Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01011210.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig11243, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1675
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.17, T:0.41
Found at i:578 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 2--1675 Score: 2244
Period size: 154 Copynumber: 10.8 Consensus size: 154
1 A
* * * *
2 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTCCTTTCCTAATGTTTATGGCCTAACTATAATCGTTTTGGT
1 TCGATTTGACAACCCTCAATGCTTTTCTTTCC-ATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGG-
* * **
67 TAAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTTATCTTCATTTGGAACACTTGTTTATATTGGGCCTAATG
64 TGAGATTAGTCCACTTTGAAG-TTTTTAGC-TCATTTGGAACACTTG-TTATATTGGGCCTAACA
*
132 GGGCCTATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
126 GGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
* * *
161 TCGATTTGACAACCCTCAATGCTTTGCTTTCTAATGTTTATGGCCTAACTATAATCA--TT--TG
1 TCGATTTGACAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
* * *
222 -G--T-GTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATC-GAGGC
66 AGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATATTGGGCCTAACAG-GGC
* **
282 CCATTAATGACGTTTTGAATCGTCT
130 CCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
* *
307 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTTATGGCCTAACTATAATCGTTTTGGT
1 TCGATTTGACAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTG-TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGT
* * *
372 AAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTATCTAATTTGGAACACTTGTTATATTGGGCCTAACAGGGC
65 GAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATATTGGGCCTAACAGGGC
437 CCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
130 CCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
* * * *
462 TCGATTTGACAACCCTCAATGCTATCCTTTCCAATGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTT
1 TCGATTTGACAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
* * *
527 AGACTAATCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTTTTATATTGGGCCTAACAGGGCC
66 AGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATATTGGGCCTAACAGGGCC
592 CATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
131 CATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
*
616 TCGATTT-AGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGT
1 TCGATTTGA-CAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGT
* * **
680 GAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGTCC-AATTGAG
65 GAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATATTGGG-CCTAACAG-G
**
744 GCCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCT
128 GCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
*
771 TCGATTTGTCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
1 TCGATTTGACAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
* * **
836 AGATTAGTCCACTATGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCC-AATTGAGGC
66 AGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATATTGGGCCTAACAG-GGC
** *
900 CCATTAGTGACGTTTTGAATCATCT
130 CCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
* *
925 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTCTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
1 TCGATTTGACAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
* * *
990 ATATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTATCTCATTTGGAACACTTTTTATATTGGGCCTAATGGGACC
66 AGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATATTGGGCCT-A----A-C
*
1055 TAATGGGGCCTATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
125 --A--GGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
* *
1089 TCGATTTGTCAACCCTCAAAGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
1 TCGATTTGACAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
* * * **
1154 ATATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTATCTCATTTGGAACACTTTTTATATTGGGCCTAATGGGGCC
66 AGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATATTGGGCCTAACAGGGCC
*
1219 TATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
131 CATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
*
1243 TCGATTTGACAACCCTCAATGCTTTGT-TTTCCAATGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGT
1 TCGATTTGACAACCCTCAATGCTTT-TCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGT
* * * * * *
1307 AAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTGAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGTCTATC-GAGG
65 GAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATATTGGGCCTAACAG-GG
* **
1371 CCCATTAATGACGTTTTGAATCGTCT
129 CCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
* * *
1397 TCGATTTGGCAATCCTCATTGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGG-G
1 TCGATTTGACAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
* * * * * * *
1461 AATATTAGTCCACTTGGAAGTTTTTATCTAATTTTGAACACTTGATATATTGGGCCTAACGGGGC
66 -AGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATATTGGGCCTAACAGGGC
1526 CCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
130 CCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
* * *
1551 TCGATTTGACAACCCTCAATGCTTTCCTTTCCAATGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTT
1 TCGATTTGACAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
* * * *
1616 AGACTAATCCACTTGGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTTGTTATTTTGGGCCTAAC
66 AGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACAC-TTGTTATATTGGGCCTAAC
Statistics
Matches: 1357, Mismatches: 125, Indels: 70
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
145 1 0.00
146 69 0.05
147 36 0.03
148 7 0.01
149 14 0.01
150 1 0.00
151 1 0.00
152 2 0.00
153 4 0.00
154 753 0.55
155 266 0.20
156 4 0.00
158 24 0.02
159 30 0.02
160 1 0.00
163 1 0.00
164 142 0.10
165 1 0.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.17, T:0.41
Consensus pattern (154 bp):
TCGATTTGACAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
AGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATATTGGGCCTAACAGGGCC
CATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
Found at i:749 original size:309 final size:309
Alignment explanation
Indices: 2--1674 Score: 2296
Period size: 309 Copynumber: 5.4 Consensus size: 309
1 A
* *
2 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTCCTTTCCTAATGTTTATGGCCTAACTATAATCGTTTTGGT
1 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCC-AATGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGG-
*
67 TAAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTTATCTTCATTTGGAACACTTGTTTATATTGGGCCTAA-T
64 TAAGATTAGTCCACTTTGAAG-TTTTTAGC-TCATTTGGAACACTTG-TTATATTGGGCCTAATT
* * * * *
131 GGGGCCTATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGACAACCCTCAATGCTTTGCTTTCTAAT
126 GAGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGACAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATT
*
196 GTTTATGGCCTAACTATAATCA--TT--TG-G--T-GTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGG
191 GTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGG
* * * * **
253 AACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGAGGCCCATTAATGACGTTTTGAATCGTCT
256 AACACTTGTTATATTGGGCCTAACGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
* *
307 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTTATGGCCTAACTATAATCGTTTTGGT
1 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCAATG-TTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGT
* * **
372 AAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTATCTAATTTGGAACACTTGTTATATTGGGCCTAACAG-GG
65 AAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATATTGGGCCTAATTGAGG
* * *
436 CCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGACAACCCTCAATGCTATCCTTTCCAATGTTT
130 CCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGACAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
* * *
501 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTTAGACTAATCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA
195 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA
* *
566 CTTTTTATATTGGGCCTAACAGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
260 CTTGTTATATTGGGCCTAACGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
* * * *
616 TCGATTTAGCAAACCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
1 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCAATGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTA
* *
681 AGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGTCC-AATTGAGG
66 AGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATATTGGG-CCTAATTGAGG
** *
745 CCCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGTCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
130 CCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGACAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
*
810 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTATGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA
195 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACA
* * * ** *
875 CTTGTTATTTTGGGCC-AATTGAGGCCCATTAGTGACGTTTTGAATCATCT
260 CTTGTTATATTGGGCCTAA-CGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
* * *
925 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTCTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG
1 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCAATGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTA
* * *
990 ATATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTATCTCATTTGGAACACTTTTTATATTGGGCCTAATGGGACC
66 AGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATATTGGGCCT-A----A--
* * * *
1055 TAATGGGGCCTATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGTCAACCCTCAAAGCTTTTCTTTC
124 T--TGAGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGACAACCCTCAATGCTTTTCTTTC
* *
1120 CATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGATATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTATCTCAT
187 CATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCAT
* * *
1185 TTGGAACACTTTTTATATTGGGCCTAATGGGGCCTATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
252 TTGGAACACTTGTTATATTGGGCCTAACGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
*
1243 TCGATTTGACAACCCTCAATGCTTTGT-TTTCCAATGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGT
1 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTT-TCTTTCCAATGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGT
* * * * *
1307 AAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTGAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGTCT-ATCGAGG
65 AAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATATTGGGCCTAATTGAGG
* ** * * *
1371 CCCATTAATGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAATCCTCATTGCTTTTCTTTCCATTGTTT
130 CCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGACAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTT
* * * * *
1436 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGG-GAATATTAGTCCACTTGGAAGTTTTTATCTAATTTTGAAC
195 ATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTG-AGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAC
*
1500 ACTTGATATATTGGGCCTAACGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
259 ACTTGTTATATTGGGCCTAACGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
* * *
1551 TCGATTTGACAACCCTCAATGCTTTCCTTTCCAATGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTT
1 TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCAATGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTA
* * * *
1616 AGACTAATCCACTTGGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTTGTTATTTTGGGCCTAA
66 AGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACAC-TTGTTATATTGGGCCTAA
1675 C
Statistics
Matches: 1233, Mismatches: 106, Indels: 53
0.89 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
301 96 0.08
302 16 0.01
303 10 0.01
304 24 0.02
305 59 0.05
306 1 0.00
307 1 0.00
308 347 0.28
309 395 0.32
310 3 0.00
312 1 0.00
314 1 0.00
316 1 0.00
318 275 0.22
319 3 0.00
ACGTcount: A:0.22, C:0.19, G:0.17, T:0.41
Consensus pattern (309 bp):
TCGATTTGGCAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCAATGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTA
AGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATATTGGGCCTAATTGAGGC
CCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGACAACCCTCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTA
TGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTTTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACAC
TTGTTATATTGGGCCTAACGGGGCCCATTAGTTCCGTTTTGAATCGTCT
Done.