Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01010955.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig10987, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2732
ACGTcount: A:0.24, C:0.17, G:0.18, T:0.40
Found at i:314 original size:156 final size:156
Alignment explanation
Indices: 3--2222 Score: 3337
Period size: 156 Copynumber: 14.2 Consensus size: 156
1 GA
* * * *
3 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCCCACCTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAATT
1 TTTTCTTTCCATTGTTTATGG-CCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTT
* * * * *
68 CTTAGCTAATTTTGAACACTTGCTATTTTGGGTCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTTT--GAA
65 CTTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTT-GGACCATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAA
*
131 TCGTGTTCGATTTGGCAAACCACAATGC
129 TCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGC
* *
159 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA-AAACAATTTTGGTTAGACTAGTCCATTGTGAAGTT
1 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATC-ATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTT
* *
223 CTTAGCTCATTTTGAACACCTGTCATTTTGGACCATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAAT
65 CTTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAAT
* *
288 CGTCTTCGATTTGGAAAACCATAATGC
130 CGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGC
*
315 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTC
1 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTC
*
380 TTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAATC
66 TTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAATC
*
445 GTCTTCGATTTGGCAAACAACAATGC
131 GTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGC
471 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTC
1 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTC
536 TTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCAATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAAT
66 TTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACC-ATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAAT
*
601 CGTCTTCGATTTGGCAAACCATAATGC
130 CGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGC
* * *
628 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTTGTAAGACTAGTCCAATGTGAAGTTT
1 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTC
693 TTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAATC
66 TTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAATC
* *
758 GTCTTCGATTTGGCAAACAACAATGA
131 GTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGC
*
784 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAATTC
1 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTC
* * * *
849 TTAGCTAATTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTACTTCGGTTTTAAAAATC
66 TTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAATC
914 GTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGC
131 GTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGC
* * *
940 TTTTCTTTCCATTATTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTTAGACTAGTCCATTGTGAAGTTT
1 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTC
*
1005 TTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGCCCATTAATTCGGTTTTAAAAATC
66 TTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTT-AAAA--
*
1070 ATCTTCGATTTCATCTTCGATTTGGCAAACCATAATGC
128 A---TCG------TCTTCGATTTGGCAAACCACAATGC
* * * * *
1108 TTTTCTTTTCATTGTTTATGGCCTAACTATAGTCATTTTTGTTAGACTAGTCCATTGTGAAGTTT
1 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTC
* *
1173 TTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCGAGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAATATC
66 TTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAATC
* * * *
1238 GTCTTCTATTTGGCAATCCATAATGA
131 GTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGC
* * *
1264 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTACCTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAATTC
1 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTC
* * * * *
1329 TTAGCTAATTTTGAACACTTGCTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTTT--GAATC
66 TTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAATC
*
1392 GTGTTCGATTTGGCAAACCACAATGC
131 GTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGC
* * *
1418 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTTGTTAGACTAGTCCATTGTGAAGTTT
1 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTC
* *
1483 TTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGCCCATTAGTTCGGCTTTAAAAATG
66 TTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAATC
* *
1548 GTCTTCGATTTGGCATACCATAATGC
131 GTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGC
* * * *
1574 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATGATCACTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTAAAGTTC
1 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTC
* * *
1639 TTAACTCATTTTTAACACTTGTTATTTTAGG-CCATTCGGGGCCCATTAGTTAGGTTTTAAAAAT
66 TTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTT-GGACCATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAAT
* *
1703 CGTCTTCGGTTTGGCAAACAACAATGC
130 CGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGC
* *
1730 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTC
1 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTC
* * * * *
1795 TTATCTTATTTTGAACTACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTTT--GAAT
66 TTAGCTCATTTTGAAC-ACTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAAT
1858 CGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGC
130 CGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGC
* * * *
1885 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGTCTAACTATAATCATTTTTGTTAGACTAGTCCATTGTGAAGTTT
1 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTC
* * * * *
1950 TTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCTATTATTTCGGTTTT--GAATC
66 TTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAATC
* *
2013 ATCTTCGATTTGACAAACCACAATGC
131 GTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGC
* *
2039 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCAATGTGAAGTTT
1 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTC
*
2104 TTAGCTCATTTTGAACACTGGTTATTTTGGACCATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAATC
66 TTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAATC
* * *
2169 GTCTTCGATTTGGTAATCCATAATGC
131 GTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGC
2195 TTTTC-TTCCTATTGTTTATGGCCTAACT
1 TTTTCTTTCC-ATTGTTTATGGCCTAACT
2223 GATGCGCCAA
Statistics
Matches: 1885, Mismatches: 154, Indels: 50
0.90 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
154 350 0.19
155 164 0.09
156 1022 0.54
157 197 0.10
159 1 0.00
162 6 0.00
165 1 0.00
167 3 0.00
168 141 0.07
ACGTcount: A:0.23, C:0.18, G:0.17, T:0.42
Consensus pattern (156 bp):
TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTC
TTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAATC
GTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGC
Found at i:906 original size:469 final size:466
Alignment explanation
Indices: 3--2222 Score: 3455
Period size: 469 Copynumber: 4.7 Consensus size: 466
1 GA
* * * * *
3 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCCCACCTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAATT
1 TTTTCTTTCCATTGTTTATGG-CCTAACTATAATCATTTTGGTTAGACTAGTCCATTGTGAAGTT
* * * * * *
68 CTTAGCTAATTTTGAACACTTGCTATTTTGGGTCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTTT--GAA
65 TTTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTT-GGACCATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAA
* * *
131 TCGTGTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTA-AAACAAT
129 TCGTCTTCGATTTGGCAAACCATAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATC-AT
* * * *
195 TTTGGTTAGACTAGTCCATTGTGAAGTTCTTAGCTCATTTTGAACACCTGTCATTTTGGACCATT
193 TTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATT
*
260 CGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAATCGTCTTCGATTTGGAAAACCATAATGCTTTTCTTTCC
258 CGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCATAATGCTTTTCTTTCC
* *
325 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTCTTAGCTCATT
323 ATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAATTCTTAGCTAATT
*
390 TTGAACACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAATCGTCTTCGATT
388 TTGAACACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTTT--AAATCGTCTTCGATT
*
455 TGGCAAACAACAATGC
451 TGGCAAACCACAATGC
* *
471 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTC
1 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTTAGACTAGTCCATTGTGAAGTTT
536 TTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCAATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAAT
66 TTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACC-ATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAAT
601 CGTCTTCGATTTGGCAAACCATAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTT
130 CGTCTTCGATTTGGCAAACCATAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTT
* *
666 TTGTAAGACTAGTCCAATGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCG
195 TGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCG
* * *
731 GGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAATCGTCTTCGATTTGGCAAACAACAATGATTTTCTTTCCAT
260 GGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCATAATGCTTTTCTTTCCAT
*
796 TGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAATTCTTAGCTAATTTT
325 TGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAATTCTTAGCTAATTTT
*
861 GAACACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTACTTCGGTTTTAAAAATCGTCTTCGATTTG
390 GAACACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTTT--AAATCGTCTTCGATTTG
926 GCAAACCACAATGC
453 GCAAACCACAATGC
*
940 TTTTCTTTCCATTATTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTTAGACTAGTCCATTGTGAAGTTT
1 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTTAGACTAGTCCATTGTGAAGTTT
*
1005 TTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGCCCATTAATTCGGTTTTAAAAATC
66 TTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTT-AAAA--
*
1070 ATCTTCGATTTCATCTTCGATTTGGCAAACCATAATGCTTTTCTTTTCATTGTTTATGGCCTAAC
128 A---TCG------TCTTCGATTTGGCAAACCATAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAAC
* * *
1135 TATAGTCATTTTTGTTAGACTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTT
184 TATAATCATTTTGGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTT
* * * * *
1200 TGGACCATTCGAGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAATATCGTCTTCTATTTGGCAATCCATAATGAT
249 TGGACCATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCATAATGCT
*
1265 TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTACCTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAATTCT
314 TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAATTCT
* * *
1330 TAGCTAATTTTGAACACTTGCTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTTTGAATCGTG
379 TAGCTAATTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTTTAAATCGTC
1395 TTCGATTTGGCAAACCACAATGC
444 TTCGATTTGGCAAACCACAATGC
*
1418 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTTGTTAGACTAGTCCATTGTGAAGTTT
1 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTTAGACTAGTCCATTGTGAAGTTT
* *
1483 TTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGCCCATTAGTTCGGCTTTAAAAATG
66 TTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAATC
* * *
1548 GTCTTCGATTTGGCATACCATAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATGATCACTTT
131 GTCTTCGATTTGGCAAACCATAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTT
* * * * *
1613 GGTAAGATTAGTCCATTGTAAAGTTCTTAACTCATTTTTAACACTTGTTATTTTAGG-CCATTCG
196 GGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTT-GGACCATTCG
* * * *
1677 GGGCCCATTAGTTAGGTTTTAAAAATCGTCTTCGGTTTGGCAAACAACAATGCTTTTCTTTCCAT
260 GGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCATAATGCTTTTCTTTCCAT
* * * *
1742 TGTTTATGGACTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAGTTCTTATCTTATTTT
325 TGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAATTCTTAGCTAATTTT
*
1807 GAACTACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGG
390 GAAC-ACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTTTAAATCGTCTTCGATTTGG
1872 CAAACCACAATGC
454 CAAACCACAATGC
* *
1885 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGTCTAACTATAATCATTTTTGTTAGACTAGTCCATTGTGAAGTTT
1 TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTTAGACTAGTCCATTGTGAAGTTT
* * * * *
1950 TTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCTATTATTTCGGTTTT--GAATC
66 TTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAATC
* * *
2013 ATCTTCGATTTGACAAACCACAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTT
131 GTCTTCGATTTGGCAAACCATAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTT
* *
2078 GGTAAGACTAGTCCAATGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACACTGGTTATTTTGGACCATTCGG
196 GGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCGG
* *
2143 GGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAATCGTCTTCGATTTGGTAATCCATAATGCTTTTC-TTCCTAT
261 GGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCATAATGCTTTTCTTTCC-AT
2207 TGTTTATGGCCTAACT
325 TGTTTATGGCCTAACT
2223 GATGCGCCAA
Statistics
Matches: 1623, Mismatches: 109, Indels: 43
0.91 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
464 6 0.00
465 185 0.11
466 237 0.15
467 280 0.17
468 45 0.03
469 418 0.26
470 3 0.00
471 1 0.00
472 2 0.00
474 3 0.00
475 1 0.00
477 4 0.00
478 148 0.09
480 290 0.18
ACGTcount: A:0.23, C:0.18, G:0.17, T:0.42
Consensus pattern (466 bp):
TTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTTAGACTAGTCCATTGTGAAGTTT
TTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCGGGGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAATC
GTCTTCGATTTGGCAAACCATAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTT
GGTAAGACTAGTCCATTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTTGAACACTTGTTATTTTGGACCATTCGG
GGCCCATTAGTTCGGTTTTAAAAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCATAATGCTTTTCTTTCCATT
GTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTAAGATTAGTCCATTGTGAAATTCTTAGCTAATTTTG
AACACTTGTTATTTTGGGCCATTCGGGGTCCATTAGTTCGGTTTTAAATCGTCTTCGATTTGGCA
AACCACAATGC
Found at i:1085 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 1068--1092 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 2.1 Consensus size: 12
1058 GTTTTAAAAA
1068 TCATCTTCGATT
1 TCATCTTCGATT
1080 TCATCTTCGATT
1 TCATCTTCGATT
1092 T
1 T
1093 GGCAAACCAT
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 13 1.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.24, G:0.08, T:0.52
Consensus pattern (12 bp):
TCATCTTCGATT
Found at i:2402 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 2363--2402 Score: 62
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
2353 AGGAGATGCC
* *
2363 AAAGATGCCATTTGTTCCATT
1 AAAGATGCCATTAGGTCCATT
2384 AAAGATGCCATTAGGTCCA
1 AAAGATGCCATTAGGTCCA
2403 AAGACAAGAG
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 17 1.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.20, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (21 bp):
AAAGATGCCATTAGGTCCATT
Done.