Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01010596.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig10628, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 659

Length: 1099
ACGTcount: A:0.30, C:0.22, G:0.21, T:0.27


Found at i:8 original size:3 final size:3

Alignment explanation


    Indices: 1--118  Score: 236
    Period size: 3  Copynumber: 39.3  Consensus size: 3

                                                                           
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT

                                                                           
         49 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT

                                         
         97 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT A
          1 ATT ATT ATT ATT ATT ATT ATT A

        119 CTCTTTGAGT


Statistics
Matches: 115,  Mismatches: 0, Indels: 0
        1.00            0.00        0.00

Matches are distributed among these distances:
   3  115  1.00

ACGTcount: A:0.34, C:0.00, G:0.00, T:0.66


Consensus pattern (3 bp):   
ATT

Done.