Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01010939.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig10971, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Warning! 1 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1742 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 1272--4706 Score: 4802
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1262 ATTCGTATCA
* * *
1272 CTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGAGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAATACTTGT
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* ** * * ***
1337 TATTTTGGACCTATTAGGGCGCTTTAGTTTTGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAT
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131 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
* * * *
1426 CTAACTATAATTATTTTAGTGAGATTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTCGAACACTTGT
1 CTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
* ** * * *
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1554 TGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
130 TGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
* ** ** * * *
1579 CTAACTATAATCATTTTGCTGAGATTAGGGCTTTTTGAAGTTTTTAGATCATTTGGAACACTTAT
1 CTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
* * * * *
1644 TATTTTGGTCCTTTCGGGACGCATTAGTGGCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGACAAACCTCAAT
66 TATTTTGGTCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAT
*
1709 GCTTTTGTTTCCATTGTTTATGGC
131 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
* * * *
1733 ATAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCAACTATGAAAG-TTTTAGCTCATCTGGAACACTTG
1 CTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTG-AAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTG
* ** *
1797 TTATTTTGTGT-CTTTCGGGGCCCATTAGTTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTC
65 TTATTTTG-GTCCTATCGGGGCCCATTAG-TGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTC
*
1861 GATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
128 AATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
*
1888 CTAACTATAATCATTTTAGTGA-AGTTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTG
1 CTAACTATAATCATTTTGGTGAGA-TTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTG
* * ** * * *
1952 TTATTTT-GTGCCTTTCGTGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCATCGATTTGGCAATCCTCG
65 TTATTTTGGT-CCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCA
*
2016 ATGCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGC
129 ATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
*
2042 CTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTAAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
1 CTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
* ** *
2107 TATTTTGGGCCTATCACGGTCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAT
66 TATTTTGGTCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAT
*
2172 GCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
131 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
* * *
2196 CTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTAGAACACTTGT
1 CTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
* ** ** *
2261 TATTTT-GTGCCTTTCGGGGCCCATTAGTTTCAATTTGAATCGTCTTCGATTTGGC-AACCGTCG
66 TATTTTGGT-CCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC-TCA
*
2324 ATGCTTTTCATTCCATTGTTTATGGC
129 ATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
*
2350 CTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
1 CTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
* * ** *
2415 TATTTTGCT-ATATCGGGAACCATTAGTGAAGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAT
66 TATTTTGGTCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAT
*
2479 GCTTTTCTTTCCATTGTATATGGC
131 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
* *
2503 CTAACTATAATCATTTCGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCAGTTGGAACACTTGT
1 CTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
**
2568 TATTTT-G-CGCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGG-AAACCTCAA
66 TATTTTGGTC-CTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAA
*
2630 TGCTTTTCTATCCATTGTTTATGGC
130 TGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
* *
2655 CTAACTATAATCA-TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACTTTTTAGCTCAGTTGGAACACTTGT
1 CTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
* * *
2719 TATTTTGGGCCTATCGGAGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAT
66 TATTTTGGTCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAT
* * *
2784 GCTTTTCTTTCCATCGTGTACGGC
131 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
* * *
2808 CTAACGATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAAAACTTGT
1 CTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
** * *
2873 TATTTTGGGACTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGC-AACCTTCGA
66 TATTTTGGTCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC-TCAA
*
2937 TGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
130 TGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
* * *
2962 CTAACTATAATCTTTTTGGTGAGATTCGTCCACAGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
1 CTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
* * *
3027 TATTTTGGGCCTATCGGGGCCTATTAGTGACGTTTTGAATCCTCTTCGATTTTGGCAAACCTCAA
66 TATTTTGGTCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGA-TTTGGCAAACCTCAA
*
3092 TGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
130 TGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
*
3117 CTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
1 CTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
* * * ** * *
3182 TA-TTTGGACCTATCAGGGCCCTTTAGT-TTGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCCAC
66 TATTTTGGTCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAT
3245 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
131 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
* *
3269 CTTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTATCTCATTTGCAACACTTG
1 C-TAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTG
* * * * * * * *
3334 TTA-TTTGGGCTTAACGGGGCCCAATAGTTAGGTTTTGAATAGTCTTCGATTTGGCAAACCTTAA
65 TTATTTTGGTCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAA
** * *
3398 AACTTTACTTTCCATAT-TTTATGGA
130 TGCTTTTCTTTCCAT-TGTTTATGGC
* * *
3423 CTAAATATAATCATTTTGGTGACATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACGCTTGT
1 CTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
* * * *
3488 TATTTTTGG-CCTATCGGGGCCCATTACTGACATATTGAATCCTCTTCGATTTGGCAAACCTCAA
66 TA-TTTTGGTCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAA
* * *
3552 TGCTATTCTTTCCATTGTTTGTGGA
130 TGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
* * * *
3577 CTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTATAAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACATAT
1 CTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
* * *
3642 TATTTCGGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAA
66 TATTT-TGGTCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAA
*
3707 TGCTTTTCTTTCCATTGTTTTATGGA
130 TGCTTTTCTTTCCATTG-TTTATGGC
*
3733 CTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCGTTTGGAACACTTGT
1 CTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTG-
* * *
3798 TTATTTTGGACCTATCAGGGCCCTATTAGTGACGTTTTGAATCCTCTTCGATTTGGCAAACCTCA
65 TTATTTTGGTCCTATCGGGGCCC-ATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCA
3863 ATG-TACTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
129 ATGCT--TTTCTTTCCATTGTTTATGGC
*
3890 CTAACTATAATCATTTTAGTGTAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTG
1 CTAACTATAATCATTTTGGTG-AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTG
* * *
3955 TTATTTTGGACCTATCAGGGCCC-TTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCCA
65 TTATTTTGGTCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAA
4019 TGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
130 TGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
* *
4044 CTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTT-GCTCATTTCGAACACTTGT
1 CTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
* * *
4108 TATTTT-GTGCCTTTCGGGGCCCATTAGTTG-CGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCG
66 TATTTTGGT-CCTATCGGGGCCCATTAG-TGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCA
4171 ATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
129 ATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
*
4197 CTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTAAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
1 CTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
* *
4262 TATTTTGGGCCTATCAGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAT
66 TATTTTGGTCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAT
*
4327 GCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
131 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
*
4351 CTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
1 CTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
* * * *** *
4416 TATTTTGGACCTATCAGGGCCCTTTAGTTTTGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCCAT
66 TATTTTGGTCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAT
4481 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
131 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
* * *
4505 CTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGAAG-TTTTCGCTCATTTCGAACACTTGT
1 CTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
* ** * * *
4569 TA-TTT-GTGCCTTTCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGTAATCGTCTTCGATTTGCCAACCCTCG
66 TATTTTGGT-CCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTG-AATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCA
* *
4632 ATGCTTTTCTTTCCGTTGTTTATGTC
129 ATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
* * *
4658 CTAACTATAAT-ATTTTGCTGAGATTAGTCCACAGTAAAGTTTTTAGCTC
1 CTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTC
4707 TTTTTAACAC
Statistics
Matches: 2954, Mismatches: 278, Indels: 99
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
151 57 0.02
152 210 0.07
153 736 0.25
154 1359 0.46
155 353 0.12
156 85 0.03
157 99 0.03
158 55 0.02
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (154 bp):
CTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
TATTTTGGTCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAT
GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
Found at i:4310 original size:307 final size:307
Alignment explanation
Indices: 1272--4706 Score: 4913
Period size: 307 Copynumber: 11.2 Consensus size: 307
1262 ATTCGTATCA
* *
1272 CTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGAGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAATACTTGT
1 CTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
** * * **
1337 TATTTTGGACCTATTAGGGCGCTTTAGTTTTGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAT
66 TATTTTGG-CCTATCGGGGCCCATTAGTTGCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAT
* * *
1402 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATTATTTTAGTGAGATTAGTCCATTGTGAAGT
130 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
* * * ** *
1467 TTTTAGCTCATTTCGAACACTTGTTA-TTTGTGCCTTTCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTAAATC
195 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATC
* *
1531 GTCTTCGATTTGGCAATCCTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
260 GTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
** ** * * *
1579 CTAACTATAATCATTTT-GCTGAGATTAGGGCTTTTTGAAGTTTTTAGATCATTTGGAACACTTA
1 CTAACTATAATCATTTTAG-TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTG
* * * * *
1643 TTATTTTGGTCCTTTCGGGACGCATTAGTGGCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGACAAACCTCAA
65 TTATTTTGG-CCTATCGGGGCCCATTAGTTGCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAA
* * * *
1708 TGCTTTTGTTTCCATTGTTTATGGCATAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCAACTATGAAA
129 TGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTG-AA
* * * * **
1773 G-TTTTAGCTCATCTGGAACACTTGTTATTTTGTGTCTTTCGGGGCCCATTAGTTTCCGTTTTGA
193 GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAG-TGACGTTTTGA
* *
1837 ATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
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1888 CTAACTATAATCATTTTAGTGA-AGTTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTG
1 CTAACTATAATCATTTTAGTGAGA-TTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTG
* * * * * *
1952 TTATTTTGTGCCTTTCGTGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCATCGATTTGGCAATCCTCGA
65 TTATTTTG-GCCTATCGGGGCCCATTAGTTGCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAA
* *
2017 TGCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTAAAG
129 TGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAG
** *
2082 TTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCACGGTCCATTAGTGACGTTTTGAAT
194 TTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAAT
*
2147 CGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
259 CGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
* *
2196 CTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTAATTTAGAACACTTGT
1 CTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
* * ** *
2261 TATTTTGTGCCTTTCGGGGCCCATTAGTTTCAATTTGAATCGTCTTCGATTTGGC-AACCGTCGA
66 TATTTTG-GCCTATCGGGGCCCATTAGTTGCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC-TCAA
* *
2325 TGCTTTTCATTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGAAG
129 TGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAG
* ** *
2390 TTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT--GCTATATCGGGAACCATTAGTGAAGTTTTGAA
194 TTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGC-CTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAA
*
2453 TCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTATATGGC
258 TCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
** *
2503 CTAACTATAATCATTTCGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCAGTTGGAACACTTGT
1 CTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
*
2568 TATTTT-GCGCTATCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGG-AAACCTCAAT
66 TATTTTGGC-CTATCGGGGCCCATTAGTTGCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAT
* *
2631 GCTTTTCTATCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCA-TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAACT
130 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
* * *
2695 TTTTAGCTCAGTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGAGACCATTAGTGACGTTTTGAATC
195 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATC
* * *
2760 GTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATCGTGTACGGC
260 GTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
* * * *
2808 CTAACGATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAAAACTTGT
1 CTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
* * *
2873 TATTTTGGGACTATCGGGGACCATTAG-TGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGC-AACCTTCG
66 TATTTT-GGCCTATCGGGGCCCATTAGTTG-CGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC-TCA
* * * *
2936 ATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCTTTTTGGTGAGATTCGTCCACAGTGAA
128 ATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA
*
3001 GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCTATTAGTGACGTTTTGAA
193 GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAA
* *
3066 TCCTCTTCGATTTTGGCAAACCTCAATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
258 TCGTCTTCGA-TTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
3117 CTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
1 CTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
* * * * *
3182 TA-TTTGGACCTATCAGGGCCCTTTAGTT-TGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCCAC
66 TATTTTGG-CCTATCGGGGCCCATTAGTTGCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAT
3245 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAG
130 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCC-TAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAG
* * * * * * *
3310 TTTTTATCTCATTTGCAACACTTGTTA-TTTGGGCTTAACGGGGCCCAATAGTTAGGTTTTGAAT
194 TTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAAT
* * ** * *
3374 AGTCTTCGATTTGGCAAACCTTAAAACTTTACTTTCCATAT-TTTATGGA
259 CGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCAT-TGTTTATGGC
* * * *
3423 CTAAATATAATCATTTTGGTGACATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACGCTTGT
1 CTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
* * * *
3488 TATTTTTGGCCTATCGGGGCCCATTA-CTGACATATTGAATCCTCTTCGATTTGGCAAACCTCAA
66 TA-TTTTGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTG-CGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAA
* * * * *
3552 TGCTATTCTTTCCATTGTTTGTGGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTATAAAG
129 TGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAG
* * * *
3617 TTTTTAGCTCATTTGGAACACATATTATTTCGGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAA
194 TTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTT-TGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAA
*
3682 TCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTTATGGA
258 TCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTG-TTTATGGC
* *
3733 CTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCGTTTGGAACACTTGT
1 CTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTG-
* *
3798 TTATTTTGGACCTATCAGGGCCCTATTAG-TGACGTTTTGAATCCTCTTCGATTTGGCAAACCTC
65 TTATTTTGG-CCTATCGGGGCCC-ATTAGTTG-CGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTC
*
3862 AATG-TACTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTAGTGTAGATTAGTCCACTG
127 AATGCT--TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG-AGATTAGTCCACTG
* *
3926 TGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGACCTATCAGGGCCC-TTAGTGACGTTT
189 TGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTT
*
3990 TGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCCATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
254 TGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
*
4044 CTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTT-GCTCATTTCGAACACTTGT
1 CTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
* * *
4108 TATTTTGTGCCTTTCGGGGCCCATTAGTTGCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCCTCGAT
66 TATTTTG-GCCTATCGGGGCCCATTAGTTGCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAT
*
4173 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTAAAGT
130 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
*
4238 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCAGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATC
195 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATC
*
4303 GTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
260 GTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
4351 CTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
1 CTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
* * ** *
4416 TATTTTGGACCTATCAGGGCCCTTTAGTTTTGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCCAT
66 TATTTTGG-CCTATCGGGGCCCATTAGTTGCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAAT
*
4481 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGAAG-
130 GCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
* * * * **
4545 TTTTCGCTCATTTCGAACACTTGTTA-TTTGTGCCTTTCGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGTAAT
195 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTG-AAT
* * * * *
4609 CGTCTTCGATTTGCCAACCCTCGATGCTTTTCTTTCCGTTGTTTATGTC
259 CGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
* *
4658 CTAACTATAAT-ATTTT-GCTGAGATTAGTCCACAGTAAAGTTTTTAGCTC
1 CTAACTATAATCATTTTAG-TGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTC
4707 TTTTTAACAC
Statistics
Matches: 2823, Mismatches: 255, Indels: 101
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
304 54 0.02
305 181 0.06
306 316 0.11
307 765 0.27
308 701 0.25
309 452 0.16
310 93 0.03
311 67 0.02
312 98 0.03
313 51 0.02
314 45 0.02
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (307 bp):
CTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGT
TATTTTGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTGCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATG
CTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTT
TTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCG
TCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGC
Done.