Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01011438.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig11471, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 984
Length: 1641
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Found at i:885 original size:332 final size:331
Alignment explanation
Indices: 43--1641 Score: 2160
Period size: 331 Copynumber: 4.8 Consensus size: 331
33 AATTCAGAAA
** * * ** * * **
43 AAAAACGATATTGCAATCGTGAAATGTCCTTTAATCTATTTGGCGTTAAATTATATGTATTATAT
1 AAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTATAT
* * * * * * *
108 GATTATTTTATACAAAATTTAAGGAATAATTTTTCGCGGTCATCTTTTGCAAAAGTTTAGCCAAA
66 GAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAA
* * *
173 ATCGTGTACTAACCATCACGGTTATTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCAGCTTAGTTTTGCA
131 ATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCA
* * ** * *
238 TAATTCTTGCCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAAATTAGCCACATTGC
196 TGATTTTTGGAGTCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACCTTGC
* * * *
303 ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGGATTTGAATATTGTTTCGATTTAATTAGAATTTAAATTAGAA
261 ATTTAACGATTTGGTTTTACGAGCATTTGAATATTGTTTCGATTTAATTAGAA-ATAAATTAGAA
368 AAATCTG
325 AAATCTG
* * * *
375 AAAAACGATATTAAAAGCCTGAAAAGTCCTCCAAT-GTTTTGGCATTAAATTATACAAATTATAT
1 AAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTATAT
* *
439 GAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGCGGTTATTTCTTGCAAAATTTTAGCCAAA
66 GAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAA
* *
504 ATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCA
131 ATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCA
* *
569 TGATTTTTGGAG-CACAGACTCCTCGAAATATCTAGGTTCATCTAATAAAAACTTAGCCACCTTG
196 TGATTTTTGGAGTCA-AGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACCTTG
* * *
633 CATTTAACGATATGGTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATGAATTAAGA
260 CATTTAACGATTTGGTTTTACGAGCATTTGAATATTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATT-AG-
698 AAAAATCTG
323 AAAAATCTG
* *
707 AAAAACTATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTCGGCGTTAAATTATATAAATTATAT
1 AAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTATAT
* * * *
772 GAGTATTTTATACAAAAATTAAGGAAAAATTTTT-GCGATTATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAA
66 GAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAA
* *
836 ATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCA
131 ATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCA
* * * * *
901 TGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACCTAGCCACGTTGC
196 TGATTTTTGGAGTCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACCTTGC
** * * * *
966 ATTTAGGGATTTGTTTTTACGAGCATTTCAAGATTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAAATTAGAA
261 ATTTAACGATTTGGTTTTACGAGCATTTGAATATTGTTTCGATTTAATTAGAAA-TAAATTAGAA
*
1031 AAATTTG
325 AAATCTG
* * * **
1038 AAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATGTTTTTGGCATTAAATTATGCAAATTATAT
1 AAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTATAT
*
1103 GAGTATTTCATCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAA
66 GAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAA
* *
1168 ATCGTGTACGT---TATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTATGC
131 ATCGTGTAC-TAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGC
* * * *
1230 ATGAATTTTGGAGTCAAGACTCCTCGAAATATCTAGGTTCATCTAAT-AAAATTTAGCCACCTTG
195 ATGATTTTTGGAGTCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACCTTG
* *
1294 CATTTAACGATTTGGTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCATA
260 CATTTAACGATTTGGTTTTACGAGCATTTGAATATTGTTTCGATTTAATTAGAAA-TAAAT--TA
* *
1359 AAAAAATCTA
322 GAAAAATCTG
1369 AAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTATAT
1 AAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTATAT
* * * *
1434 GATTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAATTTTAGCAGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAA
66 GAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAA
* * * * * *
1499 ATCGTG---T-A-CGTCACGGTTTTTGGCTAAAAATGTGTTTCGGGGTCCCGACTCAGTTTTGCA
131 ATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCA
* * * * * *
1559 TGAATTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATATTGATCTAATAAAAACATAGCCACCTTGC
196 TGATTTTTGGAGTCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACCTTGC
* *
1624 TTTTAACGATTTGATTTT
261 ATTTAACGATTTGGTTTT
Statistics
Matches: 1119, Mismatches: 136, Indels: 27
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
327 1 0.00
328 84 0.08
329 99 0.09
330 95 0.08
331 475 0.42
332 300 0.27
333 65 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (331 bp):
AAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTATAT
GAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAA
ATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTTTGCA
TGATTTTTGGAGTCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAACTTAGCCACCTTGC
ATTTAACGATTTGGTTTTACGAGCATTTGAATATTGTTTCGATTTAATTAGAAATAAATTAGAAA
AATCTG
Found at i:1465 original size:663 final size:661
Alignment explanation
Indices: 42--1641 Score: 2405
Period size: 663 Copynumber: 2.4 Consensus size: 661
32 TAATTCAGAA
** * * ** * * **
42 AAAAAACGATATTGCAATCGTGAAATGTCCTTTAATCTATTTGGCGTTAAATTATATGTATTATA
1 AAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTATA
* * * * *
107 TGATTATTTTATACAAAATTTAAGGAATAATTTTTCGCGGTCATCTTTTGCAAAAGTTTAGCCAA
66 TGATTATTTTATACAAAAATTAAGGAAAAATTTTT-GCGATCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAA
* *
172 AATCGTGTACTAACCATCACGGTTATTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCC-AGCTTAGTTTTG
130 AATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGA-CTCAGTTTTG
* * * *
236 CATAATTCTTGCCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTAGATTCATCTAATAAAAA-ATTAGCCACAT
194 CATGATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACA-TAGCCACAT
* * * * *
300 TGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGGATTTGAATATTGTTTCGATTTAATTAGAATTTAAATTA
258 TGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTCAAGATTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAAATTA
365 GAAAAATCTGAAAAACGATATTAAAAGCCTGAAAAGTCCTCCAATGTTTTGGCATTAAATTATAC
323 GAAAAATCTGAAAAACGATATTAAAAGCCTGAAAAGTCCTCCAATGTTTTGGCATTAAATTATAC
* *
430 AAATTATATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGCGGTTATTTCTTGCAAAATT
388 AAATTATATGAGTATTTCATCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGCGGTCATTTCTTGCAAAATT
*
495 TTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCCGGCTC
453 TTAGCCAAAATCGTGTACT-A-CATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTC
* *
560 AGTTTTGCATGATTTTTGGAGCACAGACTCCTCGAAATATCTAGGTTCATCTAATAAAAACTTAG
516 AGTTATGCATGAATTTTGGAGCACAGACTCCTCGAAATATCTAGGTTCATCTAATAAAAACTTAG
625 CCACCTTGCATTTAACGATATGGTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATG
581 CCACCTTGCATTTAACGATATGGTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATG
690 AATTAAGAAAAAATCT
646 AATTAAGAAAAAATCT
* * *
706 GAAAAACTATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTCGGCGTTAAATTATATAAATTATA
1 AAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTATA
* *
771 TGAGTATTTTATACAAAAATTAAGGAAAAATTTTTGCGATTATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAA
66 TGATTATTTTATACAAAAATTAAGGAAAAATTTTTGCGATCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAA
*
836 ATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCATTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCA
131 ATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCA
* * * *
901 TGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACCTAGCCACGTTGC
196 TGATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACATAGCCACATTGC
*
966 ATTTAGGGATTTGTTTTTACGAGCATTTCAAGATTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAAATTAGAA
261 ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTCAAGATTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAAATTAGAA
* * * *
1031 AAATTTGAAAAATGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATGTTTTTGGCATTAAATTATGCAA
326 AAATCTGAAAAACGATATTAAAAGCCTGAAAAGTCCTCCAATG-TTTTGGCATTAAATTATACAA
*
1096 ATTATATGAGTATTTCATCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGCGGTCATTTTTTGCAAAATTTT
390 ATTATATGAGTATTTCATCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGCGGTCATTTCTTGCAAAATTTT
* *
1161 AGCCAAAATCGTGTACGT-TATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGT
455 AGCCAAAATCGTGTAC-TACATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGT
*
1225 TATGCATGAATTTTGGAGTCA-AGACTCCTCGAAATATCTAGGTTCATCTAAT-AAAATTTAGCC
519 TATGCATGAATTTTGGAG-CACAGACTCCTCGAAATATCTAGGTTCATCTAATAAAAACTTAGCC
* *
1288 ACCTTGCATTTAACGATTTGGTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAA
583 ACCTTGCATTTAACGATATGGTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATGAA
1353 TTCATA-AAAAAATCT
648 TT-A-AGAAAAAATCT
1368 AAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTATA
1 AAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTATA
* * *
1433 TGATTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAAATTTTAGC-AGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCA
66 TGATTATTTTATACAAAAATTAAGG-AAAAATTTTTGCGA-TCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCA
* * * * *
1497 AAATCGTG---T-A-CGTCACGGTTTTTGGCTAAAAATGTGTTTCGGGGTCCCGACTCAGTTTTG
129 AAATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTG
* * * *
1557 CATGAATTTTGGCGTCAAGACTCATTGAAATATCTATATTGATCTAATAAAAACATAGCCACCTT
194 CATGATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACATAGCCACATT
* * *
1622 GCTTTTAACGATTTGATTTT
259 GCATTTAAGGATTTGTTTTT
Statistics
Matches: 850, Mismatches: 77, Indels: 24
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
658 118 0.14
659 1 0.00
660 1 0.00
661 75 0.09
662 185 0.22
663 286 0.34
664 183 0.22
665 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (661 bp):
AAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGTCCTCCAATATTTTTGGCGTTAAATTATATAAATTATA
TGATTATTTTATACAAAAATTAAGGAAAAATTTTTGCGATCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAA
ATCGTGTACTAACCATCACGGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGACTCAGTTTTGCA
TGATTTTTGGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTCATCTAATAAAAACATAGCCACATTGC
ATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTCAAGATTGTTTCGATTTAAATAGAAATTAAATTAGAA
AAATCTGAAAAACGATATTAAAAGCCTGAAAAGTCCTCCAATGTTTTGGCATTAAATTATACAAA
TTATATGAGTATTTCATCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGCGGTCATTTCTTGCAAAATTTTA
GCCAAAATCGTGTACTACATCACAGTTTTTGGCTAAAAACGCGTTCCGGGGCCCCGGCTCAGTTA
TGCATGAATTTTGGAGCACAGACTCCTCGAAATATCTAGGTTCATCTAATAAAAACTTAGCCACC
TTGCATTTAACGATATGGTTTTACGAGCATTTGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATGAATTA
AGAAAAAATCT
Done.