Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01010347.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig10379, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Alignment explanation
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1 AGG
* * * * *
4 AAAATTTTTCAGGTCA-TTTTTTGCAGATTTTTAGCCGAAATCGTATACTAACCATCATGGTTTT
1 AAAATTTTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTT
* * * * *
68 TTGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCAGCTTAGTTTTGCTTTATATTTGGCACCCAAACTCCTTG
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* * * *
133 AAACATATATATTCATATAACCAAATCTCAGCCACGTTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCA
129 AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCA
* * *
198 TTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGGAAAAATA-GAAAAACGATGTTAGATG
194 TCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGATG
*
262 CTCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGAATTGTGGTCAAA
259 CTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGAATTGTGGTCAAA
*
327 AATTGAGAAA
324 AATTGAG-GA
* * * * * * * *
337 AAAAATTTT-GGATC-TCTTTTTGCAAAAGTTTAGCTGAAATCAATGTAC--ACCTTCACAGTTT
1 AAAATTTTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC-GTGTACTAACCATCACGGTTT
** * **** * * *
398 TTAACTAAAAATGCGTTCCAGGATTTCATCTCAGTTTTGCTTGATTATTGGTGCCCAAACTTCTT
65 TTGGCTAAAAACGCGTTCC-GGGGCCCA-CTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCCAAACTCCTT
* * * * * * ** * *
463 CAAACATATATATTCATTTAACCAAATCTCAGTCACGTTCTACTTAAGAATTT-TCTTTT-CGAG
128 GAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGT-TTTTACGAG
* * * * *
526 CATTTGAATCTTGTTCCGATTTAATTAGAAAATTGATTCAGAAAAAA-ATGCAAAAATGATATTA
192 CATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG-AAATTAATTCAGAAAAAATA-GGAAAAACGATATTA
* * ** * * *
590 TATGCTTGAAAATCCCTTCAATCTTTTTGGATTTAAATTACATATATTTTTATGAGAATTCTGGT
255 GATGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGAATTGTGGT
*
655 AAAAAATTGAGGA
320 CAAAAATTGAGGA
* * *
668 AAAATTTTCCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCAGAAATCGTGTACGTTACCATCACGGTTT
1 AAAATTTTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC-TAACCATCACGGTTT
* * * * *
733 TTAGCTAAAAAAGAGTTAC-GGGCCCGACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCCAGACTCCTTG
65 TTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCC-ACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCCAAACTCCTTG
* * * * * ** **
797 AAATTTCTACATTCATCTAAGCAAATCCCGGCCACATTGGATTTAATAATTTGTTTTTATTAGCA
129 AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCA
* * * *
862 TCTAAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCATAAAAAATA-GAGAAAACGATATTAGAT
194 TCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGA-AAAACGATATTAGAT
* * * * *
926 GCTCGAAAAGCCCTTCAATCTTCTTGGCATTGAATTATATATATATATTAATGAGAATTATGGTC
258 GCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATAT-T-TTTATGAGAATTGTGGTC
* *
991 AAAATTTGAAGA
321 AAAAATTGAGGA
*** * *
1003 AAAATTTTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGATTAAATCGTGTACTAACAATCACGATTTT
1 AAAATTTTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTT
* * *
1068 TGGCTAAAAACGCGTTCTGGGGCCCGACTCAGTTTTGCTTGATTTTTAGCGCCCAGACTCCTTGA
66 TGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCC-ACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCCAAACTCCTTGA
* * * *
1133 AATATCTATATTCATTTAACCAAATCTC-GATCGCATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCA
130 AATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAG-CCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCA
* * * *
1197 TCTGAATCATGTTTGGATTTAATCAGAAATTAATTCAGAAAAAAATAGGAAAAGCGATATTAGAT
194 TCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAT
* * * * * ** *
1262 GCTTGAAAAGCCTTTCAATATTTTTGGTGTTGAGTTACATAT-TTCATATGAGTATTGTGGGT-A
258 GCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGAATTGT-GGTCA
1325 AAAATTGAGGA
322 AAAATTGAGGA
* *
1336 AAAATTTTTTGGGTCA-TTTTTTGC--AATGTTTAGCCG-AA----G---T---CGT----GTTT
1 AAAATTTTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAAT-TTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTT
* * * *
1383 TTGGCCAACAACGCGTTCCGGGGCCTCAGCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCCAAACCCCGT
65 TTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCC-CA-CTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCCAAACTCCTT
* * * * **
1448 GAAACATATATATTCATCTAACCAAATCTCAGTCACGTTGGACATAAGGATTTGTTTTTACGAGC
128 GAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGC
*
1513 ATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGGAAAAAAT-GGAAAAACGATATTAGA
193 ATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCA-GAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGA
* * * *
1577 TGCTCGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGCTGAGTTATATATATTTTTATGAGAATTGTGGTTA
257 TGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGAATTGTGGTCA
*
1642 AAATTTGAGGA
322 AAAATTGAGGA
* * * * *
1653 AAAATTTTTCGGAT-GTTTTTTCGCAAAATTTTAGCCGAAATCATGTACTAACAATCACGGTTTT
1 AAAATTTTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTT
* * *
1717 TGTCTAAAAACGCGTTCCGGGACTCCATCTCAGTTTTAGCTTGATTTTTGGTGCCCAAACTCCTT
66 TGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGC-CCA-CTCAGTTTT-GCTTGATTTTTGGCGCCCAAACTCCTT
* * ** * *
1782 GAAACATAC-ATATTCATCTAACCAAACCTCAGCCATGTTGTATTTAAGGATCTT-CTTTT-CGA
128 GAAATAT-CTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGAT-TTGTTTTTACGA
* * * * *
1844 GCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAT-GCAAAAATGATATTAT
191 GCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAG
* * * * *
1908 ATGCTTGAAAATCCCTTCAATATTTTTGGCGTTGAATTACATATATTTGTATGAGAATTGTTGTC
256 ATGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGAATTGTGGTC
*
1973 AAAATTTGAGGA
321 AAAAATTGAGGA
* * *
1985 AAAATTTTTCAGTTCAATTTTTTGCAAAATTTTAGCCG-AA----G---T---CAT---GGTTTT
1 AAAATTTTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTT
* *
2036 TGGCTAAAAAAGCGTAT-CGGGGCCCAACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGTCCAAACTCCTTG
66 TGGCTAAAAACGCGT-TCCGGGGCCC-ACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCCAAACTCCTTG
* * * * * **
2100 AAATATTTATATTCATCTAGCCAACTCTCGGCCATATTGGATTTAATAATTTGTTTTTACGAGCA
129 AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCA
* * * * **
2165 TCTGAATCATGTTTCAATTTAA-T-----CTAATTCAGAACAAATAGGAAAAGTGATATTAGATG
194 TCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGATG
* *
2224 CTTGAAAAGCCCTTAAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATGTATTT-T-AGTATTGTGG-CT
259 CTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATAT-T-TTTATGAGAATTGTGGTC-
2286 AAAAATTGAGGA
321 AAAAATTGAGGA
* * *
2298 AAAATTTTTCAGGTCATTTTTTTGCAAATTTTTAGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGGTTTT
1 AAAATTTTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG-TTT
* * *
2363 TTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCAGCTTAGTTTTGCTTTATATTTGGCGCCCAAACTCCTT
65 TTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGG-CCCA-CTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCCAAACTCCTT
* * ** * * * * *
2428 GAAACATTTATATAAATATAACCAAATCTCAGCCACGTTGAACTTAAGGATTTGTTTTTACGAAC
128 GAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGC
* * * *
2493 ATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCCGGAAAAAAT-GGAAAAATGATGTTAGA
193 ATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-CAGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGA
* *
2557 TGCTTGAAAAGCCCTTCAACCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGAATTGCGGTCA
257 TGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGAATTGTGGTCA
*
2622 AAAATTGAGAAA
322 AAAATTGAG-GA
* * * * *
2634 AAAAATTTT-GGATC-TTTTTTTGCAAAATTTTAGTCGAAATCAATGTA-T-ACCATCACAGTTT
1 AAAATTTTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATC-GTGTACTAACCATCACGGTTT
* * * * * *
2695 TCGGCTAAAAACGCGTTCCAGGACTTCATCTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGTGCCCAAACTTCTT
65 TTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGC-CCA-CTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCCAAACTCCTT
* * * * * *
2760 GAAACA-CATATATTCATTTAACCAAATCTCAGTCACGTTGTACTTAAGGATTT-TCTTTT-CGA
128 GAAATATC-TATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGT-TTTTACGA
* * *
2822 ACATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAA-ATGCAAAAACGATATTA
191 GCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATA-GGAAAAACGATATTA
* * *
2886 TATGCTTGAAAATCCCTTCAATCTTTTTTGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGAATTGTGGT
255 GATGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGAATTGTGGT
2951 -AAAAATTTGAGGA
320 CAAAAA-TTGAGGA
* * * *
2964 AAAATTTTTCGGGTCATTTTTTTGCAAACTTTTAGCCAAAATAGTGTACTAACCATCACGATTTT
1 AAAATTTTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTT
* * *
3029 TGGCTAAAAAAGCGTTCCGGGGCCCGACTCTGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCCAGACTCCTTGA
66 TGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCC-ACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCCAAACTCCTTGA
* * **
3094 AATTTCTACATTCATCTAACCAAATCTC-GACCACATTGGATTTAATAATTTGTTTTTACGAGCA
130 AATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAG-CCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCA
* * *
3158 TCTGAATCATGTTTCGATTTAGTCT-GAAACTAATTCAGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAT
194 TCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT-TAGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGAT
* * * ** *
3222 GCTTGAAAAGCCCTTCAATCATTTTGGCGTTGAATTTTATATATTTTT-TAATTATTGTGGCCAA
258 GCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGAATTGTGGTCAA
3286 AAATTGAGGA
323 AAATTGAGGA
* * *
3296 AAAA-TTTTCAGGTTA-TTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTTT
1 AAAATTTTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTT
* * * * *
3359 TGCCTTAAAACGCGTT-CGAGGGCCCCAACTCAATTTTGCTTGATTTTTGACGCCCAGACTCCTT
66 TGGCTAAAAACGCGTTCCG-GGG-CCC-ACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCCAAACTCCTT
* * * * * * * *
3423 GATACATATATATGCATCTAATCAAATCTCAACAACGA-TGGATTTACGGATTTGTTTTTACGAG
128 GAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAC-ATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAG
* * * * *
3487 CATCTAAATCTTGTTTCTATTTAATTAAAAATCAATTCGGAAAAAAT-GGAAAAACGATATTAGA
192 CATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGA
* * * * * *
3551 TGCGTGAAAAACCATTCAAATCTTTTTGGTGTTGAATTATATAT-TTTTTATGAGTATTGTGGTT
257 TGCTTGAAAAGCCCTTC-AATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGAATTGTGGTC
3615 AAAAATTGAGGA
321 AAAAATTGAGGA
* *
3627 AAAACTTTTCGGGTCA-TTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAATAACCATCACGGT
1 AAAATTTTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAC---TAACCATCACGGT
* * ** * *
3691 TTTTGTCTAAAAACGCATTCCGGGGCCCCAACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGAACCCAGAGTCC
63 TTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGG-CCC-ACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCCAAACTCC
* ** * ** *
3756 ATGAAATATCTATATTCATCTAA-CTGATACTCGGCCACATTGGATTTAAGGATTTCATTTTAGG
126 TTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAAT-CTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACG
* * * *
3820 AGCATCTAAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCAGAAAAAATA-GAGAAAACGGTATT
190 AGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGA-AAAACGATATT
* * * * *
3884 AGATGCTCGAAAAGCCCTTCAATCTTCTTGGCATTGAATTATATATATTTTTATGATAATTTGTA
254 AGATGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGAA-TTGTG
***
3949 AAAAAAAATTGAGGA
318 GTCAAAAATTGAGGA
* * ** *
3964 AATATTTTTTGAATCTTTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTT
1 AAAATTTTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTT
** * * * *
4029 TTTCTAAAAACCCGTTCCGAGGCCCCAACTCAATTTTGCTTGATTTTTGGCGCCCAGAA-TCCAT
66 TGGCTAAAAACGCGTTCCG-GGGCCC-ACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCCA-AACTCCTT
* * * *
4093 AAAATATCTATATTGATCTAACCAAATCTC-GTCCACATTGGATTTAAAGATTTGTTTTTACAAG
128 GAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAG-CCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAG
* * * * * * * **
4157 CATCCGAATCATGTTTCGATTTAATCAGAAATTGACTAAGAAAAATTAGGAAAAGTGATATTAGA
192 CATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGA
* * ** *
4222 TGCTTGAAAAGCCCTTCAATC-TTTTGGCGTTGAGTTACATAT-TTCATATGAGTATTTGTGGTC
257 TGCTTGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAG-AATTGTGGTC
4285 AAAAATTGAGGA
321 AAAAATTGAGGA
* * * * *
4297 AAAA-TTTTC-GG--ATGTTTTCGCAAAA-TTTAGCCGAAATCATGTATTAACCATCATGGTTT
1 AAAATTTTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTT
Statistics
Matches: 3362, Mismatches: 521, Indels: 277
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
312 14 0.00
313 109 0.03
314 4 0.00
315 2 0.00
316 84 0.02
317 242 0.07
318 47 0.01
319 30 0.01
320 2 0.00
321 1 0.00
322 2 0.00
323 2 0.00
324 3 0.00
325 1 0.00
326 2 0.00
327 3 0.00
328 56 0.02
329 120 0.04
330 159 0.05
331 446 0.13
332 496 0.15
333 489 0.15
334 185 0.06
335 684 0.20
336 120 0.04
337 28 0.01
338 31 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (332 bp):
AAAATTTTTCGGGTCATTTTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTT
TGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCACTCAGTTTTGCTTGATTTTTGGCGCCCAAACTCCTTGAA
ATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC
TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAATAGGAAAAACGATATTAGATGCT
TGAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATATTTTTATGAGAATTGTGGTCAAAAA
TTGAGGA
Done.