Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01001048.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig01048, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 686
Length: 1144
ACGTcount: A:0.40, C:0.11, G:0.11, T:0.38
Found at i:908 original size:199 final size:196
Alignment explanation
Indices: 567--973 Score: 661
Period size: 204 Copynumber: 2.0 Consensus size: 196
557 GCTTAATAAC
567 TTTATCAATGGTGAATGTTATTAATTTTTTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAA
1 TTTATCAATGGTGAATGTTATTAATTTTTTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAA
* *
632 GATACAACACATTATTATTATATATAAAATACCAAATAAAAGTAGTTGAACATTAGTGGTTGATT
66 GATACAACACATTACTATTATATATAAAATACCAAAAAAAAGTAGTTGAACATTAGTGGTTGA-T
*
697 TATTAAATTAAATTAGATCAATATCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAGATATTAAAGATCCGA
130 TATT-AATTAAATTAGATCAATATCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAAATATT-AAGATCCGA
762 TTTA
193 TTTA
*
766 TTTATCAATGGTGAATTTTATTAATTTTTTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAA
1 TTTATCAATGGTGAATGTTATTAATTTTTTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAA
* *
831 GATACAACACATTACTATTATATATATAGAATTATACCAAAAAAAATTAGTTTAACATTAGTGGT
66 GATACAACACATTACTA-T-TATATATA-AA--ATACCAAAAAAAAGTAGTTGAACATTAGTGGT
*
896 TGATTTATTAAATTAAATTAGATCAATGTCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAAATATTAAGAT
126 TGA-TTATT-AATTAAATTAGATCAATATCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAAATATTAAGAT
961 CCGATTTA
189 CCGATTTA
969 TTTAT
1 TTTAT
974 TATTAAGGAA
Statistics
Matches: 196, Mismatches: 7, Indels: 6
0.94 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
199 80 0.41
200 1 0.01
201 8 0.04
202 2 0.01
203 18 0.09
204 87 0.44
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (196 bp):
TTTATCAATGGTGAATGTTATTAATTTTTTAAGTCTAAGATTACTAACAAAGTTGTAGTGAATAA
GATACAACACATTACTATTATATATAAAATACCAAAAAAAAGTAGTTGAACATTAGTGGTTGATT
ATTAATTAAATTAGATCAATATCAAACAAAATTTCAAAATTATAAAAAATATTAAGATCCGATTT
A
Done.