Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01011470.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig11503, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 7687
ACGTcount: A:0.30, C:0.18, G:0.23, T:0.29


Found at i:2048 original size:72 final size:72

Alignment explanation


    Indices: 1931--2130  Score: 373
    Period size: 72  Copynumber: 2.8  Consensus size: 72

       1921 TTGATTGTTC

                                              *    *                         
       1931 TTTGAGTTAAATTAAAAGTTGATTTGGTGATTGAGGCATATAAATGTTCTAAATTTAGCTAATTG
          1 TTTGAGTTAAATTAAAAGTTGATTTGGTGATTGATGCATGTAAATGTTCTAAATTTAGCTAATTG

                   
       1996 TTAGTTA
         66 TTAGTTA

                                                 *                           
       2003 TTTGAGTTAAATTAAAAGTTGATTTGGTGATTGATGCGTGTAAATGTTCTAAATTTAGCTAATTG
          1 TTTGAGTTAAATTAAAAGTTGATTTGGTGATTGATGCATGTAAATGTTCTAAATTTAGCTAATTG

                   
       2068 TTAGTTA
         66 TTAGTTA

                                                                    
       2075 TTTGAGTTAAATTAAAAGTTGATTTGGTGATTGATGCATGTAAATGTTCTAAATTT
          1 TTTGAGTTAAATTAAAAGTTGATTTGGTGATTGATGCATGTAAATGTTCTAAATTT

       2131 GGTCAATTTA


Statistics
Matches: 124,  Mismatches: 4, Indels: 0
        0.97            0.03        0.00

Matches are distributed among these distances:
  72  124  1.00

ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.20, T:0.44


Consensus pattern (72 bp):   
TTTGAGTTAAATTAAAAGTTGATTTGGTGATTGATGCATGTAAATGTTCTAAATTTAGCTAATTG
TTAGTTA

Found at i:3614 original size:40 final size:40

Alignment explanation


    Indices: 3559--3845  Score: 457
    Period size: 40  Copynumber: 7.2  Consensus size: 40

       3549 ATCAATCTTA

                  *                                 
       3559 TGTTGTCTAAATACCCAGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGG
          1 TGTTGTTTAAATACCCAGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGG

                                            *       
       3599 TGTTGTTTAAATACCCAGTTTGCCCTTCCCCATCGGAAGG
          1 TGTTGTTTAAATACCCAGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGG

                                                    
       3639 TGTTGTTTAAATACCCAGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGG
          1 TGTTGTTTAAATACCCAGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGG

                                                    
       3679 TGTTGTTTAAATACCCAGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGG
          1 TGTTGTTTAAATACCCAGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGG

                             *                      
       3719 TGTTGTTTAAATACCCAATTTGCCCTTCCCCACCGGAAGG
          1 TGTTGTTTAAATACCCAGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGG

            *          *   *    *            *      
       3759 CGTTGTTTAAAAACCAAGTTCGCCCTTCCCCACAGGAAGG
          1 TGTTGTTTAAATACCCAGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGG

                  *     *   *       *             * 
       3799 TGTTGTCTAAATTCCCGGTTTGCCTTTCCCCACCGGAAAG
          1 TGTTGTTTAAATACCCAGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGG

                   
       3839 TGTTGTT
          1 TGTTGTT

       3846 CCCAGTTTGC


Statistics
Matches: 226,  Mismatches: 21, Indels: 0
        0.91            0.09        0.00

Matches are distributed among these distances:
  40  226  1.00

ACGTcount: A:0.21, C:0.29, G:0.20, T:0.30


Consensus pattern (40 bp):   
TGTTGTTTAAATACCCAGTTTGCCCTTCCCCACCGGAAGG

Done.