Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01011232.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig11265, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2183
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Found at i:1727 original size:332 final size:332
Alignment explanation
Indices: 1--2183 Score: 2941
Period size: 332 Copynumber: 6.6 Consensus size: 332
*
1 TATATTAATCCAACCAAATATCTGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAAT
1 TATATTAATCTAACCAAATATCTGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAAT
* * *
66 CTTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTTGGGAAAGA-ATTGAAAAAATGATATTAGAAGCATGA
66 CTTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTCGGGAAA-ATATTGAAAAAATGATATTTGAAGCGTGA
* * *
130 AAAGCCCTTCAATCATTTTGGCGTTGAATTATATGTTTTTTACGAGTATTGCGATTAAAAATTGA
130 AAAGTCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATGTTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGA
* * *
195 GGAAAAATCTTTCGGGTCTATTTTTGCAAAAATTTTACCGAAATCGTG---T-A-CATCATGGTT
195 GGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAAATTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTT
* ** * ** * * *
255 TTTGACTAAAAACGCGTTCCCGGG-CACCGACTCAGTTTTATATGATTTTGGGCTCCAAGAGTCA
260 TTTGGCTAAAAACGCGTTCGGGGGCCA-AG-CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCA
319 TTGAAATATC
323 TTGAAATATC
* * * * *
329 TATATTAAT-TATCCCAAATCTCAGCCACAATGGAGTTAAGGAATTGTTTTTACGATCATCTGAA
1 TATATTAATCTA-ACCAAATATCTGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAA
* *
393 TCTTGTTTCGATTAAAATAGAAATTAATTTGGGAAAATATTGAAAAAATGATATTTGAAGCGTGA
65 TCTTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTCGGGAAAATATTGAAAAAATGATATTTGAAGCGTGA
* * * *
458 AAAGTCCTTCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTACGAGTATTGTGGTTAAAACTTGA
130 AAAGTCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATGTTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGA
* * * * ** *
523 GTAAAAATCTTTCCGGTCAATATTTGCAAAAATTTTGCCGTAATCGTGTACTAATTATCACGATT
195 GGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAAATTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTT
* ** * *
588 TTTGCCTAAAAACGCGTTCGGAGCCCCGAG-TCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGTCAAGACTCAT
260 TTTGGCTAAAAACGCGTTCGG-GGGCCAAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCAT
*
652 TGAAATATT
324 TGAAATATC
* *
661 TATATTAATCTAACCAAATATCTGCCACAATGGGTTTAATGATTTGTTTTTACGATCATCT-AAT
1 TATATTAATCTAACCAAATATCTGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAA-
* * *
725 TCTTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTCGAGAAGA-ATTGAAAAAATGATA-TAGAAGCGTGA
65 TCTTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTCGGGAAAATATTGAAAAAATGATATTTGAAGCGTGA
* * *
788 AAAGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATGTTTTTTACGAGTATTGCGATAAAAAATTGA
130 AAAGTCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATGTTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGA
* * * * *
853 GGGAAAACCTTTCGGGTCAACTTTTGCAAAATTTTTACCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG-T
195 GGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAAATTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTT
* * **
917 TTTGGCTAGAAACGCGTTCTGGGGCCCCGACTCAGTTTTAG-ATGATTTTTGGCGCCAAGACTCA
260 TTTGGCTAAAAACGCGTTCGGGGGCCAAG-CTCAGTTTT-GCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCA
981 TTGAAATATC
323 TTGAAATATC
* * * * * * * *
991 TATATTAATC-ATCCCAAATCTCAGCCACAATGGAGTTAAGAAATTGTTTTAACGATCATCTAAA
1 TATATTAATCTA-ACCAAATATCTGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAA
* *
1055 TCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGGAAAATATTGAAAAAATGATATTTGAAGTGTGA
65 TCTTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTCGGGAAAATATTGAAAAAATGATATTTGAAGCGTGA
* *
1120 AAA-TACCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATGTTTTTACAAGTATTGCGGTTAAAAATT
130 AAAGT-CCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATGT-TTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATT
* * * * * * *
1184 AAGGAAAAATCATTCGGTTCAATTTCTGTAAAATTTTTGCCGAAATCGTGTATTAACCATCACGG
193 GAGGAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAAATTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG
* * * * * *
1249 TTTTTGGCTAAAAACACGTTCGGAGGCCCAAGCTCAATTTTGCTTTATTTTTTGGCGTCAAGACT
258 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTCGG-GGGCCAAGCTCAGTTTTGCATGA-TTTTTGGCGCCAAGACT
*
1314 CATTGAAATATG
321 CATTGAAATATC
*
1326 TAAATTAATCTAACCAAATATCTGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAAT
1 TATATTAATCTAACCAAATATCTGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAAT
* * *
1391 CTTGTTTCGATTTAAATAAAAATTAATTCGGGACAATATTGAAAAAATGATATTTGAAGCATGAA
66 CTTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTCGGGAAAATATTGAAAAAATGATATTTGAAGCGTGAA
* *
1456 AAGTCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATGTTTTTTACGAGTATTGTGGTTAAATATTGAG
131 AAGTCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATGTTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAG
* ** * * *
1521 GAAAATTCTTTCGGGTCAATTTTTTTAAAAAATTTGCCGAAATCGTCTACTAACAATCACGGTTT
196 GAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAAATTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTT
*
1586 TTGGCTAAAAACGCGTTAGGGGGCCAAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTG
261 TTGGCTAAAAACGCGTTCGGGGGCCAAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTG
1651 AAATATC
326 AAATATC
* **
1658 TATATTAACCTAACCAAATATCTGCCACAAAAGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAAT
1 TATATTAATCTAACCAAATATCTGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAAT
* **
1723 CTTGTTTCGATTTAAATAGAAATTTATTCGGGAAAATATTGAAAAAATGATATTTGAAGCGTGCC
66 CTTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTCGGGAAAATATTGAAAAAATGATATTTGAAGCGTGAA
* * * * *
1788 AAGTCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTATACGAGTACTGCGATTAAAAATTAAG
131 AAGTCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATGTTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAG
* * *
1853 GAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAACTTTTGCCGAAATCGTGTACT---TATCATGGTTT
196 GAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAAATTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGG-TT
* ** * * *
1915 TTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCTCGGCTCAGTTTTAG-ATGATCTTGGGCTCCAAGACTCA
260 TTTGGCTAAAAACGCGTTCGGGGGCC-AAGCTCAGTTTT-GCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCA
1979 TTGAAATATC
323 TTGAAATATC
* * *
1989 TATATTAAT-TATCCCAAATCTCAGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAA
1 TATATTAATCTA-ACCAAATATCTGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAA
2053 TCTTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTCGGGAAAATATTGAAAAAATGATATTTGAAGCGTGA
65 TCTTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTCGGGAAAATATTGAAAAAATGATATTTGAAGCGTGA
* *
2118 AAAGTCCTTCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATGTTTTTTATGAGTATTGCGGTTAAAAAATTG
130 AAAGTCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATGTTTTTTACGAGTATTGCGGTT-AAAAATTG
2183 A
194 A
Statistics
Matches: 1620, Mismatches: 204, Indels: 58
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
327 2 0.00
328 220 0.14
329 26 0.02
330 270 0.17
331 243 0.15
332 422 0.26
333 126 0.08
334 130 0.08
335 179 0.11
336 2 0.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (332 bp):
TATATTAATCTAACCAAATATCTGCCACAATGGATTTAAGGATTTGTTTTTACGATCATCTGAAT
CTTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAATTCGGGAAAATATTGAAAAAATGATATTTGAAGCGTGAA
AAGTCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATGTTTTTTACGAGTATTGCGGTTAAAAATTGAG
GAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAAATTTTGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTT
TTGGCTAAAAACGCGTTCGGGGGCCAAGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCAAGACTCATTG
AAATATC
Done.