Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01010513.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig10545, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Found at i:710 original size:333 final size:331
Alignment explanation
Indices: 87--3727 Score: 3768
Period size: 333 Copynumber: 10.8 Consensus size: 331
77 TTAAATCTCA
* * * * * *
87 GGCTTAGTTTTGAATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTCGAAATATCTATATTTATCTAATCTAAT
1 GGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAAT
* * * * *
152 CTCCGCCAAATTTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTA
66 CTCAGCCACA-TTGCATTTAAGGATTTGTTTATACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTA
* * *
217 GAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAATGATATGAAAAGTGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTT
130 GAAATTAATTCAG-AAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAA-CCTTTTT
* * *
282 GGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAGCCATAAAA-TAAAGAAAAAATTTTT-GGGT
193 GGCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCA-AAAATTGAAG-AAAAATTTTTCGGGT
* *
345 CATTTTTTGCAAAATTTTACCCGAAATCGTGTACAAACTATCACAGTTTTTTTGCTAAAAACGCG
256 CATTTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACTATCAC-GTTTTTTTGCTAAAAACGCG
* *
410 TTTTTGGGTTTC
320 TTTTCGGGCTTC
* * * * *
422 GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTTGAGATTCCTTTAAATATCTATAATCATCTAATCAAAT
1 GGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAAT
* ** * *
487 CTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTCTTTATACGATAATCTGAATCTTGTTCCGATTGAATTAG
66 CTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTATACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
* *
552 AAATTAATTCATAAAAATATTAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGC
131 AAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGC
* * ** * * * *
617 GTTAAATTATATATATTTAATGAGTATTTTAGCCATCAGTTAAAGAAAATTTTTTAGGGTCATTT
196 GTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCAAAAATTGAAGAAAAATTTTTCGGGTCA-TT
* *
682 TTTTGTAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACGATCACCGTTTTTTTTTTTTTTTTCGCTAAA
260 TTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACTATCA-CG---------TTTTTTT-GCTAAA
*
747 AACGCGTTTT-GGGGTTC
314 AACGCGTTTTCGGGCTTC
** * * * * * * *
764 AACTCAGCTTTGCATGATTTTTGGTGTTGAGATTCCTTGAAATATCTATAATCATCTAATTAAAT
1 GGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAAT
* * * *
829 CTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTCGTTTATATGAGTATCTGAATCTTGTTTCGTTTTAATTAG
66 CTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTATACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
* * **
894 ATATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTGTTTGG
131 AAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAACCTT-TTTGG
* * * * * *
959 TGTTAAATTATAAATATTTTATGGGCATTTTAGCCAAAAATTGAGGAGAAATTTTTCGAGTCATT
195 CGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCAAAAATTGAAGAAAAATTTTTCGGGTCATT
* * * * * *
1024 TTCTGCAAAA-TTTAAGCTGGAATCGTGTACTAACCATCACAG-TTTTTGGCTAAAAACGCGCTT
260 TTTTGCAAAATTTTAA-CCGAAATCGTGTACTAACTATCAC-GTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTT
**
1087 TCGGGCCCC
323 TCGGGCTTC
* * * * ** * *
1096 GGCTTAGTTTTGAATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTCAAAATATCTATATTTATCTAATGAAAT
1 GGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAAT
* * ** * * * * * *
1161 CCCCGCCACATTTAAATTTAAGAATTTATTTTTACAAGCATCTGAATATTGTTTTGATTTAATTA
66 CTCAGCCACA-TTGCATTTAAGGATTTGTTTATACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTA
** *
1226 GAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCACGAAAAGTCCTTCAACCTTTTTGG
130 GAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGG
* * * * *
1291 CGTTAAATTATAGATATTTCT-TGAGTATTTTAGCCAAGAATTGAAGAAAAAAATTTT-GGGGCA
195 CGTTAAATTATATATATTT-TATGGGTATTTTAGCCAAAAATTGAAG-AAAAATTTTTCGGGTCA
* * * *
1354 TCTTTTGGCAAAATTTTACCCGAAATTGTGTACTAACCATCACGTTTTTTTTTGTTGCTAAAAAC
258 T-TTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACTATCACG----TTTTT-TTGCTAAAAAC
** *
1419 GCGTTTAGGGGCTAC
317 GCGTTTTCGGGCTTC
* * * *
1434 GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCATCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAACTTATCAAAT
1 GGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAAT
* * * ** * *
1499 CTCAGCCAGATTTCATTTAAGGATTTGTTTATATGAGCATCAAAATCTTTTTTCGATTTAATTAT
66 CTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTATACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
* * * * *
1564 AAATTAATTTAGAAAATTTTGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGG
131 AAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAA-CCTTTTTGG
* ** * * * *
1629 CGTTAAATTATATATATTTCATGATTATTTTAGCCATAAATTAAAGAAAAAATTTT-GGATCATT
195 CGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCAAAAATTGAAGAAAAATTTTTCGGGTCATT
* * * * *
1693 TTTTGCAAAATTTTACCCGAAATCGTGTAGTAACTATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTTT
260 TTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACTATCACGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTC
*
1758 GGGATTC
325 GGGCTTC
* * * * *
1765 AGCTCAGTTTTGAATAATTTTTGGCGTTGAGATTACTTG-AATATCTATATTCATCTAATCAAAT
1 GGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAAT
* * * *
1829 CTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTCTTTATACTATCATCTGTATCTTGTTTCGATTTAATTAG
66 CTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTATACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
* * * *
1894 AAATTAATTCAGAAAAATATG-AAAATGATATTAAAAGGGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGG
131 AAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAA-CCTTTTTGG
* * * *
1958 CGTTAAATTATATATATATTATGGGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAGAAATTTTTTGGGTCATT
195 CGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCAAAAATTGAAGAAAAATTTTTCGGGTCATT
* * * * * * * * *
2023 TTCTGCAAAA-TCTAAGCTTG-AATCGTGTGCGT-ACAATCAGGATTTTTGGCTAAAAACGCATT
260 TTTTGCAAAATTTTAA-C-CGAAATCGTGTAC-TAACTATCACGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTT
*
2085 TCCGGGC-TC
322 TTCGGGCTTC
* * * ** *
2094 AGGGTTAGTTTTGAATGATTTTTTGCACCGAGATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTA
1 -GGCTCAGTTTTGAATGA-TTTTTG----GCG-TCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTA
* * * * * *
2159 ATCAAATCTCAGCTACATTTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATTTGAATCTTGTTTTGAT
59 ATCAAATCTCAGCCACA-TTGCATTTAAGGATTTGTTTATACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGAT
* ** * *
2224 TTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCACGAAAATTCCTTCAACC
123 TTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAACC
* * *
2289 TTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAAGAAAAATATTTCG
188 TTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCAAAAATTGAAGAAAAATTTTTCG
* * *
2354 GGTCATTTTTTGAAAAATTTTACCCGAAATCGTTTACTAACTATCACGGCTTTTTTTGCTAAAAA
253 GGTCATTTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACTATCAC-G-TTTTTTTGCTAAAAA
* *
2419 CGAG-TTTCGGGGCTAC
316 CGCGTTTTC-GGGCTTC
* * * * * *
2435 GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTTGAGATTCCTTGAAATATCTATAATAATCTAATTAAAT
1 GGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAAT
* *
2500 CTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTAGTTTACACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
66 CTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTATACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
* *
2565 AAATTAATTCAGAAAAATATGAAGAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCCTTTTTGG
131 AAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAA-CCTTTTTGG
* * *
2630 CGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAGAAATTTTTCGTGTCATT
195 CGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCAAAAATTGAAGAAAAATTTTTCGGGTCATT
* * * * * * * *
2695 TTCTACAAAA-TTTAAGCTGGAATCGTTTAGT-AC-ATCACG-GTTTTTGACTAAAAACGCATTT
260 TTTTGCAAAATTTTAA-CCGAAATCGTGTACTAACTATCACGTTTTTTTG-CTAAAAACGCGTTT
* **
2756 CCGGGCCCC
323 TCGGGCTTC
* * * * * * *
2765 GACTTAGTTTTGCATTATTTTTTGCGCCGAGACCAAGATTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAA
1 GGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCGTCGAGA-C-----TCCTTGAAATATCTATATTCATCTAA
* * * * * * *
2830 TCAAATCTCAGCTACATTTGAATTTAACGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAAACTTGTTTTGATT
60 TCAAATCTCAGCCACA-TTGCATTTAAGGATTTGTTTATACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATT
* *** *
2895 CAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATG-AAAACGATATGAAAAGCACAAAAAGTCCTTCAACCT
124 TAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAACCT
* * *
2959 TTTTGGTGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCAAAAATTAAAGAAAAATATTTCGG
189 TTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCAAAAATTGAAGAAAAATTTTTCGG
*
3024 GTCATTTTTTTGCAAAATTTT-ACACGAAATCGTGTACTATA-TATCATAGTTTTTTTTTGCTAA
254 GTCA-TTTTTTGCAAAATTTTAAC-CGAAATCGTGTACTA-ACTATCA-CG--TTTTTTTGCTAA
* *
3087 AAACGAG-TTTCGAGGCTAC
313 AAACGCGTTTTCG-GGCTTC
* * ** * ** * * *
3106 GACTCAGTTTTGTATGGGTTTTGGCATCGAGACTGTTTGAAATATCTATTTTCATCTTATCAATT
1 GGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAAT
* * * *
3171 CTCAGCCACATTGCATTTAAAGATTTCTTTATACGAGCATCTAAATCTTGTTTCAATTTAATTAG
66 CTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTATACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
*
3236 AAATTAATTCAGAAAAATATGAAAACTTGAGGGTATTTTATGGGTATTTGAAAGCGTGAAAAGTC
131 AAATTAATTCAGAAAAATATGAAAA----A-CG-A---TAT--G-A----AAAGCGTGAAAAGTC
* * * * *
3301 CTCCAATCTTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCGAAAACTTGAGGAGA
180 CTCCAA-CCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCAAAAATTGAAGAAA
* * * * * * * * *
3366 AATTTTTCGGGTCATTTTCTGCAAAA-TTTAAGCTGGAATCGTGCATTGACAATCACGGTTTTTG
244 AATTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAA-CCGAAATCGTGTACTAACTATCACGTTTTTTT
*
3430 GCTAAAAACGCG-TTTCGGGGCTTA
308 GCTAAAAACGCGTTTTC-GGGCTTC
* * * * *
3454 GGCTTAGTTTTGAATGATTTTTGGCGCCAAGACTCCTCGAAATATCTATATTTATCTAATCAAAT
1 GGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAAT
* * * * * * *
3519 CTCCGCCAAATTTGAATTTAAGGACTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTACGATTTAATTA
66 CTCAGCCACA-TTGCATTTAAGGATTTGTTTATACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTA
*
3584 GAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGG
130 GAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGG
* * * * *
3649 AGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCAAAACTTGAGGAGAAATTTTTTTGGGTCAT
195 CGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCAAAAATTGAAGA-AAAATTTTTCGGGTCAT
*
3714 TTTATGCAAAATTT
259 TTTTTGCAAAATTT
3728 AAGCTTGAAT
Statistics
Matches: 2741, Mismatches: 466, Indels: 199
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
329 99 0.04
330 203 0.07
331 90 0.03
332 230 0.08
333 359 0.13
334 260 0.09
335 171 0.06
336 133 0.05
337 215 0.08
338 289 0.11
339 41 0.01
340 42 0.02
341 45 0.02
342 219 0.08
343 71 0.03
344 4 0.00
345 1 0.00
346 1 0.00
347 1 0.00
348 82 0.03
349 72 0.03
350 5 0.00
351 43 0.02
352 65 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (331 bp):
GGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCGTCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAAT
CTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTATACGAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAG
AAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAACCTTTTTGGC
GTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCAAAAATTGAAGAAAAATTTTTCGGGTCATTT
TTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTACTAACTATCACGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTTTTCG
GGCTTC
Found at i:2824 original size:670 final size:666
Alignment explanation
Indices: 87--3727 Score: 4059
Period size: 670 Copynumber: 5.4 Consensus size: 666
77 TTAAATCTCA
* * *
87 GGCTTAGTTTTGAATGATTTTTGGC-G-CCAAGACTCCTCGAAATATCTATATTTATCTAATCTA
1 GGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGGACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATCAA
* *
150 ATCTCCGCCAAATTTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
66 ATCTCAGCCACATTTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
* * *
215 TAGAAATTAATTCAGAAAAAATATGAAAAATGATATGAAAAGTGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTT
131 TAGAAATTAATTCAG-AAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAA-CCTTT
*
280 TTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAGCCATAAAA-TAAAGAAAAA-ATTTTTGG
194 TTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAGCCA-AAAATTAAAGAAAAATA-TTTCGG
* *
343 GTCATTTTTTGCAAAATTTTACCCGAAATCGTGTACAAACTATCACAGTTTTTTTGCTAAAAACG
257 GTCATTTTTTGCAAAATTTTACCCGAAATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTTTGCTAAAAACG
** * * * * *
408 CGTTTTTGGGTTTCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTTGAGATTCCTTTAAATATCTATAA
322 CGTTTCGGGGCTACGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCGTTGAGATTCCTTGAAATATCTATAT
**
473 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTCTTTATACGATAATCTGAATCTTGT
387 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTCTTTATACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * * *
538 TCCGATTGAATTAGAAATTAATTCATAAAAATATTAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCT
452 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATA-TGAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCT
* * ** * * *
603 CCAA-CCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTAATGAGTATTTTAGCCATCAGTTAAAGA-AAA
516 CCAATCCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAGAAA
* * * * * *
666 TTTTTTAGGGTCATTTTTTTGTAAAATTTTAA-CCGAAATCGTGTACTAACGATCACCGTTTTTT
581 -TTTTTCGGGTCA-TTTTCTGCAAAA-TTTAAGCTGGAATCGTGTACTAACAATCA-CG------
* * * * *
730 TTTTTTTTTTCGCTAAAAACGCGTTT-TGGGGTTC
636 ----GTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCCGGGCTCC
** * * * *** * * * *
764 AACTCAGCTTTGCATGATTTTTGG-TG-TTGAGATTCCTTGAAATATCTATAATCATCTAATTAA
1 GGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGGACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATCAA
* * * ** * *
827 ATCTCAGCCACA-TTGCATTTAAGGATTCGTTTATATGAGTATCTGAATCTTGTTTCGTTTTAAT
66 ATCTCAGCCACATTTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
* * **
891 TAGATATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTGTT
131 TAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAACCTT-TT
* * * * * * * * * *
956 TGGTGTTAAATTATAAATATTTTATGGGCATTTTAGCCAAAAATTGAGGAGAAATTTTTCGAGTC
195 TGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAGCCAAAAATTAAAGAAAAATATTTCGGGTC
* * * * * * * *
1021 ATTTTCTGCAAAATTTAAGCTGGAATCGTGTACTAACCATCACAG-TTTTTGGCTAAAAACGCGC
260 ATTTTTTGCAAAATTTTACCCGAAATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTTTGCTAAAAACGCG-
** * * *** * ** *
1085 TTTC-GGGCCCCGGCTTAGTTTTGAATGATTTTTTGCGCCAAGACTCCTCAAAATATCTATATTT
324 TTTCGGGGCTACGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCGTTGAGATTCCTTGAAATATCTATATTC
* * * ** * * * * *
1149 ATCTAATGAAATCCCCGCCACATTTAAATTTAAGAATTTATTTTTACAAGCATCTGAATATTGTT
389 ATCTAATCAAATCTCAGCCACA-TTGCATTTAAGGATTTCTTTATACGAGCATCTGAATCTTGTT
* * ** *
1214 TTGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCACGAAAAGTCCTT
453 TCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATG-AAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTC
* * * * *
1279 CAA-CCTTTTTGGCGTTAAATTATAGATATTTCT-TGAGTATTTTAGCCAAGAATTGAAGAAAAA
517 CAATCCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTT-TATGGGTATTTTAGCCAAAAATTG-AGGAGAA
* * * * * * * * *
1342 AATTTT-GGGGCATCTTT-TGGCAAAATTTTACCCGAAATTGTGTACTAACCATCACGTTTTTTT
580 ATTTTTCGGGTCAT-TTTCT-GCAAAATTTAAGCTGGAATCGTGTACTAACAATCACG---GTTT
** *
1405 TTGTTGCTAAAAACGCGTTTAGGGGCTAC
640 TTG--GCTAAAAACGCGTTTCCGGGCTCC
* * * * * *
1434 GGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC--ATCGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCAACTTATCAA
1 GGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGGACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATCAA
* * * ** ** *
1497 ATCTCAGCCAGATTT-CATTTAAGGATTTGTTTATATGAGCATCAAAATCTTTTTTCGATTTAAT
66 ATCTCAGCCACATTTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
* * * * * *
1561 TATAAATTAATTTAGAAAATTTTGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTT
131 TAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAA-CCTTTT
* * * *
1626 TGGCGTTAAATTATATATATTTCATGATTATTTTAGCCATAAATTAAAGAAAAA-ATTTTGGATC
195 TGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAGCCAAAAATTAAAGAAAAATATTTCGGGTC
* *
1690 ATTTTTTGCAAAATTTTACCCGAAATCGTGTAGTAACTATCACGG-TTTTTGGCTAAAAACGCGT
260 ATTTTTTGCAAAATTTTACCCGAAATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTTTGCTAAAAACGCGT
** * * * * *
1754 TTTTGGGATTCAGCTCAGTTTTGAATAATTTTTGGCGTTGAGATTACTTG-AATATCTATATTCA
325 TTCGGGGCTACGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCGTTGAGATTCCTTGAAATATCTATATTCA
* * *
1818 TCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTCTTTATACTATCATCTGTATCTTGTTTC
390 TCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTCTTTATACGAGCATCTGAATCTTGTTTC
* *
1883 GATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAATGATATTAAAAGGGTGAAAAGTCCTCCAA
455 GATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAA
* *
1948 TCTTTTTTGGCGTTAAATTATATATATATTATGGGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAGAAATTTT
520 TCCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAGAAATTTT
* * * *
2013 TTGGGTCATTTTCTGCAAAATCTAAGCTTGAATCGTGTGCGT-ACAATCA-GGATTTTTGGCTAA
585 TCGGGTCATTTTCTGCAAAATTTAAGCTGGAATCGTGTAC-TAACAATCACGG-TTTTTGGCTAA
* *
2076 AAACGCATTTCCGGGCTCA
648 AAACGCGTTTCCGGGCTCC
* * * **
2095 GGGTTAGTTTTGAATGATTTTTTGCACCGAGATAAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAA
1 GGCTTAGTTTTGCATGA-TTTTTG--GCG-GACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAA
* * *
2160 TCAAATCTCAGCTACATTTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATTTGAATCTTGTTTTGATT
62 TCAAATCTCAGCCACATTTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATT
* ** * *
2225 TAATTAGAAATTAATTTAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCACGAAAATTCCTTCAACCT
127 TAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAACCT
*
2290 TTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAAGAAAAATATTTCGG
192 TTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAGCCAAAAATTAAAGAAAAATATTTCGG
* *
2355 GTCATTTTTTGAAAAATTTTACCCGAAATCGTTTACTAACTATCACGGCTTTTTTTGCTAAAAAC
257 GTCATTTTTTGCAAAATTTTACCCGAAATCGTGTACTAACTATCACGG-TTTTTTTGCTAAAAAC
* *
2420 GAGTTTCGGGGCTACGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTTGAGATTCCTTGAAATATCTATA
321 GCGTTTCGGGGCTACGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCGTTGAGATTCCTTGAAATATCTATA
* * * ** *
2485 ATAATCTAATTAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTAGTTTACACGAGCATCTGAATCTTG
386 TTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTCTTTATACGAGCATCTGAATCTTG
2550 TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAGAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCC
451 TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAA-AACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCC
2615 TCCAATCCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAGAA
515 TCCAATCCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAGAA
* * * * *
2680 ATTTTTCGTGTCATTTTCTACAAAATTTAAGCTGGAATCGTTTAGT-AC-ATCACGGTTTTTGAC
580 ATTTTTCGGGTCATTTTCTGCAAAATTTAAGCTGGAATCGTGTACTAACAATCACGGTTTTTGGC
* *
2743 TAAAAACGCATTTCCGGGCCCC
645 TAAAAACGCGTTTCCGGGCTCC
* * *
2765 GACTTAGTTTTGCATTATTTTTTGCGCCGAGACCAAGATTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAA
1 GGCTTAGTTTTGCATGA-TTTTTG-G-CG-GACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAA
* * * * * *
2830 TCAAATCTCAGCTACATTTGAATTTAACGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAAACTTGTTTTGATT
62 TCAAATCTCAGCCACATTTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATT
* *** *
2895 CAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATG-AAAACGATATGAAAAGCACAAAAAGTCCTTCAACCT
127 TAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAACCT
* * *
2959 TTTTGGTGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCAAAAATTAAAGAAAAATATTTCGG
192 TTTTGGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAGCCAAAAATTAAAGAAAAATATTTCGG
* * *
3024 GTCATTTTTTTGCAAAATTTTACACGAAATCGTGTACTATA-TATCATAGTTTTTTTTTGCTAAA
257 GTCA-TTTTTTGCAAAATTTTACCCGAAATCGTGTACTA-ACTATCA-CG-GTTTTTTTGCTAAA
* * * * ** * * * **
3088 AACGAGTTTCGAGGCTACGACTCAGTTTTGTATGGGTTTTGGCATCGAGACTGTTTGAAATATCT
318 AACGCGTTTCGGGGCTACGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCGTTGAGATTCCTTGAAATATCT
* * * * *
3153 ATTTTCATCTTATCAATTCTCAGCCACATTGCATTTAAAGATTTCTTTATACGAGCATCTAAATC
383 ATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTCTTTATACGAGCATCTGAATC
*
3218 TTGTTTCAATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAACTTGAGGGTATTTTATGGGTAT
448 TTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAC------G-A---TAT---TA-
*
3283 TTGAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTT
499 ---AAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTT
* * * *
3348 AGCGAAAACTTGAGGAGAAATTTTTCGGGTCATTTTCTGCAAAATTTAAGCTGGAATCGTGCATT
561 AGCCAAAAATTGAGGAGAAATTTTTCGGGTCATTTTCTGCAAAATTTAAGCTGGAATCGTGTACT
* * **
3413 GACAATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCTTA
626 AACAATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCCGGGCTCC
* *
3454 GGCTTAGTTTTGAATGATTTTTGGC-G-CCAAGACTCCTCGAAATATCTATATTTATCTAATCAA
1 GGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGGACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATCAA
* * * *
3517 ATCTCCGCCAAATTTGAATTTAAGGACTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTACGATTTAAT
66 ATCTCAGCCACATTTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
*
3582 TAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTT
131 TAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAACCTTTTT
* * * * * * * * *
3647 GGAGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCAAAACTTGAGGAGAAATTTTTTTGGGTC
196 GGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAGCCAAAAATTAAAGA-AAAATATTTCGGGTC
*
3712 ATTTTATGCAAAATTT
260 ATTTTTTGCAAAATTT
3728 AAGCTTGAAT
Statistics
Matches: 2532, Mismatches: 366, Indels: 125
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
661 33 0.01
662 6 0.00
663 6 0.00
664 1 0.00
665 1 0.00
666 65 0.03
667 230 0.09
668 174 0.07
669 207 0.08
670 482 0.19
671 277 0.11
672 124 0.05
674 97 0.04
675 301 0.12
676 66 0.03
677 62 0.02
680 3 0.00
683 115 0.05
684 95 0.04
685 13 0.01
686 1 0.00
687 120 0.05
688 8 0.00
689 45 0.02
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (666 bp):
GGCTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGGACCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTTATCTAATCAA
ATCTCAGCCACATTTGAATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAAT
TAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAAACGATATGAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAACCTTTTT
GGCGTTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAGCCAAAAATTAAAGAAAAATATTTCGGGTCA
TTTTTTGCAAAATTTTACCCGAAATCGTGTACTAACTATCACGGTTTTTTTGCTAAAAACGCGTT
TCGGGGCTACGGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCGTTGAGATTCCTTGAAATATCTATATTCAT
CTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTCTTTATACGAGCATCTGAATCTTGTTTCG
ATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATATGAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAAT
CCTTTTTGGCGTTAAATTATATATATTTTATGGGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAGAAATTTTT
CGGGTCATTTTCTGCAAAATTTAAGCTGGAATCGTGTACTAACAATCACGGTTTTTGGCTAAAAA
CGCGTTTCCGGGCTCC
Done.