Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01011223.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig11256, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 3900
ACGTcount: A:0.26, C:0.20, G:0.17, T:0.37


Found at i:848 original size:47 final size:46

Alignment explanation


    Indices: 790--1390  Score: 798
    Period size: 47  Copynumber: 12.8  Consensus size: 46

        780 ACTTCTTCTT

                                      *               **     
        790 TTAGTTTAATTACCTA-AGATTAAACTAA-TCTTTCCTTCTTCAACTAC
          1 TTAGTTTAATTACCTAGA-ATTAAACAAATTC-TT-CTTCTTTTACTAC

                                       **                 *
        837 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAGTTTCTTCTTCTTTTACTAA
          1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAAC-AAATTCTTCTTCTTTTACTAC

                         *           *            *        
        884 TTAGTTTAATTACTTAGAATTAAACTAATCTCTTC-TCCTTT--TAC
          1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACAAAT-TCTTCTTCTTTTACTAC

                      *                               *    
        928 TTAGTTTAATAACCTAGAATTAAACCAAATTCTTCTTCTTTTTCTAC
          1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAA-CAAATTCTTCTTCTTTTACTAC

                                                      *    
        975 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACCAAATTCTTCTTCTTTTTCTAC
          1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAA-CAAATTCTTCTTCTTTTACTAC

               ** *                                   *    
       1022 TTAAATCAATTACCTAGAATTAAACCAAATTCTTCTTCTTTTTCTAC
          1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAA-CAAATTCTTCTTCTTTTACTAC

                *                       *    *             
       1069 TTAGGTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTCCTTCTTTTACTAC
          1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAAC-AAATTCTTCTTCTTTTACTAC

                                                           
       1116 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACCAAATTCTTCTTCTTTTACTAC
          1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAA-CAAATTCTTCTTCTTTTACTAC

                      *                 *    *             
       1163 TTAGTTTAATCACCTAGAATTAAACTAATTTCTCCTTCTTTTACTAC
          1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAAC-AAATTCTTCTTCTTTTACTAC

                                                           
       1210 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACCAAATTCTTCTTCTTTTACTAC
          1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAA-CAAATTCTTCTTCTTTTACTAC

                                                           
       1257 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACCAAATTCTTCTTCTTTTACTAC
          1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAA-CAAATTCTTCTTCTTTTACTAC

                                        *    *             
       1304 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTCCTTCTTTTACTAC
          1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAAC-AAATTCTTCTTCTTTTACTAC

                                        *     *     
       1351 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACCAATTTCTTTTTCTT
          1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAA-CAAATTCTTCTTCTT

       1391 CCTTAGAATT


Statistics
Matches: 501,  Mismatches: 39, Indels: 28
        0.88            0.07        0.05

Matches are distributed among these distances:
  44   29  0.06
  45    9  0.02
  46    9  0.02
  47  446  0.89
  48    6  0.01
  49    2  0.00

ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.04, T:0.46


Consensus pattern (46 bp):   
TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACAAATTCTTCTTCTTTTACTAC

Found at i:1384 original size:141 final size:141

Alignment explanation


    Indices: 790--1390  Score: 888
    Period size: 141  Copynumber: 4.3  Consensus size: 141

        780 ACTTCTTCTT

                                      *        *      **                     
        790 TTAGTTTAATTACCTA-AGATTAAACTAATCTT-TCCTTCTTCAACTACTTAGTTTAATTACCTA
          1 TTAGTTTAATTACCTAGA-ATTAAACCAAT-TTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTA

                     * **                 *             *               *   *
        853 GAATTAAACTAGTTTCTTCTTCTTTTACTAATTAGTTTAATTACTTAGAATTAAACTAATCTCTT
         64 GAATTAAACCAAATTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTC

                *        
        918 C-TCCTTT--TAC
        129 CTTCTTTTACTAC

                      *                 *             *                      
        928 TTAGTTTAATAACCTAGAATTAAACCAAATTCTTCTTCTTTTTCTACTTAGTTTAATTACCTAGA
          1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACCAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA

                                    *       ** *                  *  *    *  
        993 ATTAAACCAAATTCTTCTTCTTTTTCTACTTAAATCAATTACCTAGAATTAAACCAAATTCTTCT
         66 ATTAAACCAAATTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTCCT

                  *    
       1058 TCTTTTTCTAC
        131 TCTTTTACTAC

                *                    *       *                               
       1069 TTAGGTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTCCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
          1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACCAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA

                                                   *                         
       1134 ATTAAACCAAATTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATCACCTAGAATTAAACTAATTTCTCCT
         66 ATTAAACCAAATTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTCCT

                       
       1199 TCTTTTACTAC
        131 TCTTTTACTAC

                                        *                                    
       1210 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACCAAATTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
          1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACCAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA

                                                                             
       1275 ATTAAACCAAATTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTCCT
         66 ATTAAACCAAATTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTCCT

                       
       1340 TCTTTTACTAC
        131 TCTTTTACTAC

                                              *     
       1351 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACCAATTTCTTTTTCTT
          1 TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACCAATTTCTTCTTCTT

       1391 CCTTAGAATT


Statistics
Matches: 416,  Mismatches: 42, Indels: 7
        0.89            0.09        0.02

Matches are distributed among these distances:
 137    2  0.00
 138  105  0.25
 139    6  0.01
 141  303  0.73

ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.04, T:0.46


Consensus pattern (141 bp):   
TTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACCAATTTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGA
ATTAAACCAAATTCTTCTTCTTTTACTACTTAGTTTAATTACCTAGAATTAAACTAATTTCTCCT
TCTTTTACTAC
Done.