTGTTCCGG
* * *
5662 AGTCTCGGCTTAATTTTGCAAGATTTTTGCCGCAAAGA---C--------TCTATATTCATCA-A
321 AGTCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGCCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCATA
*
5715 ACCAAATCTCAGCCACATTTTATATAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATT
386 ACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATT
* * *
5780 TAATTA-ATAATTAATTCAGAAAAAATAATT-GAAAAACGATATTAGAAGCCTGAAAAGGCCGTC
451 TAATTAGA-AATTAATTC-GGAAAAA-AATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTC
* * *
5843 AATCTTTTTGGCTTTGGATTATATATTTTTCTGAATAATTTGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTT
513 AATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTCTGAATATTTTGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTT
** * * *
5908 CATGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGAGTTTCAT
578 CGGGTAAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCAT
* ** *
5973 -GGCTCCAGCTTTGTTTTGAATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTAGAAATATCTATATTCATCAA
643 AGAC-CCAGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTAGAAATATCTATATTCATCTA
* * *
6037 ACCAGATCTCAGCCACAATGGACTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCTTTATTTTGAT
707 ACCAAATCTCAGCCACAATGGA-TTAAGGATTTGATTTTACGAGCATCTGAATCTTTATTTCGAT
* *
6102 TTAATTAGAAATAAATTC-AGAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAACCCCTTCAA-
771 TTAATTAGAAATAAATTCGA-AAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA-CCCTTCAAT
* * *
6165 TTTTTTGGCGTTAAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAACATTTGAGGAAAAACCTTT
834 TTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGG-AAAAAAATTGAGGAAAAACCTTT
* *
6230 CGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACTATCATGGTTTTTTGGCC-AAA
898 CGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCAT-GATTTTT-GCCTAAA
* *
6294 AATGCGTTTCGGAGTCCCGGCTCAA
961 AACGCGTTCCGGAGTCCCGGCTCAA
*
6319 TTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAATGTACCAAATCTCAGCC
1 TTTTGCATGATTTTTGGCG-AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAATGAACCAAATCTCAGCC
* * *
6384 ACGTTGTATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAA
65 ACATTGTATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA
* * *
6449 TTCGGAAAAAAA-GGAAAAACGATATTAGAAGCATGAACAGCTCGTCAATTTTTTTTGGCGTTGA
130 TTCGAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGC-CGTCAATTTTTTTTGGCGTTGA
* *
6513 ATTATATATTTTTTCTAAATATT-TTGC-AAAAAATTCAGGAAAAACCCTTCGGGTCAATTTTTG
194 ATTATATATTTTTTCTGAATATTGTTGCAAAAAAATTTAGGAAAAACCCTTCGGGTCAATTTTTG
*
6576 CAAAATTTTAGCC-AAATTCGTGTAATAACCATCACGATTTTTGCCTAAAAACGCGTTCCGGAGT
259 CAAAATTTTAGCCGAAATTCGTGTAATAACCATCACGATTTTTGCCTAAAAACGTGTTCCGGAGT
* * *
6640 CTCGGCTCAATATTGCATGATTTTTTCCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATAATTCTATATTCA
324 CCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGCCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTAT-ATTC---A-TCA
*
6705 TCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGAATTTGTTTTTATGAGCATCTAAATCTTGTTTC
384 T--AACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTC
* *
6770 GATTTAATTA-ATAATTAATTCGGAAAAAAATTGGAAAAACAATATTAGAAGCGTGAAAAGGCCG
447 GATTTAATTAGA-AATTAATTCGGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCG
* *
6834 TCAATCTTTTTGGCTTTGAATTATATATTTTTCTGAATATTTTGCAGAAAATTGAGAAAAAACTT
511 TCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTCTGAATATTTTGCAAAAAATTGAGAAAAAACTT
* * *
6899 TTCGGGTAAGTTTTTAGCCGAAATCTTGAACTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGCGTTTC
576 TTCGGGTAAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC
* * * *
6964 ATAGACCCAGCTTAGCTTTGAATGATTTTTGGCAGAAAAACTCCTACAAATATCTATATTCATCT
641 ATAGACCCAGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTAGAAATATCTATATTCATCT
* * *
7029 AACCAGATCTCAGCCACAATGGACTTTAGGATTTGATTTTACGAGCATCTGAATCTTTATTTTGA
706 AACCAAATCTCAGCCACAATGGA-TTAAGGATTTGATTTTACGAGCATCTGAATCTTTATTTCGA
* * *
7094 TTTAATTAGAAATAAATTCAGAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGGGTGAAAAACCCTTCAA
770 TTTAATTAGAAATAAATTC-GAAAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGCGTG-AAAACCCTTCAA
*
7159 TTTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTT-TTAGTATTGTGGAAAAAAATTGAGGAAAAACCTT
833 TTTTTTTGGCGTTGAATTATATAT-TTTTTCTGAGTATTGTGGAAAAAAATTGAGGAAAAACCTT
7223 TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCC-AAATTTGTGTACTAACCATCATGATTTTTGCCTAAA
897 TCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAA-TTGTGTACTAACCATCATGATTTTTGCCTAAA
*
7287 AACGCGTTCCGGAGTCTCGGCTCAA
961 AACGCGTTCCGGAGTCCCGGCTCAA
* *
7312 TATTGCATGATTTTTGCCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTC-ATCGAACCAAATCTCAGC
1 TTTTGCATGATTTTTGGCG-AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAAT-GAACCAAATCTCAGC
* * *
7376 CACATTGTATATAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAAGTA-ATAATT
64 CACATTGTATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGA-AATT
* * *
7440 AATTC-AAAAGAAAATGGAAAAACGATATTAGATGCGTGAAAAGGCCGTCAA-TCTTTTTGGCTT
128 AATTCGAAAA-AAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA-GCCGTCAATTTTTTTTGGCGT
* * * * * * * *** *
7503 TGAATTATATA-TTTTTCTGAATATTTTTTC-TAAATATTTTGCAAAAA--ATT-GAGAAAAACT
191 TGAATTATATATTTTTTCTGAATATTGTTGCAAAAAAATTTAGGAAAAACCCTTCG-GGTCAATT
* ** * * * *
7563 TCT-CGAGTTATTTTTTAGCCGAAA-TCGTGTATTAACCATCACTGCTTTTGGCC-AAAGACGTG
255 TTTGC-A---AAATTTTAGCCGAAATTCGTGTAATAACCATCAC-GATTTTTGCCTAAAAACGTG
* * * * *
7625 TTCCGG-GCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAG-AAAGACTCTTTGAAATAGCTATATT
315 TTCCGGAGTCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTT-GCCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATT
* * * * * *
7688 CATC-TAAGCAAATCTCAGTCACAATGTA-ATTAAGGATTTGTTTTTACGAGTATCTCAATCTCT
379 CATCATAACCAAATCTCAGCCACATTGTATA-TAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCT-T
* * *
7751 GTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAA--GG-AAAATGATATTAGAAGCGAGAAAA-
442 GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAG
* * * * * * *
7812 CCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATTTATTCTTTCTGAGTATTGTGGCAAAACAATTTAGGA
507 CCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATT-TTTCTGAATATT-TTGCAAAA-AATTGAGAA
** * * * *
7877 AAAACCCTTCGGGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCAAAATCATGTACTAACCATCACGATTTTT
569 AAAACTTTTCGGGT-AA---GT------TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTT
* * ** * * * ** * *
7942 GCCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCTC-GACTCAATTTTGTTTGATTTTT-GCCGCAAAGACTCCTT
624 GGCTAAAAACGCGTTTCATAGACCCAG-CTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCAG-AAAGACTCCTA
* ** * * *
8005 GAAATATCTATATTCAT-TGAGCCAAATCTCAGCCACCTTGTATATAAGAATTTGTTTTTACGAG
687 GAAATATCTATATTCATCT-AACCAAATCTCAGCCACAATGGAT-TAAGGATTTGATTTTACGAG
* *
8069 CATCTAAATCTTT-TTTCGATTTAATTTA-AAATTAATTCGAAAAAAAATAGAAAAACGATATTA
750 CATCTGAATCTTTATTTCGATTTAA-TTAGAAATAAATTCG-AAAAAAATAGAAAAACGATATTA
* ** * * * * *
8132 GAAGTGTGAAAAGGCATCAATCTGTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGG-CA
813 GAAGCGTGAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGAAA
* * * * * *
8196 AAAATTCA-GAATAAACGTTTCAGGTC-A-----G----TTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACT
878 AAAATTGAGGAA-AAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACC
* ** * ** * * * *
8250 ATCA-CAGTTTTTGGTTAAAAACGAGTTTCATG-GCCCCGACTTAG
942 ATCATGA-TTTTTGCCTAAAAACGCG-TTCCGGAGTCCCGGCTCAA
* * *
8294 TTTTGAATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTAGAAATATCTATATTCATAT-AACCAGATCTCAGC
1 TTTTGCATGATTTTTGGC-GAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCA-ATGAACCAAATCTCAGC
* * * * * * * *
8358 CACAATGGATTTAACGATTTGATTTTACGAGCATCTGAATCTTTATTTTGATTTAATTAGAAATG
64 CACATTGTATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATC-TTGTTTCGATTTAATTAGAAATT
* * * * *
8423 AATTCGAAAAAAAAAT-GAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAAACCTTTAATTTTTTTTGGCAT
128 AATTCG-AAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTG-AAAAGCCGTCAATTTTTTTTGGCGT
* * * ** * *
8487 GGAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAATTGGGGAAAAACCTTTCGGGTCAAATT
191 TGAATTATATATTTTTTCTGAATATTGTTGCAAAAAAATTTAGGAAAAACCCTTCGGGTCAATTT
* *
8552 TTGCAAAATTTTAGCCGAAATT-GTGTACTTCTTTTTCCAACGAAATCGTGTACTAACTATAATG
256 TTGCAAAATTTTAGCCGAAATTCGTGTA-------AT--AAC-----C----A-T--C----A-C
* * * * * *
8616 GTTTTTTTTTGGCTAAAACAAGT-TT-CGGAGTCCCGACTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAA
295 G---ATTTTTGCCTAAAA-ACGTGTTCCGGAGTCCCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGCCGCAA
* * *
8679 AGACTCCTTGAAATATCTATATTCA--ATGTACCAAATCTCAGCCACGTTGTATATAAGGATTTG
356 AGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCAT-AACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGAATTTG
* * * *
8742 TTATTACGAGCATATGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAA-T----------TTGGAAAA
420 TTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGGAAAA
* * * * *
8796 ACGATGTTAGAAGCATGAACAGCCCGTCAATCTTTTTGGCGTTCAATTATATAGTTTTTCTAAAT
485 ACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTCTGAAT
* *
8861 ATTTTGCAAAAAATTGAG-AAAAACTTTTCGAGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCAT
549 ATTTTGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGGTAAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCAT
* * *
8925 CACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTTC--GGACCCCAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAA
614 CACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCATAGA-CCCAGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCAGAA
* * * * * *
8988 AGACTCCTTGAAATAGCTATATCCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGTATTTAAGGATTTGTT
678 AGACTCCTAGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGA-TTAAGGATTTGAT
* *
9053 TTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAA-AGAAAAACG
742 TTTACGAGCATCTGAATCTTTATTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGAAAAAAATAGAAAAACG
* * *
9117 ATATTAGAAGCGTGAAAAGCCTACAATTTTTTTGGCGTTGAATTAT-TAATTCTTTCTGAGTATT
807 ATATTAGAAGCGTGAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATAT-ATTTTTTCTGAGTATT
* * * * * * *
9181 GTGCAAAAAAATTTAAGAAAAACCCTTCGGGTCAATTTTTGCAAACTTCTAGCCAAAATCT-TGT
871 GTGGAAAAAAATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAAT-TGTGT
* * *
9245 ACTAACCATCACGATTTTTGCCTAAAAACGTGTTCCGGAGTCTCGGCTCAA
935 ACTAACCATCATGATTTTTGCCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCCCGGCTCAA
* * * *
9296 TTTCGCATGGTTTTTGCCGCAAAGACTCCTTGAAATACCTATAATTCTATATTCATCGAACCAAA
1 TTTTGCATGATTTTTGGCG-AAAGACTCCTTGAAATATCTAT-ATTC---A---AT-GAACCAAA
* * *
9361 TCTCAGCCACATTGTATATAAGAATTT-TTTTTACAAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATTA
57 TCTCAGCCACATTGTATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTA
* * * *
9425 -ATAATTAATTAAGAAAAAAATAATGGAAAAACGATATTTGAAGCGTGAATAGGCCGTCAATCTT
122 GA-AATTAATT-CG-AAAAAA-AATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAA-AAGCCGTCAATTTT
9489 TTT
182 TTT
9492 GAGTCAGTTT
Statistics
Matches: 2649, Mismatches: 352, Indels: 308
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
972 50 0.02
973 35 0.01
974 72 0.03
975 157 0.06
976 2 0.00
978 1 0.00
981 1 0.00
982 160 0.06
983 87 0.03
984 41 0.02
985 103 0.04
986 54 0.02
987 6 0.00
988 11 0.00
989 4 0.00
990 4 0.00
991 83 0.03
992 181 0.07
993 650 0.25
994 312 0.12
995 192 0.07
996 5 0.00
998 1 0.00
999 2 0.00
1001 5 0.00
1002 81 0.03
1003 18 0.01
1004 9 0.00
1005 26 0.01
1006 39 0.01
1007 3 0.00
1008 24 0.01
1009 25 0.01
1010 35 0.01
1011 32 0.01
1012 1 0.00
1013 34 0.01
1014 99 0.04
1015 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (985 bp):
TTTTGCATGATTTTTGGCGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAATGAACCAAATCTCAGCCA
CATTGTATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
TCGAAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGTCAATTTTTTTTGGCGTTGAAT
TATATATTTTTTCTGAATATTGTTGCAAAAAAATTTAGGAAAAACCCTTCGGGTCAATTTTTGCA
AAATTTTAGCCGAAATTCGTGTAATAACCATCACGATTTTTGCCTAAAAACGTGTTCCGGAGTCC
CGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGCCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCATAACCAA
ATCTCAGCCACATTGTATATAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGTTTCGATTTAATT
AGAAATTAATTCGGAAAAAAATTGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCCGTCAATCTTTT
TGGCGTTGAATTATATATTTTTCTGAATATTTTGCAAAAAATTGAGAAAAAACTTTTCGGGTAAG
TTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCATAGACCCAG
CTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTAGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
CAGCCACAATGGATTAAGGATTTGATTTTACGAGCATCTGAATCTTTATTTCGATTTAATTAGAA
ATAAATTCGAAAAAAATAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCTTCAATTTTTTTGGCGTT
GAATTATATATTTTTTCTGAGTATTGTGGAAAAAAATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCAATTTTT
GCAAAATTTTAGCCGAAATTGTGTACTAACCATCATGATTTTTGCCTAAAAACGCGTTCCGGAGT
CCCGGCTCAA
Found at i:7532 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 7509--7542 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 2.5 Consensus size: 13
7499 GCTTTGAATT
*
7509 ATATATTTTTCTGA
1 ATAT-TTTTTCTAA
7523 ATATTTTTTCTAA
1 ATATTTTTTCTAA
7536 ATATTTT
1 ATATTTT
7543 GCAAAAAATT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 1
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
13 15 0.79
14 4 0.21
ACGTcount: A:0.29, C:0.06, G:0.03, T:0.62
Consensus pattern (13 bp):
ATATTTTTTCTAA
Found at i:11674 original size:639 final size:632
Alignment explanation
Indices: 9838--13553 Score: 2843
Period size: 639 Copynumber: 5.7 Consensus size: 632
9828 TGCATAGCCG
* *
9838 AAATCGTGTACTTTTTTTTCCAACGAAATCGTGTACTAACTATCATGGTTTTTTTGACTAAAAAC
1 AAATCGTGTACTTTTTTTTCC-ACGAAATCGTGTACTAACCATCATGG-TTTTTTGGCTAAAAAC
* * * *
9903 GAATTCCGCAGTCACGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATATATA
64 GCATTCCGGAGTC-CCGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCG-AAAGACTCCTTGAAATATCTATA
* * * * * *
9968 TTTATCGTACCAAATCTCAGCCACGTTGTATATAAAGATTTGGTTTTACGAGCATATGAATCTTA
127 TTCAT-GTACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTT
* *
10033 TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-AAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAACAGCC
191 TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAG-C
*
10097 CGCCAATTTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTAAATATTTTGCAAAAAATAGAGAAAAA
255 CGCCAA--TTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTAAATATTTTGCAAAAAATTGAGAAAAA
* * * *
10162 -CTTTTCGAGTTACTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATAACGGTTTTTGGCTAAAAACGCA
318 CCTTCTCGAGTTAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACT-ACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCG
* * *
10226 TTTCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAAAAAGACTCCCTGAAATAGCTATATTCA
382 TTTCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCA
* * *
10291 TCTAACCAAATCTCAGTCACAATGTATTTAAGCATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTT
447 TCTAACCAAATCTCAGCCACAATGTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTATTT
* *
10356 CGATTTAAATAGAAATAAAATT-GGAAAAAAAAAAGAAAAACGATATAAGAAGCGTGAAAACCCT
512 CGATTTAATTAGAAAT-AAATTCGG-AAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCT
* * * * * *
10420 ACAATTTTTTT-TCCGTTGAATTATTTA-TTCTTTC-TGAGTATTGTGGCAAAAAAAATTAGGAA
575 TCAATTTTTTTGT-CGTTGAA--A-ATAGTT-TTTCGTCA-AATTGTGGC-AAAAAATTTAGCAA
* * *
10482 AAACCCTTCG-GCTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCA--AAATCGTGAACTAACCATCATGATTT
1 AAA----TCGTG-T--ACTTTT------TTTT--CCACGAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTT
** * ** * *
10544 TTTACCTAAAAACGCGA-TCCAGAGTCTTGGTTCAATTTTGCATGATTTTTGCCGCAAAGACTCC
51 TTTGGCTAAAAACGC-ATTCCGGAGTC-CCGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCG-AAAGACTCC
* * * *
10608 TTGAAATATCTATATTCATCGAAACAAATCTTAGCCACATTGTATATAAGAATTTGTTTTTACGA
113 TTGAAATATCTATATTCAT-GTACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGGATTTGTTTTTACGA
* * * * *
10673 GTATCTAAATCTTGTTTCGATTTAAGTA-ATAATTAATTCAGAAAAAAATAATGGAAAAACGATA
177 GCATCTGAATCTTTTTTCGATTTAATTAGA-AATTAATTC-G-GAAAAA-AATGGAAAAACGATA
* * * *
10737 TTAGAAGCGTGTAAAGGCCGTCAATCTTTTTGGCTTTGAATT-T-T-TTTTTT-TCAATATTTTG
238 TTAGAAGCGTG-AAAAGCCGCCAAT-TTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTAAATATTTTG
* * * * * * *
10798 CAAACAATTGAGAAAAAACCTTTTCGGGTCAGTTTTCAGCCGAAATCCTGTACTAACCATCACGG
301 CAAAAAATTGAG-AAAAACCTTCTCGAGTTAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACT-ACCATCACGG
* * * * * *
10863 TTTTTGGTTAAAAACGCGTTTCATGGCTCCGGCTTAGTTTTGAATGATTTTTGGCAAAAAGACTC
364 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTC
* * * * * *
10928 CTAGAAATATCTATATTCATCTAACCAGATCTCAGCCACAATGGATTTAACGATTTGATTTTATG
428 CTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGTATTTAAGGATTTGTTTTTACG
** * ** *
10993 AGCATCTGTATCTTTATTAT-GATTTAATTAGAAATGAATTCGGAAAAAAATGGAAAAATGATAT
493 AGCATCTCAATCTTTATT-TCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAAAGAAAAACGATAT
* * *
11057 TAGAAGCGTGAAAAACCCCTTTAATTTTTTTGTCGTTGAAAA-A-CTTTTCGGGTCAAATT-TTG
557 TAGAAGCGTG-AAAA-CCCTTCAATTTTTTTGTCGTTGAAAATAGTTTTTC--GTCAAATTGTGG
* **
11119 C-AAAATTTTAGCCG
618 CAAAAAATTTAGCAA
*
11133 AAATCGTGTACTTTTTTTTCCAACGAAATCGTGTACTAACTATCATGGTTTTTTTTTTGGCTAAA
1 AAATCGTGTACTTTTTTTTCC-ACGAAATCGTGTACTAACCATCATGG----TTTTTTGGCTAAA
*
11198 AACGCATTCCGGAGTCCCGCACAATTTTGCATGATTTTTGGCGTAAAGACTCCTTGAAATATCTA
61 AACGCATTCCGGAGTCCCGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCG-AAAGACTCCTTGAAATATCTA
* *
11263 TATTCAATGTACCAAATCTCAGCCACGTTGTATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCT
125 TATTC-ATGTACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCT
* * *
11328 TATTTTTG-TTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCATGAACA
189 T-TTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA
* *
11392 GCCTGTCAATTTTTATGGCATTGAATTATATATTTTTTCTAAATATTTTGCAAAAAATTGAGAAA
253 GCC-GCCAATTTTT-TGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTAAATATTTTGCAAAAAATTGAGAAA
*
11457 AA-CTTCTCGAGTTAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACT-CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGC
316 AACCTTCTCGAGTTAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACTACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGC
* *
11520 GTTTCGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATAGCTATATTC
381 GTTTCGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
* *
11585 ATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTT
446 ATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTATT
* * *
11650 TCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAGAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAGCCA
511 TCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAA-AAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCT
* * * * * * *
11715 TCAATCTGTTTGGT-GTTAAATTAAATATTTTTTC-TGAGTATTGTGGC-AAAAATTGAG-AA
575 TCAAT-TTTTTTGTCGTT-GA--AAATAGTTTTTCGTCA-AATTGTGGCAAAAAATTTAGCAA
* ** ** * ** * *
11774 TAAACGTTTCGGGT-CAGTTTTTAGC-CGAAACCGTGTACTAACCATCACAG-CTTTTGGTTAAA
1 -AAA----TCGTGTACTTTTTTTTCCACGAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTTGGCTAAA
* *** * * * * * *
11836 AACG-AGTTTCATTGCCCCGGCTTAGTTTTGAATGACTTTTGGCAGAAAGACTCCTAGAAATATC
61 AACGCA-TTCCGGAGTCCC-GCTCAATTTTGCATGATTTTTGGC-GAAAGACTCCTTGAAATATC
* * * * * * * * *
11900 TATATTCATCTAACCAGATCTCAGCCACAATGGATTTAACGATTT-TATTTTATGAGCAGCTGTA
123 TATATTCATGT-ACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGGATTTGT-TTTTACGAGCATCTGAA
* *
11964 TCTTTATTAT-GATTTAATTAGAAATGAATTCGGAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTG
186 TCTTT-TT-TCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTG
* * ** * * *
12028 AAAAACCCCCTTTTTTTTGTCGTTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAATTGAG
249 AAAAGCCGCCAATTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTAAATATT-TTGCAAAAAATTGA-
* * * * *
12093 GAAAAACCTTTCGGGTCAAATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCATGGTTT
312 GAAAAACC-TTC---TC-GA-GTT---AATTTTTAGCCGAAATCGTGTACT-ACCATCACGG---
* * * * *
12158 TTTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGAGTCCC-GCACAATTTTGCATGATTTTTGGC-GTAAAGA
364 --TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGG-GCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAG-AAAGA
* * ** *
12221 CTCATTGAAATATCTATATTCAATGT-ACCAAATCTCAGCCACGTTGTATATAAGGATTTGTTTT
425 CTCCTTGAAATATCTATATTC-ATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGTATTTAAGGATTTGTTTT
* * * *
12285 TACGAGCATATGAATC-TTATTTCGATTTAATT-----T-CA-T--G---------GAAAATCGA
489 TACGAGCATCTCAATCTTTATTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGGAAAAAAAAAGAAAAACGA
* * * * * *
12331 TGTTTGAAGCATGAACAACTCGTCAAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATAGTTTTTC-T-AAATA
554 TATTAGAAGCGTGAA-AACCCTTC-AATTTTTTTGTCGTTGAA--A-ATAGTTTTTCGTCAAAT-
* * *
12394 TTTTGCAAAAAAATTGAG-AA
613 TGTGGC-AAAAAATTTAGCAA
* * * * *
12414 AAA-CTTTTCGAGTTAGTTTTTACC-CGAAATCGTGTACTAACCATCACGG-TTTTTGGCTAAAA
1 AAATCGTGT--ACTT--TTTTTTCCACGAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTTGGCTAAAA
* * * * *
12476 ACGCGTTTCGG-GCCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATAGCTA
62 ACGCATTCCGGAGTCCCG-CTCAATTTTGCATGATTTTTGGC-GAAAGACTCCTTGAAATATCTA
* * * * *
12540 TATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCT
125 TATTCATGT-ACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCT
* * * *
12605 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTAGGAAAAAAA-AGAAAAACGATATTAGAAGCGTTAAAA
189 TT-TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAA
* ** * * * * *
12669 CCCTACAATTTTTTGGCGTTGAATTATTTATTCTTTCTAAGTATTGTGCAAAAAAATTTAGGAAA
253 GCCGCCAATTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTAAATATTTTGC-AAAAAATTGA-GAAA
* * * * * * *
12734 AATCCTTCGGGACAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTGC
316 AA-CCTTC---TCGA--GTT---AATTTTTAGCCGAAATCGTGTACT-ACCATCACGGTTTTTGG
* * * * * *
12799 CTAAAAACGCGTTCCGTAGTCTCGGCTCAATTTTGCATGGTTTTT-GCAGCAAAGACTCCTTGAA
371 CTAAAAACGCGTTTCG-GGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAG-AAAGACTCCTTGAA
* * * *
12863 ATATCTATATTCATCGAACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGAATTTGTTTTTACGAGCATC
434 ATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC
* * * *
12928 TAAATCTTT-TTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCGGAAAAAAAATAATAGAAAACCGATATTAG
499 TCAATCTTTATTTCGATTTAATTAGAAATAAATTCGG--AAAAAA-AA-AGAAAAACGATATTAG
* * * * * * *
12992 AAGTGTGAAAAGCCATCAATCTGTTTG-CTGTTGAATTATATA-TTCTTTC-TGAGTATTGTGGC
560 AAGCGTGAAAACCCTTCAATTTTTTTGTC-GTTGAA--A-ATAGTT-TTTCGTCA-AATTGTGGC
*
13054 -AAAAATTGAG-ATTA
619 AAAAAATTTAGCA--A
* * ** ** ** *
13068 AACGTTTCGGGT-CAGTTTTTAGC-CGAAATCGTGTACTAACCATCACAG-TTTTTGGTTAAAAA
1 AA---ATCGTGTACTTTTTTTTCCACGAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTTGGCTAAAAA
** * * * * *
13130 CG-AGTTTCATG-GCCCCGACTTAGTTTTGAATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTAGAAATATCT
63 CGCA--TTCCGGAGTCCCG-CTCAATTTTGCATGATTTTTGGC-GAAAGACTCCTTGAAATATCT
* * * * *
13193 ATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACAATGTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATC
124 ATATTCATGT-ACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATC
* * * *
13258 TTTGTTTCGATTTAAATAGAAATAAATTCGGGAAAAAAAAGGAGAAACGATATTAGAAGCGTGAA
188 TTT-TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAA
* ** * * * * * * *
13323 AACCCTACAATTTTTTTTGCGTTGAATTATTTATTCTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAATTTAG
251 AAGCCGCCAA-TTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTAAATATT-TTGC-AAAAAATTGA-
* * * * * *
13388 GAAAAACCCTTCGGGTCAATTTTCGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGAACTAACCATCACGATTT
312 GAAAAA-CCTTC---TCGA-GTT----AATTTTTAGCCGAAATCGTGTACT-ACCATCACGGTTT
* * * * * * *
13453 TTGCCTAAAAACGCGTTCCGGAGTCTCGGTTCAATTTTGCATGATTTTT-GCCGCAAAGACTCCT
367 TTGGCTAAAAACGCGTTTCGG-GCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAG-AAAGACTCCT
* *
13517 TGAAATATCTATATTCATCGAGA-CAAATCTCAACCAC
430 TGAAATATCTATATTCATCTA-ACCAAATCTCAGCCAC
Statistics
Matches: 2562, Mismatches: 346, Indels: 314
0.80 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
632 29 0.01
633 108 0.04
634 4 0.00
636 5 0.00
637 148 0.06
638 219 0.09
639 339 0.13
640 192 0.07
641 13 0.01
642 51 0.02
643 152 0.06
644 55 0.02
645 14 0.01
646 6 0.00
647 8 0.00
648 5 0.00
649 1 0.00
650 28 0.01
651 12 0.00
652 25 0.01
653 98 0.04
654 313 0.12
655 146 0.06
656 182 0.07
657 197 0.08
658 208 0.08
659 4 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (632 bp):
AAATCGTGTACTTTTTTTTCCACGAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTTTGGCTAAAAACGC
ATTCCGGAGTCCCGCTCAATTTTGCATGATTTTTGGCGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCA
TGTACCAAATCTCAGCCACATTGTATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTTTTTCG
ATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAAGCCGCCAA
TTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTAAATATTTTGCAAAAAATTGAGAAAAACCTTCTCG
AGTTAATTTTTAGCCGAAATCGTGTACTACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGCC
CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAA
ATCTCAGCCACAATGTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTATTTCGATTTAAT
TAGAAATAAATTCGGAAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCTTCAATTTTTTT
GTCGTTGAAAATAGTTTTTCGTCAAATTGTGGCAAAAAATTTAGCAA
Found at i:13244 original size:654 final size:656
Alignment explanation
Indices: 12368--13553 Score: 1990
Period size: 658 Copynumber: 1.8 Consensus size: 656
12358 TTTTTTTGGC
* * *
12368 GTTGAATTATATAGTTTTTCTAAATATTTTGCAAAAAAATTGAGAAAAACTTTTCGAGTTAGTTT
1 GTTGAATTATATAGTTTTTCTAAATATTTGGC-AAAAAATTGAGAAAAACGTTTCGAGTCAGTTT
* *
12433 TTACCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCCCGACTCA
65 TTACCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGAGTTTCGGGCCCCGACTCA
* *
12498 GTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATAGCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGT
130 GTTTTGAATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTAGAAATAGCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGT
*
12563 CACAATGTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGAAATA
195 CACAATGTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAAATAGAAATA
*
12628 AATT-AGGAAAAAAAA-GAAAAACGATATTAGAAGCGTTAAAACCCTACAA-TTTTTTGGCGTTG
260 AATTCAGGAAAAAAAAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCTACAATTTTTTTGGCGTTG
* *
12690 AATTATTTATTCTTTCTAAGTATTGT-GCAAAAAAATTTAGGAAAAATCCTTCGGGACAATTTTT
325 AATTATTTATTCTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAAATTTAGGAAAAACCCTTCGGGACAATTTTC
* *
12754 GCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTGCCTAAAAACGCGTTCCGTAGT
390 GCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGAACTAACCATCACGATTTTTGCCTAAAAACGCGTTCCGGAGT
*
12819 CTCGGCTCAATTTTGCATGGTTTTTGCAGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGA-ACC
455 CTCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGCAGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAGA-C
*
12883 AAATCTCAGCCACATTGTATATAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTTTTTCGATTTAA
519 AAATCTCAACCACATTGTATATAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTTTTTCGATTTAA
12948 TTAAAAATTAATTCGGAAAAAAAATAATAGAAAACCGATATTAGAAGTGTGAAAAGCCATCAATC
584 TTAAAAATTAATTCGGAAAAAAAATAATAGAAAACCGATATTAGAAGTGTGAAAAGCCATCAATC
13013 TGTTTGCT
649 TGTTTGCT
* * * *
13021 GTTGAATTATATA-TTCTTTCTGAGTATTGTGGC-AAAAATTGAGATTAAACGTTTCGGGTCAGT
1 GTTGAATTATATAGTT-TTTCTAAATATT-TGGCAAAAAATTGAGA-AAAACGTTTCGAGTCAGT
* * *
13084 TTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGTTAAAAACGAGTTTCATGGCCCCGAC
63 TTTTACCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGAGTTTC-GGGCCCCGAC
* *
13149 TTAGTTTTGAATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTAGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTC
127 TCAGTTTTGAATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTAGAAATAGCTATATTCATCTAACCAAATCTC
13214 AGTCACAATGTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAAATAGAA
192 AGTCACAATGTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAAATAGAA
* * *
13279 ATAAATTCGGGAAAAAAAAGGAGAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCTACAATTTTTTTTGCG
257 ATAAATTCAGGAAAAAAAAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCTACAATTTTTTTGGCG
* *
13344 TTGAATTATTTATTCTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAATTTAGGAAAAACCCTTCGGGTCAATT
322 TTGAATTATTTATTCTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAAATTTAGGAAAAACCCTTCGGGACAATT
13409 TTCGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGAACTAACCATCACGATTTTTGCCTAAAAACGCGTTCCGG
387 TTCGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGAACTAACCATCACGATTTTTGCCTAAAAACGCGTTCCGG
* *
13474 AGTCTCGGTTCAATTTTGCATGATTTTTGCCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAG
452 AGTCTCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGCAGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAG
13539 ACAAATCTCAACCAC
517 ACAAATCTCAACCAC
Statistics
Matches: 493, Mismatches: 31, Indels: 13
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
652 13 0.03
653 87 0.18
654 144 0.29
655 10 0.02
656 32 0.06
657 37 0.08
658 169 0.34
659 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.16, T:0.34
Consensus pattern (656 bp):
GTTGAATTATATAGTTTTTCTAAATATTTGGCAAAAAATTGAGAAAAACGTTTCGAGTCAGTTTT
TACCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGAGTTTCGGGCCCCGACTCAG
TTTTGAATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTAGAAATAGCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGTC
ACAATGTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAAATAGAAATAA
ATTCAGGAAAAAAAAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCTACAATTTTTTTGGCGTTGA
ATTATTTATTCTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAAATTTAGGAAAAACCCTTCGGGACAATTTTCG
CAAAATTTTAGCCAAAATCGTGAACTAACCATCACGATTTTTGCCTAAAAACGCGTTCCGGAGTC
TCGGCTCAATTTTGCATGATTTTTGCAGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAGACAA
ATCTCAACCACATTGTATATAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTTTTTCGATTTAATT
AAAAATTAATTCGGAAAAAAAATAATAGAAAACCGATATTAGAAGTGTGAAAAGCCATCAATCTG
TTTGCT
Found at i:13384 original size:324 final size:318
Alignment explanation
Indices: 9920--13548 Score: 2822
Period size: 322 Copynumber: 11.2 Consensus size: 318
9910 GCAGTCACGG
* * *
9920 CTCAATTTTGCATGATTTTTGGC-GTAAAGACTCCTTGAAATATATATATTTATCGT-ACCAAAT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAG-AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATC-TAACCAAAT
* ** * * * * * *
9983 CTCAGCCACGTTGTATATAAAGATTTGGTTTTACGAGCATATGAATC-TTATTTCGATTTAATTA
64 CTCAGTCACAATGTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTA
* * * **
10047 GAAATTAATTC---AAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAACAGCCCGCCAATTTTTT
129 GAAATAAATTCGGGAAAAAAAA--GAGAAACGATATTAGAAGCGTGAA-AACCCTACAA--TTTT
* * * * *
10109 TTGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTAAATATT-TTGC-AAAAAATAGAGAAAAACTTTTCGAGT
189 TTGGCGTTGAATTATATATTCTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAAATTGAGAAAAAC-TTTCGGGT
* * * * *
10172 TACTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATAACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTTCGGGCCCC
253 CAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC-GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCTGGCCCC
*
10237 GG
317 GA
* * *
10239 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAAAAAGACTCCCTGAAATAGCTATATTCATCTAACCAAATCT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
* *
10304 CAGTCACAATGTATTTAAGCATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAAATAGA
66 CAGTCACAATGTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGA
* * * **
10369 AATAAAATT-GGAAAAAAAAAAGAAAAACGATATAAGAAGCGTGAAAACCCTACAATTTTTTTTC
131 AAT-AAATTCGG-GAAAAAAAAGAGAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCTACAA-TTTTTTGG
* * * *
10433 CGTTGAATTATTTATTCTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAAATT-AGGAAAAACCCTTCGGCTCA
193 CGTTGAATTATATATTCTTTCTAAGTATTGTGGC-AAAAAAATTGA-GAAAAA-CTTTCGGGTC-
* * * * ** *
10497 ATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGAACTAACCATCATGATTTTTTACCTAAAAACGCGAT
254 A-----G----TTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACG--TTTTTGGCTAAAAACGCGTT
* * * ** *
10562 CCAGAGTCTTGG
308 TCTG-GCCCCGA
* * * * *
10574 TTCAATTTTGCATGATTTTT-GCCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAAACAAATC
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAG-AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATC
* * * * * * * *
10638 TTAGCCACATTGTATATAAGAATTTGTTTTTACGAGTATCTAAATC-TTGTTTCGATTTAAGTA-
65 TCAGTCACAATGTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAG
* * * * * *
10701 ATAATTAATTCAGAAAAAAATAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGTAAAGGCCGT-CAATCTT
130 A-AATAAATTCGGGAAAAAA-AA--GAGAAACGATATTAGAAGCGTG-AAA-ACCCTACAAT-TT
* * * * *
10765 TTTGGCTTTGAATT-T-TTTTTTTTC-AA-TATT-TTGC-AAACAATTGAGAAAAAACCTTTTCG
188 TTTGGCGTTGAATTATATATTCTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAAATTGAG-AAAAA-C-TTTCG
* * *
10824 GGTCAGTTTTCAGCCGAAATCCTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGTTAAAAACGCGTTTCATGG
250 GGTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC-GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC-TGG
* *
10889 CTCCGG
313 CCCCGA
* * * * *
10895 CTTAGTTTTGAATGATTTTTGGCAAAAAGACTCCTAGAAATATCTATATTCATCTAACCAGATCT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
* * * * * ** *
10960 CAGCCACAATGGATTTAACGATTTGATTTTATGAGCATCTGTATCTTTATTAT-GATTTAATTAG
66 CAGTCACAATGTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTT-TCGATTTAATTAG
* * * * **
11024 AAATGAATTC-GGAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAACCCCTTTAATTTTTTT
130 AAATAAATTCGGGAAAAAAA-AGAGAAACGATATTAGAAGCGTG-AAAA-CCCTACAA-TTTTTT
* * * ** * * * ** *
11088 GTCGTTGAA--AAACTTTTCGGGTC-AA--ATT-TTGC--AAAATTTTAGCCGAAA---TCGTGT
191 GGCGTTGAATTATA-TATTC-TTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAAATTGAG-AAAAACTTTCGGGT
** ** * * * *
11142 ACTTTTTTTTCCAACGAAATCGTGTACTAACTATCATGGTTTTTTTTTTGGCTAAAAACGCATTC
253 -CAGTTTTTAGC--CGAAATCGTGTACTAACCATCA-CG-----TTTTTGGCTAAAAACGCGTTT
* *
11207 CGGAGTCCCG-
309 CTG-GCCCCGA
* * *
11217 CACAATTTTGCATGATTTTTGGC-GTAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAATGT-ACCAAAT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAG-AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTC-ATCTAACCAAAT
* ** * * * *
11280 CTCAGCCACGTTGTATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCTTAT-TTTTG-TTTAATT
64 CTCAGTCACAATGTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTT-TGTTTCGATTTAATT
* * * * * * *
11343 AGAAATTAATTC-GGAAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCATGAACAGCCTGTCAATTTTTA
128 AGAAATAAATTCGGGAAAAAAA-AGAGAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCT-ACAATTTTT-
* * * * * *
11407 TGGCATTGAATTATATATTTTTTCTAAATATT-TTGC-AAAAAATTGAGAAAAACTTCTCGAGTT
190 TGGCGTTGAATTATATATTCTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAAATTGAGAAAAACTT-TCGGGTC
*
11470 AGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACT--CCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCCCG
254 AGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC-GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCTGGCCCCG
*
11533 G
318 A
* *
11534 CTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATAGCTATATTCATCTAACCAAATCT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
11599 CAGTCACAATGTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGA
66 CAGTCACAATGTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGA
* * * * *
11664 AATAAATTCGGAAAAGAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGTGTGAAAAGCC-ATCAATCTGTTTGG
131 AATAAATTCGGGAAA-AAAAAGAGAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCTA-CAAT-TTTTTGG
* * * * *
11728 TGTTAAATTAAATATTTTTTCTGAGTATTGTGGC--AAAAATTGAGAATAAACGTTTCGGGTCAG
193 CGTTGAATTATATATTCTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAAATTGAGAA-AAAC-TTTCGGGTCAG
* * * * * *
11791 TTTTTAGCCGAAACCGTGTACTAACCATCACAGCTTTTGGTTAAAAACGAGTTTCATTGCCCCGG
256 TTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC-GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC-TGGCCCCGA
* * * * *
11856 CTTAGTTTTGAATGACTTTTGGCAGAAAGACTCCTAGAAATATCTATATTCATCTAACCAGATCT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
* * * * * ** *
11921 CAGCCACAATGGATTTAACGATTT-TATTTTATGAGCAGCTGTATCTTTATTAT-GATTTAATTA
66 CAGTCACAATGTATTTAAGGATTTGT-TTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTT-TCGATTTAATTA
* * * * * **
11984 GAAATGAATTC-GGAAAAAAATGGAAAAATGATATTAGAAGCGTGAAAAACCC-CCTTTTTTTTG
129 GAAATAAATTCGGGAAAAAAA-AGAGAAACGATATTAGAAGCGTG-AAAACCCTACAATTTTTTG
* *
12047 TCGTTGAATTATATATTTTTTCTAAGTATTGTGGC-AAAAAATTGAGGAAAAACCTTTCGGGTCA
192 GCGTTGAATTATATATTCTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAAATTGA-GAAAAA-CTTTCGGGTC-
* * *
12111 AATTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACTATCATGGTTTTTTTTTTGGCTAAAAACG
254 -A----G----TTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCA-CG-----TTTTTGGCTAAAAACG
* * * *
12176 CATTCCGGAGTCCCG-
304 CGTTTCTG-GCCCCGA
* * * *
12191 CACAATTTTGCATGATTTTTGGC-GTAAAGACTCATTGAAATATCTATATTCAATGT-ACCAAAT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAG-AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTC-ATCTAACCAAAT
* ** * * * *
12254 CTCAGCCACGTTGTATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATC-TTATTTCGATTTAATT-
64 CTCAGTCACAATGTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTA
* * * * * *
12317 ----T-CA-T--GG-------A-A-AATCGATGTTTGAAGCATGAACAACTCGT-CAAATTTTTT
129 GAAATAAATTCGGGAAAAAAAAGAGAAACGATATTAGAAGCGTGAA-AAC-CCTAC-AA-TTTTT
* * *
12364 TGGCGTTGAATTATATAGTT-TTTCTAAATATT-TTGCAAAAAAATTGAGAAAAACTTTTCGAGT
190 TGGCGTTGAATTATATA-TTCTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAAATTGAGAAAAAC-TTTCGGGT
* * *
12427 TAGTTTTTACCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGCCCC
253 CAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC-GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCTGGCCCC
12492 GA
317 GA
*
12494 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATAGCTATATTCATCTAACCAAATCT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
12559 CAGTCACAATGTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGA
66 CAGTCACAATGTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGA
* * *
12624 AATAAATT-AGGAAAAAAAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTTAAAACCCTACAATTTTTTGGCGT
131 AATAAATTCGGGAAAAAAAAGAGAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCTACAATTTTTTGGCGT
* * *
12688 TGAATTATTTATTCTTTCTAAGTATTGT-GCAAAAAAATTTAGGAAAAATCCTTCGGGACAATTT
196 TGAATTATATATTCTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAAATTGA-GAAAAA-CTTTCGGG-------
** * * * *
12752 TTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTTTGCCTAAAAACGCGTTCCGTA
252 -T-C-AGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC-TG
* * *
12817 GTCTCGG
312 GCCCCGA
* * *
12824 CTCAATTTTGCATGGTTTTT-GCAGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATC
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAG-AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATC
* * * * * *
12888 TCAGCCACATTGTATATAAGAATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTT-TTTCGATTTAATTAA
65 TCAGTCACAATGTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAG
* * * * * *
12952 AAATTAATTCGGAAAAAAAATAATAGAAAACCGATATTAGAAGTGTGAAAAGCC-ATCAATCTGT
130 AAATAAATTCGG-GAAAAAA-AAGAG-AAA-CGATATTAGAAGCGTGAAAACCCTA-CAAT-TTT
* *
13016 TT-GCTGTTGAATTATATATTCTTTCTGAGTATTGTGGC--AAAAATTGAGATTAAACGTTTCGG
189 TTGGC-GTTGAATTATATATTCTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAAATTGAGA-AAAAC-TTTCGG
* *
13078 GTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGTTAAAAACGAGTTTCATGGC
251 GTCAGTTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCAC-GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTC-TGGC
13143 CCCGA
314 CCCGA
* * *
13148 CTTAGTTTTGAATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTAGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
*
13213 CAGTCACAATGTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAAATAGA
66 CAGTCACAATGTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGA
*
13278 AATAAATTCGGGAAAAAAAAGGAGAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCTACAATTTTTTTTGC
131 AATAAATTCGGGAAAAAAAA-GAGAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCTACAA-TTTTTTGGC
* * * *
13343 GTTGAATTATTTATTCTTTCTGAGTATTGTGGCAAAAAAATTTAGGAAAAACCCTTCGGGTCAAT
194 GTTGAATTATATATTCTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAAATTGA-GAAAAA-CTTTCGGGTC-A-
* * * * * *
13408 TTTCGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGAACTAACCATCACGATTTTTGCCTAAAAACGCGTTCCG
255 ----G----TTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACG-TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCT
* * *
13473 GAGTCTCGG
311 G-GCCCCGA
* * * *
13482 TTCAATTTTGCATGATTTTT-GCCGCAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAGA-CAAAT
1 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAG-AAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTA-ACCAAAT
13545 CTCA
64 CTCA
13549 ACCAC
Statistics
Matches: 2676, Mismatches: 428, Indels: 397
0.76 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
302 8 0.00
303 115 0.04
304 16 0.01
308 28 0.01
309 1 0.00
310 1 0.00
311 1 0.00
312 3 0.00
315 7 0.00
316 33 0.01
317 127 0.05
318 143 0.05
319 254 0.09
320 146 0.05
321 285 0.11
322 377 0.14
323 69 0.03
324 209 0.08
325 34 0.01
326 10 0.00
327 8 0.00
328 2 0.00
329 76 0.03
330 113 0.04
331 43 0.02
332 14 0.01
333 55 0.02
334 205 0.08
335 220 0.08
336 51 0.02
337 19 0.01
338 3 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (318 bp):
CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCAGAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCT
CAGTCACAATGTATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTCAATCTTTGTTTCGATTTAATTAGA
AATAAATTCGGGAAAAAAAAGAGAAACGATATTAGAAGCGTGAAAACCCTACAATTTTTTGGCGT
TGAATTATATATTCTTTCTAAGTATTGTGGCAAAAAAATTGAGAAAAACTTTCGGGTCAGTTTTT
AGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCTGGCCCCGA
Done.