Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01010341.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig10373, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2547
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.15, T:0.34
Found at i:626 original size:330 final size:330
Alignment explanation
Indices: 1--957 Score: 1244
Period size: 330 Copynumber: 2.9 Consensus size: 330
* * *
1 GTCGGGGACCCAGGAACACGTTTTTAGCTAAAAAACTGTGATGGTTTGTACACGATTTCGGACAA
1 GTCGGGG-CCTAGGAACACGTTTTTAGC-CAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAA
* *
66 AATTTTCCAAAAACTGTCCCGAAAAATGTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCA-AAAAAATA
64 AATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATA
* * *
130 TATAACTCGATGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCATGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCC
129 TATAACTCAACGCCAAAAAAAATTAAGGGCTTTTCATGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCC
* * *
195 GAATTAATTTCTAAATAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTGAACCGAT
194 GAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGAT
* * * * *
260 TTTAGTTGAGATTTGGTTCGACGAACACAGATATTTTAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCATCCA
259 TGTAGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTTTAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCATCCA
325 AAACTGT
324 AAACTGT
* * * **
332 GTCGGGGCCTAGGAACGCGTTTTTAACCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGACTTCGCCCAAAA
1 GTCGGGGCCTAGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAA
** * *
397 TTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCGGTTTTTGGCTAAAATACTCATAAAAAATATA
66 TTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATA
* * *
462 TAACACAACGCCAAAAAAAATTAAAGGCTTTTCATGTTTATAATATTGTTTTTCCTATTTTCCGA
131 TAACTCAACGCCAAAAAAAATTAAGGGCTTTTCATGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGA
*
527 ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTAAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTG
196 ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTG
* * *
592 TTGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATATATATTTTAAGGAGCCTTGCTGGCAAAAATCATCCAAA
261 TAGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTTTAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCATCCAAA
657 ACTGT
326 ACTGT
* * ** * *
662 GTCGGTGCCTAGGAACCCGTTTTTAGATAAAAATTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAA
1 GTCGGGGCCTAGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAA
*
727 TTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGG-CACAACACTCATAAAAAATATA
66 TTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATA
* * * * * * * * *
791 CAATTCAA-GTCC-AAATAGATTGAAGGGCTTTACACGCTTCA-ATTATCATTTTTCCTATTTTT
131 TAACTCAACG-CCAAAAAAAATT-AAGGGCTTTTCATG-TTTATAATATCGTTTTTCCTA---TT
* * * * ** *
853 TTCCGGATTAATTTTTAATTAAATTGAAGCACT-ATTCAGATGCTCG-AAAAAATAAATCCTTAA
190 TTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACA-TAATTCAGATGCTCGTAAAACCT-TATCCTTAA
* * * *
916 ATCCAATGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAATATAGATATTT
253 ATCGATTGTAGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTT
958 CAATGACACT
Statistics
Matches: 546, Mismatches: 71, Indels: 17
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
328 8 0.01
329 131 0.24
330 309 0.57
331 12 0.02
332 85 0.16
333 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (330 bp):
GTCGGGGCCTAGGAACACGTTTTTAGCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAA
TTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATA
TAACTCAACGCCAAAAAAAATTAAGGGCTTTTCATGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGA
ATTAATTTCTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTG
TAGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTTTAAGGAGTCTTGCTGGCAAAAATCATCCAAA
ACTGT
Found at i:1204 original size:284 final size:280
Alignment explanation
Indices: 694--1252 Score: 1073
Period size: 284 Copynumber: 2.0 Consensus size: 280
684 TTAGATAAAA
694 ATTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCT
1 ATTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCT
759 CAATTTTTGGCACAACACTCATAAAAAATATACAATTCAAGTCCAAATAGATTGAAGGGCTTTAC
66 CAATTTTTGGCACAACACTCATAAAAAATATACAATTCAAGTCCAAATAGATTGAAGGGCTTTAC
824 ACGCTTCAATTATCATTTTTCCTATTTTTTTCCGGATTAATTTTTAATTAAATTGAAGCACTATT
131 ACGCTTCAATTATCATTTTTCCTATTTTTTTCCGGATTAATTTTTAATTAAATTGAAGCACTATT
*
889 CAGATGCTCGAAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAATATAGAT
196 CAAATGCTCGAAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAATATAGAT
954 ATTTCAATGACACTTCAATT
261 ATTTCAATGACACTTCAATT
974 ATTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCCAAAAACTGTCCCGAAAAAATTTTTC
1 ATTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTG-CAAAAACTGTCCCG-AAAAATTTTTC
1039 CTCAATTTTTGGCACAACACTCATAAAAAATATACAATTCAAGTCCAAATAGATTGAAGGGGCTT
64 CTCAATTTTTGGCACAACACTCATAAAAAATATACAATTCAAGTCCAAATAGATTGAA-GGGCTT
1104 TACACGCTTCAATTATCATTTTTCCTATTTTTTTTCCGGATTAATTTTTAATTAAATTGAAGCAC
128 TACACGCTTCAATTATCATTTTTCCTA-TTTTTTTCCGGATTAATTTTTAATTAAATTGAAGCAC
1169 TATTCAAATGCTCGAAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAATAT
192 TATTCAAATGCTCGAAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAATAT
1234 AGATATTTCAATGACACTT
257 AGATATTTCAATGACACTT
1253 GGCGCCAAAA
Statistics
Matches: 274, Mismatches: 1, Indels: 4
0.98 0.00 0.01
Matches are distributed among these distances:
280 38 0.14
281 14 0.05
282 69 0.25
283 33 0.12
284 120 0.44
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (280 bp):
ATTGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCT
CAATTTTTGGCACAACACTCATAAAAAATATACAATTCAAGTCCAAATAGATTGAAGGGCTTTAC
ACGCTTCAATTATCATTTTTCCTATTTTTTTCCGGATTAATTTTTAATTAAATTGAAGCACTATT
CAAATGCTCGAAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAATATAGAT
ATTTCAATGACACTTCAATT
Found at i:1594 original size:330 final size:329
Alignment explanation
Indices: 976--2547 Score: 1926
Period size: 330 Copynumber: 4.7 Consensus size: 329
966 CTTCAATTAT
*
976 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCCAAAAACTGTCCCGAAAAAATTTTTCCT
1 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAATTTTG-CAAAAACTGTCCCG-AAAAATTTTTCCT
* * * * * *
1041 CAATTTTTGG-CACAACACTCATAAAAAATATACAATTCAAGTCCAAATAGATTGAAGGGGCTTT
64 CAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAAG-CCAAAAAAATTTAA-GGGCTTT
* * * * * * * *
1105 ACACGCTTCA-ATTATCATTTTTCCTATTTTTTTTCCGGATTAATTTTTAATTAAATTGAAGCAC
127 TCATG-TTTATAATATCGTTTTTCCTA----TTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACA-
* ** * * * * * *
1169 T-ATTCAAATGCTCG-AAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAAT
186 TAATTCAGATGCTCGTAAAACCT-TATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAAC
* * * * *
1232 ATAGATATTTCAATGACACTTGGCGCCAAAAATCATGCGAAATTGTGTCGGGGCCCATGAACACG
250 ATAGATATTTCAAGGACACTTAGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACACG
1297 TTTTTAGCCAAAAAC
315 TTTTTAGCCAAAAAC
** *
1312 AATGATGGTTAGTACATGATTTCGGACAAAATTTTGCAAAAACTGTCCC-AAAACATTTTTCCTC
1 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAA-ATTTTTCCTC
* *
1376 AATTTTTGGCCACGATACTCGTAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTC
65 AATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAA-GCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTC
* *
1441 ATGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACATAATTCAG
129 ATGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACATAATTCAG
*
1506 ATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGGACATAGATATT
194 ATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATT
* ** * * *
1571 TTAAGGAGTCTT-GCTAG-CAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGAACTCGTTTTTAG
259 TCAAGGACACTTAGC--GCCAAAAATCATGCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACACGTTTTTAG
*
1634 CCAAAAAT
322 CCAAAAAC
* * * *
1642 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAATTTTCCGAAAACTGTCCCGAAAAATGTTTACTCA
1 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCA
* * *
1707 ATTTTTGGCCACAATACCCATAAATAATATATAACTCGACGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCA
66 ATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTC-AAGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCA
1772 TGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACATAATTCAGA
130 TGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACATAATTCAGA
1837 TGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTT
195 TGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTT
* ** * * * * * * *
1902 TAAGGAGTCTT-GCTGGCAAAAATCATCCAAATCTGTGTCGGGGCCTAGGATCTCGTTTTTAGCA
260 CAAGGACACTTAGC-GCCAAAAATCATGCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACACGTTTTTAGCC
*
1966 AAAAAT
324 AAAAAC
* * *
1972 TGTGATGGTTAGTACACGATTTC-GACAAAAAAATTTGCAAAAACTGTCCCGAAAATTTTTTTCT
1 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGAC--AAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCT
* * * * * * * * *
2036 CAATTTCTGGCCACAACACTCGTAAAAAATATGTAATTCAAGTCCAAATAGATTGAAGGGCTTTA
64 CAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAAG-CCAAAAAAATTTAAGGGCTTTT
* * * * * *
2101 CACGCTTCA-ATTATCGTTTTTCCTATTTTTTCTGGATTAATTTTTAATTAAATCGAAACATTAT
128 CATG-TTTATAATATCGTTTTTCCTA--TTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACATAAT
* ** * ** * * * *
2165 TTAGATGCTCG-AAAAAATAAATCCTTAAATTTAATGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAATATAG
190 TCAGATGCTCGTAAAACCT-TATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAG
* * * *
2229 ATATTTCAATGACACTTAGCGTC-AAAATCATGCAAAACTGTATCGGGGCCCAGGAGCACGTTTT
254 ATATTTCAAGGACACTTAGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACACGTTTT
*
2293 TAGCTAAAAAC
319 TAGCCAAAAAC
* *
2304 TGTGATGGTTAATACACGATTTTGGACAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAAATTTTTCCTC
1 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCG-AAAAATTTTTCCTC
* *
2369 AATTTTTGGCCACAATACTCATAACAAATATATAACTCAATGCCAAGAAAATTTAAGGGCTTTTC
65 AATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAA-GCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTC
*
2434 ATGTTTATAATATCGTTTTCCCTATTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACATAATTCAG
129 ATGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACATAATTCAG
2499 ATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTA
194 ATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTA
Statistics
Matches: 1071, Mismatches: 141, Indels: 54
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
329 7 0.01
330 537 0.50
331 139 0.13
332 153 0.14
333 108 0.10
334 45 0.04
335 49 0.05
336 33 0.03
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (329 bp):
TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAATTTTTCCTCA
ATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAACTCAAGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTCAT
GTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACATAATTCAGAT
GCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTTC
AAGGACACTTAGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGTGTCGGGGCCCAGGAACACGTTTTTAGCCAA
AAAC
Found at i:2443 original size:663 final size:657
Alignment explanation
Indices: 976--2547 Score: 1966
Period size: 663 Copynumber: 2.4 Consensus size: 657
966 CTTCAATTAT
*
976 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCCAAAATTTTGCCAAAAACTGTCCCGAAAAAATTTTTCCT
1 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAATTTTG-CAAAAACTGTCCCGAAAAAATTTTTCCT
* * * * *
1041 CAATTTTTGG-CACAACACTCATAAAAAATATACAATTCAAGTCCAAATAGATTGAAGGGGCTTT
65 CAATTTTTGGCCACAATACTCAT-AAAAATATATAACTCAAG-CCAAA-AAATTTAA-GGGCTTT
* * * * * * * *
1105 ACACGCTTCA-ATTATCATTTTTCCTATTTTTTTTCCGGATTAATTTTTAATTAAATTGAAGCAC
126 TCATG-TTTATAATATCGTTTTTCCTA----TTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACA-
* ** * * * * * *
1169 T-ATTCAAATGCTCG-AAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAAT
185 TAATTCAGATGCTCGTAAAACCT-TATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAAC
* * *
1232 ATAGATATTTCAATGACACTTGGCGCCAAAAATCATGCGAAATTGTGTCGGGGCCCATGAACACG
249 ATAGATATTTCAAGGACACTTGGCGCCAAAAATCATGCCAAATTGTGTCGGGGCCCAGGAACACG
* * *
1297 TTTTTAGCCAAAAACAATGATGGTTAGTACATGATTTCGGACAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCA
314 TTTTTAGCAAAAAACAATGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAAATTTGCAAAAACTGTCCCA
* * *
1362 AAACATTTTTCCTCAATTTTTGGCCACGATACTCGTAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAA
379 AAACATTTTTCCTCAATTTCTGGCCACAACACTCGTAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAA
* * * *
1427 TTTAAGGGCTTTTCATGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
444 TTGAAGGGCTTTACACGTTCATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
** * * * *
1492 AAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGA
509 AAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAAAATAATCCTTAAATCGAATGTAGCTGAGAATTGGTTAGA
* * ** * *
1557 TGGACATAGATATTTTAAGGAGTCTTGCTAGCAAAAATCATCCAAAACTGTGTCGGGGCCTAGGA
574 TGAACATAGATATTTCAAGGACACTTGCTA-CAAAAATCATCCAAAACTGTATCGGGGCCCAGGA
* *
1622 ACTCGTTTTTAGCCAAAAAT
638 ACACGTTTTTAGCCAAAAAC
* * * *
1642 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAATTTTCCGAAAACTGTCCCG-AAAAATGTTTACTC
1 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAAATTTTTCCTC
* *
1706 AATTTTTGGCCACAATACCCATAAATAATATATAACTCGACGCCAAAAAAATTTAAGGGCTTTTC
66 AATTTTTGGCCACAATACTCATAAA-AATATATAACTC-AAGCC-AAAAAATTTAAGGGCTTTTC
1771 ATGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACATAATTCAG
128 ATGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACATAATTCAG
1836 ATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATT
193 ATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATT
* ** * * * *
1901 TTAAGGAGTCTT-GCTGGCAAAAATCAT-CCAAATCTGTGTCGGGGCCTAGGATCTCGTTTTTAG
258 TCAAGGACACTTGGC-GCCAAAAATCATGCCAAAT-TGTGTCGGGGCCCAGGAACACGTTTTTAG
***
1964 CAAAAAATTGTGATGGTTAGTACACGATTTC-GACAAAAAAATTTGCAAAAACTGTCCCGAAAA-
321 CAAAAAACAATGATGGTTAGTACACGATTTCGGAC--AAAAATTTGCAAAAACTGTCCC-AAAAC
* * * * * *
2027 TTTTTTTCTCAATTTCTGGCCACAACACTCGTAAAAAATATGTAATTCAA-GTCCAAATAGATTG
383 ATTTTTCCTCAATTTCTGGCCACAACACTCGTAAAAAATATATAACTCAACG-CCAAAAAAATTG
* * * *
2091 AAGGGCTTTACACGCTTCA-ATTATCGTTTTTCCTATTTTTTCTGGATTAATTTTTAATTAAATC
447 AAGGGCTTTACACG-TTCATAATATCGTTTTTCCTA--TTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
* * * **
2155 GAAACATTATTTAGATGCTCG-AAAAAATAAATCCTTAAATTTAATGTAGCTGAGAATTGGTTAG
509 AAAACATAATTCAGATGCTCGTAAAAAAT-AATCCTTAAATCGAATGTAGCTGAGAATTGGTTAG
* * *
2219 ATGAATATAGATATTTCAATGACACTTAGCGT-C-AAAATCATGCAAAACTGTATCGGGGCCCAG
573 ATGAACATAGATATTTCAAGGACACTT-GC-TACAAAAATCATCCAAAACTGTATCGGGGCCCAG
* *
2282 GAGCACGTTTTTAGCTAAAAAC
636 GAACACGTTTTTAGCCAAAAAC
* *
2304 TGTGATGGTTAATACACGATTTTGGACAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAAATTTTTCCTC
1 TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAAATTTTTCCTC
2369 AATTTTTGGCCACAATACTCATAACAAATATATAACTCAATGCCAAGAAAATTTAAGGGCTTTTC
66 AATTTTTGGCCACAATACTCATAA-AAATATATAACTCAA-GCCAA-AAAATTTAAGGGCTTTTC
*
2434 ATGTTTATAATATCGTTTTCCCTATTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACATAATTCAG
128 ATGTTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACATAATTCAG
2499 ATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTA
193 ATGCTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTA
Statistics
Matches: 788, Mismatches: 95, Indels: 49
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
659 11 0.01
660 157 0.20
661 105 0.13
662 106 0.13
663 277 0.35
664 51 0.06
665 42 0.05
666 39 0.05
ACGTcount: A:0.34, C:0.17, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (657 bp):
TGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAATTTTGCAAAAACTGTCCCGAAAAAATTTTTCCTC
AATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAATATATAACTCAAGCCAAAAAATTTAAGGGCTTTTCATG
TTTATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTTTAATTAAATCGAAACATAATTCAGATG
CTCGTAAAACCTTATCCTTAAATCGATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAACATAGATATTTCA
AGGACACTTGGCGCCAAAAATCATGCCAAATTGTGTCGGGGCCCAGGAACACGTTTTTAGCAAAA
AACAATGATGGTTAGTACACGATTTCGGACAAAAATTTGCAAAAACTGTCCCAAAACATTTTTCC
TCAATTTCTGGCCACAACACTCGTAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGCTTT
ACACGTTCATAATATCGTTTTTCCTATTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACATAATTC
AGATGCTCGTAAAAAATAATCCTTAAATCGAATGTAGCTGAGAATTGGTTAGATGAACATAGATA
TTTCAAGGACACTTGCTACAAAAATCATCCAAAACTGTATCGGGGCCCAGGAACACGTTTTTAGC
CAAAAAC
Done.