Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01001128.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig01128, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 644

Length: 1074
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.18, T:0.32


Found at i:840 original size:3 final size:3

Alignment explanation


    Indices: 824--972  Score: 273
    Period size: 3  Copynumber: 49.7  Consensus size: 3

        814 AATTTTAAAT

                                                                        
        824 TTA TTA TT- TATA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
          1 TTA TTA TTA T-TA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA

                                                                          *
        869 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTG
          1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA

                                                                           
        917 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA
          1 TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA TTA

                      
        965 TTA TTA TT
          1 TTA TTA TT

        973 CACTCTAATT


Statistics
Matches: 142,  Mismatches: 2, Indels: 4
        0.96            0.01        0.03

Matches are distributed among these distances:
   2    1  0.01
   3  140  0.99
   4    1  0.01

ACGTcount: A:0.32, C:0.00, G:0.01, T:0.67


Consensus pattern (3 bp):   
TTA

Done.