Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01010361.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig10393, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 943
Length: 1573
ACGTcount: A:0.42, C:0.14, G:0.10, T:0.34
Found at i:943 original size:124 final size:126
Alignment explanation
Indices: 723--978 Score: 401
Period size: 124 Copynumber: 2.0 Consensus size: 126
713 ATTTAAGAAA
723 TATATTTAAAAAATTCTAATATATAAAAGTTTTTTAATTAAAATAGTAAAATGGTAAAAATAAAA
1 TATATTTAAAAAATTCTAATATATAAAAGTTTTTTAATTAAAATAGTAAAATGGT---AATAAAA
*
788 TAGGTATAAGGATATTAGATTTAATTAAATAAAAATAGAGTTTTTAGTGGAGTAAAACTGTAAAA
63 T--GTATAAGGATATTAGATTTAATTAAATAAAAATAGAGTTTTTAGTGGAGTAAAACTATAAAA
853 G
126 G
*
854 TATATTTAAAAAATTCTAATATATATAAGTTTTTTTAATTAAAATAGTAAAATGGT-A-AAAAT-
1 TATATTTAAAAAATTCTAATATATAAAAG-TTTTTTAATTAAAATAGTAAAATGGTAATAAAATG
* *
916 TATAATGATATTAGATTTAATTAAATAAAAATAGAGTTTTTAGTTGAGTAAAACTATAAAAG
65 TATAAGGATATTAGATTTAATTAAATAAAAATAGAGTTTTTAGTGGAGTAAAACTATAAAAG
978 T
1 T
979 TTAAACAATG
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 4, Indels: 9
0.90 0.03 0.07
Matches are distributed among these distances:
124 60 0.50
127 5 0.04
128 1 0.01
131 28 0.23
132 26 0.22
ACGTcount: A:0.50, C:0.02, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (126 bp):
TATATTTAAAAAATTCTAATATATAAAAGTTTTTTAATTAAAATAGTAAAATGGTAATAAAATGT
ATAAGGATATTAGATTTAATTAAATAAAAATAGAGTTTTTAGTGGAGTAAAACTATAAAAG
Done.