Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01010465.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig10497, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1840
ACGTcount: A:0.31, C:0.14, G:0.20, T:0.35
Found at i:1404 original size:330 final size:331
Alignment explanation
Indices: 710--1838 Score: 1606
Period size: 330 Copynumber: 3.4 Consensus size: 331
700 CAAAAAAAAA
* * * *
710 AAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATTTTACCAAATCTCAGTCACAATGGGTTTAAGGATTTGT
1 AAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGT
* * * *
775 TTTTACTAGCATCTGAATCATGTTCCGATTTACTTAAAAAATAATTTGGAAAAATTTTGAAAAAC
66 TTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAGTTAAAAATTAATTTGGAAAAATTTTGAAAAAC
* *
840 GATATTAGAAGCGTAAAAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTGTGAGTAT
131 GATATTAGAAGCGTGAAAACCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTT-TGAGTAT
* *
905 TGTGGCAAAAAATGGAGGAAAAAATTTTCGGGTTAGTTTTTTCAAAAATTTTAGCCGAAATCGTG
195 TGTGGCAAAAAATGGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTTCAAAAATTTTAGTCGAAATCGTG
970 TACTAACCATCATGATTTTT-GCATAAAAATGCGCTATGGTGCCCCGGCTCAGTTTTGCAAT-AT
260 TACTAACCATCATGATTTTTGGC-TAAAAATGCGCTATGG-GCCCCGGCTCAGTTTTGC-ATGAT
*
1033 TTTTGGTTCC
322 TTTTGGTACC
* * *
1043 AAAACTCCTTGAAATATCTTTATTAATCTAACCAAATCCCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGT
1 AAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGT
* *
1108 TTTTGCGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTTAGTTAAAAATTAATTTGGAAAAATTTTGAAAGA
66 TTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGA-TTTAGTTAAAAATTAATTTGGAAAAATTTTGAAAAA
*
1173 CGATATTAGAAGCGTGAAAA-CCCTTCAAT-TATTTTGGCATTGAATTATAT-TTTTTTTTAGTA
130 CGATATTAGAAGCGTGAAAACCCCTTCAATCT-TTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTTGAGTA
*
1235 TTGTGGCAAAAAATGGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAATTTTTTCAAAAATTTTAGTCG-AATCGT
194 TTGTGGCAAAAAATGGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTTCAAAAATTTTAGTCGAAATCGT
*
1299 GTACTAACCATAATGATTTTTGGCTAAAAATGCGCTATGGGACCCCGGCTCAGTTTTGCATGATT
259 GTACTAACCATCATGATTTTTGGCTAAAAATGCGCTATGGG-CCCCGGCTCAGTTTTGCATGATT
1364 TTTGGTACC
323 TTTGGTACC
*
1373 AAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCGCAAAT-GATTTAAGGATTTG
1 AAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCAC-AATGGATTTAAGGATTTG
* * *
1437 TTTTTATGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTGGACAAAATTTTGAAAA
65 TTTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAGTTAAAAATTAATTTGGA-AAAATTTTGAAAA
* * *
1502 ACGATATTAGAAACGTAGAAAACCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTGTGAGT
129 ACGATATTAGAAGCGT-GAAAACCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTTGAGT
* * * * * * *
1567 ATTGTGGCCAAAAGTTGAGGAAAAATTGTTTTGGGTCAGTTTCTTTAAAAAATCTTAGTCGAAAA
193 ATTGTGGCAAAAAATGGAGGAAAAAAT-TTTCGGGTCAGTTT-TTTCAAAAATTTTAGTCG-AAA
* * * * * * *
1632 TCCTTTACTAACCATCATGATTTTTGCCTAAAAATGCACTATAGGGCCGCGGCTTAGTTTTTCAT
255 TCGTGTACTAACCATCATGATTTTTGGCTAAAAATGCGCTAT-GGGCCCCGGCTCAGTTTTGCAT
* **
1697 GATTTTTGATGTC
319 GATTTTTGGTACC
** *
1710 AAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCGTAATGGATTTAAGGATCTGT
1 AAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGT
* * *
1775 TTTTGCGAGCATCTGAATCATGTTTCAATTTAGTTAGAAATTAATTTGGAAAAAAATTTTGAAA
66 TTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAGTTAAAAATTAATTTGG--AAAAATTTTGAAA
1839 GA
Statistics
Matches: 719, Mismatches: 58, Indels: 33
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
329 23 0.03
330 180 0.25
331 70 0.10
332 34 0.05
333 144 0.20
334 64 0.09
335 16 0.02
336 3 0.00
337 169 0.24
338 15 0.02
339 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (331 bp):
AAGACTCCTTGAAATATCTTTATTCATCTAACCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGT
TTTTACGAGCATCTGAATCATGTTTCGATTTAGTTAAAAATTAATTTGGAAAAATTTTGAAAAAC
GATATTAGAAGCGTGAAAACCCCTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTTGAGTATT
GTGGCAAAAAATGGAGGAAAAAATTTTCGGGTCAGTTTTTTCAAAAATTTTAGTCGAAATCGTGT
ACTAACCATCATGATTTTTGGCTAAAAATGCGCTATGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTT
GGTACC
Done.