Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01010882.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig10914, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 614
Length: 1024
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.15, T:0.38
Found at i:760 original size:327 final size:327
Alignment explanation
Indices: 1--1024 Score: 1424
Period size: 329 Copynumber: 3.1 Consensus size: 327
* * *
1 GCATTTAAGGATTTGTTTGTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTATAAATTAATTCAG
1 GCATTTAATGATTTGTTTGTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTAG
* *
66 AAAAATAAGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGATTTAAATTATAT
66 AAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGAGTTAAATTATAT
* * * *
131 ATATTTTATGACTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAGAAATTTTTTGGGCCATTTTCTGCTAAATTT
131 ATATTTTATGACTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAAATTTTCGGG-CATTTT-TGCAAAATTT
* *
196 AAGCTGGAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGCGCCCCGACTTA
194 AAGCT-GAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAG-CCCGGCTTA
* * *
261 GTTTTGCATGATTTTTTTCGCCAAGACTCCTTAAAATATGTATACTCATCTAATCAAATCTCAGC
257 GTTTTGCATGATTTTTTTCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGC
326 CACTATT
322 CAC-ATT
* * *
333 -CAATTTAATGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAATTCT
1 GC-ATTTAATGATTTGTTTGTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-T
*
397 -GAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGC-TCGAAAAGTCCTTC-ATCCTTTTTGGCA-TTAAAT
64 AGAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGT-GAAAAGTCCTCCAAT-CTTTTTGG-AGTTAAAT
* * * * * *
458 TATATATATTTCATTAGTATTTTAGTCAAAAATTGA-AAAAAAATTTCCGGGTCATTTTTGCAAA
126 TATATATATTTTATGACTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAAATTTTCGGG-CATTTTTGCAAA
* * *
522 ATTT-AGCCGAAATCGT-TATCTAACCATCACGGTTTTTTGCTAAAAATGCGTTTCGGAGCTCCG
190 ATTTAAGCTG-AATCGTGTA-CTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGC-CCG
* ** ** *
585 GCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTTGAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATCAAATC
252 GCTTAGTTTTGCATGATTTTTTTCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATC
650 TCAG-CACATT
317 TCAGCCACATT
660 GCATTTAA-GCATTTGTTTGTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTA
1 GCATTTAATG-ATTTGTTTGTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTA
724 GAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGAGTTAAATTATA
65 GAAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGAGTTAAATTATA
* *
789 TATATTTTATGACTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAACAATTTTCGGGCATTTTTTTCAAAATTT
130 TATATTTTATGACTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAAATTTTCGGGCA-TTTTTGCAAAATTT
* * *
854 AAGCTTGAATCGTGTACTAACCATTAAGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCTCGGCTTA
194 AAGC-TGAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCC-CGGCTTA
919 -TTTTGCATGATTTTTTTCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGC
257 GTTTTGCATGATTTTTTTCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGC
983 CACATTT
322 CACA-TT
* *
990 GAATTTAATGATTTGTTTTTACGAGC-TTCTGAATC
1 GCATTTAATGATTTGTTTGTACGAGCATT-TGAATC
Statistics
Matches: 609, Mismatches: 59, Indels: 50
0.85 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
326 3 0.00
327 145 0.24
328 95 0.16
329 163 0.27
330 42 0.07
331 21 0.03
332 139 0.23
333 1 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.15, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (327 bp):
GCATTTAATGATTTGTTTGTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTAG
AAAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATCTTTTTGGAGTTAAATTATAT
ATATTTTATGACTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAAATTTTCGGGCATTTTTGCAAAATTTAA
GCTGAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGAGCCCGGCTTAGTTT
TGCATGATTTTTTTCGCCGAGACTCCTTGAAATATCTATACTCATCTAATCAAATCTCAGCCACA
TT
Done.