Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01010354.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig10386, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2069
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.17, T:0.36
Found at i:606 original size:330 final size:329
Alignment explanation
Indices: 5--1517 Score: 2061
Period size: 330 Copynumber: 4.6 Consensus size: 329
1 GGCA
* * *
5 TTGAATTATATAATTTTTACGAGTCTTGCGGTTAAAAATTGATGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
1 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
* * * * *
70 TTGCAAAATTTTTGCCGAAATCATGTACTAACCATCTCGATTCTTGGTTGAAAACGCGTTTCGGC
66 TTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGG
* * *
135 GCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCCCCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATCC
131 GCCCTG-CTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCCCCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATCC
* * *
200 CAAATCTTAGCCAGATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATATTTCCATTTA
195 CAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTAAATCATATTTCCATTTA
* * * *
265 ATCGGAAATTAAGTAGGAAAAATAAAAAAATGATATTAGAAGTGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTT
260 ATCGGAAATTAATTCGGAAAAATAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTT
*
330 TGGTG
325 TGGCG
*
335 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGGGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
1 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
* * *
400 TTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGCACTAACCATCACGATTTTTGGCTTAAAACGCGTTCCGGG
66 TTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGG
465 GCTCCTGCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCCCCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATCC
131 GC-CCTGCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCCCCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATCC
* * * * * * *
530 CAAATCTTAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTTATTTTACGAGTATTTGAATCATGTTTCGATTTA
195 CAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTAAATCATATTTCCATTTA
* * ** * *
595 ATCAGAAATTAATTCGGAAAACTAAAAAAAAATGATATTAGTTGTGTGCAAAGCACTTCAATCTT
260 ATCGGAAATTAATTCGGAAAA--ATAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTT
*
660 TTTGGCA
323 TTTGGCG
* *
667 TTGAATTATATATTTTTTACGACTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTTGGG-------
1 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
* **
725 -T-C--AATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATT-TATAGCTGAAAACGCGTTCCAA
66 TTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTCT-TGGCTGAAAACGCGTTCCGG
* * *
785 GGCCCTAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATAAATCATCAT
130 GGCCCT-GCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCCCCAAGACTCATTGAATTATCTAT-ATTCATCAT
850 CCCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTAAATCATATTTCCATT
193 CCCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTAAATCATATTTCCATT
*
915 TAATCGGAAATTAATTCGGAAAAATAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTT
258 TAATCGGAAATTAATTCGGAAAAATAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTT
980 TTTGGCG
323 TTTGGCG
* *
987 TTGAATTATATATTTTTTTACGAGTATTGCGGTTGAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGTTCAATT
1 TTGAATTATATA-TTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATT
* * *
1052 TTTGTAAAATTTTTGCCGAAATCGTGCATTAACCATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTAT-CG
65 TTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGT-TCCG
* * * * *
1116 GGGCCCAGGCTGAGTTTTGCATGATTTTTGGCCCCAAGACTCATTGATTTATCTATATTCAACAT
129 GGGCCC-TGCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCCCCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCAT
* ** * *
1181 TCCAAATCTCAGCCATGTTGGATTTAAGGATTTGATTATACGAGCATTTAAATCATATTTCAATT
193 CCCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTAAATCATATTTCCATT
* * * *
1246 TATTTGGAAATTAATTCGGAAAAATAAAAAAATGATATTTGATGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTT
258 TAATCGGAAATTAATTCGGAAAAATAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTT
1311 TTTGGCG
323 TTTGGCG
* * *
1318 TTGAATTATATA-TTTTTATGACTATTGCGGTTAAAAATTGAGAAAAAATCTTTCGGG-------
1 TTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
1375 -T-C--AATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCAGG
66 TTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCC-GG
** * * * * *
1436 ACCCCAGCTCAGTTTTACATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTAT-TATCATCATC
130 GGCCCTGCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCCCCAAGACTCATTGAATTATCTATAT-TCATCATC
1500 CCAAATCTCAGCCACATT
194 CCAAATCTCAGCCACATT
1518 TGGCGTTGAA
Statistics
Matches: 1053, Mismatches: 106, Indels: 60
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
317 2 0.00
318 116 0.11
319 5 0.00
320 58 0.06
321 143 0.14
322 88 0.08
323 1 0.00
324 1 0.00
329 41 0.04
330 253 0.24
331 149 0.14
332 194 0.18
333 2 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (329 bp):
TTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTT
TTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGG
GCCCTGCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCCCCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCATCATCCC
AAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTAAATCATATTTCCATTTAA
TCGGAAATTAATTCGGAAAAATAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGCAAAGCCCTTCAATCTTTTT
GGCG
Found at i:1258 original size:653 final size:647
Alignment explanation
Indices: 1--1517 Score: 2259
Period size: 653 Copynumber: 2.3 Consensus size: 647
* * *
1 GGCATTGAATTATATAATTTTTACGAGTCTTGCGGTTAAAAATTGATGAAAAATCTTTCGGGTCA
1 GGCATTGAATTATAT-ATTTTTACGACTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGG---
* * * *
66 ATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCATGTACTAACCATCTCGATTCTTGGTTGAAAACGCGTTT
62 -----T-C--AATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTC
* * * * * *
131 C-GGCGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCCCCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCAT
119 CAGGC-CCCAG-CTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATAATCAT
* * *
195 CATCCCAAATCTTAGCCAGATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTGAATCATATTTCC
182 CATCCCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTAAATCATATTTCC
*
260 ATTTAATCGGAAATTAAGTAGGAAAAATAAAAAAATGATATTAGAAGTGTGGAAAGCCCTTCAAT
247 ATTTAATCGGAAATTAAGTAGGAAAAATAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAAT
* *
325 CTTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGGGGAAAAATCTTTC
312 CTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTC
* *
390 GGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGCACTAACCATCACGATTTTTGGCTTAAAAC
377 GGGTCAATTTTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGCACTAACCATCACGATTCTTGGCTGAAAAC
*
455 GCGTTCCGGGGCTCCTGCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCCCCAAGACTCATTGAATTATCTATA
442 GCGTTCCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCCCCAAGACTCATTGAATTATCTATA
* * * * * * *
520 TTCATCATCCCAAATCTTAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTTATTTTACGAGTATTTGAATCATG
507 TTCAACATCCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTGATTATACGAGCATTTAAATCATA
* * *
585 TTTCGATTTAATCAGAAATTAATTCGGAAAACTAAAAAAAAATGATATTAGTTGTGTGCAAAGCA
572 TTTCAATTTAATCAGAAATTAATTCGGAAAA--AAAAAAAAATGATATTAGATGCGTGCAAAGCA
650 CTTCAATCTTTTT
635 CTTCAATCTTTTT
*
663 GGCATTGAATTATATATTTTTTACGACTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTTGGGTCA
1 GGCATTGAATTATATA-TTTTTACGACTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCA
* *
728 ATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATT-TATAGCTGAAAACGCGTTCCAAGGCCCTA
65 ATTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTCT-TGGCTGAAAACGCGTTCC-AGGCCCCA
792 GCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATAAATCATCATCCCAAAT
128 GCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTAT-AATCATCATCCCAAAT
857 CTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTAAATCATATTTCCATTTAATCGG
192 CTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTAAATCATATTTCCATTTAATCGG
* *
922 AAATTAATTCGGAAAAATAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCG
257 AAATTAAGTAGGAAAAATAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCG
* *
987 TTGAATTATATATTTTTTTACGAGTATTGCGGTTGAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGTTCAATT
322 TTGAATTATATA-TTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATT
* *
1052 TTTGTAAAATTTTTGCCGAAATCGTGCATTAACCATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTAT-CG
386 TTTGCAAAATTTTTGCCGAAATCGTGCACTAACCATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGT-TCCG
* * *
1116 GGGC-CCAGGCTGAGTTTTGCATGATTTTTGGCCCCAAGACTCATTGATTTATCTATATTCAACA
450 GGGCTCC-GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCCCCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCAACA
* **
1180 TTCCAAATCTCAGCCATGTTGGATTTAAGGATTTGATTATACGAGCATTTAAATCATATTTCAAT
514 TCCCAAATCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTGATTATACGAGCATTTAAATCATATTTCAAT
* ** * * *
1245 TTATTTGGAAATTAATTCGGAAAAATAAAAAAATGATATTTGATGCGTGCAAAGCCCTTCAATCT
579 TTAATCAGAAATTAATTCGGAAAAAAAAAAAAATGATATTAGATGCGTGCAAAGCACTTCAATCT
1310 TTTT
644 TTTT
* * *
1314 GGCGTTGAATTATATATTTTTATGACTATTGCGGTTAAAAATTGAGAAAAAATCTTTCGGGTCAA
1 GGCATTGAATTATATATTTTTACGACTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAA
1379 TTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCAGGACCCCAGC
66 TTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCAGG-CCCCAGC
* * *
1444 TCAGTTTTACATGATTTTTTGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATTATCATCATCCCAAATCTC
130 TCAGTTTTGCATGATTTTTAGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATAATCATCATCCCAAATCTC
1509 AGCCACATT
195 AGCCACATT
1518 TGGCGTTGAA
Statistics
Matches: 783, Mismatches: 62, Indels: 33
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
649 30 0.04
650 148 0.19
651 148 0.19
652 155 0.20
653 243 0.31
654 2 0.00
661 1 0.00
662 56 0.07
ACGTcount: A:0.31, C:0.17, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (647 bp):
GGCATTGAATTATATATTTTTACGACTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAA
TTTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCAGGCCCCAGCT
CAGTTTTGCATGATTTTTAGCGCCAAGACTCATTGAAATATCTATAATCATCATCCCAAATCTCA
GCCACATTGGATTTAAGGATTTGATTTTACGAGCATTTAAATCATATTTCCATTTAATCGGAAAT
TAAGTAGGAAAAATAAAAAAATGATATTAGAAGCGTGGAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGA
ATTATATATTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGC
AAAATTTTTGCCGAAATCGTGCACTAACCATCACGATTCTTGGCTGAAAACGCGTTCCGGGGCTC
CGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTAGCCCCAAGACTCATTGAATTATCTATATTCAACATCCCAAA
TCTCAGCCACCTTGGATTTAAGGATTTGATTATACGAGCATTTAAATCATATTTCAATTTAATCA
GAAATTAATTCGGAAAAAAAAAAAAATGATATTAGATGCGTGCAAAGCACTTCAATCTTTTT
Done.