Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01010529.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig10561, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2298
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.16, T:0.36
Found at i:682 original size:325 final size:328
Alignment explanation
Indices: 1--738 Score: 863
Period size: 326 Copynumber: 2.2 Consensus size: 328
* *
1 TAACCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAAAAGTGTTTCGGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGATTTT
1 TAACCATCACGG-TTTTTGGCT--AAAAACTGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTT
* *
66 TGGCGCCGAGACTCCTTAATATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAG
63 TGGCGCCGAGACTCCTTAATATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGACACATTGAATTTAAG
*
131 GATTGTTTTTAAAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGGAAAAATATG
128 GATTGTTTTTAAAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGGAAAAATATG
* * * * *
196 AAAAACAATATTAAAAGCGTGAAAAGGCTTTCAATTTTTTTGACATTGAATTATATGTTTTTATG
193 AAAAACAATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATTTTTTT-A-ATCGAATTATATATTTTTATG
* ** * *
261 AGTATTTTTGTTAGAAATCGAGAAAAAATCTTTCGGATCAATTTTTGCAAAAATTTTAGCAGAAA
256 AGTATTTTAGCCAAAAATCGAGAAAAAATCTTTCGGACCAATTTTTGCAAAAATTTTAGCAGAAA
326 TCGTGTAC
321 TCGTGTAC
* *
334 TAACCATCACGGTTCTCGGCTAAAAACTCG-TTCTGGGG-CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTT
1 TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACT-GTTTC-GGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTT
*
397 GGTG-C-A-A-TCCTTGAA-ATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGACACATT-AGATTTAA
64 GGCGCCGAGACTCCTT-AATATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGACACATTGA-ATTTAA
**
456 GGATTTGTTTTTTCGAA-CATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTC-GGAAAAAT
127 GGA-TTG-TTTTTAAAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGGAAAAAT
* * * * *
519 -TGGAAAAACAATATTAGAAGTGTTAAAATCCCTTAAATCTTTTTT-ATCGAATTATGTATTTTT
190 AT-GAAAAACAATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTAAAT-TTTTTTAATCGAATTATATATTTTT
* * * * * ** *
582 CATTAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATCTTTCGGGCCAATTTTTGCAAATGTTTTAGCC
253 -ATGAGTATTTTAGCCAAAAATCGAGAAAAAATCTTTCGGACCAATTTTTGCAAAAATTTTAGCA
*
647 GAAATCGTGTGC
317 GAAATCGTGTAC
* * * * * **
659 TAACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAA-TGCATTTCAGGACCACAGCTGTGTTTTGCATGATTTTT
1 TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACTG--TTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTT
*
723 GGCACCGAGACTCCTT
64 GGCGCCGAGACTCCTT
739 GAATCGTGTA
Statistics
Matches: 343, Mismatches: 45, Indels: 37
0.81 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
323 1 0.00
324 16 0.05
325 89 0.26
326 111 0.32
327 50 0.15
328 9 0.03
329 2 0.01
330 41 0.12
331 5 0.01
332 7 0.02
333 12 0.03
ACGTcount: A:0.31, C:0.15, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (328 bp):
TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACTGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
CGCCGAGACTCCTTAATATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGACACATTGAATTTAAGGAT
TGTTTTTAAAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCAGGAAAAATATGAAA
AACAATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTTAAATTTTTTTAATCGAATTATATATTTTTATGAGTAT
TTTAGCCAAAAATCGAGAAAAAATCTTTCGGACCAATTTTTGCAAAAATTTTAGCAGAAATCGTG
TAC
Found at i:1733 original size:785 final size:781
Alignment explanation
Indices: 54--1972 Score: 2884
Period size: 783 Copynumber: 2.4 Consensus size: 781
44 CGGCTTAGTT
* * * *
54 TTGCATGA-TTTTTGGCGCCGAGACTCCTTAATATATCTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCA
1 TTGCATGAGTTTTT-GCGCCGAGACTACTTAAAATATCTACATTCATCTAATCAAATTTCAGCCA
* * * **
118 CATTGAATTTAAGGATTGTTTTTAA-AAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
65 AATTGGATTTAAGGATT-TGTAAAACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT
*
182 TCAGGAAAAATATGAAAAACAATATTAAAAGCGTGAAAAGGCTTTCAATTTTTTTGACATTGAAT
129 TCA--AAAAATATGAAAAACAATATTAAAAGCGTGAAAAGGCTTTCAATTTTTTTGGCATTGAAT
* *
247 TATATGTTTTTATGAGTATTTTTGTTAGAAATCGAGAAAAAATCTTTCGGATCAATTTTTGCAAA
192 TATAAGTTTTTATGAGTATTTTTGTTAGAAATTGAGAAAAAATCTTTCGGATCAATTTTTGCAAA
* * * **
312 AATTTTAGCAGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTCTCGGCTAAAAACTCGTTCTGGGGCCCGG
257 AATTTTAGCCGATATCGTGTACTAACCATCACGGTTCTCGGCTAAAAACGCGTTCCCGGGCCCGG
377 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGA
322 CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGA
* * *
442 CACATTAGATTTAAGGATTTGTTTTTTCGAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTA
387 CACATGAGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTA
*
507 ATTCGGAAAAATTGGAAAAACAATATTAGAAGTGTTAAAATCCCTTAAATCTTTTTTATCGAATT
452 ATTCGAAAAAATTGGAAAAACAATATTAGAAGTGTTAAAATCCCTTAAATCTTTTTTATCGAATT
*
572 ATGTATTTTTCATTAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATCTTTCGGGCCAATTTTTGCAAA
517 ATGTATTTTTCATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATCTTTCGGGCCAATTTTTGCAAA
* ** *
637 TGTTTTAGCCGAAATCGTGTGCTAACCATCATGGTTTTTGGCTAAAAATGCATTTCAGGACCACA
582 TGTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTCAGCTAAAAACGCATTTCAGGACCACA
** * * *
702 GCTGTGTTTTGCATGATTTTTGGCACCGAGACTCCTTGAATCGTGTACGTTAATCAAAATATTAG
647 GCTCAGTTTTGAATGATTTTTAGCACCGAGACTCCTTGAATCATGTACGTTAATCAAAATATTAG
767 CCGAAATCGTGTACGTTAATCAAAATCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTCCTAAGCCCAGGTT
712 CCGAAATCGTGTACGTTAATCAAAATCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTCCTAAGCCCAGGTT
832 CAATG
777 CAATG
* **
837 TTGCATGAGTTTTTGCGCTGAGACTACCGAAAATATCTACATTCATCTAATCAAATTTCAGCCAA
1 TTGCATGAGTTTTTGCGCCGAGACTACTTAAAATATCTACATTCATCTAATCAAATTTCAGCCAA
902 ATTGGATTTAAGGATTTGTAAAACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC
66 ATTGGATTTAAGGATTTGTAAAACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC
* * *
967 AAAAAATATAAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAAGGCTTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTAT
131 AAAAAATATGAAAAACAATATTAAAAGCGTG-AAAAGGCTTTCAATTTTTTTGGCATTGAATTAT
1032 AAGTTTTTTATGAGTATTTTTGTTAGAAATTGAGAAAAAATCTTTCGGATCAATTTTTGCAAAAA
195 AAG-TTTTTATGAGTATTTTTGTTAGAAATTGAGAAAAAATCTTTCGGATCAATTTTTGCAAAAA
1097 TTTTAGCCGATATCGTGTACTAACCATCACGGTTCTCGGCTAAAAACGCGTTCCCGGGCCCGGCT
259 TTTTAGCCGATATCGTGTACTAACCATCACGGTTCTCGGCTAAAAACGCGTTCCCGGGCCCGGCT
* *
1162 CAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCAATCCTTGAAATATCTGTATTTATCTAACCAAATCTCAGACA
324 CAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGACA
*
1227 CATGAGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAACATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAAAAATTAAT
389 CATGAGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAAT
* *
1292 TCGAAAAAAATTGGGAAAACAATATTAGAAGCT-TTAAAATCCCTTCAATCTTTTTTATCTCGAA
454 TCG-AAAAAATTGGAAAAACAATATTAGAAG-TGTTAAAATCCCTTAAATCTTTTTTA--TCGAA
* * * *
1356 TTATGTATTTTTCATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATCTTTCGTGTCTATTTTTGCT
515 TTATGTATTTTTCATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATCTTTCGGGCCAATTTTTGCA
1421 AA-GTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTCAGCTAAAAACGCATTTCAGGACCA
580 AATGTTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTCAGCTAAAAACGCATTTCAGGACCA
* *
1485 CAGTTCAGTTTTGAATGATTTTTAGCACCGAGATTCCTTGAATCATGTACGTTAATCAAAATATT
645 CAGCTCAGTTTTGAATGATTTTTAGCACCGAGACTCCTTGAATCATGTACGTTAATCAAAATATT
1550 AGCCGAAATCGTGTACGTTAATCAAAATCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTCCTAAGCCCAGG
710 AGCCGAAATCGTGTACGTTAATCAAAATCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTCCTAAGCCCAGG
1615 TTCAATG
775 TTCAATG
* *
1622 TTGCATGAGTTTTTGCTCCGAGACTGCTTAAAATATCTACATTCATCTAATCAAATTTCAGCCAA
1 TTGCATGAGTTTTTGCGCCGAGACTACTTAAAATATCTACATTCATCTAATCAAATTTCAGCCAA
* *
1687 ATTGGATTTAAGGATTTGTAAAACAAGCATTTCAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATAC
66 ATTGGATTTAAGGATTTGTAAAACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAT--
* * * * * ** * *
1752 TGAAAATAATATGGAAAACAATAATAGAAGCATGAAAACCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATT
129 TCAAAA-AATATGAAAAACAATATTAAAAGCGTGAAAAGGCTTTCAATTTTTTTGGCATTGAATT
* * * * * *
1817 ATATAATTTTTATGAGTATTGTGGCTA-AGAATTGAGGAAATAA-CTTTC-GAGTCAATTATTGC
193 ATA-AGTTTTTATGAGTATTTTTGTTAGA-AATTGA-GAAAAAATCTTTCGGA-TCAATTTTTGC
* * * * * * * *
1879 -AAAATTCTAGCCGATCGAAACCGTGTAATAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATT-CTG
254 AAAAATTTTAGCCGAT----ATCGTGTACTAACCATCACGGTTCTCGGCTAAAAACGCGTTCCCG
*
1942 GGTTCCCGGCTAAGTTTTGCATGATTTTTGG
315 GG--CCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGG
1973 CGCCAAAACT
Statistics
Matches: 1033, Mismatches: 82, Indels: 34
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
781 28 0.03
782 37 0.04
783 355 0.34
784 53 0.05
785 310 0.30
786 84 0.08
787 73 0.07
788 28 0.03
789 4 0.00
790 35 0.03
791 26 0.03
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (781 bp):
TTGCATGAGTTTTTGCGCCGAGACTACTTAAAATATCTACATTCATCTAATCAAATTTCAGCCAA
ATTGGATTTAAGGATTTGTAAAACAAGCATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC
AAAAAATATGAAAAACAATATTAAAAGCGTGAAAAGGCTTTCAATTTTTTTGGCATTGAATTATA
AGTTTTTATGAGTATTTTTGTTAGAAATTGAGAAAAAATCTTTCGGATCAATTTTTGCAAAAATT
TTAGCCGATATCGTGTACTAACCATCACGGTTCTCGGCTAAAAACGCGTTCCCGGGCCCGGCTCA
GTTTTGCATGATTTTTGGTGCAATCCTTGAAATATCTATATTCATCTAACCAAATCTCAGACACA
TGAGATTTAAGGATTTGTTTTTACAAACATCTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTC
GAAAAAATTGGAAAAACAATATTAGAAGTGTTAAAATCCCTTAAATCTTTTTTATCGAATTATGT
ATTTTTCATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAATATCTTTCGGGCCAATTTTTGCAAATGTT
TTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCATGGTTTTCAGCTAAAAACGCATTTCAGGACCACAGCTC
AGTTTTGAATGATTTTTAGCACCGAGACTCCTTGAATCATGTACGTTAATCAAAATATTAGCCGA
AATCGTGTACGTTAATCAAAATCACGGTTTTTGGCTAAAAACACGTTCCTAAGCCCAGGTTCAAT
G
Found at i:2275 original size:305 final size:308
Alignment explanation
Indices: 1709--2281 Score: 723
Period size: 308 Copynumber: 1.9 Consensus size: 308
1699 GATTTGTAAA
* *
1709 ACAAGCATTTCAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATACTGAAAATAATATGGAAAACAAT
1 ACAAGCATTTCAATCTTGCTTCGATTTAATTAGAAATTAATA-TCAAAATAATATGGAAAACAAT
* * * *
1774 AATAGAAGCATGAAAACCCCTTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATAATTTTTATGAGTATTGT
65 AATAAAAGCATGAAAACCCCTCCAATTTTTTTGGCGATGAATTATATAATTATTATGAGTATTGT
* * *
1839 GGCTAAGAATTGAGGAAATAACTTTCGAGTCAATTATTGCAAAATTCTAGCCGATCGAAACCGTG
130 AGCCAAAAATTGAGGAAATAACTTTCGAGTCAATTATTGCAAAATTCTA--CGATCGAAACCGTG
* * **
1904 TAATAATCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCTGGGTTCCCGGCTAAGTTTTGCATGATTT
193 TAATAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAAGCATTCTGGGGCCCCGGCTAAGTTTTGCATGATTT
1969 TTGGCGCCAAAACTCTTTGAGATGTCCATATTCATTTAATCAAATTTCATT
258 TTGGCGCCAAAACTCTTTGAGATGTCCATATTCATTTAATCAAATTTCATT
* * *
2020 ACAAGCATTTGAATCTTGCTTCGATTTAATTAGAAATTAAT-TCAGAA-AATAT-GAAACACGAT
1 ACAAGCATTTCAATCTTGCTTCGATTTAATTAGAAATTAATATCAAAATAATATGGAAA-ACAAT
* * ** *
2082 ATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATTTTTTTGGCGATGAATTATAT-ATATATTATGAGTATTT
65 AATAAAAGCATGAAAACCCCTCCAATTTTTTTGGCGATGAATTATATAAT-TATTATGAGTATTG
* * * * *
2146 TAGCCAAAAATTGACGG-AATAATTTTTCG-GATCATTTTTTGCAAAATTTTA-G-TCGAAATCG
129 TAGCCAAAAATTGA-GGAAATAA-CTTTCGAG-TCAATTATTGCAAAATTCTACGATCGAAACCG
* ** *
2207 TGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAAGTGTT-TCGGGGCCCCGGCTTAGTTTTGCATGA
191 TGTAATAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAAGCATTCT-GGGGCCCCGGCTAAGTTTTGCATGA
*
2271 TTTTTTGCGCC
255 TTTTTGGCGCC
2282 GAGACTCCTT
Statistics
Matches: 225, Mismatches: 31, Indels: 18
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
304 1 0.00
305 72 0.32
306 1 0.00
307 6 0.03
308 78 0.35
309 28 0.12
311 39 0.17
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (308 bp):
ACAAGCATTTCAATCTTGCTTCGATTTAATTAGAAATTAATATCAAAATAATATGGAAAACAATA
ATAAAAGCATGAAAACCCCTCCAATTTTTTTGGCGATGAATTATATAATTATTATGAGTATTGTA
GCCAAAAATTGAGGAAATAACTTTCGAGTCAATTATTGCAAAATTCTACGATCGAAACCGTGTAA
TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAAAGCATTCTGGGGCCCCGGCTAAGTTTTGCATGATTTTTG
GCGCCAAAACTCTTTGAGATGTCCATATTCATTTAATCAAATTTCATT
Done.