Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01010534.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig10566, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8681
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.16, T:0.32
Found at i:1608 original size:331 final size:330
Alignment explanation
Indices: 1106--3738 Score: 3309
Period size: 331 Copynumber: 8.1 Consensus size: 330
1096 GAATTTCAAT
* * *
1106 GCCATAAATCATGCAAAACTGAACCGGGGCCCCGGAATGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGA---T
1 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGGT
* * * * *
1168 AGT------TTTCGGCAAAAATTTTACAAAAATTGATCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTCAACC
66 AGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCCCAATTTTTAACC
* * * *
1227 ATAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTGAAGGGCTTTGCACGCTTATAAT
131 ACAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAAT
* *
1292 AT-TTTTTTTTAATTTTTCCGAATTAATTTTCGATTAAATTGAAACATGATTCAAATGCTCGGAA
196 ATATTTTTTTTAATTTTTCCGAATTAATTTTCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAA
* * * * *
1356 AATAAAATCCGTTA-ATCCAACGTAGCTGAGATTTGGAATGATGAATA-AGGATAATTCAATGAG
261 AATCAAATCC-TTACATCCAAGGTGGCTGAAATTTGGGATGATGAATATA-GATAATTCAATGAG
1419 TCTTGGC
324 TCTTGGC
* * *
1426 GTCAAAAATCGTGCAAAACTGAGCCGGGGCACCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGGG
1 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGAT-GG
* * * * *
1491 TTAGTAAAAGATTTCGGAAAAAATATTACAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCCCAATTTTTAA
65 -TAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCCCAATTTTTAA
*
1556 CCACAATACTCGTAAAAAATATATATTTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCT-
129 CCACAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTA
* * *
1620 A-ATATTTTTTTAAATTTTTCCGAATTAATTTTCGATCAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCAT
194 ATATATTTTTTTTAATTTTTCCGAATTAATTTTCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGT
** * *
1684 AAAATCAAATATTTAAATGCAAGGTGGCTGAAATTTGGGATGATGAATATAGATAATTCAATGAG
259 AAAATCAAATCCTTACATCCAAGGTGGCTGAAATTTGGGATGATGAATATAGATAATTCAATGAG
*
1749 TCTTGGG
324 TCTTGGC
* *
1756 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTCAGCCAAGAATC--------
1 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGGT
* * *
1813 -GT-CACGATTTC-G----------GCAAAAATTGACTCAAAAGATTTTTCCCCAATTTTTAAAC
66 AGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCCCAATTTTTAACC
* * * * * * * *
1865 GCAATTCTCATAAAAAATATATAATTCAATGTCGAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGGTTCTAAT
131 ACAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAAT
*
1930 ATCATTTTTTTT-A-TTTTCCGAATTAATTTGCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTA
196 AT-ATTTTTTTTAATTTTTCCGAATTAATTTTCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTA
*
1993 AAATCAAATCCTTACATCCAAGGTTGCTGAAATTTGGGATGATGAATATAGATAATTCAATGAGT
260 AAATCAAATCCTTACATCCAAGGTGGCTGAAATTTGGGATGATGAATATAGATAATTCAATGAGT
*
2058 CTTGGG
325 CTTGGC
** * * *
2064 GCCAAATTTCATGCAAAACTGAGCCGGGGACCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAATCGTGATGGT
1 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGG-
* **
2129 TAGTACACGATTTCGGTAAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCTTCAATTTTTAAC
65 TAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCCCAATTTTTAAC
* *
2194 CACAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTGCAAGCTTCT-A
130 CACAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAA
* * *
2258 -AT-TTTTTTTAAATTTTTCCGAATTAATTTTCGATCAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCATA
195 TATATTTTTTTTAATTTTTCCGAATTAATTTTCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTA
** * *
2321 AAATCAAATATTTACATCCAAGGTGACTGAAATTTGGGATGATGAATATAGATAAGTCAATGAGT
260 AAATCAAATCCTTACATCCAAGGTGGCTGAAATTTGGGATGATGAATATAGATAATTCAATGAGT
*
2386 CTTGGG
325 CTTGGC
* * * *
2392 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGGGCCCTGGAACACGTTTTCAGCCAAGAATC--------
1 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGGT
* *
2449 -GT-CACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAGATTTTTCCCCAATTTTTAAAC
66 AGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCCCAATTTTTAACC
* * * * * * *
2512 GCAATTA-TCATAAAAAATATATAATTCAACGCCGAAAAGATTGAAGGGCTTTTTCGCGGTTGTA
131 ACAA-TACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGC-TTTGCACGCTTCTA
* *
2576 ATATCATTTTTTTT-ATTTTTCCGAATTAATTTGCGATTAAATCGAAACATGATTAAAATGCTCG
194 ATAT-ATTTTTTTTAATTTTTCCGAATTAATTTTCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCG
* * *
2640 TAAAATCAAATACTTACATCCAAGGTAGCTGAAATTTGGGATGATGAACATAGATAATTCAATGA
258 TAAAATCAAATCCTTACATCCAAGGTGGCTGAAATTTGGGATGATGAATATAGATAATTCAATGA
* *
2705 CTCTTGGG
323 GTCTTGGC
* * *
2713 GCAAAAAATCATTCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAATTCGTGATGGT
1 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGG-
* * * * *
2778 TAATACACGATTTCAGCAAAAATGTTGCAAAAATTGACCC-AACAGATGTTTCCGCAATTTTTAA
65 TAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAA-AGATTTTTCCCCAATTTTTAA
* *
2842 CCGCAATACTCGTAAATAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTA
129 CCACAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTA
* *
2907 ATATCAATTTTTTT-ATTTTTCCGAATTAATTTGCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCG
194 ATAT-ATTTTTTTTAATTTTTCCGAATTAATTTTCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCG
**
2971 TAAAATCAAATATTTACATCCAAGGTGGCTGAAATTTGGGATGATGAATATAGATAATTCAATGA
258 TAAAATCAAATCCTTACATCCAAGGTGGCTGAAATTTGGGATGATGAATATAGATAATTCAATGA
*
3036 GTCTTGGT
323 GTCTTGGC
3044 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGGT
1 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGG-
3109 TAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAATAT-ACCCGAAAGATTTTTCCCCAATTTTTAA
65 TAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAAT-TGACCCGAAAGATTTTTCCCCAATTTTTAA
* * * *
3173 CCACAATACTCGTAAAAAATATATATTTCGACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTGTACGCTTCTA
129 CCACAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCT-
* * * *
3238 AAATCTTATTTTTTTTTAATTCTTACGAATTAAATTTT-GATTAAATCGAAACATAATTCAAATG
193 -AAT-ATA-TTTTTTTTAATTTTTCCGAATT-AATTTTCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATG
* * * * * *
3302 CTCGTCAAATCAAATCCTCAAATCCAACGTGGCTGAGATTTGGAATGATGAATA-AGGATAATTC
254 CTCGTAAAATCAAATCCTTACATCCAAGGTGGCTGAAATTTGGGATGATGAATATA-GATAATTC
*
3366 AATTAGTCTTGGC
318 AATGAGTCTTGGC
*
3379 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGG-
1 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGGT
* * * * * * *
3443 AGTAAATGACTTCTGCAAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTAACC
66 AGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCCCAATTTTTAACC
* * * * * *
3508 GCAATACTCGTAAGAAATATATAATTCAATGCCAAAATGATTGAAGGGCTTTCCACGTTTCTAAT
131 ACAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAAT
* * * * *
3573 ATAAATTTTTTAAATTTTTTCCGAATTAA-TTTCCATTTTAATCGAAAGATGATTCAAATGCTCG
196 AT-ATTTTTTTTAA-TTTTTCCGAATTAATTTTCGA-TTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCG
* ** *
3637 TAAAATCAAATCCTTAAATCCAACATGGCT-AAGATTTGGAATGATGAATA-AGGATAATTCAAT
258 TAAAATCAAATCCTTACATCCAAGGTGGCTGAA-ATTTGGGATGATGAATATA-GATAATTCAAT
*
3700 GAGTCTTGCC
321 GAGTCTTGGC
*
3710 GCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGG
1 GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGG
3739 TACACGATTT
Statistics
Matches: 2020, Mismatches: 218, Indels: 139
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
307 89 0.04
308 164 0.08
309 3 0.00
310 8 0.00
317 99 0.05
318 21 0.01
319 12 0.01
320 58 0.03
321 163 0.08
322 7 0.00
325 4 0.00
326 7 0.00
327 1 0.00
328 163 0.08
329 9 0.00
330 265 0.13
331 558 0.28
332 99 0.05
333 112 0.06
334 9 0.00
335 164 0.08
336 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.16, T:0.30
Consensus pattern (330 bp):
GCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGGT
AGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCCCAATTTTTAACC
ACAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAAT
ATATTTTTTTTAATTTTTCCGAATTAATTTTCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAA
AATCAAATCCTTACATCCAAGGTGGCTGAAATTTGGGATGATGAATATAGATAATTCAATGAGTC
TTGGC
Found at i:3027 original size:980 final size:985
Alignment explanation
Indices: 1825--3738 Score: 2742
Period size: 980 Copynumber: 1.9 Consensus size: 985
1815 CACGATTTCG
* * *
1825 GCAAAAATTGACTCAAAAGATTTTTCCCCAATTTTTAAACGCAATTCTCATAAAAAATATATAAT
1 GCAAAAATTGACCCAAAAGATGTTTCCCCAATTTTTAAACGCAATACTCATAAAAAATATATAAT
* * * * * *
1890 TCAATGTCGAAAAGATTGAAGGGCTTTTCACGGTTCTAATATCATTTTTTTTATTTTCCGAATTA
66 TCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCAATTTTTTTATTTTCCGAATTA
* *
1955 ATTTGCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTACATCCAAGGTTGC
131 ATTTGCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATACTTACATCCAAGGTGGC
**
2020 TGAAATTTGGGATGATGAATATAGATAATTCAATGAGTCTTGGGGCCAAATTTCATGCAAAACTG
196 TGAAATTTGGGATGATGAATATAGATAATTCAATGAGTCTTGGGGCCAAAAATCATGCAAAACTG
* *
2085 AGCCGGGGACCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGTAAAA
261 AGCCGGGGACCCGGAACGCGTTTTCAGCAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAA
**
2150 ATTTTGCAAAAAT-TGACCCGAAAGATTTTTCTTCAATTTTTAACCACAATACTCGTAAAAAATA
326 ATTTTGCAAAAATAT-ACCCGAAAGATTTTTCCCCAATTTTTAACCACAATACTCGTAAAAAATA
* *
2214 TATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTGCAAGCTTCT-A-ATTTTTTTTAAATTTTTCC
390 TATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTGCAAGCTTCTAATATTTTTTTTAAATTCTTAC
* * * *
2277 GAATT-AATTTTCGATCAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCATAAAATCAAATATTTACATCCA
455 GAATTAAATTTT-GATCAAATCGAAACATAATTCAAATGCTCATAAAATCAAATACTCAAATCCA
* * *
2341 AGGTGACTGAAATTTGGGATGATGAATATA-GATAAGTCAATGAGTCTTGGGGCCAAAAATCATG
519 ACGTGACTGAAATTTGGAATGATGAATA-AGGATAAGTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATG
* * * * *
2405 CAAAACTGAGCTGGGGCCCTGGAACACGTTTTCAGCCAAGAATCGTCA-CG-AT-TTCGGCAAAA
583 CAAAACTGAGCCGAGGCCCCGGAACACGTTTTCAGCCAAAAATCGTCAGAGAATATTCGGCAAAA
* * *
2467 ATTTTGCAAAAATTGACTCGAAAGATTTTTCCCCAATTTTTAAACGCAATTA-TCATAAAAAATA
648 ATTTTACAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCCCCAATTTTTAAACGCAA-TACTCATAAAAAATA
* * * * **
2531 TATAATTCAACGCCGAAAA-GATTGAAGGGCTTTTTCGCGGTTGTAATAT-CATTTTTTTTA-TT
712 TATAATTCAACGCC-AAAATGATTGAAGGGC-TTTCCACGGTTCTAATATAAATTTTTTAAATTT
* *
2593 TTTCCGAATTAATTTGCGA-TTAAATCGAAACATGATTAAAATGCTCGTAAAATCAAATACTTAC
775 TTTCCGAATTAATTT-CCATTTAAATCGAAACATGATTAAAATGCTCGTAAAATCAAATACTTAA
** * **
2657 ATCCAAGGTAGCTGAA-ATTTGGGATGATGAACATA-GATAATTCAATGACTCTTGGGGCAAAAA
839 ATCCAACATAGCT-AAGATTTGGAATGATGAACA-AGGATAATTCAATGACTCTTGCCGCAAAAA
*
2720 ATCATTCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAATTCGTGATGGTTAATACA
902 ATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAATTCGTGATGGTTAATACA
2785 CGATTTCAGCAAAAATGTT
967 CGATTTCAGCAAAAATGTT
* * * * *
2804 GCAAAAATTGACCCAACAGATGTTTCCGCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAATAATATATAAT
1 GCAAAAATTGACCCAAAAGATGTTTCCCCAATTTTTAAACGCAATACTCATAAAAAATATATAAT
2869 TCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCAATTTTTTTATTTTTCCGAATT
66 TCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCAATTTTTTTA-TTTTCCGAATT
*
2934 AATTTGCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATATTTACATCCAAGGTGG
130 AATTTGCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATACTTACATCCAAGGTGG
*
2999 CTGAAATTTGGGATGATGAATATAGATAATTCAATGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATGCAAAACT
195 CTGAAATTTGGGATGATGAATATAGATAATTCAATGAGTCTTGGGGCCAAAAATCATGCAAAACT
* *
3064 GAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAA
260 GAGCCGGGGACCCGGAACGCGTTTTCAGCAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAA
3129 AATTTTGCAAAAATATACCCGAAAGATTTTTCCCCAATTTTTAACCACAATACTCGTAAAAAATA
325 AATTTTGCAAAAATATACCCGAAAGATTTTTCCCCAATTTTTAACCACAATACTCGTAAAAAATA
* * * * * * *
3194 TATATTTCGACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTGTACGCTTCTAAAATCTTATTTTTTTTTAATT
390 TATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTGCAAGCTTCT--AA---TATTTTTTTTAAATT
* * * *
3259 CTTACGAATTAAATTTTGATTAAATCGAAACATAATTCAAATGCTCGTCAAATCAAATCCTCAAA
450 CTTACGAATTAAATTTTGATCAAATCGAAACATAATTCAAATGCTCATAAAATCAAATACTCAAA
* * * *
3324 TCCAACGTGGCTGAGATTTGGAATGATGAATAAGGATAATTCAATTAGTCTTGGCGCCAAAAATC
515 TCCAACGTGACTGAAATTTGGAATGATGAATAAGGATAAGTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATC
* *
3389 ATGCAAAACTGAGCCGAGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGGAGTAAATGACT
580 ATGCAAAACTGAGCCGAGGCCCCGGAACACGTTTTCAGCCAAAAATCGTCA--GAG--AAT-A-T
* * * *
3454 TCTGCAAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGT
639 TCGGCAAAAATTTTACAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCCCCAATTTTTAAACGCAATACTCAT
* * *
3519 AAGAAATATATAATTCAATGCCAAAATGATTGAAGGGCTTTCCACGTTTCTAATATAAATTTTTT
704 AAAAAATATATAATTCAACGCCAAAATGATTGAAGGGCTTTCCACGGTTCTAATATAAATTTTTT
* * * *
3584 AAATTTTTTCCGAATTAATTTCCATTTTAATCGAAAGATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATC
769 AAATTTTTTCCGAATTAATTTCCATTTAAATCGAAACATGATTAAAATGCTCGTAAAATCAAATA
* * *
3649 CTTAAATCCAACATGGCTAAGATTTGGAATGATGAATAAGGATAATTCAATGAGTCTTGCCGCAA
834 CTTAAATCCAACATAGCTAAGATTTGGAATGATGAACAAGGATAATTCAATGACTCTTGCCGCAA
3714 AAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGG
899 AAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGG
3739 TACACGATTT
Statistics
Matches: 820, Mismatches: 88, Indels: 36
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
979 104 0.13
980 294 0.36
981 1 0.00
983 1 0.00
986 1 0.00
987 162 0.20
988 6 0.01
990 1 0.00
993 2 0.00
995 20 0.02
996 100 0.12
997 128 0.16
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (985 bp):
GCAAAAATTGACCCAAAAGATGTTTCCCCAATTTTTAAACGCAATACTCATAAAAAATATATAAT
TCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCAATTTTTTTATTTTCCGAATTA
ATTTGCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATACTTACATCCAAGGTGGC
TGAAATTTGGGATGATGAATATAGATAATTCAATGAGTCTTGGGGCCAAAAATCATGCAAAACTG
AGCCGGGGACCCGGAACGCGTTTTCAGCAAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAA
ATTTTGCAAAAATATACCCGAAAGATTTTTCCCCAATTTTTAACCACAATACTCGTAAAAAATAT
ATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTGCAAGCTTCTAATATTTTTTTTAAATTCTTACG
AATTAAATTTTGATCAAATCGAAACATAATTCAAATGCTCATAAAATCAAATACTCAAATCCAAC
GTGACTGAAATTTGGAATGATGAATAAGGATAAGTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAA
AACTGAGCCGAGGCCCCGGAACACGTTTTCAGCCAAAAATCGTCAGAGAATATTCGGCAAAAATT
TTACAAAAATTGACCCGAAAGAATTTTCCCCAATTTTTAAACGCAATACTCATAAAAAATATATA
ATTCAACGCCAAAATGATTGAAGGGCTTTCCACGGTTCTAATATAAATTTTTTAAATTTTTTCCG
AATTAATTTCCATTTAAATCGAAACATGATTAAAATGCTCGTAAAATCAAATACTTAAATCCAAC
ATAGCTAAGATTTGGAATGATGAACAAGGATAATTCAATGACTCTTGCCGCAAAAAATCATGCAA
AACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAATTCGTGATGGTTAATACACGATTTCAG
CAAAAATGTT
Found at i:4648 original size:209 final size:208
Alignment explanation
Indices: 4283--4672 Score: 620
Period size: 209 Copynumber: 1.9 Consensus size: 208
4273 AAGGTAGCTG
* * * *
4283 AAATTTGGGATGATGAATATAGATAATTCAATGTGTCTTAGGGCGAAAAACCATGCAAAACTGAG
1 AAATTTGGGATGATGAATACAGATAATTCAATGAGTCTTAGGGCCAAAAACCATGCAAAACTCAG
* * *
4348 CCGGGGCCCTGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGGTCAATACACGATTTCGGCAAAAAT
66 CCAGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGATCAATACACGATTTCGGCAAAAAT
*
4413 TTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCTC-CAATTTTTAACCACAATACTTATAAAAAATATA
131 GTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTC-CGCAATTTTTAACCACAATACTTATAAAAAATATA
4477 TAATTCAACGCCAA
195 TAATTCAACGCCAA
* *
4491 AAATATTGGGATGATGAATACAGATAATTCAATGAGTCTTATGGCCAAAAATCATGCAAAACTCA
1 AAAT-TTGGGATGATGAATACAGATAATTCAATGAGTCTTAGGGCCAAAAACCATGCAAAACTCA
* *
4556 GCCAGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGATTAATACACTATTTCGGCAAAAA
65 GCCAGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGATCAATACACGATTTCGGCAAAAA
* * *
4621 TGTTGCAAAAATTGACCCGACAGATTTTTCCGTAATTTTTAACCGCAATACT
130 TGTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCGCAATTTTTAACCACAATACT
4673 CGTAATTCAA
Statistics
Matches: 165, Mismatches: 15, Indels: 3
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
208 5 0.03
209 160 0.97
ACGTcount: A:0.37, C:0.19, G:0.17, T:0.27
Consensus pattern (208 bp):
AAATTTGGGATGATGAATACAGATAATTCAATGAGTCTTAGGGCCAAAAACCATGCAAAACTCAG
CCAGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGATCAATACACGATTTCGGCAAAAAT
GTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCGCAATTTTTAACCACAATACTTATAAAAAATATAT
AATTCAACGCCAA
Found at i:5804 original size:331 final size:331
Alignment explanation
Indices: 4496--8580 Score: 4944
Period size: 331 Copynumber: 12.4 Consensus size: 331
4486 GCCAAAAATA
* * * *
4496 TTGGGATGATGAATACAGATAATTCAATGAGTCTTATG-GCCAAAAATCATGCAAAACTCAGCCA
1 TTGGAATGATGAATA-AGATAATTCAATGAGTCTT-GGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCG
* * * *
4560 GGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGATTAATACACTATTTCGGCAAAAATGTT
64 GGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTT
*
4625 GCAAAAATTGACCCGACAGATTTTTCCGT-AATTTTTAACCGCAATACTCG-----------TAA
129 GCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCC-TCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAA
4678 TTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCATTTTTTTT-ATTTTTCCGAA
193 TTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCATTTTTTTTAATTTTTCCGAA
* *
4742 TTAATTTGCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAACCCTTACATCCAACGT
258 TTAATTTGCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAACGT
4807 GGCTGAGAT
323 GGCTGAGAT
* *
4816 TTGGAATGATGAATAAGGATAATTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGTCGG
1 TTGGAATGATGAATAA-GATAATTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGG
* * *
4881 GGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGA----T-GTACACGATTTAGGCCAAAACTTTG
65 GGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTG
* * * *
4941 CAAAAATTGATCCGAAATATTTTACCTCAATTTTTGACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATT
130 CAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATT
* *
5006 CAACGCCAAAAAAGATTAAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCATTTTTTTAAAATTTTTCCGAA
195 CAACGCC-AAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCATTTTTTT-TAATTTTTCCGAA
* *
5071 TTAATTTGCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTACATCCAAGGT
258 TTAATTTGCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAACGT
* *
5136 AGCTGAAAT
323 GGCTGAGAT
* * * *
5145 TTGGGATGATGAATATAGATAATTCAATGAGTCTTGGTGCCAAAAATCATACAAAACTTAGCCGG
1 TTGGAATGATGAATA-AGATAATTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGG
* * * * * * *
5210 GG-CCCGAAACACATTTTCAGCCAAACATCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGTACAAATTTTG
65 GGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTG
** * * * **
5274 CAAAAATTGACATGACAGATTTTTCCGCAATTTTTAACCGTAATACTCGTAAGTAATATATAATT
130 CAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATT
* * *
5339 TAATGCCAAAAATATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCA-TTTTTTTAATTTTTCCGAATT
195 CAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCATTTTTTTTAATTTTTCCGAATT
** * *
5403 AATTTGCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATATTTACATCCAAGGTGG
260 AATTTGCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAACGTGG
*
5468 CTGAAAT
325 CTGAGAT
* * * * *
5475 TTGGAATGATGAATATAGATAATTCAATGAGTCTTGGGGCCAGAAATCATGCAGAATTGAGTCGG
1 TTGGAATGATGAATA-AGATAATTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGG
*
5540 GGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAATAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTG
65 GGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTG
* * * *
5605 CAAAAATTGACCC-AAAAATTTTTCCACAATTTTTAACCACAATACTAGTAAAAAATATATAATT
130 CAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATT
* *
5669 CAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCATTTTTTTTTACTTTTCCGAATT
195 CAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCATTTTTTTTAATTTTTCCGAATT
* * * *
5734 AATTTGCGATTAAATGGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTACATCCAAGGTAG
260 AATTTGCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAACGTGG
*
5799 CTGAAAT
325 CTGAGAT
* * * * *
5806 TGGGGATGATGAATATAGATAATTCAATGAGTCTTGGGGCCAAATATCATGCAAAACTCAGCCGG
1 TTGGAATGATGAATA-AGATAATTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGG
* ** * * *
5871 GGTCAAGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGACGATTAGTACACGATATCGGCAAAAATTTTG
65 GGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTG
* * * * *
5936 CAAAAATTGACCCGAAATATTTTCCCTCAAATTTTAACCACCATACTCGTAAAAAATATATAATT
130 CAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATT
* * * * * * *
6001 CAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTGTACGCTACTGATATCTTTTTTTTTAAATTTTTACAAAT
195 CAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCATTTTTTTT-AATTTTTCCGAAT
** * *
6066 TAATTTTTGATTAAATCGAAACATAATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCATAAATCCAACGTG
259 TAATTTGCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAACGTG
6131 GCTGAGAT
324 GCTGAGAT
* * *
6139 TTGGAATGACGAATAAGGATAATTCAATTAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGT
1 TTGGAATGATGAATAA-GATAATTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGG
* ** * *
6204 GGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTTAACG-TA--A-ACGATTTCGGCAAAAATGTTA
65 GGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTG
* *
6265 CAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTAACCAG-AATACTCGTAAAAAATATATAGT
130 CAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACC-GCAATACTCGTAAAAAATATATAAT
* * ***
6329 TCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTCCACGCTTCTAATATAATTTTTAAAGAAAGCTTTTTCC
194 TCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCATTTTT--TTTAA--TTTTTCC
* * * *
6394 GAATTAATTTCCAATTTAATC-AAAAATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAA
255 GAATTAATTTGCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAA
* **
6458 CATGATTGAGAT
320 CGTGGCTGAGAT
* * *
6470 TTGGAATGATGAATAAGGATAATTCAATGAGTCTTGGCGCAAGAAAATCATGCAAACCTGAGGCG
1 TTGGAATGATGAATAA-GATAATTCAATGAGTCTTGGCGCCA-AAAATCATGCAAAACTGAGCCG
* *
6535 GGGCCCCGAAACACGTTTTCAG-C-AAAATCGTGATGGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTT
64 GGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGAT-GGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTT
* * * * *
6598 TGCAAAAATTGACCCGATATATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCATAAATAGTATATAA
128 TGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAA
* *
6663 ATCAACGCCAAAATGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCA-TTTTTTTAATTTTTCCGAA
193 TTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCATTTTTTTTAATTTTTCCGAA
* *
6727 TTAATTTGCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTACATCCAAGGT
258 TTAATTTGCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAACGT
* *
6792 AGCTGAAAT
323 GGCTGAGAT
* *
6801 TTGGGATGATGAATATAGATAATTCAATGAGTCTTGGGGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGG
1 TTGGAATGATGAATA-AGATAATTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGG
* * *
6866 GACCCCGGAACGCGTTTTCAACCAATAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTG
65 GGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTG
* * * * *
6931 CAAAAATTGAACTGAAAGACTTTTTCCCCAATTTTTAACCGCAGTACTCGTAAAAAAATATTTAA
130 CAAAAATTGACCCGAAAGA-TTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGT-AAAAAATATATAA
* * ** * *
6996 TTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTCCACAATTCTAATATCATTTTTTTAAATTTTTTCAGA
193 TTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCATTTTTTTTAA-TTTTTCCGA
* * *
7061 ATTAATTTCCGATTCAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCCTT-TATCCAAC
257 ATTAATTTGCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAAT-CCTTAAATCCAAC
7125 GTGGCTGAGAT
321 GTGGCTGAGAT
* * * *
7136 TTGGAATGATGAATAAGGATAGTTCAATGAGTCTTGGCGCGAAAAATCGTGCGAAACTGAGCCGG
1 TTGGAATGATGAATAA-GATAATTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGG
* * *
7201 AGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTAATGGTTATTACACGATTTCGGCAAAAATTTTG
65 GGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTG
* * * *
7266 TAAAAATTAACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTAATCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATT
130 CAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATT
* * * *
7331 CAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTGCACGCTTCTAATAAC-TGTTTTTT-ATTTTTCTGAATT
195 CAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCATTTTTTTTAATTTTTCCGAATT
*
7394 AATTTTCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAACGTGG
260 AATTTGCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAACGTGG
7459 CTGAGAT
325 CTGAGAT
* *
7466 TTGGAATGATGAATAAGGATAATTCAATGAGTCTTGGTG-CAAAATATCATTCAAAACTGAGCCG
1 TTGGAATGATGAATAA-GATAATTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAA-ATCATGCAAAACTGAGCCG
* *
7530 GGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAGAATCTTGATGG-TAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTT
64 GGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTT
* *
7594 GCAAAAATTGATCC-AACAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAATTATATAA
129 GCAAAAATTGACCCGAA-AGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAA
* * *
7658 TTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTGCACGCTTCTAATATGATTTTTTTATTATTTTTCCGA
193 TTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCATTTTTTT-TAATTTTTCCGA
* * *
7723 ATTAATTTCCGATTAAATCAAAACATGATTGAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAACG
257 ATTAATTTGCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAACG
7788 TGGCTGAGAT
322 TGGCTGAGAT
* * *
7798 TTGGAATGATGAATAAGGATAATTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGGAAAACTGAGCTGT
1 TTGGAATGATGAATAA-GATAATTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGG
* * * * * *
7863 GGTCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAATCGAGATGGATTA-T--GC-A---C-G-----A-TT
65 GGCCCCGGAACGCGTTTTCAGC-CAAAAATCGTGATGG-TTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTT
* * ** * *
7914 TGCAAAAATTGACCC-AGAAGATTTTACCTTAATTTTTAGGCTCAATACTCATTAAGAAAATATA
128 TGCAAAAATTGACCCGA-AAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTC-GTAA-AAAATATA
* * * * ** *
7978 TAATTCAATGCCAAAATGATTGAAGGGATTTTCACGGGTCTAATATCATTATTTTTCAATTTTTT
190 TAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCATT-TTTTTTAA-TTTTT
* * * * * * *
8043 TCAAATTAATTTCCGATTAAATCGAAATATGATAT-AGATTCTCGTAAAATCAAATCCTTGAATC
253 CCGAATTAATTTGCGATTAAATCGAAACATGAT-TCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATC
*
8107 CAATGTGGCTGAGAT
317 CAACGTGGCTGAGAT
* * * * * * * * **
8122 TTGGGATGATTAATATTGATATTTGAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATAATGCAAAACTGAACTAG
1 TTGGAATGATGAATA-AGATAATTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGG
* * * * * * *
8187 GGCCTCGGAACGCGTTTTAAGCCAAAAAAAACTGTGATAG--AGTACACAATTTTGGCAAAGATT
65 GGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCC--AAAAATC-GTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATT
* * * * * *
8250 TTGCAAAAATTTACCCGAAAGGTTTTTCCTCAATTTTTACCCACAATACTTGTTAAAAATATATA
127 TTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATA
* * * * * *
8315 ATTCAA-GCCAAAATGGTTGAATGGCTTTTCACGCTTCTAATATCA-TTTTTTCAATTTTTCCCT
192 ATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCATTTTTTTTAATTTTT-CCG
* * * *
8378 TATTAATTT-CTAATTAAATCGAAGA-AAGATTCAGAA-GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCC
256 AATTAATTTGC-GATTAAATCGAA-ACATGATTCA-AATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCC
** * * *
8440 ATTGTAGCCGATAT
318 AACGTGGCTGAGAT
* * * * ** * *
8454 TTGG-TTAGATTAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGTAAAAAATAATGCAAAACTGAACCG
1 TTGGAAT-GATGAATA-AGATAATTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCG
* * * * * *
8518 GGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAATTGTGATGGTTTGTGCACGATTTCGGCAAAAATT
64 GGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATT
8581 GACCCGAAAG
Statistics
Matches: 3255, Mismatches: 417, Indels: 175
0.85 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
314 1 0.00
315 61 0.02
316 1 0.00
319 2 0.00
320 89 0.03
321 44 0.01
322 5 0.00
323 51 0.02
324 151 0.05
325 7 0.00
326 18 0.01
327 44 0.01
328 30 0.01
329 390 0.12
330 474 0.15
331 536 0.16
332 535 0.16
333 354 0.11
334 78 0.02
335 334 0.10
336 7 0.00
337 42 0.01
338 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (331 bp):
TTGGAATGATGAATAAGATAATTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG
GCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGC
AAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATATATAATTC
AACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCATTTTTTTTAATTTTTCCGAATTA
ATTTGCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAACGTGGC
TGAGAT
Found at i:6576 original size:995 final size:987
Alignment explanation
Indices: 4496--8681 Score: 4942
Period size: 995 Copynumber: 4.2 Consensus size: 987
4486 GCCAAAAATA
* * *
4496 TTGGGATGATGAATACAGATAATTCAATGAGTCTTATGGC-C-AAAAATCATGCAAAACTCAGCC
1 TTGGAATGATGAATATAGATAATTCAATGAGTC-T-TGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCC
* * * * *
4559 AGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGATGATTAATACACTATTTCGGCAAAAATGT
64 GGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCC-AAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTT
* *
4624 TGCAAAAATTGACCCGACAGATTTTTCCGT-AATTTTTAACCGCAATACTCG----------TAA
128 TGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCC-TCAATTTTTAACCGCAATACTAGTAAAAATATATAA
4678 TTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCATTTTTTTTATTTTTCCGAAT
192 TTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCATTTTTTTTATTTTTCCGAAT
* *
4743 TAATTTGCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAACCCTTACATCCAACGTG
257 TAATTTGCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTACATCCAACGTA
* *
4808 GCTGAGATTTGGAATGATGAATAAGGATAATTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAAC
322 GCTGAAATTTGGAATGATGAATAAGGATAATTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAAC
* * * *
4873 TGAGTCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGT--GATGTACACGATTTAGGCCAAAA
387 TGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGAGATGTACACGATATCGGCAAAAA
* * * *
4936 CTTTGCAAAAATTGATCCGAAATATTTTACCTCAATTTTTGACCGCAATACTCGTAAAAAATATA
452 TTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTACCTCAATTTTTAACC-CAATACTCGTAAAAAATATA
* * *
5001 TAATTCAACGCCAAAAAAGATTAAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCATTTTTTTAAAATTTTT
516 TAATTCAACGCC-AAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCTTTTTTTTTAAATTTTT
* * * *
5066 CCGAATTAATTTGCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTACATCC
580 TCAAATTAATTTCCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCC
* * * * *
5131 AAGGTAGCTGAAATTTGGGATGATGAATATA-GATAATTCAATGAGTCTTGGTGCCAAAAATCAT
645 AACGTGGCTGAGATTTGGAATGATGAATA-AGGATAATTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCAT
* * * * * * * * *
5195 ACAAAACTTAGCCGGGGCCCGAAACACATTTTCAGCCAAACATCGTGATGGTTAGTACACAATTT
709 GCAAAACTGAGCCGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTTAAGGTTA-TACACAATTT
* * ** * * *
5260 CGGTACAAATTTTGCAAAAATTGACATGACAGATTTTTCCGCAATTTTTAACCGTAATACTCGTA
773 CGGCAAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTA
** * * * *
5325 AGTAATATATAATTTAATGCCAAAAATATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCATTTTTTTA
838 AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATAATTTTTTTA
* * * **
5390 ATTTTTCCGAATTAATTTGCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATATTT
903 ATTTTTCCGAATTAATTTCCAATTAAATCGAAAAATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTT
* * * *
5455 ACATCCAAGGTGGCTGAAAT
968 AAATCCAACGTGACTGAGAT
* * * * * *
5475 TTGGAATGATGAATATAGATAATTCAATGAGTCTTGGGGCCAGAAATCATGCAGAATTGAGTCGG
1 TTGGAATGATGAATATAGATAATTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGG
5540 GGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAATAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTG
66 GGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAA-AATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTG
* * *
5605 CAAAAATTGACCC-AAAAATTTTTCCACAATTTTTAACCACAATACTAGTAAAAAATATATAATT
130 CAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTAGT-AAAAATATATAATT
*
5669 CAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCATTTTTTTTTACTTTTCCGAATT
194 CAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCA-TTTTTTTTATTTTTCCGAATT
* *
5734 AATTTGCGATTAAATGGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTACATCCAAGGTAG
258 AATTTGCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTACATCCAACGTAG
* * * *
5799 CTGAAATTGGGGATGATGAATATA-GATAATTCAATGAGTCTTGGGGCCAAATATCATGCAAAAC
323 CTGAAATTTGGAATGATGAATA-AGGATAATTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAAC
* * **
5863 TCAGCCGGGGTCAAGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGACGATTAGTACACGATATCGGCAA
387 TGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGA-GA-T-GTACACGATATCGGCAA
* * * *
5928 AAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAATATTTTCCCTCAAATTTTAACCACCATACTCGTAAAAAAT
449 AAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTACCTCAATTTTTAACC-CAATACTCGTAAAAAAT
* * * *
5993 ATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTGTACGCTACTGATATCTTTTTTTTTAAATTT
513 ATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCTTTTTTTTTAAATTT
* ** * *
6058 TTACAAATTAATTTTTGATTAAATCGAAACATAATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCATAAAT
578 TTTCAAATTAATTTCCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAAT
* *
6123 CCAACGTGGCTGAGATTTGGAATGACGAATAAGGATAATTCAATTAGTCTTGGCGCCAAAAATCA
643 CCAACGTGGCTGAGATTTGGAATGATGAATAAGGATAATTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCA
* *
6188 TGCAAAACTGAGCCGTGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTTAACG-TA-A-ACGATT
708 TGCAAAACTGAGCCG-GGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTTAAGGTTATACACAATT
* * *
6250 TCGGCAAAAATGTTACAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTAACCAG-AATACTCG
772 TCGGCAAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACC-GCAATACTCG
* *
6314 TAAAAAATATATAGTTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTCCACGCTTCTAATATAATTTTTA
836 TAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATAATTTTT-
** *
6379 AAGAAAGCTTTTTCCGAATTAATTTCCAATTTAATC-AAAAATGATTCAAATGCTCGTAAAATCA
900 --TTAA--TTTTTCCGAATTAATTTCCAATTAAATCGAAAAATGATTCAAATGCTCGTAAAATCA
* *
6443 AATCCTTAAATCCAACATGATTGAGAT
961 AATCCTTAAATCCAACGTGACTGAGAT
* *
6470 TTGGAATGATGAATA-AGGATAATTCAATGAGTCTTGGCGCAAGAAAATCATGCAAACCTGAGGC
1 TTGGAATGATGAATATA-GATAATTCAATGAGTCTTGGCGCAA-AAAATCATGCAAAACTGAGCC
* *
6534 GGGGCCCCGAAACACGTTTTCAG-CAAAATCGTGATGGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTT
64 GGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAATCGTGAT-GGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTT
* * *
6598 TGCAAAAATTGACCCGATATATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCA-TAAATAGTATATA
128 TGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACT-AGTAAA-AATATATA
* * *
6662 AATCAACGCCAAAATGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCATTTTTTTAATTTTTCCGAA
191 ATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCATTTTTTTTATTTTTCCGAA
*
6727 TTAATTTGCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTACATCCAAGGT
256 TTAATTTGCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTACATCCAACGT
* *
6792 AGCTGAAATTTGGGATGATGAATATA-GATAATTCAATGAGTCTTGGGGCCAAAAATCATGCAAA
321 AGCTGAAATTTGGAATGATGAATA-AGGATAATTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAA
* * * * *
6856 ACTGAGCCGGGACCCCGGAACGCGTTTTCAACCAATAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGC
385 ACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGA--GAT-GTACACGATATCGGC
* * * * *
6921 AAAAATTTTGCAAAAATTGAACTGAAAGACTTTTTCCCCAATTTTTAACCGCAGTACTCGTAAAA
447 AAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGA-TTTTACCTCAATTTTTAACC-CAATACTCGT-AAA
* * * ** *
6986 AAATATTTAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTCCACAATTCTAATATC-ATTTTTTTAA
509 AAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCTTTTTTTTTAA
*
7050 ATTTTTTCAGAATTAATTTCCGATTCAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCC
574 ATTTTTTCA-AATTAATTTCCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAAT-CC
* * *
7115 TT-TATCCAACGTGGCTGAGATTTGGAATGATGAATAAGGATAGTTCAATGAGTCTTGGCGCGAA
637 TTAAATCCAACGTGGCTGAGATTTGGAATGATGAATAAGGATAATTCAATGAGTCTTGGCGCCAA
* *
7179 AAATCGTGCGAAACTGAGCCGGAGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCG-TAATGGTTATT
702 AAATCATGCAAAACTGAGCCGG-GCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTTAA-GGTTA-T
* * * * *
7243 ACACGATTTCGGCAAAAATTTTGTAAAAATTAACCCGAAATATTTTTCCTCAATTTTTAATCGCA
764 ACACAATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCA
*
7308 ATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAAGGCTTTGCACGCTTCTAATA-A
829 ATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATA
* * * * *
7372 CTGTTTTTT-ATTTTTCTGAATTAATTTTCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAA
894 AT-TTTTTTAATTTTTCCGAATTAATTTCCAATTAAATCGAAAAATGATTCAAATGCTCGTAAAA
*
7436 TCAAATCCTTAAATCCAACGTGGCTGAGAT
958 TCAAATCCTTAAATCCAACGTGACTGAGAT
* * *
7466 TTGGAATGATGAATA-AGGATAATTCAATGAGTCTTGGTGCAAAATATCATTCAAAACTGAGCCG
1 TTGGAATGATGAATATA-GATAATTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCG
*
7530 GGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAGAATCTTGATGG-TAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTT
65 GGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAA-AATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTT
* *
7594 GCAAAAATTGATCC-AACAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAATTATATAA
129 GCAAAAATTGACCCGAA-AGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTAGTAAAAA-TATATAA
* *
7658 TTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGACTTTGCACGCTTCTAATATGATTTTTTTATTATTTTTCCGA
192 TTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCA-TTTTTT-TTATTTTTCCGA
* * * *
7723 ATTAATTTCCGATTAAATCAAAACATGATTGAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAACG
255 ATTAATTTGCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTACATCCAACG
* * *
7788 TGGCTGAGATTTGGAATGATGAATAAGGATAATTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGGAAA
320 TAGCTGAAATTTGGAATGATGAATAAGGATAATTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAA
* * * * * *
7853 ACTGAGCTGTGGTCCCGAAACGCGTTTTTAGCAAAAAAATC--GAGATG-----GATTAT--GC-
385 ACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGC-CAAAAATCGTGAGATGTACACGA-TATCGGCA
** * * * *
7908 ACGA-TTTGCAAAAATTGACCC-AGAAGATTTTACCTTAATTTTTAGGCTCAATACTCATTAAGA
448 AAAATTTTGCAAAAATTGACCCGA-AAGATTTTACCTCAATTTTTA-ACCCAATACTC-GTAA-A
* * * * ** * *
7971 AAATATATAATTCAATGCCAAAATGATTGAAGGGATTTTCACGGGTCTAATATCATTATTTTTCA
509 AAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATC-TTTTTTTTTA
* * * *
8036 ATTTTTTTCAAATTAATTTCCGATTAAATCGAAATATGATAT-AGATTCTCGTAAAATCAAATCC
573 AATTTTTTCAAATTAATTTCCGATTAAATCGAAACATGAT-TCAAATGCTCGTAAAATCAAATCC
* * * * ** * * *
8100 TTGAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGGATGATTAATATTGATATTTGAATGAGTCTTGGCGCAAA
637 TTAAATCCAACGTGGCTGAGATTTGGAATGATGAATAAGGATAATTCAATGAGTCTTGGCGCCAA
* * * * * * *
8165 AAATAATGCAAAACTGAACTAGGGCCTCGGAACGCGTTTTAAGCCAAAAAAAACTGTGATA-G--
702 AAATCATGCAAAACTGAGC-CGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCC--AAAAATC-GTTA-AGGTT
* * * * *
8227 AGTACACAATTTTGGCAAAGATTTTGCAAAAATTTACCCGAAAGGTTTTTCCTCAATTTTTACCC
762 A-TACACAATTTCGGCAAAAATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACC
* * * * * * *
8292 ACAATACTTGTTAAAAATATATAATTCAA-GCCAAAATGGTTGAATGGCTTTTCACGCTTCTAAT
826 GCAATACTCGTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAAT
* * ** *
8356 ATCATTTTTTCAATTTTTCCCTTATTAATTTCTAATTAAATCGAAGAAA-GATTCAGAA-GCTCG
891 ATAATTTTTTTAATTTTT-CCGAATTAATTTCCAATTAAATCGAA-AAATGATTCA-AATGCTCG
* ** * *
8419 TAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGT-AGCCGATAT
953 TAAAATCAAATCCTTAAATCCAACGTGA-CTGAGAT
* * * * * * *
8454 TTGG-TTAGATTAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTGGCGTAAAAAATAATGCAAAACTGAACCG
1 TTGGAAT-GATGAATATAGATAATTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCG
* * * * * *
8518 GGGTCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAATTGTGATGGTTTGTGCACGATTTC-G----------
65 GGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGC-CAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTT
* * ** * * * *
8572 GCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTACCTTAATTTTTAGGCACAATACTAATTAAAATAAATAATT
129 GCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTAGTAAAAATATATAATT
* * * * *
8637 CAATGCCAAAATGATTGGAGGGCTTTTCACGCGTCTAATATCATT
194 CAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCATT
Statistics
Matches: 2778, Mismatches: 344, Indels: 173
0.84 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
976 2 0.00
977 47 0.02
978 77 0.03
979 122 0.04
984 24 0.01
985 71 0.03
986 173 0.06
987 109 0.04
988 148 0.05
989 71 0.03
990 173 0.06
991 116 0.04
992 2 0.00
993 4 0.00
994 189 0.07
995 654 0.24
996 296 0.11
997 367 0.13
998 11 0.00
1000 4 0.00
1001 118 0.04
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (987 bp):
TTGGAATGATGAATATAGATAATTCAATGAGTCTTGGCGCAAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGG
GGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCAAAAATTTTGC
AAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTAGTAAAAATATATAATTCA
ACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCATTTTTTTTATTTTTCCGAATTAAT
TTGCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTACATCCAACGTAGCTG
AAATTTGGAATGATGAATAAGGATAATTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
CCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTGAGATGTACACGATATCGGCAAAAATTTT
GCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTACCTCAATTTTTAACCCAATACTCGTAAAAAATATATAATT
CAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATCTTTTTTTTTAAATTTTTTCAAAT
TAATTTCCGATTAAATCGAAACATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAACGTG
GCTGAGATTTGGAATGATGAATAAGGATAATTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAAC
TGAGCCGGGCCCCGGAACGCGTTTTCAGCCAAAAATCGTTAAGGTTATACACAATTTCGGCAAAA
ATTTTGCAAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTCAATTTTTAACCGCAATACTCGTAAAAAATAT
ATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGCTTTGCACGCTTCTAATATAATTTTTTTAATTTTTCC
GAATTAATTTCCAATTAAATCGAAAAATGATTCAAATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAA
CGTGACTGAGAT
Done.