Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01010838.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig10870, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2400
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.12, T:0.39
Found at i:161 original size:80 final size:79
Alignment explanation
Indices: 54--318 Score: 220
Period size: 80 Copynumber: 3.3 Consensus size: 79
44 AGTTTTTTCC
*
54 TAACATAATTACTAATTGATTGATTTATTTATGGTAAAATTAAATAATTTTGAATCAATTATAAC
1 TAAC-TAATGACTAATTGATTGATTTATTTATGGTAAAATTAAATAATTTTGAATCAATTATAAC
119 TTTGATTGGCAAAGT
65 TTTGATTGGCAAAGT
* * ** * * ** *
134 TAACTAACGACTAACTTGATTGATTTATTTAT-TTAGTATGTTATTTTTTTTCGGTATCAATT-T
1 TAACTAATGACTAA-TTGATTGATTTATTTATGGTAAAAT-TAAATAATTTT--GAATCAATTAT
* * *
197 -A-TTTAGCA-TGTTC--TGC
62 AACTTT-G-ATTG-GCAAAGT
* ** * *
213 TAACATAATTACTAATTGATTGATTTATTTATGGTAAAATTAAATAATCATCAATCAGTTATAAC
1 TAAC-TAATGACTAATTGATTGATTTATTTATGGTAAAATTAAATAATTTTGAATCAATTATAAC
278 TTTGATTGGCAAAGT
65 TTTGATTGGCAAAGT
*
293 TAACTAATGACTAACTTGATTCATTT
1 TAACTAATGACTAA-TTGATTGATTT
319 GTCTATTTAG
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 32, Indels: 32
0.68 0.16 0.16
Matches are distributed among these distances:
77 6 0.04
78 3 0.02
79 55 0.40
80 62 0.45
81 3 0.02
82 8 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.09, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (79 bp):
TAACTAATGACTAATTGATTGATTTATTTATGGTAAAATTAAATAATTTTGAATCAATTATAACT
TTGATTGGCAAAGT
Found at i:582 original size:165 final size:166
Alignment explanation
Indices: 239--721 Score: 745
Period size: 166 Copynumber: 2.9 Consensus size: 166
229 TGATTGATTT
* * * *
239 ATTTATGGTAAAATTAAATAATCATCAATCAGTTATAACTTTGATTGGCAAAGTTAACTAATGAC
1 ATTTATGGTAAAATTAAATAATCATCAATCAATTAAAACTTTGATTGGCAAAATTAACTAACGAC
* * * *
304 TAACTTGATTCATTTGTCTATTTAGCATGTTCAATAATTAATTTTTTTGGTAACATAATCACTAA
66 TAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAATAATTTATTTTTTTGGTAACATAATTACTAA
*
369 TTGATTGATTTATTTATGGTAATTTTTTTGGTAGCG
131 TTGATTCATTTATTTATGGTAATTTTTTTGGTAGCG
* *
405 ATTTATGGTAAAATTAAATAATTATCAATCAATTAAAACTTTGA-TGACAAAATTAACTAACGAC
1 ATTTATGGTAAAATTAAATAATCATCAATCAATTAAAACTTTGATTGGCAAAATTAACTAACGAC
*
469 TAACTTGGATTCATTTATTTATTTACCATGTTCAATAATTTATTTTTTTGGTAACATAATTACTA
66 TAACTT-GATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAATAATTTATTTTTTTGGTAACATAATTACTA
*
534 ATTGATTTATTTATTTATGGTAA-TTTTTTGGTAGCG
130 ATTGATTCATTTATTTATGGTAATTTTTTTGGTAGCG
* *
570 ATTTATGGTAAAATTAAATAATCATCAATCAATTACAACTTTGATTGGCAAAATTAACTAACAAC
1 ATTTATGGTAAAATTAAATAATCATCAATCAATTAAAACTTTGATTGGCAAAATTAACTAACGAC
* *
635 TAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAATCAATTTTATTTTTTATGCTAACGTAATTAC
66 TAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAAT-AA-TTTATTTTTT-TGGTAACATAATTAC
* *
700 TAATTAATTCGTTTATTTATGG
128 TAATTGATTCATTTATTTATGG
722 CAAAATTATA
Statistics
Matches: 290, Mismatches: 22, Indels: 8
0.91 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
165 106 0.37
166 142 0.49
167 10 0.03
168 32 0.11
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.11, T:0.44
Consensus pattern (166 bp):
ATTTATGGTAAAATTAAATAATCATCAATCAATTAAAACTTTGATTGGCAAAATTAACTAACGAC
TAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAATAATTTATTTTTTTGGTAACATAATTACTAA
TTGATTCATTTATTTATGGTAATTTTTTTGGTAGCG
Found at i:778 original size:131 final size:132
Alignment explanation
Indices: 606--1096 Score: 456
Period size: 142 Copynumber: 3.6 Consensus size: 132
596 AATCAATTAC
* * *
606 AACTTTGATTGGCAAAATTAACTAACAACTAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAATC
1 AACTTTGATTGGCAAAGTT-ACTTACGACTAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAATC
* * *
671 AATTTTATTTTTTATGCTAACGTAATTACTAATTAATTCGTTTATTTATGGCAAAAT-T-AT-AG
65 AA-TTTATTTTTT-TGCTAACATAATTACTAATTGATTCATTTATTTATGGCAAAATATCATAAG
733 GAG-T
128 GAGTT
* * * * *
737 AACTTTTATTGGCAAAGTTGACTTATGACTAACTTGGTTCATTTGTTTATTTAGCATGTTGAATC
1 AACTTTGATTGGCAAAGTT-ACTTACGACTAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAATC
* * *
802 AGTTTA--TTTTTGCTAACATAATTACTAATTGATACATTTATTTATGGAAAAATTTAATAATCA
65 AATTTATTTTTTTGCTAACATAATTACTAATTGATTCATTTATTTATGG--CAA---AAT-ATCA
**
865 TCAATTAGTTAT
124 T-AAGGAG-T-T
* * * *
877 AACTTTGATTGGCAAAGTTAATTAACGACTAATTTGATTTATTTATTTATTTAGTATGTTCAATC
1 AACTTTGATTGGCAAAGTTACTT-ACGACTAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAATC
* *
942 AATTTATTTTTTTGCTAACATAATTACTAATTGATTCTTTTATTTATAGCAAAATCAAATCACCA
65 AATTTATTTTTTTGCTAACATAATTACTAATTGATTCATTTATTTATGGCAAAAT---AT---CA
** *
1007 TCAATCAATTAT
124 T-AA-GGAGT-T
* * *
1019 AACTTTGATTGACAAAGTTGA-TTAAGGACTAATTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAAT
1 AACTTTGATTGGCAAAGTT-ACTT-ACGACTAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAAT
1083 CAATTTATTTTTTT
64 CAATTTATTTTTTT
1097 AGTGGTTAAA
Statistics
Matches: 299, Mismatches: 38, Indels: 35
0.80 0.10 0.09
Matches are distributed among these distances:
127 33 0.11
128 4 0.01
129 2 0.01
130 4 0.01
131 57 0.19
132 3 0.01
134 1 0.00
135 2 0.01
137 6 0.02
139 6 0.02
140 60 0.20
142 119 0.40
143 2 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.11, G:0.10, T:0.45
Consensus pattern (132 bp):
AACTTTGATTGGCAAAGTTACTTACGACTAACTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAATCA
ATTTATTTTTTTGCTAACATAATTACTAATTGATTCATTTATTTATGGCAAAATATCATAAGGAG
TT
Found at i:984 original size:142 final size:142
Alignment explanation
Indices: 736--1096 Score: 485
Period size: 142 Copynumber: 2.6 Consensus size: 142
726 ATTATAGGAG
* * * * * * *
736 TAACTTTTATTGGCAAAGTTGACTT-ATGACTAACTTGGTTCATTTGTTTATTTAGCATGTTGAA
1 TAACTTTGATTGGCAAAGTT-AATTAACGACTAATTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAA
* * ** *
800 TCAGTTTA--TTTTTGCTAACATAATTACTAATTGATACATTTATTTATGGAAAAATTTAATAAT
65 TCAATTTATTTTTTTGCTAACATAATTACTAATTGATACATTTATTTATAGAAAAATCAAATAAC
* *
863 CATCAATTAGTTA
130 CATCAATCAATTA
* *
876 TAACTTTGATTGGCAAAGTTAATTAACGACTAATTTGATTTATTTATTTATTTAGTATGTTCAAT
1 TAACTTTGATTGGCAAAGTTAATTAACGACTAATTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAAT
* * * *
941 CAATTTATTTTTTTGCTAACATAATTACTAATTGATTCTTTTATTTATAGCAAAATCAAATCACC
66 CAATTTATTTTTTTGCTAACATAATTACTAATTGATACATTTATTTATAGAAAAATCAAATAACC
1006 ATCAATCAATTA
131 ATCAATCAATTA
* * *
1018 TAACTTTGATTGACAAAGTTGATTAAGGACTAATTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAAT
1 TAACTTTGATTGGCAAAGTTAATTAACGACTAATTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAAT
1083 CAATTTATTTTTTT
66 CAATTTATTTTTTT
1097 AGTGGTTAAA
Statistics
Matches: 193, Mismatches: 25, Indels: 4
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
139 3 0.02
140 58 0.30
142 132 0.68
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.10, T:0.46
Consensus pattern (142 bp):
TAACTTTGATTGGCAAAGTTAATTAACGACTAATTTGATTCATTTATTTATTTAGCATGTTCAAT
CAATTTATTTTTTTGCTAACATAATTACTAATTGATACATTTATTTATAGAAAAATCAAATAACC
ATCAATCAATTA
Found at i:1199 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 938--1268 Score: 497
Period size: 172 Copynumber: 1.9 Consensus size: 172
928 TAGTATGTTC
* *
938 AATCAATTTATTTTTTTGCTAACATAATTACTAATTGATTCTTTTATTTATAGCAAAATCAAATC
1 AATCAAGTTATTTTTTTGCTAACATAATTACTAATTGATTCTTTTATTTATAGCAAAATCAAATA
* * * *
1003 ACCATCAATCAATTATAACTTTGATTGACAAAGTTGATTAAGGAC-TAATTTGATTCATTTATTT
66 ACCATCAATCAATTATAACTTTGATTGACAAAGTTAACTAA-CACTTAACTTGATTCATTTATTT
1067 ATTTAGCATGTTCAATCAATTTATTTTTTTAGTGGTTAAAAAA
130 ATTTAGCATGTTCAATCAATTTATTTTTTTAGTGGTTAAAAAA
* *
1110 AATCAAGTTATTTTTTTGAC-AACATAATTACTAATTGATT-TATTTATTTATGGCAAAATTAAA
1 AATCAAGTTATTTTTTTG-CTAACATAATTACTAATTGATTCT-TTTATTTATAGCAAAATCAAA
* * * *
1173 TAATCATCCATCAATTATAACTTTGATTGGCAAAGTTAACTCACACTTAACTTGATTCATTTATT
64 TAACCATCAATCAATTATAACTTTGATTGACAAAGTTAACTAACACTTAACTTGATTCATTTATT
*
1238 TATTTTGCATGTTCAATCAATTTATTTTTTT
129 TATTTAGCATGTTCAATCAATTTATTTTTTT
1269 CAACATAATT
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 13, Indels: 6
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 3 0.02
172 139 0.97
173 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.08, T:0.45
Consensus pattern (172 bp):
AATCAAGTTATTTTTTTGCTAACATAATTACTAATTGATTCTTTTATTTATAGCAAAATCAAATA
ACCATCAATCAATTATAACTTTGATTGACAAAGTTAACTAACACTTAACTTGATTCATTTATTTA
TTTAGCATGTTCAATCAATTTATTTTTTTAGTGGTTAAAAAA
Done.