Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01010461.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig10493, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 995
Length: 1659
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.16, T:0.31
Found at i:1142 original size:332 final size:334
Alignment explanation
Indices: 331--1651 Score: 1869
Period size: 335 Copynumber: 4.0 Consensus size: 334
321 AAACGCGTTT
* * * * * * * *
331 TACACGAATTCGG-TAAAATTTGGCAAAAATTGATCCGAAAGTTTTTTCCACAAGTTTTAACTGC
1 TACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGC
*
395 AATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATAT
66 AATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATAT
**
460 CATTTTTAGTATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAA
131 CATTTTTACAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAA
* * *
525 ATAATAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGATATTTGGTTACATTAATATAGATATATTTCAATGAG
196 A-AAAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGATACATTAATATAGATATATTTCAATGAG
* *
590 TCTTGGCGGCAAAAATCATGCAAAACTGAG-CTGGGGCCCCGGAACGCGGTTTTAGCCAAAAACC
260 TCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTC-GGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACC
654 GTGATGGTTAG
324 GTGATGGTTAG
* * * *
665 TACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAGATTTTTCTTTAATTTTGAACCGC
1 TACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGC
* * * * * ** *
730 AATACTCCTAAATAATAAATTATTTATTGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGCTTCTAATAT
66 AATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATAT
* * *
795 CATTTTTAGAATTCTTTCCCAAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGATCGTAA
131 CATTTTTACAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAA
*
860 AAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGGAT-GATTAATATAGA-A-ATTTCAATGA
196 AAA-AAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTT-GGATACATTAATATAGATATATTTCAATGA
* * *
922 GTCTTGGCGCCAAAAATCATGGAAAACTGAGTCGTGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCTAAAAACC
259 GTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACC
987 GTGATGGTTAG
324 GTGATGGTTAG
* * *** * **
998 TCCACGATTTCGG-TAAAATTTTGCAAAAATTGGTTCGAAAGATTTTTACTCAATTTTTAAAAGC
1 TACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGC
1062 AATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATAT
66 AATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATAT
*
1127 CATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAA
131 CATTTTTACAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAA
* * *
1192 AAAATAATCCTTAAATTCATTGTGGCTGATATTTGGTTACATTAATATAGATATATTTCAATGAG
196 AAAA-AATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGATACATTAATATAGATATATTTCAATGAG
* *
1257 TCTTGGCGGCAAAAATCATGCAAAACAGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
260 TCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
1322 TGATGGTTAG
325 TGATGGTTAG
* *
1332 TACACGATTTCGGCAAAAATTTAGCAAAAATTGACCCAAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGC
1 TACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGC
*
1397 AATACCCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATAT
66 AATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATAT
*
1462 CATTTTTTCAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCG----AA-A--CA-A-GA----AA
131 CATTTTTACAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAA
* * ** * *
1514 AACAAATCCAT-AATCCATTGTGGCTGAGATAAGGGAT-GATTAATACAG--ATATTTCAATGAG
196 AAAAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGAT-TTGGATACATTAATATAGATATATTTCAATGAG
* * *
1575 TTTTGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAATCG
260 TCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCG
1640 TGATGGTTAG
325 TGATGGTTAG
1650 TA
1 TA
1652 AGCGATTC
Statistics
Matches: 890, Mismatches: 87, Indels: 36
0.88 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
318 85 0.10
320 26 0.03
321 9 0.01
322 5 0.01
326 2 0.00
327 1 0.00
328 2 0.00
330 1 0.00
331 6 0.01
332 201 0.23
333 92 0.10
334 109 0.12
335 348 0.39
336 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (334 bp):
TACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGC
AATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGAGCTTTTCACGCTTCTAATAT
CATTTTTACAATTCTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGATCGTAA
AAAAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGATTTGGATACATTAATATAGATATATTTCAATGAGT
CTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGT
GATGGTTAG
Done.