Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01010325.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig10357, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6452
ACGTcount: A:0.31, C:0.20, G:0.17, T:0.32
Found at i:108 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 42--373 Score: 457
Period size: 28 Copynumber: 11.7 Consensus size: 28
32 AGTGCACTTG
** * * *
42 AAATGACTGAAATACCCCTAGATGTGCAA
1 AAATGACCAAAATGCCCCTGGATATGC-A
* *
71 AAATGACCAAAACGCCCCCGGATATGCA
1 AAATGACCAAAATGCCCCTGGATATGCA
99 AAATGACCAAAATGCCCCTGGATATGCA
1 AAATGACCAAAATGCCCCTGGATATGCA
*
127 AAATGACCAAAATGCCCCTTGGATGTGCA
1 AAATGACCAAAATGCCCC-TGGATATGCA
*
156 AAATGACCAAAATGCTCCTGGATATGCA
1 AAATGACCAAAATGCCCCTGGATATGCA
*
184 AAATGACCAAAATGCCCCCGGATATGCA
1 AAATGACCAAAATGCCCCTGGATATGCA
*
212 AAATGACCAAAATGCCCCTGGATGTGCA
1 AAATGACCAAAATGCCCCTGGATATGCA
* *
240 AAAGGACTAAAATGCCCCTTGGATATGCA
1 AAATGACCAAAATGCCCC-TGGATATGCA
* *
269 AAAGTGACTAAAATGTCCCCTGGATGTGCA
1 AAA-TGACCAAAATG-CCCCTGGATATGCA
* *
299 AACTGACTAAAATGCCCCTGGATATGCA
1 AAATGACCAAAATGCCCCTGGATATGCA
327 AAATGACCAAAATGCCCCTGGATATGCA
1 AAATGACCAAAATGCCCCTGGATATGCA
*
355 AAATGACCAAAGTGCCCCT
1 AAATGACCAAAATGCCCCT
374 TGAAGTGGCC
Statistics
Matches: 273, Mismatches: 26, Indels: 9
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
28 179 0.66
29 69 0.25
30 21 0.08
31 4 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.25, G:0.19, T:0.19
Consensus pattern (28 bp):
AAATGACCAAAATGCCCCTGGATATGCA
Found at i:185 original size:85 final size:84
Alignment explanation
Indices: 42--373 Score: 475
Period size: 85 Copynumber: 3.9 Consensus size: 84
32 AGTGCACTTG
** * * * *
42 AAATGACTGAAATACCCCTAGATGTGCAAAAATGACCAAAACGCCCCCGGATATGCAAAATGACC
1 AAATGACCAAAATGCCCCTGGATGTGC-AAAATGACCAAAATGCCCCTGGATATGCAAAATGACC
107 AAAATGCCCCTGGATATGCA
65 AAAATGCCCCTGGATATGCA
*
127 AAATGACCAAAATGCCCCTTGGATGTGCAAAATGACCAAAATGCTCCTGGATATGCAAAATGACC
1 AAATGACCAAAATGCCCC-TGGATGTGCAAAATGACCAAAATGCCCCTGGATATGCAAAATGACC
*
192 AAAATGCCCCCGGATATGCA
65 AAAATGCCCCTGGATATGCA
* *
212 AAATGACCAAAATGCCCCTGGATGTGCAAAAGGACTAAAATGCCCCTTGGATATGCAAAAGTGAC
1 AAATGACCAAAATGCCCCTGGATGTGCAAAATGACCAAAATGCCCC-TGGATATGCAAAA-TGAC
* *
277 TAAAATGTCCCCTGGATGTGCA
64 CAAAATG-CCCCTGGATATGCA
* * *
299 AACTGACTAAAATGCCCCTGGATATGCAAAATGACCAAAATGCCCCTGGATATGCAAAATGACCA
1 AAATGACCAAAATGCCCCTGGATGTGCAAAATGACCAAAATGCCCCTGGATATGCAAAATGACCA
*
364 AAGTGCCCCT
66 AAATGCCCCT
374 TGAAGTGGCC
Statistics
Matches: 222, Mismatches: 21, Indels: 9
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
84 30 0.14
85 108 0.49
86 31 0.14
87 53 0.24
ACGTcount: A:0.38, C:0.25, G:0.19, T:0.19
Consensus pattern (84 bp):
AAATGACCAAAATGCCCCTGGATGTGCAAAATGACCAAAATGCCCCTGGATATGCAAAATGACCA
AAATGCCCCTGGATATGCA
Found at i:5512 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 5472--5652 Score: 242
Period size: 28 Copynumber: 6.5 Consensus size: 28
5462 AAGGTTCTTG
*
5472 AAATGACCAAAATGCCCCTGGGT-GTACA
1 AAATGACCAAAATGCCCCT-GGTCATACA
*
5500 AAATGACCAAAATGCCCCTGGTCATGCA
1 AAATGACCAAAATGCCCCTGGTCATACA
*
5528 AAATGACCAAAATGCCCCTAGGT-GTACA
1 AAATGACCAAAATGCCCCT-GGTCATACA
*
5556 AAATGACCAAAATGCCCCTGGTCATGCA
1 AAATGACCAAAATGCCCCTGGTCATACA
* *
5584 AAATGACCAAAATGCCTCTGGAT-GTACA
1 AAATGACCAAAATGCCCCTGG-TCATACA
* *
5612 AAATGACCAAAATGCCCATGGTCATGCA
1 AAATGACCAAAATGCCCCTGGTCATACA
5640 AAATGACCAAAAT
1 AAATGACCAAAAT
5653 AACAGTAAAT
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 13, Indels: 10
0.85 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
27 7 0.05
28 124 0.92
29 4 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.25, G:0.18, T:0.18
Consensus pattern (28 bp):
AAATGACCAAAATGCCCCTGGTCATACA
Found at i:5558 original size:56 final size:55
Alignment explanation
Indices: 5472--5652 Score: 317
Period size: 56 Copynumber: 3.2 Consensus size: 55
5462 AAGGTTCTTG
5472 AAATGACCAAAATGCCCCTGGGTGTACAAAATGACCAAAATGCCCCTGGTCATGCA
1 AAATGACCAAAATGCCCCT-GGTGTACAAAATGACCAAAATGCCCCTGGTCATGCA
5528 AAATGACCAAAATGCCCCTAGGTGTACAAAATGACCAAAATGCCCCTGGTCATGCA
1 AAATGACCAAAATGCCCCT-GGTGTACAAAATGACCAAAATGCCCCTGGTCATGCA
* *
5584 AAATGACCAAAATGCCTCTGGATGTACAAAATGACCAAAATGCCCATGGTCATGCA
1 AAATGACCAAAATGCCCCTGG-TGTACAAAATGACCAAAATGCCCCTGGTCATGCA
5640 AAATGACCAAAAT
1 AAATGACCAAAAT
5653 AACAGTAAAT
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 3, Indels: 2
0.96 0.02 0.02
Matches are distributed among these distances:
55 2 0.02
56 119 0.98
ACGTcount: A:0.39, C:0.25, G:0.18, T:0.18
Consensus pattern (55 bp):
AAATGACCAAAATGCCCCTGGTGTACAAAATGACCAAAATGCCCCTGGTCATGCA
Done.