Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWUE01011580.1 Corchorus olitorius cultivar O-4 contig11613, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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Found at i:287 original size:154 final size:154
Alignment explanation
Indices: 2--1596 Score: 2455
Period size: 154 Copynumber: 10.4 Consensus size: 154
1 T
* * * * *
2 ATGCTTTTCTTTCCATCGTGTACGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGGTTAGTCCACTGTGAA
1 ATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA
67 GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAA
66 GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAA
* *
132 TCATCTTCGATTTGGCAACCGTCG
131 TCGTCTTCGATTTGGCAACCTTCG
*
156 ATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCGTTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA
1 ATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA
221 GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAA
66 GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAA
*
286 TCGTCTTCGATTTGGCAACCGTCG
131 TCGTCTTCGATTTGGCAACCTTCG
*
310 ATGCCTTTCTTTCCATCGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA
1 ATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA
* ** *
375 GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTG-TATTTTGGGCCTATTGGGGATTATTAGTGAAGTTTTGAA
66 GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAA
* *
439 TCATCTTCGATTTGGCAAACC-TCA
131 TCGTCTTCGATTTGGC-AACCTTCG
* * *
463 ATG-CTTTC-TTACGTTGTGTATTGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
1 ATGCCTTTCTTTCCATTGTTTA-TGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
* * ** *
526 AGGTTTTAGCTCATTTGGAACACTTG-TATTTTGGGCCTATTGGGGATTATTAGTGAAGTTTTGA
65 AGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGA
* *
590 ATCATCTTCGATTTGGCAAACC-TCA
130 ATCGTCTTCGATTTGGC-AACCTTCG
* * * * *
615 ATGCTTTTCCTTACATTGTGTATGGCATAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA
1 ATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA
* *
680 GTTTTTAGCTCATTTGGAAAACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGATCATTAGTGACGTTTTGAA
66 GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAA
*
745 TCGTCTTCGATTTGGCAACCTTTG
131 TCGTCTTCGATTTGGCAACCTTCG
* *
769 ATGCCTTTCCTTCCATTGTTTATGGCC-GACATATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
1 ATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAAC-TATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
* * * **
833 AGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT--TCTCTATCGGGGCCCAATAGTTTCGTTTTG
65 AGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGC-CTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTG
*
896 AATCGTCTTCGATTTGGAAACCTTCG
129 AATCGTCTTCGATTTGGCAACCTTCG
*
922 ATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCA-TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA
1 ATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA
* * *
986 GTTCTTAGCTCATTTGGAATACTTGTTATTTTCGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAA
66 GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAA
*
1051 TCGTCTTCGATTTGGCAAACC-TCA
131 TCGTCTTCGATTTGGC-AACCTTCG
* * * * *
1075 ATTCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCATTTTAGTCAGATTAGTCCACTGTGAA
1 ATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA
1140 GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAA
66 GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAA
1205 TCGTCTTCGATTTGGCAACCTTCG
131 TCGTCTTCGATTTGGCAACCTTCG
*
1229 ATGTCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGA
1 ATG-CCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
* * * **
1294 AGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT--TCTCTATCGGGGCCCAATAGTTTCGTTTTG
65 AGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGC-CTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTG
* *
1357 AATCGTGTTCGATTTGGAAACCTTCG
129 AATCGTCTTCGATTTGGCAACCTTCG
* *
1383 ATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGG-CTAACTATAATCA-TTTGGTGAGATTAGTCTACTGTGAA
1 ATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA
1446 GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAA
66 GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAA
1511 TCGTCTTCGATTTGGCAACCTTCG
131 TCGTCTTCGATTTGGCAACCTTCG
1535 ATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
1 ATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
1597 CAATGCTTTT
Statistics
Matches: 1333, Mismatches: 88, Indels: 40
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
151 63 0.05
152 278 0.21
153 328 0.25
154 573 0.43
155 91 0.07
ACGTcount: A:0.21, C:0.18, G:0.20, T:0.41
Consensus pattern (154 bp):
ATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA
GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAA
TCGTCTTCGATTTGGCAACCTTCG
Found at i:743 original size:306 final size:308
Alignment explanation
Indices: 2--1596 Score: 2450
Period size: 306 Copynumber: 5.2 Consensus size: 308
1 T
* * * * *
2 ATGCTTTTCTTTCCATCGTGTACGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGGTTAGTCCACTGTGAA
1 ATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA
67 GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAA
66 GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAA
* * *
132 TCATCTTCGATTTGGC-AACCGTCGATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCGT
131 TCGTCTTCGATTTGGCAAACCTTCGATG-CTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCAT
196 TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
195 TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
*
261 CGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCGTCG
260 CGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCTTCG
*
310 ATGCCTTTCTTTCCATCGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA
1 ATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA
* ** *
375 GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTG-TATTTTGGGCCTATTGGGGATTATTAGTGAAGTTTTGAA
66 GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAA
* * * * *
439 TCATCTTCGATTTGGCAAACC-TCAATGCTTTC-TTACGTTGTGTATTGGCCTAACTATAATCAT
131 TCGTCTTCGATTTGGCAAACCTTCGATGCTTTCTTTCCATTGTTTA-TGGCCTAACTATAATCAT
*
502 TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGGTTTTAGCTCATTTGGAACACTTG-TATTTTGGGCCTAT
195 TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
* ** * * *
566 TGGGGATTATTAGTGAAGTTTTGAATCATCTTCGATTTGGCAAACC-TCA
260 CGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGC-AACCTTCG
* * * * *
615 ATGCTTTTCCTTACATTGTGTATGGCATAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA
1 ATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA
* *
680 GTTTTTAGCTCATTTGGAAAACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGATCATTAGTGACGTTTTGAA
66 GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAA
* * *
745 TCGTCTTCGATTTGGC-AACCTTTGATGCCTTTCCTTCCATTGTTTATGGCC-GACATATAATCA
131 TCGTCTTCGATTTGGCAAACCTTCGATG-CTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAAC-TATAATCA
*
808 TTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT--TCTCT
194 TTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGC-CT
* * ** *
871 ATCGGGGCCCAATAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAACCTTCG
258 ATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCTTCG
*
922 ATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCA-TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA
1 ATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA
* * *
986 GTTCTTAGCTCATTTGGAATACTTGTTATTTTCGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAA
66 GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAA
* * *
1051 TCGTCTTCGATTTGGCAAACC-TCAATTCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCAT
131 TCGTCTTCGATTTGGCAAACCTTCGATGC-TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCAT
* *
1115 TTTAGTCAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
195 TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
1180 CGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCTTCG
260 CGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCTTCG
*
1229 ATGTCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGA
1 ATG-CCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
* * * **
1294 AGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTT--TCTCTATCGGGGCCCAATAGTTTCGTTTTG
65 AGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGC-CTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTG
*
1357 AATCGTGTTCGATTTGG-AAACCTTCGATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGG-CTAACTATAATC
129 AATCGTCTTCGATTTGGCAAACCTTCGATGC-TTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATC
*
1420 A-TTTGGTGAGATTAGTCTACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCT
193 ATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCT
1484 ATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCTTCG
258 ATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCTTCG
1535 ATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
1 ATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
1597 CAATGCTTTT
Statistics
Matches: 1178, Mismatches: 89, Indels: 43
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
305 207 0.18
306 440 0.37
307 272 0.23
308 205 0.17
309 54 0.05
ACGTcount: A:0.21, C:0.18, G:0.20, T:0.41
Consensus pattern (308 bp):
ATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA
GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAA
TCGTCTTCGATTTGGCAAACCTTCGATGCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATT
TTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATC
GGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCTTCG
Found at i:1214 original size:460 final size:461
Alignment explanation
Indices: 2--1596 Score: 2566
Period size: 460 Copynumber: 3.5 Consensus size: 461
1 T
* * *
2 ATGCTTTTCTTTCCATCGTGTACGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGGTTAGTCCACTGTGAA
1 ATGCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA
67 GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAA
66 GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAA
* * *
132 TCATCTTCGATTTGGCAACCGTCGATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCGTT
131 TCATCTTCGATTTGGCAACCGTCAATGCCTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCATT
197 TTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATC
196 TTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATC
* *
262 GGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCGTCGATGCCTTTCTTTCCATC
261 GGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCTTCGATGCCTTTCTTTCCATT
327 GTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGG
326 GTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGG
* * *** * *** *
392 AACACTTG-TATTTTGGGC-CTATTGGGGATTATTAGTGAAGTTTTGAATCATCTTCGATTTGGC
391 AACACTTGTTATTTT--TCTCTATCGGGGCCCAATAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGG-
*
455 AAACC-TCA
453 AAACCTTCG
* *
463 ATGC-TTTC-TTACGTTGTGTATTGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
1 ATGCTTTTCTTTCCATTGTGTA-TGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGA
* * ** *
526 AGGTTTTAGCTCATTTGGAACACTTG-TATTTTGGGCCTATTGGGGATTATTAGTGAAGTTTTGA
65 AGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGA
* * * *
590 ATCATCTTCGATTTGGCAAACC-TCAATGCTTTTCCTTACATTGTGTATGGCATAACTATAATCA
130 ATCATCTTCGATTTGGC-AACCGTCAATGCCTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCA
*
654 TTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAAAACTTGTTATTTTGGGCCTA
194 TTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTA
* * *
719 TCGGGGATCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCTTTGATGCCTTTCCTTCCA
259 TCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCTTCGATGCCTTTCTTTCCA
*
784 TTGTTTATGGCC-GACATATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATT
324 TTGTTTATGGCCTAAC-TATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATT
848 TGGAACACTTGTTATTTTTCTCTATCGGGGCCCAATAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGG
388 TGGAACACTTGTTATTTTTCTCTATCGGGGCCCAATAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGG
913 AAACCTTCG
453 AAACCTTCG
*
922 ATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCA-TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA
1 ATGCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA
* * *
986 GTTCTTAGCTCATTTGGAATACTTGTTATTTTCGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAA
66 GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAA
* * *
1051 TCGTCTTCGATTTGGCAAACC-TCAATTCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCAT
131 TCATCTTCGATTTGGC-AACCGTCAATGCCTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCAT
* *
1115 TTTAGTCAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
195 TTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTAT
1180 CGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCTTCGATGTCCTTTCTTTCCA
260 CGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCTTCGATG-CCTTTCTTTCCA
*
1245 TTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTAGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTT
324 TTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTT
*
1310 GGAACACTTGTTATTTTTCTCTATCGGGGCCCAATAGTTTCGTTTTGAATCGTGTTCGATTTGGA
389 GGAACACTTGTTATTTTTCTCTATCGGGGCCCAATAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGA
1375 AACCTTCG
454 AACCTTCG
* *
1383 ATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGG-CTAACTATAATCA-TTTGGTGAGATTAGTCTACTGTGAA
1 ATGCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA
1446 GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAA
66 GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAA
* * * *
1511 TCGTCTTCGATTTGGCAACCTTCGATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATT
131 TCATCTTCGATTTGGCAACCGTCAATGCCTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCATT
1576 TTGGTGAGATTAGTCCACTGT
196 TTGGTGAGATTAGTCCACTGT
1597 CAATGCTTTT
Statistics
Matches: 1052, Mismatches: 70, Indels: 25
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
458 8 0.01
459 382 0.36
460 479 0.46
461 181 0.17
462 2 0.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.18, G:0.20, T:0.41
Consensus pattern (461 bp):
ATGCTTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA
GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAA
TCATCTTCGATTTGGCAACCGTCAATGCCTTTCTTTCCATTGTGTATGGCCTAACTATAATCATT
TTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATC
GGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGCAACCTTCGATGCCTTTCTTTCCATT
GTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGTTTTTAGCTCATTTGG
AACACTTGTTATTTTTCTCTATCGGGGCCCAATAGTTTCGTTTTGAATCGTCTTCGATTTGGAAA
CCTTCG
Found at i:1642 original size:64 final size:64
Alignment explanation
Indices: 1535--1660 Score: 234
Period size: 64 Copynumber: 2.0 Consensus size: 64
1525 GCAACCTTCG
1535 ATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTCA
1 ATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTCA
* *
1599 ATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCCTTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
1 ATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
1661 GAAGTTTTTG
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 2, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
64 60 1.00
ACGTcount: A:0.21, C:0.20, G:0.16, T:0.44
Consensus pattern (64 bp):
ATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTCA
Found at i:1764 original size:218 final size:216
Alignment explanation
Indices: 1383--1814 Score: 740
Period size: 218 Copynumber: 2.0 Consensus size: 216
1373 GAAACCTTCG
*
1383 ATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCTAACTATAATCATTTGGTGAGATTAGTCTACTGTGAAGT
1 ATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCTAACTATAATCATTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
* **
1448 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGGCCTATCGGGGACCATTAGTGACGTTTTGAATC
66 TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTGATTTTGGGCCTATCCAGGACCATTAGTGACGTTTTGAATC
* *
1513 GTCTTCGATTTGGCAACCTTCGATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTT
131 GTCTTCGATTTGGCAAACTTCAATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTT
1578 GGTGAGATTAGTCCACTGTCA
196 GGTGAGATTAGTCCACTGTCA
*
1599 ATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCCTTTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA
1 ATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGG-CTAACTATAAT-CATTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAA
*
1664 GTTTTTGGCTCATTTGGAACACTTGTGATTTTGGGCCTATCCAGGACCATTAGTGACGTTTTGAA
64 GTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTGATTTTGGGCCTATCCAGGACCATTAGTGACGTTTTGAA
* *
1729 TCGTCTTCGATTTGGCAAAAC-TCAATGCTTTTCTTTCCTTTGTTTATGGCCTAACTATAATCAT
129 TCGTCTTCGATTTGGC-AAACTTCAATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCAT
1793 TTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
193 TTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
1815 GAAGTTTTTA
Statistics
Matches: 203, Mismatches: 10, Indels: 4
0.94 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
216 25 0.12
217 11 0.05
218 164 0.81
219 3 0.01
ACGTcount: A:0.21, C:0.18, G:0.19, T:0.42
Consensus pattern (216 bp):
ATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCTAACTATAATCATTTGGTGAGATTAGTCCACTGTGAAGT
TTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTGATTTTGGGCCTATCCAGGACCATTAGTGACGTTTTGAATC
GTCTTCGATTTGGCAAACTTCAATGCCTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTT
GGTGAGATTAGTCCACTGTCA
Found at i:1969 original size:153 final size:154
Alignment explanation
Indices: 1596--1979 Score: 639
Period size: 154 Copynumber: 2.5 Consensus size: 154
1586 TAGTCCACTG
*
1596 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCCTTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
1 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
* *
1661 GAAGTTTTTGGCTCATTTGGAACACTTGTGATTTTGGGCCTATCCAGGACCATTAGTGACGTTTT
66 GAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTGATTTTGGCCCTATCCAGGACCATTAGTGACGTTTT
1726 GAATCGTCTTCGATTTGGCAAAAC
131 GAATCGTCTTCGATTTGGCAAAAC
*
1750 TCAATGCTTTTCTTTCCTTTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
1 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
* * *
1815 GAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTTATTTTGGCCCTAT-CGGGTACCATTATTGACGTTT
66 GAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTGATTTTGGCCCTATCCAGG-ACCATTAGTGACGTTT
* *
1879 TG-ATTGTCTTCGATTTGGCAAACC
130 TGAATCGTCTTCGATTTGGCAAAAC
* *
1903 TCAATGCTTTTTTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTTGTCCACTGT
1 TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
1968 GAAG-TTTTAGCT
66 GAAGTTTTTAGCT
1980 GGA
Statistics
Matches: 217, Mismatches: 12, Indels: 4
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
152 8 0.04
153 89 0.41
154 120 0.55
ACGTcount: A:0.21, C:0.18, G:0.19, T:0.42
Consensus pattern (154 bp):
TCAATGCTTTTCTTTCCATTGTTTATGGCCTAACTATAATCATTTTGGTGAGATTAGTCCACTGT
GAAGTTTTTAGCTCATTTGGAACACTTGTGATTTTGGCCCTATCCAGGACCATTAGTGACGTTTT
GAATCGTCTTCGATTTGGCAAAAC
Done.