Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01010552.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig10584, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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131 GATTTCGGTT
** * * *
141 AAAAACTGACCCCAAAATTTTTTTATGATTTTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATAT-ATA
1 AAAAACTGA-CCCAAAATTTTTTCCTCA-ATTCTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAAT-
* * ** * *
205 TCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTTTAA-AAAGTTTTCCCATTTTTTCCGAACT
63 TCAACGCCAAAAA-ATTGAAGGG-TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCGAATT
* * * * * *
269 AAGTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGGTCGTAAAAACAAATCCCTAAATACAATGTGG
126 TATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGG
* * * * ** **
334 CTGAG-ATTTGGCTT-GATGAATATAGGTCTTTCATGGAGTATTTACAAAAAAAATCATG-CTAA
191 CTGAGCATTTGG-TTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACACCAAAAATCATGAAAAA
* * ** * *
396 TTGAGCTGGGGCTCCGGAATGCGTTTTTAACCAAAATTCGTGATGGTTAGTATACGATTTCGGCT
255 TTGAGCTGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCT
461 AAAATTTTGC
320 AAAATTTTGC
* * * *
471 AAAAACTGACCCAAAAGTTTTTCTTCAATTTTTTTCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCA
1 AAAAACTGACCCAAAATTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCA
* * *
536 ACGCCAACAAAATTGAAGGGTTTTCACGGTTTTAATATCGTTTTTCCA-TTTTTCCAAATATATT
66 ACGCCAA-AAAATTGAAGGGTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCGAATTTATT
* *
600 TCTAAATAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGC-AA
130 TCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGA
* * * *
664 GCATTTGGTTCCATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCATTACGCCAAAAATTATGAAAAACTT-A
195 GCATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACACCAAAAATCATGAAAAA-TTGA
* * * * *
728 GCCGGGGCCCCAGAACGCGTTTTTATCAAAAAACCGTGATGGGTAATACACGATTTCGGCTAAAA
259 GCTGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAA
793 TTTTGC
324 TTTTGC
* *
799 AAAAACTGACCCGAAAA--ATTTCCTCAATTCTTTGCCATAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
1 AAAAACTGACCC-AAAATTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
* * * ** * *
862 AACGCCAAAAAAATTGAAGGATTTTCAAGCTTTT-ATTTCGTTTCCCCCTTTTTTCCCGATTTTA
65 AACGCC-AAAAAATTGAAGGGTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCATTTTTT-CCGAATTTA
* * *
926 TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAAATGCTCGTAAAAA-ATATCCTTAAATCCATTGTGGCT
128 TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCT
* **
990 G-GCATTTGGTTCGATGAATATAGATACTTT-AAGGAGTTTTTATGCCAAAAATCATGAAAAATT
193 GAGCATTTGGTTCGATGAATATAGATA-TTTCAAGGAGTCTTTACACCAAAAATCATGAAAAATT
* * * * * *
1053 GAGCCGGGGCCCCGGAACTCGTTTTT-AGCAGAAAA-CATGTATTGTTAATATACGATTTCGGCT
257 GAGCTGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAACCA-AAAACCGTG-ATGGTTAATACACGATTTCGGCT
*
1116 AAAACTTTGC
320 AAAATTTTGC
* * * * *
1126 AAAAATTAACCCGAAATTTTTTTCCTCAACTCTTTGCCATAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
1 AAAAACTGACCC-AAAATTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
* *
1191 AACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTCACGCTTTTAATATCATTTTTCCATTTTTTCCGATTTTAT
65 AACGCC-AAAAAATTGAAGGGTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCGAATTTAT
* * * *
1256 TTCTAATTACATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCTTAAATCCATTGCGGTTG
129 TTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTG
* * * * *
1321 -GGATTTGGTTTGAT-ATATATATATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAATAATGAAAAACTT
194 AGCATTTGGTTCGATGA-ATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACACCAAAAATCATGAAAAA-TT
* * * * * * * * * *
1384 -AGCCGAGACCCTGAAACACGTTTTTAGCAAAAAATCGTG-TGATGTAATACACGATTTCGGCTA
257 GAGCTGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGT-TAATACACGATTTCGGCTA
1447 AAATTTTGC
321 AAATTTTGC
* * *
1456 AAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCCGCAATTCTTTGCCACAATACTCTGAAAAAATATATAATTC
1 AAAAACTGACCC-AAAATTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
* *
1521 AACGCCAAAAAATTTTAAGGGTTTTTCACG-TTTCTAATATCGTTTTTACCATTTTTTTCGGAAT
65 AACGCCAAAAAA-TTGAAGGG-TTTTCACGCTTT-TAATATCGTTTTT-CCA-TTTTTTCCGAAT
* * * * *
1585 TTATTTCTACATAAAATCTAAACAAGATTCAGATACTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATCT
125 TTATTTCTA-ATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGT
* * * * * * * *
1650 AGCTGAG-ATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAATATTTATACCAAAAACCATGCAAA
189 GGCTGAGCATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACACCAAAAATCATGAAAA
* * * * ** * *
1714 ACTAAG-TCGAGGCCCCGAAACGTATTTTT-AGCATAAAACCATGAT-G--AAGTACACGATTTC
254 ATTGAGCT-GGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAACCA-AAAACCGTGATGGTTAA-TACACGATTTC
1774 GGCTAAAA--TTG-
316 GGCTAAAATTTTGC
* *** * *
1785 ---ATCTGGA---AGTTTTTTTTTCTCAATT-TTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTC
1 AAAAACT-GACCCAAAATTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
** ** *
1843 AACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCTTGCTTAAAATATCGTTTTTCTTTTCATTTCTTTTTCT
65 AACGCCAAAAA-ATTGAAGGG-TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTC----CA--T-TTTTTCC
* * * * *
1908 GAA-TTACTTTATATTTAAATCGAAATAAGATTAAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
121 GAATTTA-TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCA
* *
1972 TTGTGGTTG-GCATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAACGAGTCTTTACACCAAAAATCATG
185 TTGTGGCTGAGCATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACACCAAAAATCATG
* * * *
2036 AAAAACTGAG-TCGGGGCCCCGTAACGCGTTTTT-A-CAAAAACCATGATGGTTAATACACGATA
250 AAAAATTGAGCT-GGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATT
2098 TCGGCTAAAATTTTGC
314 TCGGCTAAAATTTTGC
* * *
2114 -AAAACTGACCCAAAATTTTTTTCCTCAATTCTTTTCCATAAAACTCAG-AAAAATATATAATTC
1 AAAAACTGACCCAAAA-TTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
* * *
2177 AACTCCAAGAAAATTGAAGGGTTTTCACGATTTTAACATCGTTTTTCCATTTTTTTCCG-ATTTA
65 AACGCCAA-AAAATTGAAGGGTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCA-TTTTTTCCGAATTTA
* * * * *
2241 TTTATAACTAAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATTCGTTGTGGCT
128 TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCT
* * ** * *
2306 -AGCATTTGGTTCGATGAATATAGATATTACGAGGAGTCTTTACGTCAAAAATCATAAAAAACTG
193 GAGCATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACACCAAAAATCATGAAAAATTG
* * * *
2370 AG-TCGGGGCCCCAGAACACGATTTT-AGCAGAAAACC------G------CACGATTTCGGCTA
258 AGCT-GGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAACCA-AAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTA
2421 AAATTTTGC
321 AAATTTTGC
* * * * * *
2430 AAAAACTGATCCGAAAATTTTTTCCTAAATTCTTTGCCATAATATTTAGAAAAAATATATAATTA
1 AAAAACTGA-CCCAAAATTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
* * * * *
2495 AACGCCAAAAAATTTGAAGGGTTTTAACGCTATTCATATCATTGTTCCATTTTTTTCCG-ATTTA
65 AACGCCAAAAAA-TTGAAGGGTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCA-TTTTTTCCGAATTT-
*
2559 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGC
127 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGC
2624 TG-GCATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACACCAAAAATCATGAAAAACT
192 TGAGCATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACACCAAAAATCATGAAAAA-T
* * * *
2688 T-AGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAATCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTA
256 TGAGCTGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTA
2752 AAATTTTGC
321 AAATTTTGC
* * * *
2761 AAAAAATGACCCGAACAA-TTTTTCCTCGATTTTTTGCCACAATACTCAGAAATAATATATAATT
1 AAAAACTGACCC-AA-AATTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATT
* * *
2825 CAACACCAAAACAATTGAAGAGTTTTTCACG-TTTCTAATATTGTTTTT-CATTTTTTTTTCCGA
64 CAACGCCAAAA-AATTGAAG-GGTTTTCACGCTTT-TAATATCGTTTTTCCA---TTTTTTCCGA
* * *
2888 ATTTAGTTT-TAATTGAATCGAAATAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATT
123 ATTTA-TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATT
* * * * *
2952 GTCG-TCAGGATTTGATTCGATGAATATAAATATTTCAAGGAGTCTTTA-AGCCAAAAATCATGA
187 GTGGCTGAGCATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACA-CCAAAAATCATGA
* * * * * * * * * *
3015 AAAACTGAGTTGGGGCCCCGAAACTCGTTTTCAGCTAGAAAACCGTGATTGTTAATATATGATTT
251 AAAATTGAGCTGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAACCA-AAAACCGTGATGGTTAATACACGATTT
3080 CGGCTAAAATTTTGC
315 CGGCTAAAATTTTGC
* *
3095 AAAAACTGACCCAAAATTTTTTTCCACAATTCTTTGCCATAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
1 AAAAACTGACCCAAAA-TTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
* * *
3160 AACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTAACGCTTTTAATATCATTTTTCCATTTTTTCCGATTTTAT
65 AACGCC-AAAAAATTGAAGGGTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCGAATTTAT
* * * * * *
3225 TTATAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAAAAAATCCTTAAATTCATAGTGGTTG
129 TTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTG
* * * * * *
3290 -GGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAAGAGTCTTTACGCAAAAAATCATGGAAAACTGA
194 AGCATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACACCAAAAATCATGAAAAATTGA
* * * *
3354 GCCGGGGCCCCAGAACGCATTTTT-AGCAGAAAACCGTGATGGTT
259 GCTGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAACCA-AAAACCGTGATGGTT
3398 GATCGAGGCA
Statistics
Matches: 2468, Mismatches: 349, Indels: 220
0.81 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
316 22 0.01
317 39 0.02
318 70 0.03
319 140 0.06
320 2 0.00
321 1 0.00
322 69 0.03
323 15 0.01
324 11 0.00
325 7 0.00
326 305 0.12
327 368 0.15
328 191 0.08
329 162 0.07
330 242 0.10
331 262 0.11
332 49 0.02
333 209 0.08
334 281 0.11
335 23 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.17, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (329 bp):
AAAAACTGACCCAAAATTTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCA
ACGCCAAAAAATTGAAGGGTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCGAATTTATTT
CTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAG
CATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACACCAAAAATCATGAAAAATTGAGC
TGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAATACACGATTTCGGCTAAAATT
TTGC
Found at i:2285 original size:652 final size:646
Alignment explanation
Indices: 1--3397 Score: 3452
Period size: 652 Copynumber: 5.2 Consensus size: 646
* * * * * * *
1 AATCCATTTTGGTTGGGATTTGGTTCAAAGAATATAGATATTTCAAGAAGTTTTTATGCCAAAAA
1 AATCCATTGTGGTTGGCATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAA
* * * * * * *
66 TCATGAAAAACTAAGCCGGTGCCCAGAACGCATTTTTAG-AAGGAAAACCATGATGGTTACTATA
66 TCATGAAAAACTTAGCCGGGGCCCCGAACGCGTTTTTAGCAA--AAAACCGTGATGGTTAATACA
* ** * * *
130 CGATTTCGG--------TT--AAAAACTGACCCCAAAATTTTTTTATGATTTTTTTTGCCACAAT
129 CGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAA-TTTTTCCTCA-ATTCTTTGCCACAAT
* * **
185 ACTCAGAAAAAATATAT-ATATCAATGCCAAAAAGATTGATGGGCTTTTCACGCTTT-TAA-AAA
192 ACTCAGAAAAAATATATAAT-TCAACGCCAAAAA-ATTGAAGGG-TTTTCACG-TTTCTAATATC
* * * * * *
247 GTTTTCCCA-TTTTTTCCGAACTAAGTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGGTCGTAAAA
253 GTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAACTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAA
* * * * * * *
311 ACAAATCCCTAAATACAATGTGGCTGAG-ATTTGGCTT-GATGAATATAGGTCTTTCATGGAGTA
318 ACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGCATTTGG-TTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC
* ** ** * * * * * **
374 TTTACAAAAAAAATCATG-CTAATTGAG-CTGGGGCTCCGGAA-TGCGTTTTTAACCA-AAATTC
382 TTTATACCAAAAATCATGAAAAACTGAGTC-GGGGCCCCGAAACT-CATTTTT-AGCAGAAAACC
* * * * * ** *
435 GTGATGGTTAGTATACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCAAAAGTTTTTCTTCAAT
444 ATGATTG-TAATATACGATTTCGGCTAAAA-TTTG---AATCT---CGAAATTTTTTTCCTCAA-
* * * *
500 TTTTTTCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAACAAAATTGAAGGGTTTTCACGG
500 TTTTTGCCATAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAA-AAAATTGAAGGGTTTT-TCGC
* * * * *
565 TTTTAATATCGTTTTTCCA-TTTTTCCAAATATATTTCTAAATAAATCGAAACAAGATTCAGATG
563 TTTTAATATCATTTTTCCATTTTTTCC-GATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTAAGATG
629 CTCGTAAAAACAAATCCTTA
627 CTCGTAAAAACAAATCCTTA
*** * *
649 AATCCATTGTGGCAAGCATTTGGTTCCATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCATTACGCCAAAAA
1 AATCCATTGTGGTTGGCATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAA
* * *
714 TTATGAAAAACTTAGCCGGGGCCCCAGAACGCGTTTTTATCAAAAAACCGTGATGGGTAATACAC
66 TCATGAAAAACTTAGCCGGGGCCCC-GAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAATACAC
* *
779 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAA-ATTTCCTCAATTCTTTGCCATAATACT
130 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAATTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACT
* * * *
843 CAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGATTTTCAAGCTTT-T-ATTTCGTTTC
195 CAGAAAAAATATATAATTCAACGCC-AAAAAATTGAAGGGTTTTCACG-TTTCTAATATCGTTTT
* * * * * * * *
906 CCCCTTTTTTCCCGATTTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAAATGCTCGTAAAAA-ATA
258 TCCATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAACTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAA
*
970 TCCTTAAATCCATTGTGGCTG-GCATTTGGTTCGATGAATATAGATACTTT-AAGGAGTTTTTAT
323 TCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGCATTTGGTTCGATGAATATAGATA-TTTCAAGGAGTCTTTAT
* * * * *
1033 GCCAAAAATCATGAAAAATTGAGCCGGGGCCCCGGAACTCGTTTTTAGCAGAAAA-CATGTATTG
387 ACCAAAAATCATGAAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAAACTCATTTTTAGCAGAAAACCATG-ATTG
* *
1097 TTAATATACGATTTCGGCTAAAACTTTGCAAAAATTAACCCGAAATTTTTTTCCTCAACTCTTTG
451 -TAATATACGATTTCGGCTAAAA-TTTG----AA-T--CTCGAAATTTTTTTCCTCAA-TTTTTG
*
1162 CCATAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTCACGCTTTTAA
506 CCATAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCC-AAAAAATTGAAGGGTTTT-TCGCTTTTAA
* *
1227 TATCATTTTTCCATTTTTTCCGATTTTATTTCTAATTACATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTA
569 TATCATTTTTCCATTTTTTCCGA-TTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTAAGATGCTCGTA
*
1292 AAAATAAATCCTTA
633 AAAACAAATCCTTA
* * * *
1306 AATCCATTGCGGTTGGGATTTGGTTTGAT-ATATATATATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAA
1 AATCCATTGTGGTTGGCATTTGGTTCGATGA-ATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAA
* * * * * * *
1370 ATAATGAAAAACTTAGCCGAGACCCTGAAACACGTTTTTAGCAAAAAATCGTG-TGATGTAATAC
65 ATCATGAAAAACTTAGCCGGGGCCCCG-AACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGT-TAATAC
*
1434 ACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCCGCAATTCTTTGCCACAAT
128 ACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCG-AAAATTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAAT
* *
1499 ACTCTGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAATTTTAAGGGTTTTTCACGTTTCTAATATCGT
192 ACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAA-TTGAAGGG-TTTTCACGTTTCTAATATCGT
* * *
1564 TTTTACCATTTTTTTCGGAATTTATTTCT-ACATAAAATCTAAACAAGATTCAGATACTCGTAAA
255 TTTT-CCATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAAC-T-AAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAA
* * * * * * *
1628 AACAAATCCTTAAATCCAATCTAGCTGAG-ATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCAAGGAATA
317 AACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGCATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC
* * * * *
1692 TTTATACCAAAAACCATGCAAAACTAAGTCGAGGCCCCGAAACGT-ATTTTTAGCATAAAACCAT
382 TTTATACCAAAAATCATGAAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAAAC-TCATTTTTAGCAGAAAACCAT
* * * *
1756 GA-TG-AAGTACACGATTTCGGCTAAAA-TTG-ATCTGGAAGTTTTTTTTTCTCAATTTTTGCCA
446 GATTGTAA-TATACGATTTCGGCTAAAATTTGAATCTCGAA-ATTTTTTTCCTCAATTTTTGCCA
* * **
1817 CAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCTTGCTTAAAATA
509 TAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAA-ATTGAAGGGTTTTTC--GCTTTTAATA
* * * * * * *
1882 TCGTTTTTCTTTTCATTTCTTTTTCTGAATTACTTTATATTTAAATCGAAATAAGATTAAAATGC
571 TCATTTTTC----CA--T-TTTTTCCGATTTA-TTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTAAGATGC
1947 TCGTAAAAACAAATCCTTA
628 TCGTAAAAACAAATCCTTA
* *
1966 AATCCATTGTGGTTGGCATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAACGAGTCTTTACACCAAAAA
1 AATCCATTGTGGTTGGCATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAA
* * *
2031 TCATGAAAAACTGAGTCGGGGCCCCGTAACGCGTTTTTA-C-AAAAACCATGATGGTTAATACAC
66 TCATGAAAAACTTAGCCGGGGCCCCG-AACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAATACAC
* * * *
2094 GATATCGGCTAAAATTTTGC-AAAACTGACCC-AAAATTTTTTTCCTCAATTCTTTTCCATAAAA
130 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAA--TTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATA
* *
2157 CTCAG-AAAAATATATAATTCAACTCCAAGAAAATTGAAGGGTTTTCACGATTT-TAACATCGTT
193 CTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAA-AAAATTGAAGGGTTTTCACG-TTTCTAATATCGTT
* *
2220 TTTCCATTTTTTTCCG-ATTTATTTATAACTAAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACA
256 TTTCCATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAACTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACA
* * * *
2284 AATCCTTAAATTCGTTGTGGCT-AGCATTTGGTTCGATGAATATAGATATTACGAGGAGTCTTTA
321 AATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGCATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTA
*** * * *
2348 CGTCAAAAATCATAAAAAACTGAGTCGGGGCCCCAGAACAC-GA-TTTTAGCAGAAAACCGCACG
386 TACCAAAAATCATGAAAAACTGAGTCGGGGCCCC-GAA-ACTCATTTTTAGCAGAAAA-C-CATG
**** ** * ** * *
2411 ATT-TCGGCTAAAATTT-TGC-AAAAACTG-ATC-CGAAAATTTTTTCCTAAATTCTTTGCCATA
447 ATTGTAATATACGATTTCGGCTAAAATTTGAATCTCGAAATTTTTTTCCTCAATT-TTTGCCATA
* * * * * *
2471 ATATTTAGAAAAAATATATAATTAAACGCCAAAAAATTTGAAGGGTTTTAACGCTATTCATATCA
511 ATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAA-TTGAAGGGTTTT-TCGCTTTTAATATCA
*
2536 TTGTTCCATTTTTTTCCGATTTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTAAGATGCTCGTAAAAA
574 TTTTTCCA-TTTTTTCCGATTT-ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTAAGATGCTCGTAAAAA
2601 CAAATCCTTA
637 CAAATCCTTA
* *
2611 AATCCATTGTGGCTGGCATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACACCAAAAA
1 AATCCATTGTGGTTGGCATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAA
*
2676 TCATGAAAAACTTAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAATCGTGATGGTTAATACAC
66 TCATGAAAAACTTAGCCGGGGCCCC-GAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAATACAC
* * *
2741 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAACAATTTTTCCTCGATTTTTTGCCACAATAC
130 GATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAA-AATTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATAC
* * * *
2806 TCAGAAATAATATATAATTCAACACCAAAACAATTGAAGAGTTTTTCACGTTTCTAATATTGTTT
194 TCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAA-AATTGAAG-GGTTTTCACGTTTCTAATATCGTTT
* * * *
2871 TT-CATTTTTTTTTCCGAATTTAGTTT-TAATTGAATCGAAATAAGATTAAGATGCTCGTAAAAA
257 TTCCA--TTTTTTTCCGAATTTA-TTTCTAACTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA
* * * * *
2934 CAAATCCTTAAATCCATTGTCG-TCAGGATTTGATTCGATGAATATAAATATTTCAAGGAGTCTT
319 CAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGAGCATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTT
* * * *
2998 TA-AGCCAAAAATCATGAAAAACTGAGTTGGGGCCCCGAAACTCGTTTTCAGCTAGAAAACCGTG
384 TATA-CCAAAAATCATGAAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAAACTCATTTTTAGC-AGAAAACCATG
* * * *
3062 ATTGTTAATATATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCAAAATTTTTTTCCACAATTC
447 ATTG-TAATATACGATTTCGGCTAAAA-TTTG----AA-T--CTCGAAATTTTTTTCCTCAATT-
*
3127 TTTGCCATAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTAACGCTT
502 TTTGCCATAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCC-AAAAAATTGAAGGGTTTT-TCGCTT
* *
3192 TTAATATCATTTTTCCATTTTTTCCGATTTTATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCT
565 TTAATATCATTTTTCCATTTTTTCCGA-TTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTAAGATGCT
*
3257 CGTAAAAAAAAATCCTTA
629 CGTAAAAACAAATCCTTA
* * * * *
3275 AATTCATAGTGGTTGGGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAAGAGTCTTTACGCAAAAAA
1 AATCCATTGTGGTTGGCATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCCAAAAA
* * * *
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3398 GATCGAGGCA
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ATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAATTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATACTC
AGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAATTGAAGGGTTTTCACGTTTCTAATATCGTTTTTCC
ATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAACTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCC
TTAAATCCATTGTGGCTGAGCATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTATACCA
AAAATCATGAAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAAACTCATTTTTAGCAGAAAACCATGATTGTAATA
TACGATTTCGGCTAAAATTTGAATCTCGAAATTTTTTTCCTCAATTTTTGCCATAATACTCAGAA
AAAATATATAATTCAACGCCAAAAAATTGAAGGGTTTTTCGCTTTTAATATCATTTTTCCATTTT
TTCCGATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
Found at i:3240 original size:983 final size:971
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* * * * * * *
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1 AATCCATTGT-GTCTGGCATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTAAGCCAAAA
* * * * * * * * *
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65 ATCATGAAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAAACTCGTTTTTAGCA-GAAAACCATGATTGTTAATAT
* * * * *
129 ACGATTTCGG--------TT--AAAAACTGACCCCAAAATTTTTTT-ATGATTTTTTTTGCCACA
129 ACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGA-CCCAAAATTTTTTTCCTCA-ATTCTTTGCCATA
* * *
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* * ** * * * *
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* * * * * * * * * *
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** ** * * * ** * *
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383 TTTAC-GCAAAAATCATGAAAAACTGAGC-GGGGCCCCAGAACACGATTTT-AGCAGAAA-----
** * * * * *
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* * *
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* ** *
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561 TTTCATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGATTTA-ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAT
** *
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625 GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTGGCATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTC
* * * * *
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* *
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755 AAACCGTGAT-GGTAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAATTTTTCC
* * *
822 TCAATTCTTTGCCATAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGATTTT
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* *** * * * *
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882 CAAG-TTTTAATATT-GTTTTTCATTTTTTTTTCCGAATTTATTTATAATTAAATCGAAATAAGA
*
949 TTTAAATGCTCGTAAAAA-ATATCCTTA
945 -TTAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
* * *
976 AATCCATTGTGGCTGGCATTTGGTTCGATGAATATAGATACTTT-AAGGAGTTTTTATGCCAAAA
1 AATCCATTGTGTCTGGCATTTGGTTCGATGAATATAGATA-TTTCAAGGAGTCTTTAAGCCAAAA
* * *
1040 ATCATGAAAAATTGAGCCGGGGCCCCGGAACTCGTTTTTAGCAGAAAA-CATGTATTGTTAATAT
65 ATCATGAAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAAACTCGTTTTTAGCAGAAAACCATG-ATTGTTAATAT
* * * * *
1104 ACGATTTCGGCTAAAACTTTGCAAAAATTAACCCGAAATTTTTTTCCTCAACTCTTTGCCATAAT
129 ACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCAAAATTTTTTTCCTCAATTCTTTGCCATAAT
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* * *
1234 TTTCCATTTTTTCCGATTTTATTTCTAATTACATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAA
259 TTTCCATTTTTTCCGATTTTATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAA
* * * *
1299 ATCCTTAAATCCATTGCGGTTGGGATTTGGTTTGAT-ATATATATATATTTCAAGGAGTCTTTAC
324 ATCCTTAAATTCATTGTGGTTGGGATTTGGTTCGATGA-ATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTAC
* * * * * * * * *
1363 GCCAAAAATAATGAAAAACTTAGCCGAGACCCTGAAACACGTTTTTAGCAAAAAATCGTGTGATG
388 G-CAAAAATCATGAAAAACTGAGCGGGGCCCCAG-AACACGATTTTAGCAGAAAA-C------CG
*
1428 TAATACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAATTTTTCCGCAATTCTTTGC
444 ----ACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGA-CCGAAAAATTTTTCCTCAATTCTTTGC
* *
1493 CACAATACTCT-GAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAATTTTAAGGGTTTTTCACGTTTCTA
504 CACAATA-TTTAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAATTTGAAGGG-TTTTCACGTTTC--
* * * *
1557 ATATCGTTTTTACCATTTTTTTCGGAATTT-ATTTCTACATAAAATCTAAACAAGATTCAGATAC
565 ATATCGTTTTT-CCATTTTTTTCCG-ATTTAATTTCTA-ATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGC
* * * * *
1621 TCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATCTAGCTGAG-ATTTTGTTAGATGAATATAGATATTTCA
627 TCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCATTGTGGCTG-GCATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCA
* * * * * * * * * ** *
1685 AGGAATATTTATACCAAAAACCATGCAAAACTAAGTCGAGGCCCCGAAACGTATTTTTAGCATAA
691 AGGAGTCTTTACACCAAAAATCATGAAAAACTTAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAA
* ** ** *
1750 AACCATGAT-G-AAGTACACGATTTCGGCTAAAA--TTG------AT--CTGGAAGTTTTTTTTT
756 AACCGTGATGGTAA-TACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAA--AATTTTTC
* *
1803 CTCAATTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAGGGTTTT
818 CTCATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAA-ATTGAA-GGTTTT
** ** * * * *
1868 TCTTGCTTAAAATATCGTTTTTCTTTTCATTTCTTTTTCTGAA-TTACTTTATATTTAAATCGAA
881 TCAAG-TTTTAATA----TTGT-TTTTCATTTTTTTTTCCGAATTTA-TTTATAATTAAATCGAA
1932 ATAAGATTAAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
939 ATAAGATT-AAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
*
1966 AATCCATTGTGGT-TGGCATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAACGAGTCTTTACA-CCAAA
1 AATCCATTGT-GTCTGGCATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTA-AGCCAAA
* * * *
2029 AATCATGAAAAACTGAGTCGGGGCCCCGTAACGCGTTTTTA-CA-AAAACCATGATGGTTAATAC
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* * *
2092 ACGATATCGGCTAAAATTTTGC-AAAACTGACCCAAAATTTTTTTCCTCAATTCTTTTCCATAAA
129 ACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCAAAATTTTTTTCCTCAATTCTTTGCCATAAT
* * * * *
2156 ACTCAG-AAAAATATATAATTCAACTCCAAGAAAATTGAAGGGTTTTCACGATTTTAACATCGTT
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* * *
2220 TTTCCATTTTTTTCCGA-TTTATTTATAACTAAATCGAAACAAGATTCAGATTCTCGTAAAAACA
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* * * * * *
2284 AATCCTTAAATTCGTTGTGGCTAGCATTTGGTTCGATGAATATAGATATTACGAGGAGTCTTTAC
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*
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* * *
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* * * *
2478 GAAAAAATATATAATTAAACGCCAAAAAATTTGAAGGGTTTTAACGCTATTCATATCATTGTTCC
515 GAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAATTTGAAGGGTTTTCACG-T-TTCATATCGTTTTTCC
*
2543 ATTTTTTTCCGATTTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTAAGATGCTCGTAAAAACAAATCC
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643 TTAAATCCATTGTGGCTGGCATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACACCAA
*
2673 AAATCATGAAAAACTTAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAATCGTGATGGTTAATA
708 AAATCATGAAAAACTTAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGG-TAATA
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772 CACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAA-AATTTTTCCTC-ATTTTTTGCCACAA
* * *
2803 TACTCAGAAATAATATATAATTCAACACCAAAACAATTGAAGAGTTTTTCACGTTTCTAATATTG
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*
2868 TTTTTCATTTTTTTTTCCGAATTTAGTTT-TAATTGAATCGAAATAAGATTAAGATGCTCGTAAA
897 TTTTTCATTTTTTTTTCCGAATTTA-TTTATAATTAAATCGAAATAAGATTAA-ATGCTCGTAAA
2932 AACAAATCCTTA
960 AACAAATCCTTA
* * *
2944 AATCCATTGTCGTCAGG-ATTTGATTCGATGAATATAAATATTTCAAGGAGTCTTTAAGCCAAAA
1 AATCCATTGT-GTCTGGCATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTAAGCCAAAA
* * *
3008 ATCATGAAAAACTGAGTTGGGGCCCCGAAACTCGTTTTCAGCTAGAAAACCGTGATTGTTAATAT
65 ATCATGAAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAAACTCGTTTTTAGC-AGAAAACCATGATTGTTAATAT
* *
3073 ATGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCAAAATTTTTTTCCACAATTCTTTGCCATAAT
129 ACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCAAAATTTTTTTCCTCAATTCTTTGCCATAAT
*
3138 ACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTAACGCTTTTAATATCATT
194 ACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTCACGCTTTTAATATCATT
*
3203 TTTCCATTTTTTCCGATTTTATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGTAAAAAAAA
259 TTTCCATTTTTTCCGATTTTATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAA
* *
3268 ATCCTTAAATTCATAGTGGTTGGGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAAGAGTCTTTACG
324 ATCCTTAAATTCATTGTGGTTGGGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACG
* *
3333 CAAAAAATCATGGAAAACTGAGCCGGGGCCCCAGAACGC-ATTTTTAGCAGAAAACCG
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3390 TGATGGTTGA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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TCATGAAAAACTGAGTCGGGGCCCCGAAACTCGTTTTTAGCAGAAAACCATGATTGTTAATATAC
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TCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTCACGCTTTTAATATCATTTT
TCCATTTTTTCCGATTTTATTTATAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAAAAAT
CCTTAAATTCATTGTGGTTGGGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACGCA
AAAATCATGAAAAACTGAGCGGGGCCCCAGAACACGATTTTAGCAGAAAACCGACACGATTTCGG
CTAAAATTTTGCAAAAACTGACCGAAAAATTTTTCCTCAATTCTTTGCCACAATATTTAGAAAAA
ATATATAATTCAACGCCAAAAAATTTGAAGGGTTTTCACGTTTCATATCGTTTTTCCATTTTTTT
CCGATTTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCC
ATTGTGGCTGGCATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACACCAAAAATCATG
AAAAACTTAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTAATACACGATTTC
GGCTAAAATTTTGCAAAAAATGACCCGAAAATTTTTCCTCATTTTTTGCCACAATACTCAGAAAA
AATATATAATTCAACGCCAAAAAATTGAAGGTTTTTCAAGTTTTAATATTGTTTTTCATTTTTTT
TTCCGAATTTATTTATAATTAAATCGAAATAAGATTAAATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
Found at i:5985 original size:319 final size:316
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* * ** **
5403 AATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAAAATGGAAGGGTTTTTCTTGCTTAAAATAT
1 AATACTCAT-AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGG-TTTTCACGCTTTTAATAT
* ** ** * *
5468 CGTTCTTCTTTTTTTTTTCCGAATAAATTTCTAATTAAATCGAAAAAAGATTAAGATGCTCGTAA
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* *
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* * * * *
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* *
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*
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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* * *
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6050 TTGCCAT
310 TTGCCAT
* * * ** * *
6057 AATACTTAGAAAAAATATATAATTCTAACTCCAAAAAAATTGAAGATTTTTTAATGCTTTTAATA
1 AATACTCA-TAAAAATATATAATTC-AACGCCAAAAAAATTGAAG-GGTTTTCACGCTTTTAATA
*
6122 TCATTTTCCAACTTTTTTTTCCAATTTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT
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** * * * * *
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125 AAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCT-GGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAG
* *
6252 TCTTTACGTCAAAAATCATGAAAATCTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAAAAA
189 TCTTTACGCCAAAAATCATGAAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGC-------AA
* * *
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247 AAA-ACC--GTGATGGTTAATACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCAAAA----
* *
6382 TTCCGCAATTTTTTTCCAC
305 TT---C----TTTTGCCAT
*
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1 AATACTCAT--AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGG-TTTTCACGCTTTTAATA
* * *
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63 TC-ATTTTCCCTTTTTTTT--CGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGT
** *
6530 AAAAACAAATCCTTAAAGGCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAATATATAGATATTTCAAGG
125 AAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTG-GATTTGGTTCGATG-A-ATATAGATATTTCAAGG
* * * * * * *
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187 AGTCTTTACGCCAAAAATCATG-AAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAA
* * * *** * **** **
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251 CCGTGATGGTTAA-TACACGATTTCGACT-AAAATTTTGC-AAAAA-CTGACCCAAAATTCTTTT
*
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312 GCCAT
* * * * **
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* *
6789 CATTTT-TCTTTTTTTTCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATT-AGGATGCTCGTAAA
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* * ** * * *
6852 AATAATTCCTTAAATCCTTTGTCGCTGACATTTGGTTCGATGAATATTGATATTTCAAGGAGTCT
128 AACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTG-GATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCT
* * * * * * *
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192 TTACGCCAAAAATCATGAAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGA
* * * * * *
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7047 TCGCCAT
311 T-GCCAT
* *
7054 AATATTCATTAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGTAGGGTTTTCACGCTTTTAATA-
1 AATACTCA-T-AAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTCACGCTTTTAATAT
* * * * *
7118 GA-TTT--C------TTC-CA--GA----T-A--AAATCGGAAA-AAGATTCAGAGGCACGTAAA
64 CATTTTCCCTTTTTTTTCGAATTTATTTCTAATTAAATC-GAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAA
* * * * * * *
7163 AATAAACCCCTAGATCCAATGTAGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGGTATTTCAAGGAGTCT
128 AACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTG-GATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCT
* *** ** * * ** * * * *
7228 ATAC-ATTAAAATCATG-CTAATTGAGCCAGGGCTTCGGAACGCGTTTTTGGCCAAAAACTGTAA
192 TTACGCCAAAAATCATGAAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGA
*
7291 TGGTTAGTACACGATTTC-AGCTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTT
257 TGGTTAATACACGATTTCGA-CTAAAATTTTGCAAAAACTGACCC-AAAA-----T--TC----T
*
7355 TTTGCCAC
309 TTTGCCAT
* *
7363 AATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAACAAAATTGAAGGGTTTTCACGCTTTT-A-ATCG
1 AATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTCACGCTTTTAATATCA
* * * *
7426 TTTTTCCATTTTTTTCGGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGAAAAAA
66 TTTTCCCTTTTTTTTC-GAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAA
* * * *
7491 CAAATCTTTCAGTCCAATGTGGCTGGATTTTGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTA
130 CAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTA
* ** *
7556 CACCAAAAATCATGAAATTCTGAGCCAGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGG
195 CGCCAAAAATCATGAAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGG
* * *
7621 TTAGTACACGATTTCGGA-TAAAATTTTTCAAAAACTGATCCAAAACTTTTTTTCCTCAATTCTT
260 TTAATACACGATTTC-GACTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCAAAA-------T--TC---T-TT
*
7685 TGCCGT
311 TGCCAT
* *
7691 AATACTCAGAAAAAAATATATAATTCAACGCC-AACAAATGTGAAGGGTTTTCACGCTTTTAATA
1 AATACTC--ATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAAT-TGAAGGGTTTTCACGCTTTTAATA
** * * * * *
7755 TTGTTTTTCC-ATGTTTTCAGAATTTATTTCTAATTAAATTGAAACAAGATTCGGATGCTCGTAA
63 TCATTTTCCCTTTTTTTTC-GAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAA
* * * * * * *
7819 AAGCAAGTCCTCAAATCCACTGTGGCTGGGACTTGGTTCGATGAATATATATATTTCAAGGAGCC
127 AAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCT-GGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTC
* * * * * *
7884 TTTAAGCCTAAAATCATAAAAAACTGAGTCGGGTCCCCGGAACGCATTTTTAGC-AAAAACCTGT
191 TTTACGCCAAAAATCATGAAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACC-GT
* ** * *
7948 GATGGTTAATACACGATTTCGACTAAAATTTTACAAATCCTGGCTCGAAAAAATTTTCCTCTATT
255 GATGGTTAATACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAACTGAC-C--CAAAA---T--TC---T
* *
8013 CTTTGACAC
309 -TTTGCCAT
* * * ** * *
8022 GATACTCAGAAAAATATATAATTGAACGTCCAAACCAATTGAGAGGGTTTTTCACGCTTCTAATC
1 AATACTCATAAAAATATATAATTCAACG-CCAAAAAAATTGA-AGGG-TTTTCACGCTTTTAATA
* * * * *
8087 TCGTTTTTCCATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAA
63 TCATTTTCCCTTTTTTTTCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAA
* * * * * * *
8152 AACAAATCC-TAAGTCCAATATGGCTGAGATTTGGTTAGATGTATATAGATTTTTCATGGACTCT
128 AACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTG-GATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCT
* *
8216 TT-CTGCCAAAAATCATG-----C--AGCCAGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCACAAAAACCGT
192 TTAC-GCCAAAAATCATGAAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCA-AAAAACCGT
*
8273 GATGGTTACTACACGATTTCGACTAAAA
255 GATGGTTAATACACGATTTCGACTAAAA
8301 ACTGACCCGA
Statistics
Matches: 2110, Mismatches: 338, Indels: 253
0.78 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
305 1 0.00
306 1 0.00
307 50 0.02
308 2 0.00
309 89 0.04
310 14 0.01
311 80 0.04
312 5 0.00
313 1 0.00
314 1 0.00
315 3 0.00
316 8 0.00
317 79 0.04
318 29 0.01
319 269 0.13
320 15 0.01
321 27 0.01
322 45 0.02
323 67 0.03
324 25 0.01
325 73 0.03
326 61 0.03
327 79 0.04
328 27 0.01
329 28 0.01
330 72 0.03
331 201 0.10
332 229 0.11
333 39 0.02
334 30 0.01
335 14 0.01
336 16 0.01
337 144 0.07
338 5 0.00
342 9 0.00
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345 66 0.03
346 8 0.00
347 48 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (316 bp):
AATACTCATAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAAATTGAAGGGTTTTCACGCTTTTAATATCA
TTTTCCCTTTTTTTTCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAAC
AAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTAC
GCCAAAAATCATGAAAAACTGAGCCGGGGCCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGT
TAATACACGATTTCGACTAAAATTTTGCAAAAACTGACCCAAAATTCTTTTGCCAT
Found at i:7924 original size:332 final size:325
Alignment explanation
Indices: 7133--8293 Score: 1207
Period size: 332 Copynumber: 3.5 Consensus size: 325
7123 CTTCCAGATA
* * * * * * *
7133 AAATCGGAAA-AAGATTCAGAGGCACGTAAAAATAAA-CCCCTAGATCCAATGTAGCTGAGATTT
1 AAATC-GAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTCAAG-TCCAATGTGGCTGGGATTT
* * * * ** *
7196 GGTTTGATGAATATAGGTATTTCAAGGAGTCTAT-A--CATTAAAATCATGCTAATTGAGCCAGG
64 GGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGCCTTTAAGCCA--AAAATCAT-AAAACTGAGCCAGG
** * * * * * * *
7258 GCTTCGGAACGCGTTTTTGGCCAAAAACTGTAATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGC
126 GCCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGATAAAATTTTAC
* * * * *
7323 AAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTCCTCAATTTTTTGCCACAATACTCA-TAAAAATATATAATTC
191 AAAAACTGATCC-AAAAATTTTTCCTCAATTCTTTGCC-GAATACTCAGAAAAAATATATAATTC
*
7387 AACGCCAACAAAATTGAAGGGTTTTCACGCTTTT-A-ATCGTTTTTCCATTTTTTTCGGAATTTA
254 AACGCCAAC-AAATTGAAGGGTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCA-TTTTTTCAGAATTTA
7450 TTTCTAATT
317 TTTCTAATT
* * * *
7459 AAATCGAAACAAGATTTAGATGCTCGAAAAAACAAATCTTTC-AGTCCAATGTGGCT-GGATTTT
1 AAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATC-CTCAAGTCCAATGTGGCTGGGATTTG
* *
7522 GTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTACA-CCAAAAATCATGAAATTCTGAGCCAGGG
65 GTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGCCTTTA-AGCCAAAAATCAT-AAA-ACTGAGCCAGGG
*
7586 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGATAAAATTTTTCA
127 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGATAAAATTTTACA
*
7651 AAAACTGATCCAAAACTTTTTTTCCTCAATTCTTTGCCGTAATACTCAGAAAAAAATATATAATT
192 AAAACTGATCCAAAA--ATTTTTCCTCAATTCTTTGCCG-AATACTCAG-AAAAAATATATAATT
* *
7716 CAACGCCAACAAATGTGAAGGGTTTTCACGCTTTTAATATTGTTTTTCCATGTTTTCAGAATTTA
253 CAACGCCAACAAAT-TGAAGGGTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCAGAATTTA
7781 TTTCTAATT
317 TTTCTAATT
* * * * * * *
7790 AAATTGAAACAAGATTCGGATGCTCGTAAAAGCAAGTCCTCAAATCCACTGTGGCTGGGACTTGG
1 AAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTCAAGTCCAATGTGGCTGGGATTTGG
* * *
7855 TTCGATGAATATATATATTTCAAGGAGCCTTTAAGCCTAAAATCATAAAAAACTGAGTC-GGGTC
66 TTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGCCTTTAAGCCAAAAATCAT--AAAACTGAGCCAGGG-C
* *
7919 CCCGGAACGCATTTTTAGC-AAAAACCTGTGATGGTTAATACACGATTTC-GACTAAAATTTTAC
128 CCCGGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACC-GTGATGGTTAGTACACGATTTCGGA-TAAAATTTTAC
** * * * *
7982 AAATCCTGGCTCGAAAAAATTTTCCTCTATTCTTTGACACG-ATACTCAG-AAAAATATATAATT
191 AAAAACT-GATCCAAAAATTTTTCCTCAATTCTTTG-C-CGAATACTCAGAAAAAATATATAATT
* * * * *
8045 GAACGTCCAAACCAATTGAGAGGGTTTTTCACGCTTCTAATCTCGTTTTTCCATTTTTTCCGAAT
253 CAACG-CC-AACAAATTGA-AGGG-TTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCAGAAT
*
8110 TAATTTCTAATT
314 TTATTTCTAATT
* *
8122 AAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCT-AAGTCCAATATGGCTGAGATTTGG
1 AAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTCAAGTCCAATGTGGCTGGGATTTGG
* * * * ** *
8186 TTAGATGTATATAGATTTTTCATGGA-CTCTTTCTGCCAAAAATCAT---GC--AGCCAGGGCCC
66 TTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGC-CTTTAAGCCAAAAATCATAAAACTGAGCCAGGGCCC
* *
8245 CGAAACGCGTTTTTAGCACAAAAACCGTGATGGTTACTACACGATTTCG
130 CGGAACGCGTTTTTAGCA-AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCG
8294 ACTAAAAACT
Statistics
Matches: 710, Mismatches: 91, Indels: 68
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
324 21 0.03
325 63 0.09
326 59 0.08
327 80 0.11
328 30 0.04
329 22 0.03
330 52 0.07
331 169 0.24
332 202 0.28
333 12 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.18, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (325 bp):
AAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTCAAGTCCAATGTGGCTGGGATTTGG
TTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGCCTTTAAGCCAAAAATCATAAAACTGAGCCAGGGCCCC
GGAACGCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGATAAAATTTTACAAAAA
CTGATCCAAAAATTTTTCCTCAATTCTTTGCCGAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAACGCCA
ACAAATTGAAGGGTTTTCACGCTTTTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCAGAATTTATTTCTAATT
Done.