Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01010471.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig10503, whole genome shotgun sequence
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* * * * **
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* * * * *
94 AGAAGATTCATATGCCCGTAAAAATAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGCTAGATGA
62 ACAAGATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGA
* * *
159 ATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGACTCGAGGCCCCGAAATG
127 ATATTGATATTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACG
* * * *
224 CGTTTTTATCCAAAAACCGTGATGATTAGTACACAATTTC-GACTAAAAACTGACCCGAAAATTT
192 CGTTTTTAGCCAAAAA-CGTGATGGTTAGTACACGATTTCAG-CTAAAAACTGACCCGAAAAATT
* * *
288 TGTTC-TCAATTTTTTAGCTACAATACTCATTAAAAATATATAATTCAAC-ACCAAAAAGAAAGC
255 T-TTCTTCAATTTTTT-GCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGA-CAAAAAGAATG-
351 AAA
316 AAA
* * * * *
354 GTTTTTCACGCTTCCAATGTCATTTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATAGAAACTA
1 GTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATATAAACAA
* * * * *
419 GAATCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTATATCCAATGTGGCTGAGATTTGATTCGATGAATAC
66 GATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* * * * * * ** * * *
484 AGATATTTCAAGGAGTCTTTGTGCCAAAAATCATGCAAAATTTAACCGGGGCTCCGGAACGCGTT
131 TGATATTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTT
* * *
549 TTTAGCAAAAAACGTGAT-G--AGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAAA
196 TTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGA-TTT--C----A----GCTAAAAACTGACCCGAA
* * * *
611 AAATATTTCTTCAATTTTTTGCCACAATACTCAGAAGAAATATATAATTCAACGACAGAAAA-AT
250 AAATTTTTCTTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGACA-AAAAGAA
*
675 TGAAG
314 TGAAA
* * * *
680 GATTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCATTTTTTTTCC-GAATTTATCTCTAATTAAATCTAA
1 G-TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCA---TTTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATATAA
* * * ** *** *
744 ACAAGATTCGGATGCTCATAAAAACGAATCCTTAAATCTTCTGTGGCTGTGATTTGGTTAGATGA
62 ACAAGATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGA
* * * * * * *
809 ATATTGAT-TTCTTAAGTAGTCTTTATGTCAAAAACTATGCTAAACTAAGTCGAGACCTCGAAAC
127 ATATTGATATT-TCAAGGAGTCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAAC
** * * * *
873 GCGAATTTAGCAAAAAACATGATGGTTAGTACATGATTTTAGCGGAAATTTTGCAAAAAAACTGA
191 GCGTTTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGA-TTT--C----A----GC-TAAAAACTGA
* * * * * *
938 CCC-AAAATATATTTCTTCAAATTTTTGCCACAATTCTCAGAAGAAATATATAATTCAAAGACAA
244 CCCGAAAA-ATTTTTCTTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGACAA
*
1002 AAA-AATTGAAG
308 AAAGAA-TGAAA
* * *
1013 GATTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCATTTTTTTTCC-GAATTTATCTT-TAATTAAATCTA
1 G-TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCA---TTTTTCCTGAATTAAT-TTCTAATTAAATATA
* ** * * *
1076 AACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACGAATCCTTAAATCTACTGTGTCTGAGATTTGGTTAGATG
61 AACAAGATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATG
* * * ** *
1141 AATTTTGATTTTTCGAGGAGTCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCTTAAAG
126 AATATTGATATTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAAC
* * * *
1206 GCGATTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTATACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGAT
191 GCGTTTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGA-TTT--C----A----GCTAAAAACTGAC
* * * *
1271 CCAAAAAATATTTCTTCAATTTTTTGCCACAATA--C--------T-TAGAA--GAACGACAAAA
245 CCGAAAAATTTTTCTTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGACAAAA
1323 A-AATTGAAGA
310 AGAA-TGAA-A
* * * ** * * * * *
1333 ATTTTTCACGCTTCTGATATAGTTATTCTTTTTTTTCC-GATTTTATCTCCAATTAAATTTAAAC
1 GTTTTTCACGCTTCTAATATCGTT-TTC-CATTTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATATAAAC
* * * * *
1397 AAGATTCGGCA-GCTCGTAAAAACAAATCCTCAAAT-CAATTGTGGTTGAGATTTGGTTAGATGA
64 AAGATTCAG-ATGCACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAA-TGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGA
* * *
1460 ATATTGATTTTTCAAGGAGACTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCAAAACG
127 ATATTGATATTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACG
* * *
1525 CGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAGACGATTGCAGCTAAAAACTGACCCGAAAACTTT
192 CGTTTTTAGCCAAAAA-CGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAAACTGACCCGAAAAATTT
* * * * ***
1590 GTTC-TCATTTTTTTTGTCACAATACTCGTAAAAAATATTTAATTCAATTTCAAAAAGAATGCAA
256 -TTCTTCA-ATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAGAATG-AA
1654 A
318 A
*
1655 GTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTCCTGATTTAATTTCTAATTAAATATAAACAA
1 GTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATATAAACAA
** ** *
1720 GATTCAGAAACACGTAAAAATAAATCCTTATGTCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATAT
66 GATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* ** * * * * *** *
1785 AGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCG-GAGCTTTGGAACGCGT
131 TGATATTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAG-GCCCCGAAACGCGT
* * *
1849 TTTTAGCCAAAAACGTGATGTTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCAA
195 TTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGA-TTT--C----A----GCTAAAAACTGACCCGA
* * * * * *
1914 AAAATATTTCTTCAATTTTTTGTCACAATACTCAGAAGAAATATATAATTCAATGACAAAAAAAA
249 AAAATTTTTCTTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGAC-AAAAAGA
*
1979 ATTGAAG
313 A-TGAAA
* ** * * * * *
1986 GATTTTTAACGCTTCTAATATCGTTATTCTTTTTTTTTCC-GATTTTATCTCTAAATAAATCTAA
1 G-TTTTTCACGCTTCTAATATCGTT-TTC--CATTTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATATAA
* * * * *
2050 ACAAGATTCAGATGCTCATAAAAACAAATCCTCAAAT-CAATTGTGGCTGAGATTTGGTTATATG
62 ACAAGATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAA-TGTGGCTGAGATTTGGTTAGATG
* *
2114 AATATTGATTTTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCTGAAAC
126 AATATTGATATTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAAC
* * *
2179 GCGATTTTAGTCAAAAACCGTGATGGTTAGTAAACGATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGA
191 GCGTTTTTAGCCAAAAA-CGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGC--------T---AAAAACTGA
* * * * * * **
2244 CCCAAAAAATATTTCTTCATTTTTTTTCCACAACACTCAGATGAAATATATAATTCAACGACTAA
244 CCCGAAAAATTTTTCTTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGAC-AA
* *
2309 AAA-ATTGAAG
308 AAAGAATGAAA
*
2319 GATTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTT---TTTTT--TGAA-TATATCTT-TAATTAAATCTAAA
1 G-TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTCCTGAATTA-AT-TTCTAATTAAATATAAA
* * *
2377 CAAGATTCAGATGCTCAG-AAAAACAAATCCTTAAAT-CAATTGTGGCTGATATTTGGTTAGATG
63 CAAGATTCAGATGCAC-GTAAAAATAAATCCTTAAATCCAA-TGTGGCTGAGATTTGGTTAGATG
* * *
2440 AATATTGATATTTCGAGGAGTCTTTATGGTC-AAAACCTTGCAAAACTGAGTCGAGGCACCGAAA
126 AATATTGATATTTCAAGGAGTCTTTAT-GTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAA
* *
2504 CGCGTTTTTAGCGAAAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAAACTGACCCGAAAAT
190 CGCGTTTTTAGC--CAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAAACTGACCCGAAAAA
* ** *
2569 TTTGTTC-TCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAACAATATATAATTCAACG-CCCAAACAATGC
253 TTT-TTCTTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAGAATG-
2632 AAA
316 AAA
* *
2635 GTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTCCTGAATTACTTTCTAATTAAATAGAAACAA
1 GTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATATAAACAA
* ** * *
2700 GATTCAAATGCACGTAAAAATAAATCCTTATGTCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGAAGAATAT
66 GATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* ** * * * * * * * * *
2765 AGATATTTCAAGGAG-CGTTTGCGCCAAAAATCAAGCATAATTGAG-CAGGGGCTCGGGAACGCG
131 TGATATTTCAAGGAGTC-TTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTC-GAGGCCCCGAAACGCG
* * ** *
2828 TTTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACATGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAGCCTGACCTA
194 TTTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAA-ACTG----A-CCCGA---A
* * * * * ** *
2893 GAAATATTTCTTCAATTTTTTGACACAAAAAT-ATTGAAGGAT-T-T--TTC-ACG-C----TG-
250 -AAATTTTTCTTCAATTTTTTGCCACAATACTCA-TAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAGA
*
2946 --GTAA
313 ATGAAA
* * * * * *
2950 ---TAT--CG-TT-T--T-TCATTTT--TTTTTTCC-GAATTTATCTCTAATTAAATCTAAACAA
1 GTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATATAAACAA
* ** * *
3002 GATTCAGATGCTCGTAAAAACGAATCCTTAAATCTACTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
66 GATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* * * *
3067 TGATTTTTGAAGTAGTCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGAT
131 TGATATTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTT
* * * * *
3132 TTTAGCCAAAAACGTGATAGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAAGCTTACCCGAAAATTTTGTTC-
196 TTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAAACTGACCCGAAAAATTT-TTCT
*
3196 TCAGTTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAAC-ACAAAAAAGAATGCAAA
260 TCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGAC-AAAAAGAATG-AAA
* * *
3256 -ATTTTCACGCTTCTAATTTCGTTTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATAGAAACAA
1 GTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATATAAACAA
* ** * * *
3320 GATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCGTATGTACAATGTGGCTGAGATTTGTTTCGATGAATAT
66 GATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* * ** ** * * * * * * * *
3385 AGATATTTCCAGGAAACTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGTGCCGGGGCACCGGAA--CGTT
131 TGATATTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTT
* *
3448 TTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGTAAAAAACTGACCCAAA
196 TTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGC----------T-AAAAACTGACCCGAA
* * * * *
3513 AAATATTTCTTCAA-TTTTTGCCACAATACTCAGAAGAAATATATAATTTAAAGACAAAAA-AAT
250 AAATTTTTCTTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAGAA-
*
3576 TGAAG
314 TGAAA
* * ** * * *
3581 GATTTTTCACGCTTCTAATATCCTATTT-CTTTTTTTTTGAATTTATCTCTAATTAAATCTAAAC
1 G-TTTTTCACGCTTCTAATATCGT-TTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATATAAAC
* * * * *
3645 AAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCAAATGTGGCTTAGATTTGGTTAGATGAAT
64 AAGATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAAT
* * *
3710 ATTGATTTTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAAACCCATGCAAAACTGAGTCAAGG-CCCGAAACGCG
129 ATTGATATTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCG
* * *
3774 ATTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCA
194 TTTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGA-TTT--C----A----GCTAAAAACTGACCCG
* * * *
3839 AAAAATATTTCCTCATTTTTTTGCCACAATACTCATAAGAAATATATAATTCAACGACAAAAAAA
248 AAAAATTTTTCTTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGAC--AAAAA
* *
3904 AAATGAAG
311 GAATGAAA
** * * * *
3912 GATTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTTTTTTGTTCC-GAATTTATCTCTTATTAAATCTA
1 G-TTTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTTC--CATTT-TTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATATA
* * * *
3976 AACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAGAAATCATTAAAT-CAAT-TGTGCTGAGATTTGGTTACAT
61 AACAAGATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTG-GCTGAGATTTGGTTAGAT
* * * *
4039 GAATATTGATTTTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCAAAGTCCCGAAA
125 GAATATTGATATTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAA
* * * *
4104 CGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGTACAGGATTTTAGCTA-A-AATTT-TGCAAAAAAACTGA
190 CGCGTTTTTAGCCAAAAA-CGTGA--T---GG---TTAG-TACACGATTTCAGC-TAAAAACTGA
* * * * * *
4166 CCCAAAAAATATTTCTTCATTTTTTTGCCACAATACTCAGAAGAAATATATAATTCATCGACAAA
244 CCCGAAAAATTTTTCTTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGACAAA
* *
4231 AAAAATGAAG
309 AAGAATGAAA
** * * *
4241 GATTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTTTTTGTTCC-GAATTTATCTCTTAA-TAAATCTA
1 G-TTTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTTC-CATTT-TTCCTGAATTAATTTC-TAATTAAATATA
* * * * *
4304 AACAAGATTCAGATACTCGTAAAAAGAAATCCTTAAAT-CAATTGTGGCTAAGATTTGGTTACAT
61 AACAAGATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAA-TGTGGCTGAGATTTGGTTAGAT
* * * * *
4368 GAATATTGATTTTTCAAGGAGTCTTTATCTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCAAAGTCCCGAAA
125 GAATATTGATATTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAA
* * * *
4433 CGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTGACCCGAAAATT
190 CGCGTTTTTAGCCAAAAA-CGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAAACTGACCCGAAAAAT
*
4498 TTGTTC-TCAATTTTTTAGCTACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAAC-ACCAAAAAGAATG
254 TT-TTCTTCAATTTTTT-GCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGA-CAAAAAGAATG
4561 CAAA
316 -AAA
* * *
4565 -ATTTTCACGCTTCTAATGTCGTTTTCCATTTTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATAGAAACA
1 GTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCA-TTTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATATAAACA
* * ** * *
4629 AGATTCATATGCACGTAAAAATAAATCCTTATATCCAAAATGGCTGAGATTTGATTCGAT-AGAT
65 AGATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGA-AT
* * ** * * * * * *
4693 ATAGATATTTCAAGGAATCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAGCCG-GGACTCCGGAA-GC
129 ATTGATATTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGG-CCCCGAAACG-
* * *
4756 CTTTTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTATTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACC
192 CGTTTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGA-TTT--C----A----GCTAAAAACTGACC
* * * *** ** * **
4821 CAAAAAATGTTTCTTCATTTTTTTATTTATTATACTCAGATGAAATATATAATTCAACGACAAAA
246 CGAAAAATTTTTCTTCAATTTTTT-GCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGACAAAA
* *
4886 AAAATTGAAG
310 AGAA-TGAAA
* * * * * *
4896 GATTTTTCACGCATCTAATATCGTTTTTCTTTTTTTCTGAAATT-ATCTCTAATTAAATCTAAAC
1 G-TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTCCTG-AATTAATTTCTAATTAAATATAAAC
* * * *
4960 AAGATTCAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAAT-CAATTGTGGCTGAAATTTGGTTAGATGAA
64 AAGATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAA-TGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAA
* *
5024 TATTTAT-TTTACAAGGTGTCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACG
128 TATTGATATTT-CAAGGAGTCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACG
* * * * * *
5088 CGTTTTTAACTAAAAACTGTGATGGTTAGTATATGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAAAATTTT
192 CGTTTTTAGCCAAAAAC-GTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAAACTGACCCGAAAAATTT
* * * *
5153 GTTC-TCAATTTCTTAGCTACAATACTCATTAAAAATATATAATTCAAC-ACCAACAAGAATGCA
256 -TTCTTCAATTT-TTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGA-CAAAAAGAATG-A
5216 AA
317 AA
* * * *
5218 GTTTTTCACACTTCTAATGTCGTTTTCCATTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAAATAGAAACAA
1 GTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATATAAACAA
** * * * *
5283 GATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTATGTCCATTGTGGCTCAGATTTTGTTCGATGAATAT
66 GATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* * * * * * *
5348 AGATATTTCAAGGAGTCTTTGA-GCCAAAAATCATGCAAAATTGA-ACAGGGGCTCC-AGAACGC
131 TGATATTTCAAGGAGTCTTT-ATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTC-GAGGCCCCGA-AACGC
* * * * * *
5410 GTTTTTAGCCTAAAACGTGATACACGATTTTAGCTA-A-AATTT-TGCAAAAAACTTACCC-AAA
193 GTTTTTAGCCAAAAACGTGAT----G--GTTAG-TACACGATTTCAGCTAAAAACTGACCCGAAA
* * ** *
5471 AATTATTTCTTC-ATTTTTTTCCACAATACTCAGATGAAATATATAATTCAACAACAAAAA-AAT
251 AATT-TTTCTTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAGAA-
*
5534 TGAAG
314 TGAAA
* ** * *
5539 GATTTTTCACGCTTCTAATTTCGTTTTTCTTTTTTTCC-GAATTTATCTT-TAATTAAATCTAAA
1 G-TTTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTTCCATTTTTCCTGAATTAAT-TTCTAATTAAATATAAA
* * * *
5602 CAAGATTCAGATGCTC-TGAAAAACAAATTCTTAAAT-CAATTGTGGCTGATATTTGGTTAGATG
63 CAAGATTCAGATGCACGT-AAAAATAAATCCTTAAATCCAA-TGTGGCTGAGATTTGGTTAGATG
* *
5665 AATATTGATATTTCGAGGAGTCTTTATGTC-AAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCACCGAAAC
126 AATATTGATATTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAAC
* *
5729 GCGTTTTTAGCCAAAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAACACTGACCCGAAAATT
191 GCGTTTTTAGCC--AAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAAACTGACCCGAAAAAT
* * * *
5794 TTGTTC-TCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAACAATATATAATTCAATGCCAAAAACAATGCA
254 TT-TTCTTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAGAATG-A
5858 AA
317 AA
*
5860 GTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATAGAAACAA
1 GTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATATAAACAA
* ** * * *
5925 GATTCAGATGCACGTAAAAATATATCCTTATGTCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGAAGAATAC
66 GATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* ** * * *
5990 AGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAA-T---T-------CCGGAACGCGTT
131 TGATATTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTT
* * ** *
6044 TTTAGCCAAAAAGGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAGCCTGACCAAAA
196 TTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAA-ACTG----A-CC---CGAAAA
* * * ** * *
6109 ATATTTCTTCAATTTTTTGCCAC-ATAAAT-ATTGAAGGAT-T-T--TTC-ATG-C----TG---
252 ATTTTTCTTCAATTTTTTGCCACAAT-ACTCA-TAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAGAAT
*
6159 GTAA
315 GAAA
* * * *
6163 ---TAT--CG-TT-T--T-TC-ATTT---TTTTTCC-GAATTTATCTT-TAATTAAATCTAAACA
1 GTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTCCTGAATTAAT-TTCTAATTAAATATAAACA
* ** * * *
6212 AGATTCAGATGCTCGTAAAAACGAATCCTTAAATCTACTGTGGCTGAGGTTTGGTTAGATGAATA
65 AGATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATA
* ** * * * *
6277 TTGATTTTTCAACTAGTCTTTATGTTAAAAACCATGCAAAACTGAGTCCAAGCCCCGAAACGCGA
130 TTGATATTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGT
* * * * *
6342 CTTTAGCCAAAAACGTGATAGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAAGCTGACCCGAAAATTTTGTTC
195 TTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAAACTGACCCGAAAAATTT-TTC
**
6407 -TCAAAATTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAAC-ACCAAAAAGAATGCAAA
259 TTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGA-CAAAAAGAATG-AAA
* * *
6467 -ATTTTCACGCTTCTAATGTCGTTTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATAGAAACAA
1 GTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATATAAACAA
** * *
6531 GATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTATGTCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGAAGAATAT
66 GATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* ** * * * * * *
6596 AGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAACCATGCAAAATTGAGCCGGGGCTCCGGAACGCGTT
131 TGATATTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTT
* *
6661 TTTAGCCAAAAACATGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAGCCTGACCC-AA
196 TTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCT---A------AAAA--CTGACCCGAA
* * * * ** *
6725 AAATATTTCTTCAATTTTTTGCCACAAAAAT-ATTGAAGGAT-T-T--TTC-ACG-C----TG--
250 AAATTTTTCTTCAATTTTTTGCCACAATACTCA-TAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAGAA
*
6777 -GTAA
314 TGAAA
* * * * *
6781 ---TAT--CG-TT-T--T-TCAG--TT---TTTTTCCCGAATTTATCTCTAATTAAATCTAAACA
1 GTTTTTCACGCTTCTAATATC-GTTTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATATAAACA
* ** * * *
6831 AGATTCAGATGCTCGTAAAAACGAATCCTTAAATCTACTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATTAATA
65 AGATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATA
* * ** * *
6896 TTGATTTTTCTAGGAGTCTTTATGTTTAAAACCATGCAAAACTGAGTCCAGGCCCCGAAACGCGA
130 TTGATATTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGT
* * * * * * * *
6961 CTTAAGACAAAAACGTGATAGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAAGCTTACCCGAAAATTTTGTTC
195 TTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAAACTGACCCGAAAAATTT-TTC
**
7026 -TCAAAATTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAAC-ACCAAAAAGAATGTAAA
259 TTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGA-CAAAAAGAATG-AAA
* * * *
7086 -ATTTTCACGCTTCTAATGTCGTTTTCCATTTTTCTTGAATTAATTTCTAATTAAATAGAAACAA
1 GTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATATAAACAA
* ** * *
7150 GATTCATATGCACGTAAAAATAAATCCTTATGTCCAATGTCGCTGAGATTTGGTTCGATGAATAT
66 GATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
* ** * * * ** * * *
7215 AGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAACCGGGGCTCCGGAACGCGTT
131 TGATATTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTT
* *
7280 TTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTTAACTAAAATTTTG-TAAAAAAATTGACCCC
196 TTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGA-TTT--C----A----GCT--AAAAACTGACCCG
** * * **
7344 AAAAATAATTCTTCAATTTTTTGCCGCAATACTCAGATCAAATATATAATTCAACGACAAAAA-A
248 AAAAATTTTTCTTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAGA
7408 ATTGAAA
313 A-TGAAA
* * ** *
7415 GATTTTTCACGCATCTAATATCGTTTT---TCTTT--T---TT--TTTC---CGAAAT-T-ATC-
1 G-TTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATATAAACA
* * *
7464 ----TCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAAT-CAATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAAT
65 AGATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAA-TGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAAT
* * *
7524 ATTGAT-TTTCCAATGAGTATTTATGTTAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGC
129 ATTGATATTT-CAAGGAGTCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGC
* * * ** *
7588 ATTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACATGATTTCAATTAAAAACTGACCCGAAAATTTTG
193 GTTTTTAGCCAAAAA-CGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAAACTGACCCGAAAAATTT-
* * *
7653 TTC-TCAATTTTTAGCTACAACACTCATAAAAAATATATAATTCAAC-ACCAAAAAGAATGAAA
256 TTCTTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGA-CAAAAAGAATGAAA
*
7715 -TGTTTTCACGCTTCTAACTA-CGTTTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATAGAAAC
1 GT-TTTTCACGCTTCTAA-TATCGTTTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATATAAAC
* ** * * *
7778 AAGATTCAGATGCACGTAAAATTAAATCCTTATGTCTAATATGGCTGAGATTTGGTTCGATGAAT
64 AAGATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAAT
* * ** * * * ** * * *
7843 ATAGCTATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAACCGGGGCTCCGGAACGCG
129 ATTGATATTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCG
* * *
7908 TTTTTAGCCAAAAACGTGATGGTGTTAATACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACC
194 TTTTTAGCCAAAAACGTGAT-G-GTTAGTACACGA-TTT--C----A----GCTAAAAACTGACC
* ** * * **
7973 CCAAAAATAATTCTTCAATTTTTTGCCGCAATACTCAGATCAAATATATAATTCAACGACAAAAA
246 CGAAAAATTTTTCTTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAA
*
8038 -AATTGAAG
311 GAA-TGAAA
* ** * * *
8046 GATTTTTCACGCATCTAATATCGTTTTTCTTTTTTTTCC-GAAATT-ATATATAATTAAATCTAA
1 G-TTTTTCACGCTTCTAATATCG-TTTTC-CATTTTTCCTG-AATTAATTTCTAATTAAATATAA
* * * *
8109 ACAAGATACAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTT-AAT-CAATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATG
62 ACAAGATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAA-TGTGGCTGAGATTTGGTTAGATG
*
8172 AATATTGAT-TTTCGAAGGAATCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAA
126 AATATTGATATTTC-AAGGAGTCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAA
8236 CGCG
190 CGCG
8240 ATTCGGAATA
Statistics
Matches: 6353, Mismatches: 1065, Indels: 928
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
288 106 0.02
289 10 0.00
290 33 0.01
291 35 0.01
292 39 0.01
293 11 0.00
294 6 0.00
295 4 0.00
296 11 0.00
297 7 0.00
298 6 0.00
299 71 0.01
300 68 0.01
301 177 0.03
302 170 0.03
303 12 0.00
304 7 0.00
305 12 0.00
306 7 0.00
307 4 0.00
308 61 0.01
309 32 0.01
310 33 0.01
311 116 0.02
312 31 0.00
313 8 0.00
314 15 0.00
315 41 0.01
316 111 0.02
317 64 0.01
318 653 0.10
319 208 0.03
320 385 0.06
321 671 0.11
322 307 0.05
323 107 0.02
324 50 0.01
325 10 0.00
326 201 0.03
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328 235 0.04
329 342 0.05
330 120 0.02
331 301 0.05
332 328 0.05
333 495 0.08
334 239 0.04
335 103 0.02
337 1 0.00
339 2 0.00
340 2 0.00
341 3 0.00
342 1 0.00
343 5 0.00
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (318 bp):
GTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCTAATTAAATATAAACAA
GATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATAT
TGATATTTCAAGGAGTCTTTATGTCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGTT
TTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCTT
CAATTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGACAAAAAGAATGAAA
Found at i:6974 original size:619 final size:620
Alignment explanation
Indices: 5524--8240 Score: 3535
Period size: 619 Copynumber: 4.3 Consensus size: 620
5514 TAATTCAACA
* * *
5524 ACAAAAAAATTGAAGGATTTTTCACGCTTCTAATTTCGTTTTTC--TTTTTTTCCGAATTTATCT
1 ACAAAAATATTGAAGGATTTTTCACGCTGCTAATATCGTTTTTCATTTTTTTTCCGAATTTATCT
*
5587 TTAATTAAATCTAAACAAGATTCAGATGCTC-TGAAAAACAAATTCTTAAATCAATTGTGGCTGA
66 CTAATTAAATCTAAACAAGATTCAGATGCTCGT-AAAAACAAATTCTTAAATCAATTGTGGCTGA
* * * *
5651 TATTTGGTTAGATGAATATTGATATTTCGAGGAGTCTTTATG-TCAAAACCATGCAAAACTGAGT
130 GATTTGGTTAGATGAATATTGATTTTTCAAGGAGTCTTTATGTTAAAAACCATGCAAAACTGAGT
* ** * *
5715 CGAGGCACCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAACA
195 CGAGGCCCCGAAACGCGACTTTAG--ACAAAAACGTGATAGTTAGTACACGATTTCAGCTAAA-A
** * **
5780 -CTGACCCGAAAATTTTGTTCTCAATTTTTTGCCACAATACTCATAAACAATATATAATTCAATG
257 GCTGACCCGAAAATTTTGTTCTCAAAATTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACA
* * *
5844 CCAAAAACAATGCAAAGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCT
322 CCAAAAAGAATGCAAAGATTTTCACGCTTCTAATGTCGTTTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCT
*
5909 AATTAAATAGAAACAAGATTCAGATGCACGTAAAAATATATCCTTATGTCCAATGTGGCTGAGAT
387 AATTAAATAGAAACAAGATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTATGTCCAATGTGGCTGAGAT
*
5974 TTGGTTCGAAGAATACAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAA-T-------
452 TTGGTTCGAAGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAACCGG
*
6031 ---TCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAAGGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGC
517 GGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGC
** *
6093 AAAAGCCTGA--CCAAAAATATTTCTTCAATTTTTTGCC
582 AAAAAACTGACCCCAAAAATAATTCTTCAATTTTTTGCC
* * *
6130 ACATAAATATTGAAGGATTTTTCATGCTGGTAATATCGTTTTTCATTTTTTTTCCGAATTTATCT
1 ACAAAAATATTGAAGGATTTTTCACGCTGCTAATATCGTTTTTCATTTTTTTTCCGAATTTATCT
* * * * *
6195 TTAATTAAATCTAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACGAATCCTTAAATCTACTGTGGCTGAG
66 CTAATTAAATCTAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCAATTGTGGCTGAG
* **
6260 GTTTGGTTAGATGAATATTGATTTTTCAACTAGTCTTTATGTTAAAAACCATGCAAAACTGAGTC
131 ATTTGGTTAGATGAATATTGATTTTTCAAGGAGTCTTTATGTTAAAAACCATGCAAAACTGAGTC
* * * *
6325 CAAGCCCCGAAACGCGACTTTAGCCAAAAACGTGATAGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAAGCTG
196 GAGGCCCCGAAACGCGACTTTAGACAAAAACGTGATAGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAAGCTG
6390 ACCCGAAAATTTTGTTCTCAAAATTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACCAA
261 ACCCGAAAATTTTGTTCTCAAAATTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACCAA
6455 AAAGAATGCAAA-ATTTTCACGCTTCTAATGTCGTTTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCTAATT
326 AAAGAATGCAAAGATTTTCACGCTTCTAATGTCGTTTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCTAATT
6519 AAATAGAAACAAGATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTATGTCCAATGTGGCTGAGATTTGG
391 AAATAGAAACAAGATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTATGTCCAATGTGGCTGAGATTTGG
* *
6584 TTCGAAGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAACCATGCAAAATTGAGCCGGGGCT
456 TTCGAAGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAACCGGGGCT
*
6649 CCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACATGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAA
521 CCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAA
** *
6714 GCCTGA-CCCAAAAATATTTCTTCAATTTTTTGCC
586 AACTGACCCCAAAAATAATTCTTCAATTTTTTGCC
* *
6748 ACAAAAATATTGAAGGATTTTTCACGCTGGTAATATCGTTTTTCAGTTTTTTTCCCGAATTTATC
1 ACAAAAATATTGAAGGATTTTTCACGCTGCTAATATCGTTTTTCA-TTTTTTTTCCGAATTTATC
* * * *
6813 TCTAATTAAATCTAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACGAATCCTTAAATCTACTGTGGCTGA
65 TCTAATTAAATCTAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCAATTGTGGCTGA
* * *
6878 GATTTGGTTAGATTAATATTGATTTTTCTAGGAGTCTTTATGTTTAAAACCATGCAAAACTGAGT
130 GATTTGGTTAGATGAATATTGATTTTTCAAGGAGTCTTTATGTTAAAAACCATGCAAAACTGAGT
* * *
6943 CCAGGCCCCGAAACGCGACTTAAGACAAAAACGTGATAGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAAGCT
195 CGAGGCCCCGAAACGCGACTTTAGACAAAAACGTGATAGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAAGCT
*
7008 TACCCGAAAATTTTGTTCTCAAAATTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACCA
260 GACCCGAAAATTTTGTTCTCAAAATTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACCA
* *
7073 AAAAGAATGTAAA-ATTTTCACGCTTCTAATGTCGTTTTCCATTTTTCTTGAATTAATTTCTAAT
325 AAAAGAATGCAAAGATTTTCACGCTTCTAATGTCGTTTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCTAAT
* *
7137 TAAATAGAAACAAGATTCATATGCACGTAAAAATAAATCCTTATGTCCAATGTCGCTGAGATTTG
390 TAAATAGAAACAAGATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTATGTCCAATGTGGCTGAGATTTG
*
7202 GTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAACCGGGGC
455 GTTCGAAGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAACCGGGGC
* *
7267 TCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTTAACTAAAATTTTGTAAA
520 TCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTG-CAA
*
7332 AAAATTGACCCCAAAAATAATTCTTCAATTTTTTGCC
584 AAAACTGACCCCAAAAATAATTCTTCAATTTTTTGCC
* * * * * ** * **** ** * **
7369 GCAATACTCAGATCAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTGAAAGATTTTTCACGCATCTAAT
1 ACAAAAAT-A-TTGAAGGAT-T-TTTC-ACG-C-TGCTAA-T-ATCG-TTTTT----CATTTTTT
* ** *** ** **
7434 AT-CG--TTT-T-TCTTTTTTTTTCCGAA-ATTATCTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAA
52 TTCCGAATTTATCTCTAATTAAATCTAAACAAGAT-TCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAA
* * *
7493 TCAATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATTTTCCAATGAGTATTTATGTTAAAAACC
116 TCAATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATTTTTCAAGGAGTCTTTATGTTAAAAACC
* * *
7558 ATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGC-ATTTTTAGCCAAAAACCGTGATAGTTAGTACATG
181 ATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGA-CTTTAGACAAAAA-CGTGATAGTTAGTACACG
** * * * *
7622 ATTTCAATTAAAAACTGACCCGAAAATTTTGTTCTC-AATTTTTAGCTACAACACTCATAAAAAA
244 ATTTCAGCTAAAAGCTGACCCGAAAATTTTGTTCTCAAAATTTT-GCCACAATACTCATAAAAAA
*
7686 TATATAATTCAACACCAAAAAGAATG-AAATG-TTTTCACGCTTCTAACT-ACGTTTTCCATTTT
308 TATATAATTCAACACCAAAAAGAATGCAAA-GATTTTCACGCTTCTAA-TGTCGTTTTCCATTTT
*
7748 TCCTGAATTAATTTCTAATTAAATAGAAACAAGATTCAGATGCACGTAAAATTAAATCCTTATGT
371 TCCTGAATTAATTTCTAATTAAATAGAAACAAGATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTATGT
* * * *
7813 CTAATATGGCTGAGATTTGGTTCGATGAATATAGCTATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCA
436 CCAATGTGGCTGAGATTTGGTTCGAAGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCA
*
7878 TGCAAAATTGAACCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACGTGATGGTGTTAATACACGA
501 TGCAAAATTGAACCGGGGCTCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACGTGAT-G-GTTAGTACACGA
*
7943 TTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCCAAAAATAATTCTTCAATTTTTTGCCGCAATACT
564 TTTTAGCTAAAATTTTGCAAAAAACTGACCCCAAAAATAATTCTTCAATTTTTT---G-----C-
8008 C
620 C
8009 AGATCAAATATATAATTCAACGACAAAAAAATTGAAGGATTTTTCACGCAT-CTAATATCGTTTT
1 --A-C--A-A-A-AA-T-------------ATTGAAGGATTTTTCACGC-TGCTAATATCGTTTT
* * * *
8073 TC-TTTTTTTTCCGAAATTATATATAATTAAATCTAAACAAGATACAGATGCTCGTAAAAACAAA
43 TCATTTTTTTTCCGAATTTATCTCTAATTAAATCTAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAA
*
8137 TTCTT-AATCAATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGA-TTTTCGAAGGAATCTTTATG
108 TTCTTAAATCAATTGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATTGATTTTTC-AAGGAGTCTTTATG
*
8200 TCAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGA
172 TTAAAAACCATGCAAAACTGAGTCGAGGCCCCGAAACGCGA
8241 TTCGGAATAA
Statistics
Matches: 1866, Mismatches: 164, Indels: 116
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
606 203 0.11
607 108 0.06
608 113 0.06
609 41 0.02
617 70 0.04
618 70 0.04
619 513 0.27
620 7 0.00
621 32 0.02
622 1 0.00
623 5 0.00
624 1 0.00
625 3 0.00
626 3 0.00
627 1 0.00
628 6 0.00
629 142 0.08
630 296 0.16
631 46 0.02
632 27 0.01
633 2 0.00
634 4 0.00
635 2 0.00
639 1 0.00
640 1 0.00
643 1 0.00
645 1 0.00
646 1 0.00
647 4 0.00
648 4 0.00
649 1 0.00
650 6 0.00
651 88 0.05
652 39 0.02
653 5 0.00
654 1 0.00
655 2 0.00
656 2 0.00
657 3 0.00
658 3 0.00
659 1 0.00
660 5 0.00
661 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (620 bp):
ACAAAAATATTGAAGGATTTTTCACGCTGCTAATATCGTTTTTCATTTTTTTTCCGAATTTATCT
CTAATTAAATCTAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCAATTGTGGCTGAG
ATTTGGTTAGATGAATATTGATTTTTCAAGGAGTCTTTATGTTAAAAACCATGCAAAACTGAGTC
GAGGCCCCGAAACGCGACTTTAGACAAAAACGTGATAGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAAGCTG
ACCCGAAAATTTTGTTCTCAAAATTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACCAA
AAAGAATGCAAAGATTTTCACGCTTCTAATGTCGTTTTCCATTTTTCCTGAATTAATTTCTAATT
AAATAGAAACAAGATTCAGATGCACGTAAAAATAAATCCTTATGTCCAATGTGGCTGAGATTTGG
TTCGAAGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGAACCGGGGCT
CCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAATTTTGCAAAA
AACTGACCCCAAAAATAATTCTTCAATTTTTTGCC
Done.