Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01010474.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig10506, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2044
ACGTcount: A:0.43, C:0.19, G:0.16, T:0.23
Found at i:1034 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 1003--1054 Score: 77
Period size: 22 Copynumber: 2.4 Consensus size: 22
993 CTTTGCAAGT
*
1003 GGACAAATAGGATTGTCGCCAC
1 GGACAAATAGGATTGTCCCCAC
* *
1025 GGACAGATAGGATTGTCCCCAT
1 GGACAAATAGGATTGTCCCCAC
1047 GGACAAAT
1 GGACAAAT
1055 GAACTATAAC
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 4, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 26 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.21, G:0.27, T:0.19
Consensus pattern (22 bp):
GGACAAATAGGATTGTCCCCAC
Found at i:1123 original size:31 final size:31
Alignment explanation
Indices: 1076--1704 Score: 944
Period size: 31 Copynumber: 20.4 Consensus size: 31
1066 ATAGACCTAA
* * *
1076 AACTATATGCATTAACGATAGACCTAAACTG
1 AACTATATGCAATAACGATGGACCTAAAATG
** *
1107 AAAAATATGCAATAACGATAGACCTAAAATG
1 AACTATATGCAATAACGATGGACCTAAAATG
* * *
1138 AAATATATGCAACAACGATAGACCTAAAATG
1 AACTATATGCAATAACGATGGACCTAAAATG
* *
1169 AACCATATGCAACAACGA-GAGACCTAAAATG
1 AACTATATGCAATAACGATG-GACCTAAAATG
*
1200 AACTATATGCAATAACGATAGACCTAAAATG
1 AACTATATGCAATAACGATGGACCTAAAATG
* *
1231 AACTATATGCAATAACGATAGACCTTAAATG
1 AACTATATGCAATAACGATGGACCTAAAATG
*
1262 AACTATATGCAATAACGATAGACCT---A-G
1 AACTATATGCAATAACGATGGACCTAAAATG
*
1289 AACTATATGCAATAACGATAGACCTAAAATG
1 AACTATATGCAATAACGATGGACCTAAAATG
*
1320 AACTATATGCAATAACGATAGACCTAAAATG
1 AACTATATGCAATAACGATGGACCTAAAATG
1351 AACTATATGCAATAACGATGGACCTAAAATG
1 AACTATATGCAATAACGATGGACCTAAAATG
*
1382 AACTATATGCAATAATGATGGACCTAAAATG
1 AACTATATGCAATAACGATGGACCTAAAATG
*
1413 AACTATATGCAATAACGATGGACCTAGAATG
1 AACTATATGCAATAACGATGGACCTAAAATG
*
1444 AACTATATGCAATAACGATGGACCTAGAATG
1 AACTATATGCAATAACGATGGACCTAAAATG
*
1475 AACTATATGCAATAACGATGGACCTAGAATG
1 AACTATATGCAATAACGATGGACCTAAAATG
*
1506 AACTATATGCAATAACGATGGACCTAGAATG
1 AACTATATGCAATAACGATGGACCTAAAATG
*
1537 AACTATATGCAATAACGATGGACCTAGAATG
1 AACTATATGCAATAACGATGGACCTAAAATG
*
1568 AACTATATGCAATAACGATGGACCTACAATG
1 AACTATATGCAATAACGATGGACCTAAAATG
*
1599 AACTATATCCAATAACGATGGACCTAAAATG
1 AACTATATGCAATAACGATGGACCTAAAATG
* *
1630 AACTATATGCAATAACGATGGACCTAGAATA
1 AACTATATGCAATAACGATGGACCTAAAATG
* *
1661 AACTATATCCAATGACGATGGACCTAAAAATG
1 AACTATATGCAATAACGATGGACCT-AAAATG
1693 AACTATATGCAA
1 AACTATATGCAA
1705 CATGCCACAC
Statistics
Matches: 563, Mismatches: 28, Indels: 13
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
27 26 0.05
28 1 0.00
30 1 0.00
31 520 0.92
32 15 0.03
ACGTcount: A:0.45, C:0.17, G:0.15, T:0.22
Consensus pattern (31 bp):
AACTATATGCAATAACGATGGACCTAAAATG
Done.