Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01010972.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig11004, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2236
ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.19, T:0.36
Found at i:1150 original size:153 final size:154
Alignment explanation
Indices: 790--2236 Score: 2095
Period size: 153 Copynumber: 9.5 Consensus size: 154
780 GGCATATAGG
* * * * * *
790 GGCCCATTAGTAACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAAGCTCAAAGCTTTTCATT-AAGTTT
1 GGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCA-TTG
854 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTATGCTCATTTGG
65 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTA-GCTCATTTGG
* *
919 AATACTTGTTATTTTGGGCCTATCGG
129 AACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGA
* *
945 GGCCCATTAGTGACGTTCTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCCCAATGCTTTTCTTTCCATTGT
1 GGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGT
* *
1010 TTATGGCCTAACTATGATCATTTTGGTGAGATTAGTCTACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAA
66 TTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAA
* * *
1075 CACATGATAGTTT-GGCCTATCGA
131 CACTTGTTATTTTGGGCCTATCGA
* *
1098 GGCCCATAAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTAT
1 GGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGT
* * * *
1163 TAATGGACTTACTATAACCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAA
66 TTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAA
* *
1228 CACTTGTTAATTTGGG-CTACCGA
131 CACTTGTTATTTTGGGCCTATCGA
* * *
1251 AGCCCATAAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGAGTTGGCAAACCTCAATGC-TTTCATTTCCATTG
1 GGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTC-TTTCCATTG
* * * * * *
1315 TTAATAGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTCGTCCGCTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGA
65 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
1380 ACACTTGTTATTTTGGG-C-AT--A
130 ACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGA
* * * * * *
1401 TGCCCATTAGTAACGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAAGCTCAAAGCTTTTCTTT-AAGTT-
1 GGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCA-TTG
*
1464 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCAGTTGGA
65 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* *
1529 ATACTTGTTATTTTGGGCCTATCGG
130 ACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGA
** * * *
1554 GGCCCATTAGTTCCCTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAACGCTTTTATTTCCATTGT
1 GGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGT
*
1619 TTATGGCCTAACTATGATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAA
66 TTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAA
1684 CACTTGTTATTTTGGGCCTATCGA
131 CACTTGTTATTTTGGGCCTATCGA
** * *
1708 GGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTCTCCATTGT
1 GGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGT
*
1773 TTTTGGCCTAACTATAATCA-TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAA
66 TTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAA
*
1837 CACTTGTTATTTTGGGCCTATCGG
131 CACTTGTTATTTTGGGCCTATCGA
* *
1861 GGCCCATTATTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTATTTCCATTGT
1 GGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGT
* * * *
1926 TAATGGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCGCGGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAA
66 TTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAA
1991 CACTTGTTATTTTGGG-C-AT--A
131 CACTTGTTATTTTGGGCCTATCGA
* * * * * *
2011 TGCCCATTAGTAACGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAAGCTCAAAGCTTTTC-TT-AAGTT-
1 GGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCA-TTG
*
2073 TTTATGGCCTAACAATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
65 TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGA
* *
2138 ACACTTGTTATTTTGGGCCTATTGG
130 ACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGA
*
2163 GGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATTC-TTTCTTTCCATTGT
1 GGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGT
2227 TTATGGCCTA
66 TTATGGCCTA
Statistics
Matches: 1161, Mismatches: 111, Indels: 42
0.88 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
148 78 0.07
149 80 0.07
150 100 0.09
151 10 0.01
152 55 0.05
153 485 0.42
154 246 0.21
155 106 0.09
156 1 0.00
ACGTcount: A:0.23, C:0.18, G:0.19, T:0.40
Consensus pattern (154 bp):
GGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGT
TTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAA
CACTTGTTATTTTGGGCCTATCGA
Found at i:2084 original size:609 final size:609
Alignment explanation
Indices: 791--2236 Score: 2466
Period size: 609 Copynumber: 2.4 Consensus size: 609
781 GCATATAGGG
*
791 GCCCATTAGTAACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAAGCTCAAAGCTTTTCATTAAGTTTTT
1 GCCCATTAGTAACGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAAGCTCAAAGCTTTTCATTAAG-TTTT
856 TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTATGCTCATTTGGAA
65 TATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTA-GCTCATTTGGAA
*
921 TACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTCTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAA
129 TACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAA
* *
986 CCCCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATGATCATTTTGGTGAGATTAGTCTACT
194 CCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATGATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACT
1051 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACATGATAGTTTGGCCTATCGAGGCCCATAAGTGACGTTT
259 GTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACATGATAGTTTGGCCTATCGAGGCCCATAAGTGACGTTT
* * *
1116 TGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTATTAATGGACTTACTATAAC
324 TGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTCTCCATTATTAATGGACTAACTATAAC
1181 CATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTAATTTGGGCT
389 CATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTAATTTGGGCT
1246 ACCGAAGCCCATAAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGAGTTGGCAAACCTCAATGCTTTCATTTCC
454 ACCGAAGCCCATAAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGAGTTGGCAAACCTCAATGCTTTCATTTCC
* *
1311 ATTGTTAATAGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTCGTCCGCTGTGAAGTTTTTAACTCATT
519 ATTGTTAATAGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCGCGGTGAAGTTTTTAACTCATT
1376 TGGAACACTTGTTATTTTGGGCATAT
584 TGGAACACTTGTTATTTTGGGCATAT
*
1402 GCCCATTAGTAACGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAAGCTCAAAGCTTTTCTTTAAGTTTTT
1 GCCCATTAGTAACGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAAGCTCAAAGCTTTTCATTAAGTTTTT
*
1467 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCAGTTGGAATA
66 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAATA
** *
1532 CTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTTCCCTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC
131 CTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC
* *
1597 TCAACGCTTTTATTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATGATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
196 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATGATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
* * * * **
1662 GAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAGTTCCGTTTT
261 GAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACATGATAGTTT-GGCCTATCGAGGCCCATAAGTGACGTTTT
* ** * *
1727 GAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTCTCCATTGTTTTTGGCCTAACTATAATC
325 GAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTCTCCATTATTAATGGACTAACTATAACC
*
1792 A-TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCT
390 ATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTAATTTGGG-CT
* ** * * * *
1856 ATCGGGGCCCATTATTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTCAATGCTTTTATTTCC
454 ACCGAAGCCCATAAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGAGTTGGCAAACCTCAATGCTTTCATTTCC
* *
1921 ATTGTTAATGGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCGCGGTGAAGTTTTTAGCTCATT
519 ATTGTTAATAGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCGCGGTGAAGTTTTTAACTCATT
1986 TGGAACACTTGTTATTTTGGGCATAT
584 TGGAACACTTGTTATTTTGGGCATAT
2012 GCCCATTAGTAACGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAAGCTCAAAGCTTTTC-TTAAGTTTTT
1 GCCCATTAGTAACGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAAGCTCAAAGCTTTTCATTAAGTTTTT
* *
2076 ATGGCCTAACAATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA
66 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAATA
*
2141 CTTGTTATTTTGGGCCTATTGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC
131 CTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC
*
2206 TCAATTC-TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTA
196 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTA
Statistics
Matches: 786, Mismatches: 47, Indels: 7
0.94 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
608 23 0.03
609 364 0.46
610 341 0.43
611 58 0.07
ACGTcount: A:0.23, C:0.18, G:0.19, T:0.40
Consensus pattern (609 bp):
GCCCATTAGTAACGTTTTGAATTGTCTTCGATTTGGCAAAGCTCAAAGCTTTTCATTAAGTTTTT
ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAATA
CTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAAACC
TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATGATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
GAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACATGATAGTTTGGCCTATCGAGGCCCATAAGTGACGTTTTG
AATCGTCTTCGATTTGGCAAACCACAATGCTTTTCTCTCCATTATTAATGGACTAACTATAACCA
TTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTAATTTGGGCTAC
CGAAGCCCATAAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGAGTTGGCAAACCTCAATGCTTTCATTTCCAT
TGTTAATAGACTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCGCGGTGAAGTTTTTAACTCATTTG
GAACACTTGTTATTTTGGGCATAT
Done.