Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWUE01011557.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig11590, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 1820
ACGTcount: A:0.24, C:0.19, G:0.18, T:0.40


Found at i:282 original size:154 final size:154

Alignment explanation


    Indices: 2--1819  Score: 3023
    Period size: 154  Copynumber: 11.8  Consensus size: 154

          1 T

                                    *   *         *    *                 *   
          2 GATATGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTTTCGGGACCC
          1 GATATGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCTTTTGGAACAATTGTAATTTTGGGCCTTTCGGGGCCC

                   *                                                        *
         67 ATTAGATCCGTTTTGAATCGACTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTTTCTTTCCATTGTTTATT
         66 ATTAGATTCGTTTTGAATCGACTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTTTCTTTCCATTGTTTATG

                                    
        132 GCCTAACTATAATCATTTTGGTGA
        131 GCCTAACTATAATCATTTTGGTGA

                                        *                              *     
        156 GATATGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCATTTGGAACAATTGTAATTTTGGGCCTTTCGAGGCCC
          1 GATATGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCTTTTGGAACAATTGTAATTTTGGGCCTTTCGGGGCCC

                                                                  *          
        221 ATTAGATTCGTTTTGAATCGACTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTTTCTTTCAATTGTTTATG
         66 ATTAGATTCGTTTTGAATCGACTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTTTCTTTCCATTGTTTATG

                                    
        286 GCCTAACTATAATCATTTTGGTGA
        131 GCCTAACTATAATCATTTTGGTGA

                  *                                                          
        310 GATATGGCCACTGTGAAGTTTTTAACTCTTTTGGAACAATTGTAATTTTGGGCCTTTCGGGGCCC
          1 GATATGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCTTTTGGAACAATTGTAATTTTGGGCCTTTCGGGGCCC

                                                                             
        375 ATTAGATTCGTTTTGAATCGACTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTTTCTTTCCATTGTTTATG
         66 ATTAGATTCGTTTTGAATCGACTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTTTCTTTCCATTGTTTATG

            *                       
        440 ACCTAACTATAATCATTTTGGTGA
        131 GCCTAACTATAATCATTTTGGTGA

                                *                                           *
        464 GATATGTCCACTGTGAAGTTGTTAACTCTTTTGGAACAATTGTAATTTTGGGCCTTTCGGGGCCT
          1 GATATGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCTTTTGGAACAATTGTAATTTTGGGCCTTTCGGGGCCC

                   *                                              *          
        529 ATTAGATCCGTTTTGAATCGACTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTTTCTTTCAATTGTTTATG
         66 ATTAGATTCGTTTTGAATCGACTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTTTCTTTCCATTGTTTATG

                                *   
        594 GCCTAACTATAATCATTTTGCTGA
        131 GCCTAACTATAATCATTTTGGTGA

                                                     *               *       
        618 GATATGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCTTTTGGAACAATTATAATTTTGGGCCTTTTGGGGCCC
          1 GATATGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCTTTTGGAACAATTGTAATTTTGGGCCTTTCGGGGCCC

                                                                             
        683 ATTAGATTCGTTTTGAATCGACTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTTTCTTTCCATTGTTTATG
         66 ATTAGATTCGTTTTGAATCGACTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTTTCTTTCCATTGTTTATG

                                    
        748 GCCTAACTATAATCATTTTGGTGA
        131 GCCTAACTATAATCATTTTGGTGA

                          *             *                                    
        772 GATATGTCCACTGTAAAGTTTTTAACTCATTTGGAACAATTGTAATTTTGGGCCTTTCGGGGCCC
          1 GATATGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCTTTTGGAACAATTGTAATTTTGGGCCTTTCGGGGCCC

              *       *                                 **                   
        837 ATCAG-TTCCATTTTGAATCGACTTCGATTTGGCAAACCTCAAAATTTTTCTTTCCATTGTTTAT
         66 ATTAGATT-CGTTTTGAATCGACTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTTTCTTTCCATTGTTTAT

                               *     
        901 GGCCTAACTATAATCATTTCGGTGA
        130 GGCCTAACTATAATCATTTTGGTGA

            *                                                * *             
        926 AATATGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCTTTTGGAACAATTGTAATTTTTGTCCTTTCGGGGCCC
          1 GATATGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCTTTTGGAACAATTGTAATTTTGGGCCTTTCGGGGCCC

                                                                             
        991 ATTAG-TTCCGTTTTGAATCGACTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTTTCTTTCCATTGTTTAT
         66 ATTAGATT-CGTTTTGAATCGACTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTTTCTTTCCATTGTTTAT

                                     
       1055 GGCCTAACTATAATCATTTTGGTGA
        130 GGCCTAACTATAATCATTTTGGTGA

                                                             *               
       1080 GATATGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCTTTTGGAACAATTGTAATTTTTGGCCTTTCGGGGCCC
          1 GATATGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCTTTTGGAACAATTGTAATTTTGGGCCTTTCGGGGCCC

                                                    *                  *     
       1145 ATTAGATTCGTTTTGAATCGACTTCGATTTCGGCAAACCTTAAAGCTTTTCTTTCCATTCTTTAT
         66 ATTAGATTCGTTTTGAATCGACTTCGATTT-GGCAAACCTCAAAGCTTTTCTTTCCATTGTTTAT

             *                       
       1210 GACCTAACTATAATCATTTTGGTGA
        130 GGCCTAACTATAATCATTTTGGTGA

                                                                             
       1235 GATATGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCTTTTGGAACAATTGTAATTTTGGGCCTTTCGGGGCCC
          1 GATATGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCTTTTGGAACAATTGTAATTTTGGGCCTTTCGGGGCCC

                   *                                              *          
       1300 ATTAGATCCGTTTTGAATCGACTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTTTCTTTCAATTGTTTATG
         66 ATTAGATTCGTTTTGAATCGACTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTTTCTTTCCATTGTTTATG

            *                       
       1365 CCCTAACTATAATCATTTTGGTGA
        131 GCCTAACTATAATCATTTTGGTGA

                                                                             
       1389 GATATGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCTTTTGGAACAATTGTAATTTTGGGCCTTTCGGGGCCC
          1 GATATGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCTTTTGGAACAATTGTAATTTTGGGCCTTTCGGGGCCC

              *       *                                 *             *      
       1454 ATCAG-TTCCATTTTGAATCGACTTCGATTTGGCAAACCTCAAAACTTTTCTTTCCATGGTTTAT
         66 ATTAGATT-CGTTTTGAATCGACTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTTTCTTTCCATTGTTTAT

                                     
       1518 GGCCTAACTATAATCATTTTGGTGA
        130 GGCCTAACTATAATCATTTTGGTGA

                                    *   *         *    *                     
       1543 GATATGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTTTCGGGGCCC
          1 GATATGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCTTTTGGAACAATTGTAATTTTGGGCCTTTCGGGGCCC

                *  *                                   *                    *
       1608 ATTAAATCCGTTTTGAATCGACTTCGATTTGGCAAACCTCAAAACTTTTCTTTCCATTGTTTATC
         66 ATTAGATTCGTTTTGAATCGACTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTTTCTTTCCATTGTTTATG

            **                      
       1673 AACTAACTATAATCATTTTGGTGA
        131 GCCTAACTATAATCATTTTGGTGA

                              *     *   *         *    *               **    
       1697 GATATGTCCACTGTGAAGATTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTTTCGAAGCCC
          1 GATATGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCTTTTGGAACAATTGTAATTTTGGGCCTTTCGGGGCCC

                               *  *                 *                  
       1762 ATTAG-TTCCGTTTTGAATAGATTTCGATTTGGCAAACCTAAAAGCTTTTCTTTCCATT
         66 ATTAGATT-CGTTTTGAATCGACTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTTTCTTTCCATT

       1820 A


Statistics
Matches: 1573,  Mismatches: 85, Indels: 12
        0.94            0.05        0.01

Matches are distributed among these distances:
 153    4  0.00
 154  1417  0.90
 155  152  0.10

ACGTcount: A:0.23, C:0.19, G:0.18, T:0.40


Consensus pattern (154 bp):   
GATATGTCCACTGTGAAGTTTTTAACTCTTTTGGAACAATTGTAATTTTGGGCCTTTCGGGGCCC
ATTAGATTCGTTTTGAATCGACTTCGATTTGGCAAACCTCAAAGCTTTTCTTTCCATTGTTTATG
GCCTAACTATAATCATTTTGGTGA

Done.